生物統計学・第10回違いを調べる（2）検定－2 （𝑼検定） 2014年12月2日生命環境科学域応用生命科学類尾形善之今日の流れ ★講義 ♦ 対応のあるデータセット ♦ パラメトリック ♦ ふたつの𝑈検定 ★𝑹を使った𝒕検定と𝑼検定の実習データセットの対応対応なし対応あり繰り返し At1g56650 At3g43660 実験 At1g56650 At3g43660 1 113.3 8.7 1 308.5 27.5 2 58.4 25.5 2 77.2 18.0 3 59.9 19.7 3 69.7 20.5 4 96.2 13.3 5 40.3 16.8 6 53.1 17.7 ⋮ ⋮ ⋮ 79 77.7 99.4 並べ替えても同じ意味勝手に並べ替えてはダメデータセットの対応を見る理由 ★検定の計算方法が変わる ♦ 𝑡検定 • 対応あり：1対の標本による検定 • 対応なし：2標本による検定 ♦ 𝑈検定 • 対応あり：ウィルコクスンの符号付順位和検定 • 対応なし：マン・ホイットニーの検定パラメトリックとノンパラメトリック ★滑らかな分布になっているかどうかパラメトリック 10 60 110 160 210 260 310 360 410 460 実験数 14 12 10 8 6 4 2 0 発現量 At1g56650の発現量（算術平均：137?）実験数 14 12 10 8 6 4 2 0 ノンパラメトリック 10 60 110 160 210 260 310 360 410 460 At5g19840の発現量（算術平均：134）発現量パラメトリックを調べる理由 ★パラメトリック ♦ 𝑡検定 ♦ 𝑈検定 ★ノンパラメトリック ♦ 𝑈検定のみふたつのデータセットの検定パラメトリック対応あり対応のある𝒕検定（1対の標本）対応なし対応のない𝒕検定（2標本）ノンパラメトリックウィルコクスンの検定定（正確には、ウィルコクスンの符の符号付順位和検定）マン・ホイットニーの検の検定チェックポイント・I 1. 対応のあるデータセット、対応のないデータセットとは？ 2. パラメトリック、ノンパラメトリックとは？ 3. ふたつのデータセットに対する検定方法の使い分けは？ 𝑼検定 ★マン・ホイットニーの検定 ♦ 対応のないデータセット • 対応のあるデータセットでも可能 ♦ 注目遺伝子のひとつのデータに注目 • 対照遺伝子の79データに対して大きい個数を数える • 79データ全部で個数を数えて合計する ♦ 検定表で𝑝値を得るマン・ホイットニーの検定の実際注目遺伝子対照遺伝子大きい個数 309 171 10 77 129 0 69 150 0 96 144 0 40 131 0 53 120 0 47 139 0 141 149 6 125 111 3 87 118 0 19 検定表により、危険率 5%で有意もうひとつの𝑼検定 ★ウィルコクスンの検定 ♦ 正確には、ウィルコクスンの符号付順位和検定 ♦ 対応のあるデータセット ♦ 実験ごとに差を計算 • 注目遺伝子の発現量－対照遺伝子の発現量 ♦ 差の絶対値の大きい順に順位づけ ♦ 差が正のときの順位の合計を計算 ♦ 検定表で𝑝値を得るウィルコクスンの検定の実際注目遺伝子対照遺伝子差差の絶対値の順位 309 171 138 1 77 129 -52 6 69 150 -81 4 96 144 -48 7 40 131 -91 3 53 120 -67 5 47 139 -92 2 141 149 -8 10 125 111 14 9 87 118 -31 8 差が正のときの順位の合計 10 検定表により、危険率 5%で有意実用的な𝑼検定 ★𝑹を使います！ ♦ エクセルでは少々手間がかかります ♦ 𝑡検定と併せて実習しますチェックポイント・II 4. マン・ホイットニー検定の手順は？ 5. ウィルコクスンの符号付順位和検定の手順は？ 6. 𝒕検定と𝑼検定の疑問点を書いてください。今日の実習と課題 ★モデルデータで𝑹を使って𝒕検定と𝑼検定を実習します ♦ 今回も「対応のある」検定です ♦ 「test141202.txt」を使います次回までの予習 ★次回は分散分析を紹介します。