生物統計学・第1回統計解析を始める前に

生物統計学・第8回
全体を眺める（5）
主成分分析－3
（生物データを使った実践）
2014年11月18日
生命環境科学域応用生命科学類
尾形善之
今日の流れ
★実践的な主成分分析の解釈
★実習：注目遺伝子についての主成分分析
実践的な寄与率の解釈
寄与率(%) 累積寄与率
第1主成分
72.7
72.7
第2主成分
16.6
89.3
第3主成分
6.7
96.0
第4主成分
2.3
98.3
★累積寄与率が95%までを採用
★第3主成分までが採用される
実践的な負荷量の解釈
★3つの実験グループ
に分かれる
★符号を確認する
♦ 25（枯葉）
• 第1が負、第2はやや負
♦ 9（根）42（花弁）87（葉）
• 第1、第2主成分ともやや正
♦ 27（茎）
• 第1はやや正、第2は負
実践的な得点の解釈
★いくつかの遺伝子
グループに分かれ
る
★符号を確認する
♦ 橙：第1主成分は負
• 注目遺伝子が含まれる
• AT1G56650
♦ 緑：第1、第2とも正
♦ 青：第1は正、第2は負
実践的な負荷量と得点の解釈
★同じ色同士の符号が対応 → 正に関連
★注目遺伝子は枯葉で高発現と予想される
実践的なbiplotの解釈
★橙：枯葉で発現す
る遺伝子
♦ 注目遺伝子あり
★緑：根、花弁、葉
で発現する遺伝子
♦ 生きている組織
★青：茎で発現する
遺伝子
♦ 細胞壁に関連
チェックポイント
★実践的な主成分分析の解釈について、
理解できましたか？
実習：注目遺伝子の主成分分析
★注目遺伝子を含む20遺伝子の18実験
のデータを取り出す
★データを遺伝子について標準化する
★主成分分析を行う
★主成分分析の結果から注目遺伝子の
発現について解釈する（今日の課題で
す）
次回までの予習
★次回からは「t検定」です。
♦ 𝑡検定、𝑈検定について予習しておいてください。

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