Donderdag 5 juni 2014 werd voor de tweede keer een

Donderdag 5 juni 2014 werd voor de tweede keer een Scientific Seminar
georganiseerd door Alten. Ditmaal kwamen geïnteresseerden uit het hele
land luisteren naar presentaties over domeinoverstijgende onderwerpen
als Computational Fluid Dynamics (CFD), 3D Scientific Data Visualisatie en
Big Data. Elke presentatie werd afgesloten met een prikkelende stelling,
welke uiteenlopende reacties uit het publiek ontlokten.
Tijdens de introductie legt Eric Haesen uit dat het seminar zal gaan over het
maken van software voor het beoefenen van exacte wetenschap, de
wetenschap die zich bezighoudt met het modelleren van de wereld om ons heen. Modellen die zo
nauwkeurig zijn dat de grenzen van onze computer systemen worden bereikt. Het implementeren van
oplosmethoden voor deze modellen vergt zowel domeinkennis als kennis van numerieke lineaire algebra
en van de computer systemen zelf.
Na deze korte schets van de context van het seminar bijt Sander van der Pijl het spits af met een
presentatie over CFD. Sander legt uit dat alles begint bij de beschrijvende
vergelijkingen, in zijn geval de Navier-Stokes vergelijkingen. Intieme kennis
van deze vergelijkingen is nodig om tot een waarheidsgetrouw model te
komen. Voor het oplossen van de vergelijkingen is discretisatie en numerieke
lineaire algebra nodig. Welke methoden hiervoor het beste gebruikt kunnen
worden hangt helemaal van het toepassingsgebied af. Ongeacht het
toepassinggebied en de gebruikte oplossingsmethode, komt altijd de vraag
dat het model sneller moet kunnen worden doorgerekend aldus Sander. Hij
heeft tijdens zijn werkzaamheden dan ook al uitgebreide kennis opgedaan in
de High Performance Computing (HPC). De stelling: “Without expert
knowledge CFD is not possible!” ontketent vragen over de bruikbaarheid van kant en klare (open-source)
software pakketten voor CFD. Het blijkt al snel dat training in deze pakketten onontbeerlijk is, of dat de
toepassing ervan erg moet worden gelimiteerd.
Vincent van Ravesteijn begint zijn presentatie met een definitie van 3D wetenschappelijke data. Dit is data
waarbij veel geld is uitgegeven om het in deze nauwkeurigheid te verkrijgen
en waarbij elk datapunt dan ook belangrijk is. Je wilt deze data dus ook zo
nauwkeurig mogelijk weergeven, aldus Vincent. Het verkrijgen van de data
kan onder andere met stereografie, CT scans of zelfs met een overvliegende
UAV, uiteraard afhankelijk van het domein. Het is populair geworden om 2,5D
data, dit is data waarbij voor ieder punt in x- en y-richting een hoogte bekend
is, in 3D weer te geven. Hoewel dit er mooi uitziet is het voor de experts een
stap in de verkeerde richting. De weergegeven bergen limiteren namelijk het
zicht en wellicht is wat achter de bergen ligt zeer belangrijke informatie. Tijdens zijn promotie heeft
Vincent in de colonoscopie gekeken naar het omzetten van darmwand metingen naar een intuïtief 3D
beeld waardoor artsen makkelijker poliepen zouden kunnen detecteren. Uiteindelijk bleek een 3D beeld
niet prettiger en nauwkeuriger te werken en grepen artsen regelmatig terug naar de 2D beelden. Het blijkt
dat een opengevouwen kubus, waarbij het vooraanzicht, de zijkanten en de achterkant tegelijk
geïnspecteerd konden worden het beste werkte voor het detecteren van een poliep op de darmwand. De
stelling: “3D visualization is less suitable than 2D visualization for presenting scientific data.” werd zonder
slag of stoot door het publiek geaccepteerd.
Na het diner sloot Susan Branchett het seminar af met een
presentatie over Big Data. Susan werkt voor het eScience center
(NLeSC), een kennis- en expertisecentrum dat een brug slaat tussen
geavanceerde ICT en de wetenschap. Ze vertelt dat Big Data zich op
dit moment net na het dal van ontgoocheling bevindt in de kromme
van Gartner en dat het NLeSC probeert het plateau van
productiviteit te bereiken samen met de wetenschappelijke wereld
in Nederland. Big Data kenmerkt zich met vijf V’s: Volume, Variety,
Value, Veracitiy en Velocity. Voor elk van deze V’s geeft Susan tijdens
haar presentatie een praktijkvoorbeeld. Zo vertelt ze dat grote
hoeveelheden data worden verwerkt afkomstig van vogels die een
rugzak vol meetinstrumenten met zich meedragen. Ze laat zien hoe een pulsar kan worden gevonden in
een meetsignaal uit de ruimte, waarbij de signaal/ruis verhouding nogal ongunstig is. En ze legt uit hoe
alzheimer in een vroeg stadium gedetecteerd kan worden door het meten van een volume afname van
de hypothalamus. Ze sluit de presentatie af met een aantal
vragen aan het publiek en er komt al snel een discussie op gang
over het verschil tussen een kleine hoeveelheid data die zeer
goed beschermd moet worden en grote hoeveelheden data
waarbij veel bewerking nodig is om deze inzichtelijk te maken.
Het seminar wordt afgesloten met een netwerkborrel, waarbij
zowel externe genodigden als medewerkers van Alten nog lang
na discussiëren binnen het onderwerp “Creating Software for
Science”.
Wouter Falkena
Consultant Alten PTS

Download Report