Application Note DNA FRAGMENTATION NEBNext dsDNA Fragmentase を用いた DNA の断片化 DNA サンプル DNA 断片化 ライブラリー調製 NGS 解析 NEBNext Ultra DNA Library Prep Kit for Illumina NEBNext dsDNA DNA Fragmentase NEBNext dsDNA Fragmentase NEBNext dsDNA Fragmentase は NGS 解析に使用する DNA 断片の調製に最適な DNA 断化酵素である。dsDNA Fragmentase は 2 種 類の酵素で構成されている酵素ミックスであり、簡単な酵素反応でゲノム DNA や PCR 産物（5 ng - 3 ug）を切断し目的サイズ（50 - 2,000 bp） に断片化することができる。切断は塩基配列に依存しないので、DNA をバイアス無しにランダムに断片化することができ、NGS 解析用 DNA 断 片の調製に最適である。 dsDNA Fragmentase のメカニズム dsDNA Fragmentase に含まれている 2 種類の酵素により 2 本鎖 DNA をランダムに切断し断片化する。 Substrate DNA Enzyme 1 1. Enzyme １ がランダムに片鎖を切断 Enzyme 2 2. Enzyme 2 が切断箇所を認識し、相補鎖を切断 （1 - 5 bp 上流もしくは下流） Nicked DNA Counter-nicked DNA 3. 断片化 DNA を産生（突出末端） 1-5 bp 3’OH DNA Fragments 5’P 5’P 3’OH ds DNA Fragmentase による DNA 断片化 ゲノム DNA や PCR 産物を目的サイズ（50 - 2,000 bp）に断片化することができる。 0.1 - 1 ug の ゲノム DNA を断片化 5 - 20 kb の PCR 産物を断片化 DNA 断片のサイズはインキュベート時間により簡単に調整することができる。5 ng - 3 ug の Input DNA に対応するので、微量 DNA の断片化 にも最適である。 酵素による DNA の断片化 DNA 断片化プロトコール DNA サンプル DNA 断片化 1. NEBNext dsDNA Fragmentase を 3 秒間ボルテックス、スピンダウンして氷上に保存 （本ステップは必ず行ってください。 ） 2. 断片化反応をセットアップ 試薬 容量 DNA (5 ng–3 μg) 1–16 μl 10X Fragmentase Reaction Buffer v2 2 μl Sterile Water variable Final Volume variable 18 μl * 断片化困難なサンプルの場合は反応液に 1 μ l の 200 mM MgCl2 溶液を添加 3. 断片化反応液に 2.0 μ l の dsDNA Fragmentase を添加、3 秒間ボルテックスして反応液を混合 4. 37 ℃ でインキュベート（反応時間は下表を参照） 目的断片サイズ（bp） インキュベート時間（分） 50–200 200–1,000 1,000–2,000 25–35 15–25 10–15 * Input DNA が 100 ng 未満の場合、上表のインキュベート時間プラス 10 分間インキュベートを行う 5. 5 μ l の 0.5 M EDTA を添加して反応をストップ 6. 断片化 DNA を下流の実験に使用 （用途により DNA 精製が必要、詳細はデータカードを参照） DNA 断片化酵素 • 酵素反応により DNA をランダムに断片化 • 高価な機器等は一切不要、安価に DNA を断片化（1 反応あたり 220 円より） 製品名 NEBNext dsDNA Fragmentase 製品番号 容量 希望小売価格 M0348S M0348L 50 reactions 250 reactions ¥13,500 ¥54,000 備考 DNA 断片化酵素 ライブラリー調製 • NEBNext Ultra DNA ライブラリー調製キット • NEBNext アダプターオリゴ NGS 解析 ご質問は弊社テクニカルサポート（Tel：0120-963-650、E-mail：[email protected]）までお問い合わせください。 ニュー・イングランド・バイオラボ・ジャパン株式会社 〒１ ３０-００２２ 東京都墨田区江東橋２-２-３倉持ビル第２ カスタマーサービス 電話：03-5669-6193 FAX：03-5669-6194 テクニカルサポート 電話：0120-963-650 FAX：03-5669-6194 Email: [email protected] Web-site: www.nebj.jp
© Copyright 2024 ExpyDoc
![平成 27 年 5 月 14 日 [神戸大学大学院農学研究科] 李智博准教授が](http://s1.expydoc.com/store/data/006070707_1-3e6fd1585bf925076db6363e411c729d-250x500.png)
