仕様書【PDF：100KB】

合成時解読法(ＳＢＳ)用難読シーケン
ス対応サンプル調製試薬（単価契約）
仕様書
※ 本仕様書は、予告なしに修正又は訂正する場合があります。
その際は、当機構ホームページ上にて仕様書の修正又は正誤表等を
公示いたしますので、必ずご確認下さい。
独立行政法人製品評価技術基盤機構
１．目的
独立行政法人製品評価技術基盤機構（以下「当機構」という。）バイオテクノロジー
センター（以下「バイオセンター」という。）では、「産業界のニーズを踏まえ、産業
上有用な遺伝子情報等を収集、整理し、提供する」、「産業界のニーズに基づき、企業
や公設試験所機関等との共同事業を実施する」等の業務を行っている。
これらの業務では、高速解析ゲノムシーケンサーやマルチ処理小型シーケンサーを活
用して、様々なサンプルから DNA 試料の解析を行うが、サンプルの中には、GC 含量が 70%
以上あって、ゲノムサイズが巨大（800 万～3000 万塩基）であるため難読となっている
Streptomyces 属等が含まれており、通常のサンプル調製法では解析が困難である。この
ため、難読シーケンスに対応した当該サンプル調製試薬を調達するものである。
また、高速解析ゲノムシーケンサーやマルチ処理小型シーケンサーは、合成時解読法
（SBS：Sequencing by Syntheses）により大量の塩基配列の解読を行うものであるが、
前段階のサンプル調製において、断片化した DNA 試料の、①フラグメント末端の平滑化、
②3'末端アデニン付加、③アダプタ添加・精製、の３工程を行っている。この反応に使
用するサンプル調製試薬は長期保存が利かず、随時必要量を確保することが不可欠であ
る。よって、本単価契約を締結するものである。
２．契約期間
平成２８年４月１日～平成２９年３月３１日
３．予定数量
１２個（２８８サンプル分）
４．仕様
本試薬は、バイオセンター保有のイルミナ株式会社製「HiSeq 1000 システム」及び
「MiSeq システム」に使用できるもので、以下の仕様を満たしていること。
(1) サンプル DNA の量
本試薬を使って微生物の合成時解読法用サンプルを調製するとき、供するサンプル
DNA は 1.0μg～2.0μg の量でサンプル調製できること。
(2) 両端の平滑化、3'末端アデニン付加、アダプタ添加
フラグメント末端の平滑化や、3'末端へのアデニンの付加、アダプタのライゲーショ
ンによるサンプル DNA の調製などは、サーマルサイクラーへ PCR チューブをセットし
て行うが、これらの反応に必要な DNA ライゲース、反応用バッファー等を組成とする
キットが付属していること。また、各反応用試薬は一部を除き簡便化のためマスター
ミックスの状態であること。
(3) アダプタインデックスの種類
1 フローセルあたり HiSeq 1000 システムの場合で最大 192 種類（1 レーンあたり 24
種類）が利用可能な数のアダプタインデックスを提供すること。なお、1 キットのみ
で同数を提供できない場合、複数のキットの組合せを行っても良いものとする。
(4) 平均フラグメント長
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断片化された DNA サンプル（平均長 200bp）に対し、100bp ペアエンドシーケンスを
行う場合、本試薬を使ったサンプル調製の結果、必要とする平均フラグメント長 300bp
以上の有効な DNA 断片（アダプタが両端に付加されたもの）が得られること。
(5) 梱包
梱包は、２４サンプル分を１単位とすること。
(6) 品質保持期間
キットを構成する各試薬の品質保持期間が、納品後２ヶ月以上あること。但し、品
質保持のために維持すべき保存温度は、常温から-80℃までの範囲内とする。
５．発注
必要量を随時発注するものとする。
なお、発注方法等については当機構バイオセンター産業連携推進課職員（以下「担当
職員」という。）と協議の上、決定する。
６．納期
納期は、原則、発注から１ヶ月以内（土、日、祝日、年末年始（12 月 29 日～1 月 3
日）及び当機構創立記念日（毎年 5 月 1 日）を除く。）とする。また、品質不良による
代替品についても同様とする。
なお、１回あたりの発注量が大規模の場合は、担当職員と協議の上、納期を決定する。
７．納入場所
東京都渋谷区西原２－４９－１０
当機構
別館３階
試薬保管室
（別３南３３０）
８．その他
(1) 本契約における予定数量は、現在の見込み数量であり、この数量を保証するもので
はない。予定数量に変動があった場合においても契約単価にて納入すること。
(2) 輸送用梱包材は回収すること。
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