アジレント SureSelectXT2 ターゲットエンリッチメントシステム （プレプール式） イルミナ インデックス（マルチプレックス）シーケンスに必要なもの （ペアエンド） プロトコル Version C 対応 2013年2月21日 XT2（プレプール式）ではないSureSelectを用いる場合は必要な試薬が異なります。別途専用の必要なものリストを参照ください。 この必要なものリストは、gDNAを断片化してアダプタを付けてから、SureSelect試薬を用いて、ターゲット領域をキャプチャ、濃縮する までの過程で必要な試薬と器具類をまとめたものです。シーケンシングに必要な物は、イルミナ社にお問い合わせください。 ※指定：必ず指定されたものをご使用ください。指定品以外を使用された場合は保証の対象外になります。 ※推奨：安定した結果を得るために、推奨品の使用をお奨めします。推奨品以外の製品を使用された場合、アプリケーションサポートの対象外になります。 ※相当：コメント欄に記載された条件を満たすものなら、何を使用されてもかまいません。 ＜必要な試薬類＞ 製造メーカー 品番 指定/ 推奨/ 相当 SureSelectXT2 Reagent Kit, HiSeq platform (HSQ), 16 Samples Agilent G9621A SureSelectXT2 Reagent Kit, HiSeq platform (HSQ), 96 Samples Agilent G9621B SureSelectXT2 Reagent Kit, MiSeq platform (MSQ), 16 Samples Agilent SureSelectXT2 Reagent Kit, MiSeq platform (MSQ), 96 Samples 必要量/１反応 あたり 内容量 - 1 16反応分 16反応分 - 1 96反応分 96反応分 G9622A - 1 16反応分 16反応分 Agilent G9622B - 1 96反応分 96反応分 SureSelectXT2 Human All Exon v4, 16 Samples Agilent 5190-4666 - 1 16反応分 16反応分 SureSelectXT2 Human All Exon v4, 96 Samples Agilent 5190-4667 - 1 96反応分 96反応分 SureSelectXT2 Human All Exon v4+UTRs, 16 Samples Agilent 5190-4671 - 1 16反応分 16反応分 SureSelectXT2 Human All Exon v4+UTRs, 96 Samples Agilent 5190-4672 - 1 96反応分 96反応分 SureSelectXT2 Human All Exon Human DNA Kinome, 16 Samples Agilent 5190-4676 - 1 16反応分 16反応分 SureSelectXT2 Human All Exon Human DNA Kinome, 96 Samples Agilent 5190-4677 - 1 96反応分 96反応分 SureSelectXT2 Mouse All Exon, 16 Samples Agilent 5190-4681 - 1 16反応分 16反応分 SureSelectXT2 Mouse All Exon, 96 Samples Agilent 5190-4682 - 1 96反応分 96反応分 SureSelectXT2 Custom 1 kb から 499 kb, 16 Samples Agilent 5190-4846 - 1 16反応分 再発注の場合、p/n 5190-4851 SureSelectXT2 Custom 1 kb から 499 kb, 96 Samples Agilent 5190-4847 - 1 96反応分 再発注の場合、p/n 5190-4852 SureSelectXT2 Custom 0.5 Mb から 2.9 Mb, 16 Samples Agilent 5190-4856 - 1 16反応分 再発注の場合、p/n 5190-4861 SureSelectXT2 Custom 0.5 Mb から 2.9 Mb, 96 Samples Agilent 5190-4857 - 1 96反応分 再発注の場合、p/n 5190-4862 SureSelectXT2 Custom 3 Mb から 5.9 Mb, 16 Samples Agilent 5190-4866 - 1 16反応分 再発注の場合、p/n 5190-4871 SureSelectXT2 Custom 3 Mb から 5.9 Mb, 96 Samples Agilent 5190-4867 - 1 96反応分 再発注の場合、p/n 5190-4872 SureSelectXT2 Custom 6 Mb から 11.9 Mb, 16 Samples Agilent 5190-4876 - 1 16反応分 再発注の場合、p/n 5190-4881 SureSelectXT2 Custom 6 Mb から 11.9 Mb, 96 Samples Agilent 5190-4877 - 1 96反応分 再発注の場合、p/n 5190-4882 SureSelectXT2 Custom 12 Mb から 24 Mb, 16 Samples Agilent 5190-4886 - 1 16反応分 再発注の場合、p/n 5190-4891 SureSelectXT2 Custom 12 Mb から 24 Mb, 96 Samples その他の試薬 Agilent 5190-4887 - 1 96反応分 再発注の場合、p/n 5190-4892 Agilent DNA 1000 kit Agilent 5067-1504 指定 2 ラン 25ラン分 1ランで最大12サンプルまで Agilent High Sensitivity DNA kit Agilent 5067-4626 指定 1ラン 10ラン分 １ランで最大11プールライブラリまで。