「新規の完全長ゲノムを作りたい」 The ３rd Next Generation Sequence 「遺伝子のアイソフォームを決めたい」 「リピートが多い配列を読みたい」 um h m i Maxd lengt rea PacBio RSⅡ b k 40 受託サービスのご案内 受託サービスのご案 ご案 案内 PacBio RSⅡとは 最大の特長は、従来のシーケンサーと比べて、圧倒的に長いリードを獲得できること。 例えば、バクテリアの完全長ゲノム配列を作成する、 スプライシングバリアントの配列を読み 分ける、 リピート配列をシーケンスするなど、様々な場面でその威力を発揮します。 また、1分子レベルでリアルタイムに塩基を読み取る SMRTシーケンシング技術により、増幅 によるGCバイアスのリスクを排除できる、高精度な「第3世代次世代シーケンサー」 です。 従来法（Ex. Illumina HiSeq2000, paired end ） との比較 ∼ 250bp リード長 ∼ 40,000bp 約 4億リード／lane リード数 約 6万リード／Cell 約 60Gb／lane データ量 約 0.5∼1Gb／Cell 変異解析、発現解析 など 主な利用目的 以下に詳細記載 Illumina HiSeq 2000 PacBio RSⅡ 超ロングリードだから有効となるアプリケーション例 完全長ゲノムDNAの作成 リピート配列のシーケンス mRNAアイソフォームのリストアップ ショートリードから作成したコンティグをつなげる 方法では埋まりきらないGAPが、超ロングリードで はできにくい。 ショートリードだと長いリピート配列を繋げられな いが、 リードサイズが大きければ、 リピートエリア 全体の配列決定が可能。 ショートリードを繋げる方法では由来のアイソフォ ームを判別しにくいが、超ロングリードならばスプ ライシングのバリエーションも容易に検出可能。 Short-read sequence read Short-read sequence read contig GAP contig AGTC AA TC AAAA contig A AAAAA AAAA AAAAAA AA AA AA AA contig read Genome ×n ？？ AAAA AT AA ATGC GAP Pac Bio RSⅡ Super Long-read sequence Exon A Exon B Exon C Exon D Transcript contig isoform 1 Exon A Exon B isoform 2 Exon A Pac Bio RSⅡ AGTC AAAAAAAAAAAAAAA ATGC Super Long-read sequence Exon D Pac Bio RSⅡ Super Long-read sequence Exon D Pac Bio RSⅡ Super Long-read sequence isoform 3 Pac Bio RSⅡ Exon B Exon C Exon D Super Long-read sequence m imu h Maxd lengt rea PacBio RSⅡ b k 0 4 テクニカルデータ （リード長、 コンセンサス精度） 4000 カバレッジあたりの精度 リード長とリード数の相関 70.0 （1 SMRT Cell : 約 0.5 ∼ 1 Gb） Number of Reads 3000 60.0 >14kb PacBioの分析単位で ある 「1SMRT Cell」 で獲得で きるデータ量は、0.5∼1Gb。 ゲノムサイズの小さな生物で あれば、 アセンブリに十分な カバレッジを得られます。 目的に適した Cell数の設定 など、 お気軽にお問い合わ せください。 50.0 QV N50 2000 Top 5% > 24kb QV 50.0 = 99.999% 40.0 30.0 1000 最大 > 40kb 20.0 500 0 5000 10000 15000 20000 25000 20 ×30 30000 40 60 80 100 Coverage Aligned to Reference Read Length 99.999％以上の正確なコンセンサス配列。 最大リード長 40kb、平均リード長 10kb以上。 数千塩基レベルのリード長を獲得することができる 「P6-C4 Chemistry」は、 ゲノム全体を調べ、様々な構 造変化を網羅的に把握することに長けています。 また、mRNAなどの転写産物の全長を１リード内に 収めることも可能であるため、高い精度でアイソフ ォームを同定することもできる技術です。 PCR Free であるため増幅時のエラーやGCバイアス の影響を受けることもなく、偏ったシーケンスエラー もないため、非常に精度の高いコンセンサス配列を 得ることができます。得られたロングリードは、ホー ルゲノムで一般的なカバレッジ ×30 で 99.999%の コンセンサス精度を超え、de novo アセンブリやタ ーゲットリシーケンスに非常に効果的です。 価格・サンプル条件 等 価 格 Ex. ゲノムサイズ 10Mb の微生物の完全長ゲノム構築の場合 ゲノムDNA の場合 ￥157,000（税別） ゲノムサイズ ：10Mb 必要 coverage ※4 必要 設定データ量 ：×100 ：10Mb × 100coverage = 1 Gb ￥231,000（税別） 必要 SMRT Cell 数 ：2 Cells（ 1Gb = 0.5Gb/ Cell ×2 ） ￥140 140,000 000（税別） シーケンス費用 ライブラリー調製／サンプル ※1 RNA の場合 ライブラリー調製／サンプル ※1 シーケンス／1 SMRT Cell ※2, 3 ライブラリー調製費用 ：￥ 157,000 × 1サンプル ：￥ 140,000 × 2 SMRT Cells ：￥ 437,000 【合計】 ※1：ライブラリー調製 1回あたり、6 Cell 分まで実施可能です。 ※4：完全長ゲノム構築の目安は ×100∼200 です。 ※2：1SMRT Cell あたりの獲得データ量は 約0.5∼1Gb です。ただし、サンプルに よって獲得データ量は変動するため、 あくまで目安となります。 ※3：データ解析（アセンブル）の費用を含みます。 サンプル条件 ゲノムDNAの場合 RNA の場合 種 類 精製済み ゲノムDNA 精製済み total RNA 必要量 8μg 以上 1μg 以上 濃 度 50 ng / μL 以上 50 ng / μL 以上 溶 媒 Tris-HCl（ pH8.0 ） TE-Buffer 等 その他 A260/A280 ：1.8 以上 A260/A230 ：1.8 以上 その他、多彩なシーケンサーをご用意して おりますので、様々なニーズに対応可能です。 お問い合わせをお待ちしております。 Ion Proton ※ RIN値 ：7 以上 rRNA ratio ：1.5 以上 HiSeq 2000/2500/4000 Ion PGM ご依頼内容によってサンプル条件が変わる場合もございます。 まずはお問い合わせください。 当サービスの詳細な情報を掲載したウェブサイトをご用意していま す。右のQRコードもしくは、下記ウェブサイトURLよりご確認下さい。 HiSeq X ten GS-FLX/FLX+ 商品情報ウェブサイトURL MiSeq http://aproscience.com/item/795/ ※HiSeq4000（100bp, paired end, 60Gb/lane） を導入しました。 株式会社 アプロサイエンス 088-683-7211 [email protected] http://aproscience.com/ 【本社】 〒771-0360 徳島県鳴門市瀬戸町明神字板屋島124-4 TEL：088-683-7211 FAX：088-683-7212 【東京本部】 〒101-0051 東京都千代田区神田神保町2-34-7 TEL：03-6272-9301 FAX：03-6272-9302 注意事項 ※希望販売価格は参考であり、販売店からの販売価格ではありません。記載の希望販売価格は2015年8月現在の希望販売価格です。予告なしに改定される場合がありますので、 ご注文の際にご確認ください。
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