次世代シーケンサー対応アプリケーション ChIP-Seq 解析 - 菱化システム

多次元データ解析ソフトウェア
次世代シーケンサー対応アプリケーション
Partek Genomics Suiteは、優れた統計解析エンジンとデータビジュアライゼーション機能を併せ持つDNA
チップ(マイクロアレイ)解析用パッケージソフトウェアです。これまで、Affymetrix社のGeneChipやIllumina
社のBeadArray、Agilent Technologies社、NimbleGen社のマイクロアレイのデータ解析をサポートしてきま
した。今回新たに次世代シーケンサーのデータ解析機能が追加されました。
次世代シーケンサー対応アプリケーションとして、ChIP-Seqのデータ解析を搭載しています。
Partek Genomics Suiteの特長である大容量データの高速処理、データ解析結果をアノテーション情報と
同時に表示できるグラフ機能、実験を研究業務の中心としている生物学者向けに設計されたインターフェ
ースは、これまでのマイクロアレイ解析と同様に次世代シーケンサー対応アプリケーションでも継承してい
ます。
このようにPartek Genomics Suiteはマイクロアレイと次世代シーケンサーの二つのデータ解析が可能なア
プリケーションです。
ChIP-Seq 解析機能
„ データインポート機能
ELAND、MAQ、SHRiMP、MAXファイル形式に対応
少ないメモリで大容量のデータをインポート可能
„ データ解析機能
フラグメント配列から結合サイトを検出
結合配列に存在するモチーフを検出
同定された配列モチーフを持つ遺伝子を抽出
Sequence Logo
„ グラフ化機能
配列モチーフを表示する「Sequence Logo」
検出されたフラグメント配列と関連遺伝子の
同時に表示できる「Chromosome View」
„ 解析ワークフロー
次世代シーケンサー用データ解析ワークフロー
「ChIP-Seq」を搭載
Chromosome View
稼働環境
OS
Windows Vista/XP/2000
Redhat Linux 9.x/Red Hat Enterprise Linux v.3, 4
Mac OS X Ver.10.4(Tiger)/Ver. 10.5(Leopard)
メモリ
ハードディスク
グラフィックス
128MB以上
(2GB以上推奨)
150MB以上の空き領域 (インストールのみ)
OpenGL対応のグラフィックボード
16ビットカラー表示 (24ビット以上推奨)
800×600以上の解像度 (1280×1024以上推奨)
評価
デモンストレーション
技術者が訪問してソフトウェアの機能紹介とデモンストレー
ションを行ないます。
トライアル
無償にて4週間テスト使用することができます。
事前にユーザ情報とマシン情報の登録が必要です。
詳細につきましては、お問い合わせください。
記載の商品名は各社の商標または登録商標です。
本カタログの記載内容は予告なく変更される場合があります。
Partek 社日本総代理店
株式会社 菱化システム
科学技術システム事業部 計算科学部
〒104-0033 東京都中央区新川 1-28-38 東京ダイヤビル 3 号館 3 階
TEL : 03-3553-9206
FAX : 03-3553-9207
E-mail : [email protected]
URL : http://www.rsi.co.jp/
(2009.03)