PROPOSITION DE SUJET POUR UN CONTRAT DOCTORAL UNIVERSITE DE LA ROCHELLE Ecole doctorale : Laboratoire : ! DSP ! S2I ! CEJEP ! MIA ! LPAH ! SI-MMEA ! CEIR ! L3I ! SORG ! GL ! IPP ! LaSIE ! CRHIA ! LIENSs ! CEREGE Titre : Etude d’un modèle exceptionnel issu de la biodiversité littorale de Charente-‐Maritime : la bactérie iridescente Cellulophaga lytica Financements -‐Projet PEPS CNRS 2014-‐2015 : « MODIRIS (in mobile) » (Resp. Dr Eric Rosenfeld) -‐Dotations de base de l’UMR LIENSS 7266 CNRS -‐ Autres A.O. : ERC et ANR envisagés. Autres demandes au fil de l’eau si besoin Directeur(s) de thèse (nom, grade, HDR,% encadrement actuel) : 75 % Dr Eric Rosenfeld, MCF-‐HDR (Biochimie & Biologie Moléculaire), 0 % d’encadrement actuel 25 % Dr Isabelle Goubet MCF(Biochimie & Biologie Moléculaire), 0 % d’encadrement actuel Temps technicien : 25 % Accès plateforme : Plateforme d’Analyse Haute Résolution de Biomolécules Plateforme cytométrie-‐imagerie http://lienss.univ-‐larochelle.fr/Plateforme-‐cytometrie-‐imagerie Plateforme de Spectrométrie Isotopique http://lienss.univ-‐larochelle.fr/Plateforme-‐de-‐Spectrometrie-‐523 Plateforme Analyses élémentaires (ICP_MS-‐AES, SAA) http://lienss.univ-‐larochelle.fr/Plateforme-‐ Analyses-‐elementaires Descriptif du sujet : L’iridescence est un mode de coloration original rencontré chez certains animaux terrestres (oiseaux, papillons) et des organismes marins (poissons, crabes, diatomées). L’iridescence a été très peu étudiée chez les bactéries. En 2010, nous avons isolé une bactérie marine remarquable (Cellulophaga lytica) dont les colonies présentent une iridescence intense en « paillettes » sous éclairage naturel direct. Suite à cette découverte, nous avons notamment montré que l’iridescence est causée par un quasi-‐ordre de la population de cellules au sein du biofilm. Un tel niveau d’organisation n’avait jamais été décrit chez les bactéries. De plus, un lien étroit existe entre la mobilité par glissement des bactéries (gliding) et la formation des structures multicellulaires iridescentes. Les rôles biologiques et les mécanismes biochimiques (inter)cellulaires impliqués restent inconnus. Nous les étudierons en faisant intervenir également des laboratoires partenaires (La Rochelle, Marseille, Paris, Exeter-‐UK) dont les compétences sont reconnues. La thèse se situera à l’interface de la biochimie et de l’écologie microbiennes, de la biologie moléculaire, des nanosciences et de l’analyse d’image. Insertion dans les axes prioritaires de la Région (argumentaire): Le sujet de thèse s’inscrit principalement dans le pôle 5 (« Milieux naturels et risques environnementaux ») et l’axe 14 (Excellence environnementale). La bactérie marine étudiée, bien que possédant des propriétés remarquables et originales, appartient à une famille de bactéries largement répandue sur le littoral charentais. L’éco-‐biologie de ce type de bactéries est encore peu connue mais pourrait jouer des rôles clés dans les environnements littoraux. De plus, la bactérie peut être utilisée comme modèle pour l’étude de biofilms bactériens. Enfin, elle possède un potentiel biotechnologique important (iridescence, dégradation de biopolymères, mobilité analogue à certaines bactéries pathogènes).