日本語バイオポータルサイトJabion バイオインフォマティクス道具箱菅原秀明1、阿部貴志1、重元康昌2、宮崎智3 1国立遺伝学研究所生命情報・DDBJセンター、2富士通株式会社、 3東京理科大学薬学部バイオインフォマティクス道具箱 (http://www.bioportal.jp/bioinfo/)  これからバイオインフォマティクスを始めたい方からインターネット上のデータ資源をもっと活用したい方まで対象にしています。  「どんなデータを利用できるのか？」、「どんな解析サービスがどこにあるの？」、「どのように解析ツールを使えばいいの？」といった疑問を解決できます。ゲノムメニュー（国立遺伝学研究所）バイオインフォマティクス解析に必要となる様々な生物種ごとにゲノム情報をまとめたものです。ヒトやチンパンジーなど解読されたゲノムを網羅しています。生物種は、和名・学名の両方で検索できます。「ゲノムメニュー」トップページイネゲノムが公開されているDB 一覧が表示される道具箱トップページ Webサービス（国立遺伝学研究所）インターネット上で公開されているデータベースと解析ツールを自由に組み合わせて、利用者が目的に応じた新しい解析ツールを簡単に作成するための素材となるサービス（Webサービス）を開発・提供しています。 Webサービスとは？インターネット上でのアプリケーション間通信を実現する技術です。・一般的にHTTP上で動作し、RPCやXMLでのメッセージ交換を実現する技術。・システム連携をする上で、相互接続性が優れている技術。トップページ (Simple Object Access Protocol (SOAP)を適用したものと定義する) 解析手順(ワークフロー)例の公開 : 比較的一般的に使用される解析を例にWebサービスの使い方の紹介を行っています。ヒト遺伝子の相同性検索ワークフロープログラムがDirectoryを参照して必要なデータ資源を発見する • プログラムが発見したWebサービスを利用して結果を取得するプログラムが取得した結果を手元のデータシステムに格納する手元のデータシステムでの処理を行う。 • Directory service Web services providers Publis h (UDDI, ebXML) Search Service request We services providers 解析ワークフロー(■: 解析に使用するWebサービス) Bind Bind In-house data system Web services providers 目的 – ヒトゲノム遺伝子をデータベース内から探索し、他の生物種の類似遺伝子探索を行い、遺伝子の機能、ならびに進化的な由来を推定する。ワークフロー構築手順の概要 1. Refseqによるヒト遺伝子の探索 2. BLASTXによる相同性検索 3. 相同性検索結果からのベストヒットだった遺伝子の機能・生物種の抽出 Web services providers Work flow described by WSFL/XLANG Refseq ヒト遺伝子配列 (アミノ酸) 抽出 Blastp 出力結果 Stein, L. (2002) Creating a bioinformatics nation, Nature, 417, 119-120 バイオの分野では、解析ツールやDBを統合的に使用するのが一般的。 Web サービスを活用することによって、アクセス方法を標準化し、さまざまな組み合わせの実現を容易にすることが可能。公開されている素材 (現在 68methods) Ensembl 例えば、Ensemblに登録されているヒト遺伝子名でマウスと同じ遺伝子名と同じ遺伝子だけを抽出するといった場合、「Ensembl」メソッドを追加するすれば抽出するが可能バイオメタデータベースの構築と公開（東京理科大学）インターネット上の生物学的データベースの構造とアクセス時のCGIを解析し、利用可能なデータベースとアクセス手法の組み合わせを網羅的にデータベース化し公開している。このメタ情報自身をウェッブサービス化することで、研究者の目的に応じた研究用データを自動的に探索し、取得する仕組みの研究開発へ拡張している。２００５年５月現在の蓄積レコード数は、１７,１６３件に達している。条件設定の詳細レコードの詳細レコードの固有番号 DDBJやNCBIなど、データベース提供期間の名称公開されている DBの名称下記の分類を記述 Complete:マニュアルによる基本情報の査定終了 Finish:査定作業終了 Reviewing:査定中 Exception:CGIの自動解析はできない。 Access denied:ロボットによるアクセスは否定されるもの。ホームページのURLと条件設定のURLはそれぞれのオリジナルサイトへのリンクになっています。画面左下の「検索・解析サービス利用のためのURL解析」ボタンをクリックすると、このデータベースを利用するための条件設定のページ上で使われているHTMLのタグがオリジナルのページとともに別ウィンドウで閲覧できます（次図）。上図は、前ページの「検索・解析サービス利用のためのURL解析」ボタンをクリックして表示したもの。この例は、DDBJで公開されているアクセッション番号からの検索サービスであるgetentryシステムのタグを解析したもの。利用者に入力を期待する各箇所（選択リストやラジオボタンなど）に対応した、 GUI内での名称が（）内に赤字で表示される。このページでは、データベースを指定するためのラジオボタンをdatabaseと総称していることがわかる（上図の青色で囲んだ部分）。