血液・DNA 検体から行うエクソームシーケンス解析業務仕様書平成 26 年 12 月独立行政法人国立循環器病研究センター 1. 件名血液・DNA 検体から行うエクソームシーケンス解析業務 2. 概要次世代シーケンサーHiSeq を用いてヒト CDS 領域およびミトコンドリアのゲノム塩基配列を取得する。 3. 納期平成27年3月10日 4. 件数 110検体（各検体は順次送付する） 5. 作業対象・検体：ゲノムDNA 5µg以上(100ng/ µl以上) 6. 作業内容（１）供与サンプルの品質を電気泳動および濃度測定により確認する。（２）サンプルを数百bpに物理的に断片化を行い、二本鎖DNAの両末端に異なるタグ配列を有するアダプターを付加したフラグメントライブラリーを作製する。（３）ターゲット領域の濃縮は、SureSelect Human All Exon V5 ＋ mtDNA（アジレント・テクノロジー社）およびリキッドハンドリングシステムBRAVO（アジレント・テクノロジー社）（同等品でも可）を用いて行う。（４）タグ付き濃縮DNAライブラリー6検体分を等量混合し、シーケンスライブラリー1件とする。（５）作製したシーケンスライブラリー1件について、次世代シーケンサーHiSeq（イルミナ社）を用いて100base両末端シーケンスを行う（1検体あたり5000万リード相当のデータを取得する）。（６）シーケンサー付属のソフトウェアにより塩基配列（fastqファイル）を得る。（７）タグ配列に基づき塩基配列（fastqファイル）を分類する。 7. 受託者条件・解析が滞りなく進むために、10 台程度の HiSeq を保有または保有予定であること。・信頼できる解析結果を得るため、本解析に用いる SureSelect Human All Exon V5 ＋ mtDNA（アジレント・テクノロジー社）およびシーケンスシステム（イルミナ社）の両社サービスプロバイダーの認定を解析実施会社は得ていること。・解析検体および解析結果の機密性を確保するため、解析検体は国外に持ち出さず、国内対応可能な施設であること。また、仕様書記載の一連の作業を一施設内で実施できること。 (※上記３点について代理店が応札する場合は、業務履行予定業者が要件を満たすこと) ・代理店が応札する場合は、業務履行予定業者と連携し適切な業務を遂行できることを証明できること。また適切な連絡体制をとることができることを証明できること。 8. 入札参加時に提出する書類・仕様書に定める要件を有する作業環境を証明する書類（機器リスト、プロバイダ認定を証明する書類）・解析実施予定の施設名及び住所を示した書類 (※上記２点について代理店が応札する場合は、業務履行予定業者に関する書類を提出すること) ・代理店が応札する場合は、業務履行予定業者と連携し適切な業務を遂行できることを証明できる書類。また適切な連絡体制をとることができることを証明できる書類(代理店証明書及び連絡体制表等) 9. 納品物・解析報告書（日本語）・解析データ（fastq形式）：ハードディスクに記録し納品する。 10. 納入場所独立行政法人国立循環器病研究センター 11. その他・本仕様書に定めのない事項に際し疑事が生じた場合、速やかに国立循環器病研究センターの担当者と協議を行い、双方合意のもとで作業を進めること。・残余供与検体は、各検体種別に対する適切な方法にて破棄または返却すること。・国立循環器病研究センター側の担当者が希望した場合、視察を受け入れることが可能であること。・業務の実施に伴い適用を受ける法令・規則・基準、および本センター規則・規程を遵守すること。・業務の実施に際し、判断に窮する場合は本センター担当者と協議すること。・本業務により、作成された資料・データ等は、すべて発注者に帰属する。・発注者は請負者に対し、委託業務の実況等に関し、随時に書面または口頭による報告を求めることが出来る。・業務の特質及び秘匿性上、受託者が業務の実施に当たって知り得た情報等は、本作業の目的以外に利用してはならない。また、他に情報を漏らしてはならないものとする。代理店が応札した場合は、代理店及び履行予定者の両方がこの義務を負うものとする。・解析にかかる費用や送料にかかる費用等、本業務実施に要する全ての費用を含んだ上で応札すること。・当該業務を行う際は、血液・DNA 解析に対し専門的な知識をもってして細心の注意を払い業務を遂行すること。・本業務の実施にあたり、細部について不明な点がある場合は、その都度発注者と協議するものとする。・緊急時には国立循環器病研究センター担当者に速やかに連絡を行うものとする。以上