生物統計学・第1回統計解析を始める前に

生物統計学・第14回
Perlを使いこなす
インストール、プログラミング
2014年1月20日
生命環境科学域応用生命科学類
尾形善之
本日の予定
★ノートパソコン組
♦ 実習
★スクリーン組
♦ 実演
本日の内容
★今日は課題はありません！
★座学
♦ チェックポイントがあります
★ノートパソコン組
♦ Perlの作業についてTAに尋ねてください
★スクリーン組
♦ Perlの作業を実演します
その前に……前回の復習
★主成分分析の解釈
♦ データの特徴を理解する
• 遺伝子と実験条件を把握する
♦ 寄与率を調べる
• 何番目の主成分まで考察に使えるか
♦ 負荷量を調べる
• 実験条件と主成分との関係を把握する
♦ 得点を調べる
• 遺伝子と主成分の関係を把握する
♦ biplot
• 負荷量（実験条件）と得点（遺伝子）を合わせる
主成分分析：データの特徴
★各組織での遺伝子発現データ
♦ 目的
• どの組織でどの遺伝子が発現しているかを知る
♦ データサイズ
• 実験条件と遺伝子の数
♦ 実験条件の特徴
• どんな組織のデータか
主成分分析：寄与率
★何番目の主成分まで考察に使えるか
♦ 累積で何パーセントまで有効か
主成分分析：負荷量
★主成分と負荷量の関係
♦ どの主成分とどの実験条件が関係しているか
主成分分析：得点
★主成分と得点の関係
♦ どの主成分とどの遺伝子が関係しているか
主成分分析：biplot
★負荷量と得点を合わせて見る
♦ 同じ方向の矢印と点の組み合わせに注目
主成分分析
★解釈があまり理解できなかった人は、必
ずこのスライドをダウンロードして復習し
ておいてください！
まずは座学
★Perlとは
♦ プログラミング言語
• 高速（低級）言語：速いが理解しにくい、C、Java
• 汎用（高級）言語：理解しやすいが遅い、Perl、PHP
• 他に特殊用途の言語：R（統計解析用）
Perlと統計解析
★役割分担
♦ データ解析：Rやエクセル
• 実際の統計解析
♦ データ処理：Perl
• 統計解析用データの作成や解析結果の加工
インストール
★Macintosh (MacOSX)
♦ インストールは不要です
★Windows
♦ ActivePerl
♦ Perlを始めよう
♦ サクラエディタ
作業の基本
★テキストエディタに作文（命令文）してい
く
★作文したものをPerlで実行する
チェックポイント
★Perl言語とC言語の主な違いは？
★Perlの作業の基本は？
ノートパソコン組の作業
★Perlのインストール
★Perlの動作確認
★Hello worldの表示
★実用的なスクリプトに挑戦
スクリーン組
★これからPerlの実演に入ります
今日の実演内容
★Perlのインストール
★Perlの動作確認
★Hello worldの表示
★実用的なスクリプトの紹介
次回の予告
★次回は最終回です。
♦ 期末試験の概要
• 2月3日（月）1コマ目、大講義室
♦ 統計解析の総括、リクエスト
♦ 私の研究の紹介（時間があれば）
♦ 次回のレポートは返却しません！
• いつもノート代わりにしている人は注意して下さい
課題の解答について
★今週中にアップロードしておきます。
★疑問点があれば、来週の最終講義のレ
ポートに書いてください。
♦ 尾形ラボかポータルで答えます
アンケート
1. これまでの統計解析や他の統計解析
で、もう一度話してほしいものを挙げてく
ださい。

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