1 Handbooks BioSample Handbook 公開日: 2014年3月17日; 最終更新日: 2015年6月3日 BioSample BioSample について概要サンプルリファレンスバイオサンプルサンプルの属性生物名 XML スキーマメタデータ Submitter General info Sample type Attributes Publications Comments BioSample への登録サンプルの登録新規サンプルの登録アクセッション番号サンプルの公開サンプルの更新免責事項 BioSample BioSample について概要 BioSample はデータベースに登録されている実験データを得るのに使われたサンプルに関する情報を管理するデータベースです。以下の図は BioSample がどのように他の DDBJ のデータベースとリンクしているかを示しています。この例は，データと二つの BioSample，三つの BioProject，一つの Umbrella BioProject から構成されています。ユーザは BioProject または BioSample データベースを検索し，目的のレコードを取得，そこからのリンクをたどることによって DDBJ，DRA に登録されている関連する実験データを得ることができます。 BioSample Handbook Handbook 2 BioSample と他の DDBJ データベースとの連携サンプル DDBJ のデータベースに登録されているサンプルが多様であること，また，サンプルの適切な記載方法が研究内容により異なることから BioSample の定義は柔軟なものになっています。 BioSample の典型的な例としては，セルライン，組織の生検，生物個体や環境サンプルなどが挙げられます。 BioSample はサンプルについての以下のような情報を含みます: 生物種採取された生物試料，例: 器官，組織，セルタイプ表現型 - 疾患や個人の医学的な情報などヒトに関する情報とそれへのアクセスは適用される全ての倫理的な要請を満たしている必要があります。 DDBJ BioSample データベースはアクセスを制限する仕組みを持っていないため，プライバシーに抵触する可能性のあるヒト由来サンプルを登録することはできません。リファレンスバイオサンプル BioSample に登録されたサンプルの一部は，多くの実験で共通に使用されるかもしれません。ここではこのようなサンプルセットのことを " リファレンスバイオサンプル (reference biosample)" と呼びます。リファレンスバイオサンプルの例としては，広く使われているセルラインやマウスの系統が挙げられます。 BioSample では広く使われているサンプルが事前に BioSample にカタログ化されており，すぐに引用できるようになっています。これは，登録者が新しい実験データを DDBJ/EBI/NCBI に登録する度に，汎用的なサンプルを毎回 BioSample に登録しなくても済むようにするためです。現在，リファレンスバイオサンプルには ATCC と Coriell が含まれています。サンプルの属性 BioSample レコードを構成する主要部分は「サンプル属性」です。属性にはセルタイプ，採取地や表現型などの情報を記載することができ，対象となるサンプルを定義します。 BioSample の属性は構造化された「属性名:値」 (name:value) の組として表現されます。例) tissue:liver BioSample は属性名にコントロールされた語句 ("辞書") を使うことをサポートしています。 DDBJ BioSample に実装された最初の辞書は Genomics Standards Consortium によって作成されたゲノム，メタゲノム，ターゲットローカスの記載を標準化するために最低限必要な情報を定めた MIxS チェックリストです。 MIxS チェックリストについては Nature Biotechnology 29, 415–420 (2011) | doi: 10.1038/nbt.1823 (PMID:21552244 ) を参照してください。 BioSample Handbook Handbook 3 MIxS チェックリスト生物名 BioSample の organism に記載する生物名については「生物名について」をご覧ください。以前は微生物などで完全長ゲノム配列を登録する場合，種の学名に加えて strain などの名称を organism に含めて記載していましたが，現在は学名のみの記載を原則としています。strain 名は BioSample の strain に記入します。関連するお知らせ: 生物の株情報を管理する方法が変更になります XML スキーマ BioSample の XML スキーマ。今後変更される可能性があります。 biosample.xsd メタデータ必須* 条件によって必須* Submitter Contact Pe rs on 登録者情報。登録に関する連絡はここに記載された E-mail アドレス宛てに行われます。必要な人数分作成します。連絡先情報は DDBJ スタッフが登録者に連絡するために使われ，一般に公開されることはありません。連絡先情報のかわりに研究者の所属する組織に関する情報が公開されます。 First name * 登録者の first name。 Last name * 登録者の last name。 E-mail* E-mail アドレス。所属する組織ドメインのメールアドレスを指定してください。 O rg aniz ation Organization コンタクトパーソンが所属する組織。 Submitting organization* 組織のフルネーム。 Submitting organization URL 登録者が所属する組織の URL。 Data Re le as e "Hold" か "Release" のどちらかを選びます。