エキスパートソフト ウェアVer B02.07 以降が必要です Dynabeads MyOne Streptavidin T1 Life Technologies （ベリタス） 65601 指定 50 uL/反応 2 mL 大容量タイプ(65602 10mL, 65603 100mL)もありま す。 Agencourt AMPure XP Kit Beckman Coulter A63880 指定 300uL x サンプ ル数 + 270uL x キャプチャ反応 数 5 mL 大容量タイプ(A63881 60mL, A63882 450mL)もあり ます。 1xLow TE Buffer (10mM Tris-HCl, pH 8.0, 0.1mM EDTA) Applied Biosystems 4389764 相当 25 mL Nuclease-free water (not DEPC-treated) Ambion AM9930 相当 500 mL 100% Ethanol, molecular biology grade 和光純薬 054-07225 相当 品名 SureSelect XT2 備考 試薬キット SureSelectXT2 キャプチャライブラリ（ベイト）キット 96%以上、分子生物学用グレード 他の有機溶剤のコン タミネーションがないこと 1200uL x サン プル数 + 800uL x キャプチャ反 応数 70% Ethanol (for SPRI clean-up)、molecular biology grade Life Technologies Q32850 D1K ScreenTape キット Agilent 5067-5361 指定 2ラン D1K 試薬キット Agilent 5067-5362 指定 2ラン High Sensitibity D1K ScreenTape キット Agilent 5067-5363 指定 1ラン High Sensitibity D1K 試薬キット Agilent 5067-5364 指定 1ラン Genomic DNA ScreenTape キット Agilent 5067-5365 指定 1ラン Genomic DNA 試薬キット Agilent 5067-5366 指定 1ラン G4880A 推奨 １ラン Qubit dsDNA BR Assay Kit, for use with the Qubit 2.0 fluorometer DEPC処理ではないこと 100 assay スタート時のgDNAをできるだけ正確に定量するために 用います。大容量タイプ（Q32853, 500 assay）もありま オプション品となります。必要に応じてご利用ください Agilent 2200 TapeStation消耗品 Agilent QPCR NGSライブラリ定量キット（イルミナGA） Agilent 7枚 1枚で16サンプル測定できます。 7枚 1枚で16プールライブラリ測定できます。 7枚 1枚で最大15サンプル測定できます。 スタート時のgDNAの分解度評価に、アガロースゲル電 気泳動の代わりに使用できます。 5ラン分 1ランで最大21サンプルまで定量することができます。 ※ 各キットについて、それぞれの大容量タイプはご利用いただけます。 1 / 2 ページ ＜必要な機器、消耗品類＞ 品名 製造メーカー 品番 指定/ 推奨/ 相当 必要量 内容量 備考 サーマルサイクラー・96Well Plate・8連チューブ アジレントではSureCycler 8800 Thermal Cyclerおよびその対応した消耗品を用い、実験が可能であることをバリデーションしているため、以下の組み合わせでの使用を推奨します。他機種のサー マルサイクラーを使用される場合、使用するサーマルサイクラーは、反応容量の最大値が100 uLに対応しており、HotTopの温度をオフにできることが必要です。またウェルプレートもしくはチューブ は最大280 uLの液量が入ることが必要です。必ずこの条件を満たすサーマルサイクラーに適合し、かつ液量の条件を満たすたチューブもしくは96 well plateウェルプレートを使用してください。これ らの条件を満たさない機種もしくはプレート、チューブ、またLow Profileのプレートおよび機種は使用しないでください。また使用予定のキャップもしくはシールの組み合わせで、24時間のハイブリダ イゼーション中のサンプル蒸発量はプロトコルに記載の量以下であること、チューブもしくは96well plateが280uLの容量であることを事前に必ずご確認下さい。 SureCycler 8800 Thermal Cycler Agilent G8800A 推奨 96 well plate module for SureCycler 8800 Thermal Cycler Agilent G8810A 推奨 Polypropylene 96-Well Tube Plates Agilent 410088 推奨 反応液量の最大値が100uLに対応していること、ふた (Hot Top)の温度をオフに出来ること。 最大12枚 25 plates 最大280uLの容量が入ること Mx3000P/Mx3005P optical strip caps (flat type) Agilent 401425 推奨 26本 サーマルサイクラでの酵素反応・ボルテックス・スピンダ strip caps 120本 ウンなどハイブリダイゼーション時以外に使用 Tube cap strips, domed Agilent 410096 推奨 1本 410187 コンプレッションマットと組み合わせてハイブリ strip caps 120本 ダイゼーションに使うキャップ。