レポーティング機能を搭載した KNIME ワークフローマニュアル

レポーティング機能を搭載した KNIME ワークフロー
マニュアル
産業技術総合研究所創薬分子プロファイリング研究センター
2015 年 6 月 29 日
内容
1.
KNIME reporting........................................................................................................... 1
1.1.
レポーティング機能を搭載した PhylogeneticTree_SOAP ワークフロー.............. 1
1.1.1.
レポーティング機能の使い方 ........................................................................... 2
1. KNIME reporting
KNIME では、Eclipse BIRT プロジェクト(http://www.eclipse.org/birt/phoenix/)で開発さ
れているレポーティング機能を搭載しております。レポーティング機能を用いることによ
り、KNIME ワークフローの結果を一括して視覚的に PDF ファイル、Word ファイル等に
出力することが可能です。
AIST では PhylogeneticTree_SOAP KNIME ワークフローについてレポーティング機能を
搭載しております。
1.1.
レポーティング機能を搭載した PhylogeneticTree_SOAP ワークフロー
この KNIME ワークフローは、既に公開されている PhylogeneticTree_SOAP KNIME ワー
クフローにレポーティング機能を搭載したものです。既存の PhylogeneticTree_SOAP
KNIME ワークフローに、以下の KNIME ノードが追加されております。
・ Data to Report：レポーティングを実行する KNIME ノード
・ Phylogenetic Tree PNG：系統樹の PNG 画像をレポーティングするためのメタノード
・ Multiple Alignment：マルチプルアラインメントをレポーティングするためのメタノー
ド
1-1 レポーティング機能を搭載した PhylogeneticTree_SOAP KNIME ワークフロー
1
1.1.1. レポーティング機能の使い方
以下の処理により、レポーティング機能を使用します。
１）既に公開されている PhylogeneticTree_SOAP と同様に KNIME ワークフローを実行
します(1-2)。実行方法は PhylogeneticTree_SOAP KNIME ワークフローを参考にし
てください。
*ワークフローの実行ノードが進行すると、最終的には PhylogeneticTreeView ノード
のみが実行中となり、Archaeopteryx が起動し、系統樹が表示された状態となります
(1-3)。PhylogeneticTree_SOAP では Mafft_SOAP、ClustalW_SOAP による 2 つの
ラインが存在するため、2 つの PhylogeneticTreeView が実行中の状態となります(1-2
赤丸)。レポーティング機能を使うためには、実行結果をセーブする必要がありますが、
KNIME ノードが実行中の場合はセーブすることができません。ですので、レポーテ
ィング機能を使用する場合は起動している Archaeopteryx を終了する必要がありま
す。
1-2 実行中の KNIME ワークフロー
2
1-3 Archaeopteryx による系統樹表示
２）起動している 2 つの Archaeopteryx を終了すると、KNIME ワークフローの実行が全
て終了しますので(1-4)、そのままセーブします(1-4 赤丸をクリック)。
1-4 実行が終了した KNIME ワークフロー
3
３） KNIME reporting を起動します(1-5 赤丸をクリック)。
1-5 KNIME reporting の起動
４） KNIME reporting のレイアウト画面が表示されますので、Preview タブをクリック
します(1-6 赤丸をクリック)。
このレイアウト画面では、
・ Phylogenetic Tree Workflow Results (タイトル)
・レポート生成日付 (タイトル右)
・ Mafft Multiple Alignment (Mafft のマルチプルアラインメント)
・ Mafft Phylogenetic Tree (Mafft の結果を基に作成された系統樹)
・ ClustalW Multiple Alignment (ClustalW のマルチプルアラインメント)
・ ClustalW Phylogenetic Tree (ClustalW の結果を基に作成された系統樹)
をレポートとして出力するための設定が行われており、ワークフローの結果はこのフ
ォーマットに基づいてレポートとして出力されます。
4
1-6 KNIME reporting レイアウト画面
５） KNIME reporting のプレビュー画面が表示されます(1-7)。ここでワークフローの実
行結果が 1-6 のレイアウト画面で設定された項目通りに表示されているかどうかを確
認することができます。確認後、画面上部の Run タグ(1-7 赤丸)を選択すると、”View
Report”、”General Document”の 2 項目のメニューが表示されますので(1-7 青丸)、今
回は”View Report”を選択します。その結果、レポートの表示方式を選択するメニュ
ーが表示されます(1-7 緑丸)。ここで、”In Web Viewer”メニューを選択すると、BIRT
Report Viewer が起動し、ワークフローのレポートが表示されます(1-8)。
なお、レポートの表示方式は以下となります。
・ In Web Viewer (BIRT Report Viewer で表示・保存)
・ As DOC (Word ファイル形式で表示・保存)
・ As HTML (BIRT Report Viewer で表示)
・ As ODP (Open Document ファイル形式で表示・保存)
・ As ODS (Open Document ファイル形式で表示・保存)
・ As ODT (Open Document ファイル形式で表示・保存)
・ As PDF (PDF ファイル形式で表示・保存)
・ As POSTSCRIPT (PostScript ファイル形式で表示・保存)
・ As PPT (Power Point ファイル形式で表示・保存)
・ As XLS (Excel ファイル形式で表示・保存)
5
1-7 KNIME reporting プレビュー画面
６） BIRT Report Viewer 上にワークフロー実行結果を格納したレポートが表示されます
(1-8)。画面上部の”Export Report”アイコンをクリックすると(1-8 赤丸)、Export
Report のポップアップ画面が表示されますので(1-8 青丸)、ここで保存するファイル
形式を選択します。今回は PDF 形式を選択します。
1-8 BIRT Report Viewer 画面
6
７）最後に、保存されたファイルを開いてワークフローの実行結果を確認してください。
7
1-9 生成されたワークフロー実行結果レポート
Mafft のマルチプルアラインメント (Mafft Multiple Alignment)、Mafft のマルチプルアラ
インメントに基づいて作成された系統樹 (Mafft Phylogenetic Tree)、ClustalW のマルチプ
ルアラインメント (ClustalW Multiple Alignment)、ClustalW のマルチプルアラインメン
トに基づいて作成された系統樹 (ClustalW Phylogenetic Tree)が表示されます。
8
ご質問やご意見は下記のメールアドレスにお願いいたします。
[email protected]
産業技術総合研究所
創薬分子プロファイリング研究センター
情報統合班では、利用者
のご要望を積極的に取り入れ、より良いシステムにしていく計画です。
産業技術総合研究所
創薬分子プロファイリング研究センター
情報統合班 http://togo.medals.jp
〒135-0064 東京都江東区青海 2-4-7
産総研臨海副都心センター別館（バイオ・IT 融合研究棟）
9

Download Report