公開予定日を指定することはできません。データ公開の仕組みについてはデータ公開をご覧ください。 Release 登録したサンプルは査定された後，公開されます。 Hold この BioSample ID を引用している DDBJ，DRA，DTA レコードが公開されると同時に公開されます。この BioSample ID を引 BioSample Handbook Handbook 4 用している非公開の DDBJ レコードが公開されることはありません。 General info External Links サンプルに直接関連するリソースの URL とそれに付けるラベル (表示名)。 Link description サンプルに関連するウェブサイトの表示名。 URL ウェブサイトの URL。 Sample type Core Packag e Genome, metagenome or marker sequences (MIxS compliant) ゲノム，メタゲノムやマーカー配列の場合に使用します。ゲノム，メタゲノムやマーカー配列が由来するサンプルの記載方法を標準化するため Genome Standards Consortium (GSC) が策定した属性が使われます。MIxS が定めた必須属性があるかどうかで MIxS を満たしているかどうかが検証されます。MIxS についての詳細は GSC ウェブサイトをご覧ください。 Other samples (e.g. transcriptome, epigenetics etc) transcriptome, epig enetics など，どのようなサンプルタイプにも使用することができます。一般的な属性と登録者が作成するカスタム属性で記述されます。 MIxS (Meta)Genomic Sequences Sample (MIMS) Enviro nmental/Metageno me Geno mic Sequences 環境サンプルの説明もご参照ください。 Genomic Sequences Sample (MIGS) Cultured Bacterial/Archaeal Geno mic Sequences Eukaryo tic Geno mic Sequences Viral Geno mic Sequences 特定宿主から確実に回収できる内部共生生物、多くの cyanobacteria のように容易に同定可能であるが培養ができない生物、純粋培養は不可能でも罹患植物から確実に回収できる phytoplasmas といった対象は環境サンプルとは扱いません。 "Cultured Bacterial/Archaeal", "Eukaryotic", "Viral" のいずれかを選択します Marker Sequences Sample (MIMARKS) Specimen Marker Sequences Survey related Marker Sequences MIMARKS specimen: for marker g ene (e.g ., COI) sequences obtained from any material identifiable by means of specimens MIMARKS survey: for uncultured diversity marker g ene (e.g ., 16S rRNA, 18S rRNA, nif, amoA, rpo) surveys Environme ntal packag e Environmental package (MIxS Sample) 以下のパッケージから適切なものを選びます。パッケージ毎に必要とされる属性が追加されます。 "Environmental/Metag enome Genomic Sequences" と "Survey related Marker Sequences" のときは No packag e BioSample Handbook Handbook 5 を選択できません。 No package air ho st-asso ciated human-asso ciated human-gut human-o ral human-skin human-vaginal micro bial mat/bio film miscellaneo us o r artificial plant-asso ciated sediment so il wastewater/sludge water Attributes Sample attributes 属性のリストモデルごとにカスタマイズされた BioSample ワークシートをダウンロードします。ワークシートはタブ区切りテキストファイルでスプレッドシートプログラムやテキストエディタで開くことができます。 Attributes サンプル属性のリスト。必須項目に加えて，いくつかの推奨項目があります。BioSample データをより役立つものにするため，手に入る全ての情報を登録してください。登録システムが，一般的に使われている属性を標準化された名称とともに提供します。登録を準備する際は，属性のリストを参照し，該当する項目を入力してください。リストにない情報を持っている場合は Custom Attribute を作成することができます。 Publications PubMed ID サンプルに直接関係する文献の PubMed ID を入力してください。文献情報は PubMed レコードから自動的に取得されます。 DO I DOI PubMed ID がない場合は DOI を入力してください。文献に関する以下の詳細情報を提供してください。 Reference title * Journal title * Year* Volume * Issue * Pages from* Pages to* BioSample Handbook Handbook 6 First name * MI ミドルイニシャル。 