生物統計学・第3回全体を眺める（2）クラスタリング、ヒートマップ 2014年10月14日生命環境科学域応用生命科学類尾形善之前回のリベンジ ★作業マニュアルを作りました ♦ いつもの場所から、「sagyotejun141014.docx」というファイルをダウンロードしてください。 ♦ 実習は今回のものと併せて後で行います。さっそく本日の本題 ★クラスタリング（「クラスター分析」とも言います） ♦ データを分類するのに使います • 実験群のクラスター • 遺伝子群のクラスター ★各種クラスタリング ♦ 主成分分析（第6回から3回にわたってやります） ♦ 階層（的）クラスタリングが一番有名です ♦ その他 • 自己組織化マップ(SOM)、ネットワーク解析、ヒートマップなど階層クラスタリング ★最も近い関係のものを線で繋ぐ ♦ トーナメント戦のやぐらの形 ★固まっているもの同士が似ている ♦ 階段状には注意！階層クラスタリンク階層クラスタリング ★Rでは「dist」と「hclust」を使う ♦ 第6回のRの回で実習します ★ヒートマップと組み合わせて利用できます ♦ 次のスライドで説明します階層クラスタリングとヒートマップ ★図の説明 ♦ 縦：実験 ♦ 横：遺伝子 ♦ 赤いほど発現量が多い ♦ これで50遺伝子実はこれもヒートマップですチェックポイント・I 1. 階層（的）クラスタリングとは？ 2. ヒートマップとは？自己組織化マップ(SOM) 79実験での遺伝子発現遺伝子名遺伝子の発現傾向を分類できるが、丸の数は自分で決めるネットワーク解析遺伝子の関係は見やすいが、発現傾向は同時には見れないクラスター分析の使い分け ★主成分分析（第6回からじっくりと） ♦ ともかくまずはこれが便利 ★階層クラスタリング（ヒートマップ付きで） ♦ 遺伝子発現と実験の両方を見たいとき ★自己組織化マップ（グループ数を固定） ♦ グループ分けが目的のとき ★ネットワーク解析 ♦ 全体の分かれ方を見たいときチェックポイント・II 3. クラスター解析の使い分けは？本日の実習 ★ヒストグラムの作成 ♦ 遺伝子発現データをエクセルで開く。 ♦ 遺伝子ごとの平均値を計算する。 ♦ 平均値のヒストグラムを作る。 ★ウェブでのグラフ解析 ♦ 折れ線グラフを作る。 ♦ 各組織の模式図にマッピングする。本日の実習 (sagyotejun141014.docx) ★遺伝子発現データをエクセルで開く ★ウェブで解析する ★エクセルで平均値を計算する ★エクセルでヒストグラムを作る ★結果を解釈する（本日の課題）リンク先 ★折れ線グラフ ♦ http://jsp.weigelworld.org/expviz/expviz.jsp ★模式図 ♦ http://bar.utoronto.ca/efp/cgi-bin/efpWeb.cgi 次回までの予習 ★次回は「比べる準備をする」の1回目です ♦ 平均 ♦ 分散 ♦ ばらつき本日の課題 ★注目する遺伝子について ♦ どの組織で発現しているか考察しなさい。 ♦ 発現量の平均値を求めなさい。 ♦ ヒストグラムの中の位置について考察しなさい。 ★クラスタリングとヒートマップに対する疑問点や印象を書いてください。