Workflow ツール 1 Workflow • Workflowツールでは、解析の一連の流れをフローチャートのように作成し、その流れに沿って実行させることができます。 • 作成したワークフローをGenomics Workbenchに組み込むことで、複数のデータに対して、ワークフローを実行可能です。 • ワークフロー自体をエクスポートして、別のコンピュータのGenomics Workbenchへインポートすることも可能です。たとえば共同研究先へ解析ワークフローを送ることで簡単に複雑なフローも実行してもらうことが可能です。 2 Workflowの作成方法 Workflow アイコンからNew Workflowをクリック New Workflowを選択。 Workflowエディターが開きます。 3 Workflowエディター設定パネルエディター：ここツールを追加して解析のフローチャートを作成します。左からエディター、Configuration（パラメータ設定）、History（履歴）、 Element（備考など）となっています。 4 Workflowの作成方法ドラッグアンドドロップ  ツールの追加は、以下の3通りのいずれかから行えます。  Toolboxからドラッグアンドドロップ  Add elementボタンをクリック  エディター上で右クリック＞Add Elementsを選択。注：いくつかのツールは、Add Elementsボタンからしか利用できません（次ページ）。 5 Workflowの作成方法  Add Elementsの中身はToolboxと似ていますが、以下はAdd elementsのみから追加可能です。  New Sequence List  エクスポート用のExport  データインポート用のNGS Import プラグインもインストール後、ワークフローとしてご利用可能です。 6 Workflowの作成方法選択されたツールは上記のようにエディターに現れます。解析をつなげたいところをマウスでドラッグしてつなげます。ワークフローはInputとOutputが必ず必要になります。何か処理が必要な個所は、赤く文字が表示されています。上記の場合、結果が次のツールにも渡されず、アウトプットとしても設定されていないため、赤文字が残っています。 7 Workflowの作成方法アウトプットとして設定したいものの上で右クリックをすると、アウトプットとして設定できます。アウトプット（青いボックス）は複数設定可能で、解析途中のデータやレポートもアウトプットとして設定可能です。インプットも同様に右クリックで設定します。 8 Workflowの作成方法各解析パラメータの設定は、ツールの中心でダブルクリックを行っていただくと、パラメータの設定が可能です。鍵マークがはずれているところは、実行時に設定するという印です。鍵マークを外したり、ロックしたりするには、鍵マークをクリックしてください。 9 Workflowの作成方法  エディター左下のShow Configure アイコンをクリックすると、すべてのツールの設定を一度に行える Configure画面へ切り替わります。多くのツールがある場合は、この表示が便利です。 10 Workflowの作成方法   保存先の設定 Saveボタンを押して保存します。 11 Workflowの作成方法   設定がすべてうまくいくと、Validation successfulというメッセージがでます。これで実行可能です。 12 Workflowの実行方法  実行は、Runボタンを押してすぐに実行するか、Installationというボタンから、Genomics Workbenchへ作成したワークフローをツールとして登録してから実行することも可能です。 13 Workflowのインストール方法  インストールの場合  Workflowデータに名前やメールアドレスなどを入力します。  上のオプションは、ワークフローを作成した Genomics Workbenchへのインストールになり、下のオプションは、ワークフローをエクスポートし、別のコンピュータへ設定するためのファイル作成です。 14 Workflowの実行方法  インストール後は、Toolbox > Workflowsよりワークフローを利用可能です。  次の画面でデータを選択。この際、バッチを選択すると、バッチ処理が可能です。＊バッチ処理の際は、データではなく、データが入ったフォルダを選択ください。 15 注意点 • • 7.5より複数データをInputとして指定することが可能です（Trio 解析などで、母親、父親、子供と3つのデータを指定して実行）ただし、現在のバージョンでは複数インプットの場合、バッチでの実行が行えません。この点については将来的に機能を強化する予定です。 16