High-throughput ligand docking and scoring Uses proprietary as well as literature scoring functions for more accurate predictions Get more accurately docked structures with extensive conformational sampling and rigid-body optimization Cerius2 Datasheet 2 C LigandFit 柔軟なリガンドをタンパク質の活性部位に自動 的にドッキングすることはストラクチャーベース デザインの過程における非常に重要なステッ プです。C2 ・LigandFitはCerius2® 環境にお いて、結合部位探索や柔軟性を考慮したドッ キング、また受容体の結合部位における化合 物の評価を可能にするスコアリング機能など のストラクチャーベースデザイン機能を提供し ます。C2・LigandFitのスコアにより、リガンドの 相補的な特徴やリード候補としての潜在的な 可能性について直接的な洞察を得ることがで きます。 C2・LigandFit は、リガンドー受容体複合体のエ ネルギーを用いて、受容体との結合に最適なリ ガンドの結合モードを自動的に見つけます。確 率的配座探索手法による配座サンプリングか ら最も良い結果が採用されます。柔軟なリガン ドの各原子と剛体としたタンパク質の非結合相 互作用の評価には格子法が使われます。格子 法は完全な力場表現と比べてタンパク質リガン ド間の相互作用の高速かつ正確な近似として 1非常に効果的であることが実証されています 3 。 C2 ・ LigandFit に は LigScore 、 PLP14 、 PLP25、および PMF6 などのいくつかのスコア リング関数が含まれています。さらに、スコアリ ング関数を組み合わせてコンセンサススコアリ ングも実施できます。 利点 C2・LigandFit ではタンパク質のモデルか実 験構造のみを必要とし、天然のリガンドや結合 部位の情報は必要ありません。 リガンドの移動、エネルギーの評価、構造が 2 許容できるものかどうかのチェックは C ・ LigandFit が自動的に行うため、ドッキング計 算中にユーザーが介入する手間を簡略化でき ます。 2 C ・LigandFit は数秒程度でリガンドをはめ ▲C ・LigandFitの流し込み法(Flood Filling法) 2 を用いたHIVプロテアーゼ活性部位の同定 C2・LigandFit は空洞探索アルゴリズムにより 結合部位探索を行います。可能な結合部位が 複数提示され、ユーザーは結合部位の位置を 選択することができます。あるいは、ユーザー は、すでにあるリガンドにより定義された結合 部位を使用することもできます。どちらのケー スにおいても、結合部位のモデルはユーザー の要求に合うよう編集が可能です。これは、タ ンパク質のモデルや実験構造が得られてもそ の結合部位が特定できていないときに特に役 立ちます。 込むことができるくらい簡単かつ直感的です。 高速な柔軟性を考慮したドッキングが行えるこ とにより、一連の化合物が受容体に結合できる かどうかを高速に評価し、優先順位をつけるこ とができます。 特徴 ・流し込み法(Flood Filling 法)による活性部 位探索 ・タンパク質空洞内におけるリガンドの高速配 座探索 ・タンパク質-リガンド相互作用の評価のため の高速な格子法 ・タンパク質-リガンド相互作用エネルギーとリ ガンド内部非結合エネルギーの双方によるス コアリング ・結合部位空洞にドッキングされた配座異性 体の可視化 ・ドッキングされた配座異性体のクラスタリン グ ・複数のスコアリング関数 ・コンセンサススコアリング www.accelrys.com A subsidiary of Pharmacopeia Inc. ©2002 Accelrys Inc. All brands or product names are trademarks of their respective holders. ソフトウェア要件 ・C2・Visualizer modeling 環境 ・C2・OFF 相補的に扱えるソフトウェア ・C2・QSAR+：Cerius2 Study Tables におけ る結果の解析 2 2 ・C ・Ludi：Cerius における de novo デザイ ンとリガンドのスコアリング機能 2 ・C ・SBF：巨大なリガンドデータベースからの ストラクチャーベースフォーカス References 1. B.A. Luty, Z.R. Wasserman, P.F.W. Stouten, C.N. Hodge, M. Zacharias and J.A. McCammon, “Molecular Mechanics/Grid Method for the Evaluation of Ligand-Receptor Interactions,” J. Comp. Chem., 1995, 16, 454-464. 2. N. Pattabiraman, M. Levitt, T.E. Ferrin, and R. Langridge, “Computer Graphics in Real-time Docking with Energy Calculation and Minimization,” J. Comp. Chem. 1985, 6, 432-436. 3. E.C. Meng, B.K. Shoichet, I.D. Kuntz, “Automated Docking with Grid-Based Energy Evaluation,” J.Comp. Chem., 1992, 13, 505-524. 4. D.K. Gehlhaar, G.M. Verkhivker, P.A. Rejto, C.J. Sherman, D.B. Fogel, L.J. Fogel, and S.T. Freer, “Molecular Recognition of the Inhibitor AG-1343 by HIV-1 Protease: Conformational Flexible Docking by Evolutionary Programming,” Chemistry and Biology, 1995, 2, 317-324. 5. D.K. Gehlhaar, D. Bouzida, and P.A. Rejto, “Rational Drug Design: Novel Methodology and Practical Applications,” American Chemical Society, 1999, 292-311, L.Parrill, M. Rami Reddy, Eds., Washington, D.C. 6. I. Muegge and Y.C. Martin, “A General and Fast Scoring Function for Protein-Ligand Interactions: A Simplified Potential Approach,” J. Med. Chem. 1999, 42, 791-804. 7. C.M. Venkatachalam, X. Jiang, T. Oldfield, and M. Waldman, "LigandFit: A Novel method for the Shape-Directed Rapid Docking of Ligands to Protein Active Sites", J. Mol. Graphics Modeling, submitted - 2002. Accelrys Corporate Headquarters Accelrys European Headquarters Accelrys Asia Headquarters 9685 Scranton Road 334 Cambridge Science Park Nakarin - Auto Building SF, San Diego, CA 92121-3752, USA Cambridge, CB4 0WN, UK 2-8-4 Shinkawa, Tel: +1 858 799 5000 Tel: +44 1223 228500 Chuo-ku, Tokyo 104-0003, Japan A subsidiary of Pharmacopeia Inc. Tel: +81 3 3206 3575 ■お問い合わせ先 ダイキン工業株式会社 電子システム事業部 SCグループ 108-0075 東京都港区港南2-18-1 JR品川イーストビル TEL：03-6716-0460 URL：http://www.comtec.daikin.co.jp/SC/ LS-DS-044-A
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