日本語によるバイオ情報ポータルサイトの開発各研究開発項目の紹介【情報研】藤山秋佐夫、武田英明、北本朝展、川本祥子、水田洋子、出宮スウェンミノル、小林悟志、ムリアディ・ヘンドリ、鈴木聡、塚本ゆみ、許山肖子、久木田加津子【遺伝研・DDBJ】菅原秀明、五條堀孝、阿部貴志【東京理科大学】宮崎智【㈱三菱総合研究所】荒木次郎、伊藤武彦、白井康之、近藤隆、市吉伸幸 ●バイオポータル・ウェブサイトの公開以上の技術や研究のもと、2004年11月にウェブサイトを公開しました。 ●雑誌の評価(IF)や文献引用情報を利用した、生命科学文献（NCBI・PubMed）の日本語による検索主な開発、作製項目 用語辞書 バイオコラム 遺伝子百科 生命科学文献検索 日本語ユーザインターフェース バイオインフォ道具箱 –Webサービス –バイオメタデータベース –ゲノムメニュー 日本語版Ensembl マウスをかざすと日本語訳を表示日本語で検索語を入力著名な論文、重要な論文が検索結果の上位に ●日本語ゲノムブラウザ－和サンブル MediaWikiによるオントロジ構築支援 RNA(Semblog)によるニュースサイト リンク集等 •Ensembl（アンサンブル）は Sanger Institute と EBI (European Bioinformatics Institute) の共同開発による、ゲノムブラウザー、ゲノムアノテーション閲覧システムのことです。和サンブルはEnsemblを元に日本語で開発されています。ゲノムの検索にはEnsMart （アンスマート)の起動によってヒトゲノム中にある特定のアミノ酸を持つ遺伝子のリストアップが可能です。さらに遺伝子の上流配列を抽出することも可能です。 ●幅広い生命科学研究者支援 - バイオインフォマティクス道具箱 (遺伝学研究所、DDBJ、東京理科大学）  これからバイオインフォマティクス初心者から上級者まで対象にしています。  「どんなデータを利用できるのか？」、「どんな解析サービスがどこにあるの？」、「どのように解析ツールを使えばいいの？」といった疑問を解決できます。遺伝子情報：遺伝子の数（１）ゲノムメニュー生物種を選ぶバイオインフォマティクス解析に必要となる様々な生物種ごとにゲノム情報をまとめたものです。ヒトやチンパンジーなど解読されたゲノムを網羅しています。生物種は、和名・学名の両方で検索できます。詳細情報（2）Webサービスインターネット上で公開されているデータベースと解析ツールを自由に組み合わせて、利用者が目的に応じた新しい解析ツールを簡単に作成するための素材となるサービス（Webサービス）を開発・提供しています。 Webサービスとはヒト遺伝子の相同性検索ワークフロー・一般的にHTTP上で動作し、RPCやXMLでのメッセージ交換を実現する技術。・システム連携をする上で、相互接続性が優れている技術。 (Simple Object Access Protocol (SOAP)を適用したものと定義する)  プログラムがDirectoryを参照して必要なデータ資源を発見するプログラムが発見したWebサービスを利用して結果を取得する  プログラムが取得した結果を手元のデータシステムに格納する手元のデータシステムでの処理を行う。 Directory service (UDDI, ebXML) Search Service request Web services providers Web services We services providers providers Web services providers ●Semantic MediaWikiによるオントロジ構築支援 •バイオポータルプロジェクトでは，利用者が用語辞書を利用して知らない用語の意味を調べたり，オントロジーをブラウジングすることで関連用語を調べることができるSemantic Web環境の提供を目指している．このような環境をつくるためには，オントロジー言語（RDF, RDFS,OWL)でオントロジーを構築することのできるツールを用意する必要がある解析ワークフロー(■: 解析に使用するWebサービス) Refseq Bind Bind In-house data system Publish 目的  ヒトゲノム遺伝子をデータベース内から探索し、他の生物種の類似遺伝子探索を行い、遺伝子の機能、ならびに進化的な由来を推定する。ワークフロー構築手順の概要  Refseqによるヒト遺伝子の探索  BLASTXによる相同性検索  相同性検索結果からのベストヒットだった遺伝子の機能・生物種の抽出各生物染色体をクリックヒト遺伝子配列 (アミノ酸)抽出 Blastp 出力結果 Work flow described by WSFL/XLANG Ensembl Stein, L. (2002) Creating a bioinformatics nation, Nature, 417, 119-120 バイオの分野では、解析ツールやDBを統合的に使用するのが一般的。 Web サービスを活用することによって、アクセス方法を標準化し、さまざまな組み合わせの実現を容易にすることが可能。例えば、Ensemblに登録されているヒト遺伝子名でマウスと同じ遺伝子名と同じ遺伝子だけを抽出するといった場合、「Ensembl」メソッドを追加するすれば抽出することが可能（３）バイオメタデータベースの構築と公開インターネット上の生物学的データベースの構造とアクセス時のCGIを解析し、利用可能なデータベースとアクセス手法の組み合わせを網羅的にデータベース化し公開している。このメタ情報自身をウェッブサービス化することで、研究者の目的に応じた研究用データを自動的に探索し、取得する仕組みの研究開発へ拡張している。２００５年５月現在の蓄積レコード数は、１７,１６３件に達している。・領域専門家が自分で編集可能なツールの必要性今まで多くのオントロジー構築支援ツールが提案されている．しかしながら，多くのツールは領域専門家が自分で簡単に編集可能なツールではない．このような問題を解決することを真剣に考える必要がある．本研究では，Ｗｉｋｉを拡張し，極めて使いやすいオントロジー構築支援ツールを提案する．・Semantic Wiki ・Wikiの利点: ・即座にページが作れる．・ページ間の関係も作れる．・CMS(Content Management System)である．・Wikiでラベルつきリンクが書けるように拡張．・手軽にＲＤＦ（Resource Description Framework) 相当の情報を書き込み，管理することができる． •RDF Triple: source_page property target_page ラベルつきリンクはsource_pageのページの中で, ->property ->target_page と表現される. レコードの固有番号 DDBJやNCBIなど、データベース提供期間の名称公開されている DBの名称下記の分類を記述 Complete:マニュアルによる基本情報の査定終了 Finish:査定作業終了 Reviewing:査定中 Exception:CGIの自動解析はできない。 Access denied:ロボットによるアクセスは否定されるもの。ホームページのURLと条件設定のURLはそれぞれのオリジナルサイトへのリンクになっています。画面左下の「検索・解析サービス利用のためのURL解析」ボタンをクリックすると、このデータベースを利用するための条件設定のページ上で使われているHTMLのタグがオリジナルのページとともに別ウィンドウで閲覧できます（次図）。 Fig.1: Semantic Media Wikiの編集例． •ラベルつきリンクを表示するためのWiki Syntax: [[term:target_page|property]] http://www.bioportal.jp Fig.2: source_pageの表示例． abion 日本語バイオポータルサイト