溶液の蒸発を防止しま す。 コンプレッション・マット Agilent 410187 推奨 1枚 10枚 410096 domed capと組み合わせてハイブリダイゼーショ ンに使うコンプレッション・マット。溶液の蒸発を防止しま す。 相当 PCRチューブのキャップを確実に密閉するために便利な ツールです。 指定 キャプチャ前後のDNAライブラリの定量とサイズ確認に 必要です。Expert Control Software B.02.07以降の versionであること Covaris Model E220 (エムエス機器） 指定 gDNAを再現性良く断片化するために必要。ネブライザ の使用は推奨しません。S2はマニュアルで1検体ずつの 処理。E210は96検体を自動処理できるが、1検体ずつ の処理。LE220は96検体を自動処理できるが、8検体ず つの処理（E210より8倍処理速度が上がる） LE220は S2やE210と断片化のプロトコルが異なるので要注意。 96 microTUBE plate Covaris 520078 (エムエス機器） 指定 Model E シリーズ用 microTUBE with AFA fiber and snap cap Covaris 520045 (エムエス機器） 指定 Model S2用 推奨 スタート時のgDNAをできるだけ正確に定量するために用 います。 Tube-strip capping tool その他の機器・消耗品 Agilent 2100 Bioanalyzer Covaris Sample Preparation System, E シリーズまたは S シリーズ Agilent G2938C Covaris E-series sample holders Qubit fluorometer Life Technologies Q32857 Qubit assay tubes Life Technologies Q32856 遠心分離機 Eppendorf 5417C QubitでgDNAを正確に定量するために用います。 相当 バイオアナライザのゲル調製に使用 260uLの磁気ビーズ溶液が、96ウェルプレートのウェル 内を上下してよく混ざるもの。アジレントのマイクロアレイ ハイブリダイゼーションオーブンをお持ちの場合、オーブ ンのローターにウェルプレートを固定してローターを回転 させることでも代用できます。ウェルプレートを回転でき る装置がない場合、1.5mLのチューブにサンプルを移し 変え、チューブ対応のローテーターを使うことも出来ま す。 ローテーター 濃縮遠心機 トミー精工 CC-105 相当 45℃以下の低温で、50uLのDNA溶液が１～２時間程度 で濃縮できること。 96穴プレート適合専用ロータ、冷 却トラップTU-500と油回転真空ポンプGLD-051が必要 です。 Dynal DynaMag-96 Side skirted Life Technologies 120-27 相当 96 well plate用の磁石スタンド。 Dynal DynaMag-2 Life Technologies 123-21D 相当 1.5 - 2mL 遠心チューブ 16本立ての磁気ビーズ用磁石 スタンド。 1.5mLチューブを用いて、Streptavidinビーズ の調製をバルクで準備する場合に必要になります。 DNA LoBind チューブ, 1.5ml PCR clean, 250 pieces Eppendorf 95295-0030 108.051 相当 ピペット Pipetman P10,P20,P200, P1000 相当 マルチチャンネルピペット Rainin L12-20 相当 多検体のライブラリ調製に便利です。 ピペットチップ 滅菌、Nuclease-Free、エアロゾルブロックフィルター付き 滅菌済み コニカルチューブ、ポリプロピレン製、 15 mL アズワン 352097 相当 Wash2の加温を1.5mLより多い量で行う場合 パウダーフリー手袋 SAFE SKIN グローブ PRE (S, M, L サイズ) 220, 330, 440 Kimberly・Clark (S, M, Lサイズ) 相当 日本ミリポア 相当 500本 サンプルの保管をチューブで行う場合必要になります。 核酸の吸着が少ないLoBindタイプを使用ください。 アイスバケツ タイマー ボルテックスミキサー 卓上遠心器 チビタンII ウォータバスかヒートブロック（WashBuffer2のPreWarm 65℃） オプション品となります。必要に応じてご利用ください 相当 Mx3005P リアルタイム定量PCRシステム Agilent 401449 相当 Polypropylene 96-Well Tube Plates Agilent 410088 相当 Mx3000P/Mx3005P optical strip caps (flat type) Agilent 401425 相当 2200 TapeStation System Agilent G2964AA また は G2965AA Labnet MPS1000 Mini Plate Spinner Labnet International (フナコシ) C1000 キャプチャされたDNAライブラリを正確に定量するために 用います。 25 plates キャップ4連 strip caps 120本 DNAの定性または定量に使用することができます。 相当 96 well plate のスピンダウンにあれば便利です ＜問い合わせ先＞アジレント・テクノロジー株式会社 2 / 2 ページ
© Copyright 2024 ExpyDoc