Last name * Suffix This publication has multiple authors チェックすると入力した著者名に "et al" が付け足されます。 Comments Private comments to DDBJ staff DDBJ スタッフへのコメント。コメントは内部的に使用されるだけで，公開されるレコードには含まれません。 BioSample への登録ヒトを対象とした研究データの登録についてヒトを対象とした全ての研究において DDBJ に送付するデータの由来である個人 (被験者) の情報・プライバシーは，適用されるべき法律，規定，登録者が所属している機関の方針に従い，登録者の責任において保護されている必要があります。原則として，被験者を直接特定し得る参照情報は，登録データから取り除いてください。ヒトを対象とした研究データを登録する場合は「ヒトを対象とした研究データの登録について」をご覧ください。サンプルの登録新規サンプルの登録アカウント Handbook に従いアカウントを取得します。 D-way ウェブサイトの上部にある "BioSample" メニューから BioSample 登録ページに移動します。 BioSample ページ内の [Submit new Sample] をクリックし，新規サンプル登録を作成します。 BioSample の新規登録作成 BioSample を新規登録する場合は左のタブから順番に内容を英語で入力していきます。二段目が BioSample になります。登録者などの情報は DRA Submission で入力した内容が引き写されます。各項目の説明はこちらを参照してください。 BioSample Handbook Handbook 7 BioSample の登録 "SAMPLE TYPE" でサンプルの種類を選択します。ゲノム配列を取得したサンプルの場合，MIxS 基準を満たしたサンプル記述をする必要があります。 Sample type についてはこちらを参照してください。 Sample type の選択 Sample type に応じた属性入力用テンプレートファイルをダウンロードします。必須・任意・ユーザが定義した一連の属性でサンプルを記述することが，登録作業の中心になります。サンプル属性テンプレートファイルのダウンロードファイルはタブで区切られているので，エクセルなどの表計算ソフトで編集することができます。一行目には属性名が記載されています。* が必須属性です。二行目以降に１行１サンプルで入力していきます。BioProject アクセッション番号が発行されていないプロジェクトの場 BioSample Handbook Handbook 8 合，bioproject_id には PSUB 番号を入力します。値がない属性には，以下の用語のうち適切なものを記入します。 'not applicable' 'not collected' 'not provided' 'missing' 'restricted access' BioSample 属性の説明。独自の属性を追加したい場合は，右端に属性名と値を追加します。サンプル属性ファイルの記入例 *sample_name *sample_title description *organism *taxonomy_id … NBRC 100918 S.albus …… Streptacidiphilus albus 105425 … NBRC 100919 S.carbonis …… Streptacidiphilus carbonis 105422 … サンプル属性ファイルの実際の例 BioSample accession Sample type Sample attributes SAMD00018424 MIGS.ba text 表計算ソフトでのサンプル属性入力サンプル属性のタブ区切りテキストファイルでは1行に1サンプルの属性を入力します。行を複数作成することで，複数の sample をまとめて登録することができます。最後の "OVERVIEW" で内容を確認したうえで投稿します。"ATTRIBUTES" で属性ファイルをダウンロードすることができます。登録後は最新の属性ファイルをダウンロードすることができます。 BioSample の投稿 BioSample Handbook Handbook 9 アクセッション番号ウェブから投稿されたデータに対して SSUB で始まる仮 ID が自動的に割り当てられます。正式なアクセッション番号が発行されるまでは，この仮 ID で登録を参照します。 DDBJ BioSample スタッフはデータを査定した後，完成したデータに対してプレフィックス "SAMD" のアクセッション番号を発行します。 D-way アカウントにログイン後，ウェブ上で登録したサンプルの進行状況やアクセッション番号を確認することができます。 SSUB で始まる仮 ID を論文中に引用しないでください。 EBI/NCBI に登録したサンプルを DDBJ に重複して登録しないでください。サンプルの公開以下の選択肢があります: 査定が終わった後すぐに公開 BioSample ID を引用しているデータと同時に公開公開予定日は設定することができません。登録した Sample データは一定期間非公開にすることができます。 DDBJ レコードが公開されると，引用されている BioSample データは自動的に公開されます。この BioSample ID を引用している非公開の DDBJ レコードが公開されることはありません。 FAQ: BioProject/BioSample/塩基配列データの連動公開の仕組みは？サンプルの更新登録が完了したデータを更新することができます。ただし，Sample name は変更できません。メッセージフォームよりご連絡ください。免責事項ソフトウェアの入手と利用は利用者の責任において行って下さい。ソフトウェアの利用や誤った使用によって発生した損失や損害に対して DDBJ は一切の責任を負いません。 BioSample Handbook Handbook