RNA-Seq ~発現値算出~ 発現値算出の方法は、6 種類 (CLCのデフォルトはRPKM) 1. RPKM (Reads Per Kilobase of exon model per Million mapped reads)→次のスライドに算出方法記載 2. その遺伝子に特異的にマップされたRead数 3. その遺伝子にマップされた全てのRead数 4. そのExonに特異的にマップされたRead数 5. そのExonにマップされた全てのRead数 6. Exon-Exonジャンクションを除く、全てのReadがカバーして いる、ExonあたりのRead数のMedian Copyright 2011 Wor ld Fusion Co.,Ltd. All right .reser ved. RPKM (Reads Per K ilobase of exon per Million mapped reads) 9 10 x R= RNA -Seq Analysis その転写産物の Exonにマップされる Readの本数 C 実験にて観測された マップ可能な全ての Readの本数 N 遺伝子単位の発現量を、 サンプル全体の発現量と の比で表現している RPKM = x 転写産物単位の、 Exon全ての塩基数 L 長いmRNAはより多くの Readが読まれるので、 mRNAの長さで補正 total exon reads mapped reads(millions)exon length (KB) Copyright 2011 Wor ld Fusion Co.,Ltd. All right .reser ved.
© Copyright 2024 ExpyDoc
![20110123orch_setting [更新済み] - KazuyaNagae](http://s3.expydoc.com/store/data/000440954_1-aecfbd1a8cb1cd6fdf77baef01280f33-250x500.png)
