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質量量分析受託解析サービス
プロテオミクス研究技術⽀支援のご案内
神⼾戸理理研の質量量分析室では、共同研究の形で各種プロテオミクス解析の研究技術⽀支援に
取り組んでおります。専任の研究員が、研究者の各々のニーズに合わせて対応し、プロ
テオミクス研究の遂⾏行行をサポートします。研究⽬目的に合わせてご活⽤用ください。
主な⽀支援内容
・SDS-‐‑‒PAGEサンプルからのタンパク質の同定解析
・翻訳後修飾解析（リン酸化、Ub化、SUMO化、メチル化、その他）
・その他プロテオミクス解析
設備紹介
LC-‐‑‒MS/MSシステム (イオン源 nano-‐‑‒ESI)
1) ADVANCED UHPLC (MichromBioResources社) + Orbitrap Velos Pro (ThermoFisher社)
2) Paradigm MS4 (MichromBioResources社) + LTQ Finnigan (ThermoFisher社)
プロテオミクス解析データベース＆Software
MASCOT (MATRIX SCIENCE社) Scaﬀold(MATRIX SCIENCE社) Proteome Discoverer(ThermoFisher社)
【連絡先】
理理化学研究所ライフサイエンス技術基盤研究センター
分⼦子配列列⽐比較解析ユニット質量量分析担当：中川
場所：理理研神⼾戸地区 CDB建物内 A棟7階S705 Tel：078-‐‑‒306-‐‑‒3046
Email：mass-‐‑‒[email protected]
研究室HP http://www.clst.riken.jp/activity/dynamicimaging_̲group5_̲team5.html
【⽀支援内容詳細】
タンパク質の同定：SDS-‐‑‒PAGEで得られたゲル断⽚片から、質量量分析(LC-‐‑‒MS/MS)にてゲ
ルに含まれるタンパク質を同定します。⼀一つのゲル⽚片から複数のタンパクを同定可能です。
解析はすべて当⽅方で⾏行行い、同定結果をタンパク質リストとして返却します。結果評価につ
いてのディスカッションにも応じますので、マス解析が初めての⽅方でも気軽にタンパク質
同定解析を⾏行行うことができます。
1ゲル⽚片
【解析料料】
１ゲル⽚片につき：16,000円
複合体構成因⼦子群の同定解析１レーンにつき*：85,000円
*当⽅方で適当なサイズのゲル⽚片に切切り分けてすべてのバンドを同定します。
1 レーン【必要なタンパク量量】：≧ fmol (≒ng)、銀染⾊色でバンドが⽬目視できる程度度。
翻訳後修飾解析：リン酸化、メチル化、SUMO化、ユビキチン化などにより修飾されて
いるタンパク質の修飾アミノ酸残基を質量量分析により同定することが可能です。
（未知の修飾については当⽅方の質量量分析計では同定できません。）
【解析料料】
１ゲル⽚片につき：16,000円
【必要なタンパク量量】：≧ pmol (≒µg)、CBBではっきり濃く染まる程度度
その他：各種プロテオミクス解析（試験運⽤用中）：粗精製したタンパク混合液のショット
ガン解析等は、ご要望に合わせて対応いたします。解析を始める前にご所属研究室⻑⾧長も含め
た打ち合わせにより詳細を検討させていただきますので、ご相談ください。
【解析料料】要相談。
その他Mass spectrometryを⽤用いた解析につきましては、別途ご相談下さい。
【解析の流流れ】
共同研究の申し込み（メール対応可）
事前打ち合わせ（メール対応可）
サンプルの受け渡し（クール便便による郵送可）
ゲル⽚片サンプルの場合
レーン解析の場合
質量量分析室で解析
マス測定⽤用ペプチドサンプルの調製
↓
LC-‐‑‒MS/MS測定
↓
MASCOTによるデータベース検索索
ゲルを切切り分けずに
ハイブリバック等に保存
結果報告（e-‐‑‒mail）
切切り出して1.5ml tubeに保存
★ 事前にゲル画像から⽬目的のバンドが同定可能か等、ご相談に応じます。
★ 解析に関する事前のご相談、解析結果についてのディスカッション、
部屋や装置の⾒見見学等、お気軽にご連絡ください。
★ 研究内容の背景／概要および⽬目的、解析試料料の由来など解析の詳細を
お聞かせ頂きますので、ご協⼒力力のほどよろしくお願いいたします。
★ 解析は必ず所属⻑⾧長の承認を得た上でお申し込みください。
MASCOT server
（神⼾戸研所内ネットワーク専⽤用）
Scaﬀold ⼜又は Proteome Discoverer
データファイルの作成
（所外にも対応可能）
【実績】
1. 
Nishibuchi G, et al. N-‐terminal phosphoryla8on of HP1α increases its nucleosome-‐binding speciﬁcity. Nucleic Acids Res. 42 12498-‐12511. (2014) [PubMed] 2. 
Nishibuchi G, et al. Physical and Func8onal Interac8ons between the Histone H3K4 Demethylase KDM5A and the Nucleosome Remodeling and Deacetylase (NuRD) Complex. J Biol Chem. 289, 28956-‐28970. (2014) [PubMed] 3. 
Izumi H, et al. p54nrb/NonO and PSF promote U snRNA nuclear export by accelera8ng its export complex assembly. Nucleic Acids Res. 42, 3998-‐4007. (2014) [PubMed] 4. 
Kamata K, et al. The N-‐terminus and Tudor domains of Sgf29 are important for its heterochroma8n boundary forma8on func8on. J Biochem. 155, 159-‐171. (2014) [PubMed] 5. 
Kamata K, et al. C-‐terminus of the Sgf73 subunit of SAGA and SLIK is important for reten8on in the larger complex and for heterochroma8n boundary func8on. Genes Cells. 18, 823-‐837. (2013) [PubMed] 6. 
Kuroha, K., et al. The Upf complex interacts with aberrant products derived from mRNAs containing a premature termina8on codon and facilitates their proteasomal degrada8on. J Biol Chem. 288, 28630-‐28640. (2013) [PubMed] 7. 
Tsutsui T, et al. Mediator complex recruits epigene8c regulators via its two cyclin-‐dependent kinase subunits to repress transcrip8on of immune-‐
response genes. J Biol Chem. 288, 20955-‐20965, (2013) [PubMed]
8. 
9. 
Terabayashi, T., et al. Phosphoryla8on of Kif26b promotes its polyubiqui8na8on and subsequent proteasomal degrada8on during kidney development. PLoS One. 7, e39714. (2012) [PubMed]
Shiomi, Y., et al. Two diﬀerent replica8on factor C proteins, Cc18 and RFC1, separately control PCNA-‐CRL4Cdt2-‐mediated Cdt1 proteolysis during S phase and following UV irradia8on. Mol Cell Biol. 32, 2279-‐2288. (2012) [PubMed]
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