電子顕微鏡画像を用いた生体分子構造解析のための 並列計算機システムの購入 仕様書 国立研究開発法人 量子科学技術研究開発機構 量子生命科学研究部生体分子シミュレーション研究グループ Ⅰ. 一般的要件 1. 目 的 量子ビーム応用研究センター分子シミュレーショングループでは、外部資金・創薬等支 援 技 術 基 盤 プ ラ ッ ト フ ォ ー ム に お い て 、「 電 顕 イ メ ー ジ ン グ を 主 軸 と し た 相 関 解 析 技 術 の 開発と応用」という課題で研究を行っている。本課題の遂行に用いている並列計算機シス テムに対し、計算用サーバーを追加することにより、計算機システムの強化を行い、電顕 イメージングを主軸とした相関解析技術の開発をより一層推進することを目的とする。 2. 仕 様 計算用サーバー 一式 （１）５台の計算用サーバーで構成されること。 （ ２ ） 計 算 用 サ ー バ ー は 、 既 存 の 19 イ ン チ ラ ッ ク の 空 い て い る ス ペ ー ス に 搭 載 す る こ と 。 （３）計算用サーバーは、ハードウェア及びソフトウェアの両面にわたって信頼性を有す ること。また、保守については、迅速な保守支援体制を有すること。 なお、既存の並列計算機システムは、計算用サーバー１１台、ログインサーバー（ファ イ ル サ ー バ ー 兼 用 ） 1 台 、 UPS 1 台 、 イ ー サ ネ ッ ト ス イ ッ チ (Dell PowerConnect 6224)1 台 よ り 構 成 さ れ て お り 、 そ の す べ て が ひ と つ の 19 イ ン チ ラ ッ ク （ 36U） に 搭 載 さ れ て い る 。 追加する計算用サーバーを管理するログインサーバーのソフトウェアについては構成内訳 2） ソ フ ト ウ ェ ア を 参 照 す る こ と 。 (構 成 内 訳 ) 1) ハ ー ド ウ ェ ア 各 計 算 用 サ ー バ ー が 具 備 す べ き ハ ー ド ウ ェ ア 要 件 を 以 下 に 述 べ る 。な お 、本 仕 様 書 で は 、 メ イ ン メ モ リ： 1GB=1024MB、1MB=1024KB、1KB=1024B、ハ ー ド デ ィ ス ク 容 量：1TB=1000GB、 1GB=1000MB、 1MB=1000KB と す る 。 ① CPU： イ ン テ ル 社 製 Xeon プ ロ セ ッ サ ー E5-2600v4 シ リ ー ズ の CPU で 、 CPU1 個 あた り 14 個 以 上 の コ ア を 搭 載 し 、 動 作 周 波 数 が 2.4GHz 以 上 で あ る も の を 2 個 搭 載 す る こと。 ② メ イ ン メ モ リ ： 64GB 以 上 搭 載 す る こ と 。 DDR4-2400MHz、 8GB、 ECC、 Registered の もの 8 枚以上で構成すること。 ③ ハ ー ド デ ィ ス ク ： 1TB 以 上 の SATA3 ハ ー ド デ ィ ス ク ド ラ イ ブ （ エ ン タ ー プ ラ イ ズ 版）を搭載すること。 ④ ギ ガ ビ ッ ト イ ー サ ネ ッ ト イ ン タ フ ェ ー ス を 2 つ 以 上 有 し 、 そ の う ち １ つ を 、 19 イ ンチラックに搭載済みのイーサネットスイッチに接続すること。 ⑤ 1U ラ ッ ク マ ウ ン ト 筐 体 に 収 納 さ れ て い る こ と 。 ⑥ 200V の 電 源 に 接 続 で き る こ と 。 2) ソ フ ト ウ ェ ア 1 各計算ノードが具備すべきソフトウェア要件を以下に述べる。 ①オペレーティングシステム オ ペ レ ー テ ィ ン グ シ ス テ ム は 、 CentOS6 で あ る こ と 。 ② ア カ ウ ン ト 管 理 (NIS) 既設のログインノードで、ユーザーのアカウント情報を一元管理できるようにするこ と。 ③ フ ァ イ ル ア ク セ ス (NFS) 既設のファイルサーバー上のファイルにアクセスできるようにすること。 ④モニタリング 既 設 の 並 列 計 算 機 シ ス テ ム の 各 ノ ー ド は 、ganglia(ver. 3.6.0)に よ っ て 監 視 で き る よ う に な っ て い る 。 導 入 す る 計 算 用 サ ー バ ー も 、 ganglia に よ っ て 外 部 の 計 算 機 か ら 監視ができるようにすること。 ⑤ジョブ管理システム 既 設 の 並 列 計 算 機 シ ス テ ム に は 、Open Grid Scheduler が イ ン ス ト ー ル さ れ て い る 。 導 入 す る 計 算 用 サ ー バ ー で も 、 Open Grid Scheduler に よ っ て 、 ジ ョ ブ 管 理 で き る よ うにすること。 3) そ の 他 ①据付調整作業 ・ 配線作業 本調達には、配線作業を含めること。 ・ ケーブル等 本調達には、据付配線作業において計算用サーバーで必要となるケーブル及びその配 置、配線、調整等を含めること。なお、計算用サーバーを設置するラックの下には、 200V、 L6-30R の コ ン セ ン ト が 設 置 さ れ て い る 。 ・ 既設機器との接続 本 調 達 に は 、計 算 用 サ ー バ ー で 必 要 と な る ネ ッ ト ワ ー ク の 構 築 及 び 既 設 機 器 へ の 接 続 ・ 調整、各機器の動作確認を含めること。 ②保守・運用支援体制 ・ 保 守 に つ い て は 、平 日（ 土 日 、祝 祭 日 、年 末 年 始 を 除 く ）9:00～ 17:30 の 支 援 体 制 を とること。 ・ 本 シ ス テ ム に 発 生 し た 自 動 検 知 可 能 な 障 害 に つ い て は 、自 動 的 に 異 常 を メ ー ル な ど で 通知できる仕組みを有すること。 ・ 並列計算機システムにおいて重大な障害（ノードのダウン、パニック、ハング等） が発生した場合は、上記の対応を行うと共に、当該障害の原因究明を行い、速やかに 当機構に報告し、再発防止に努めること。 ・並列計算機システムの円滑な運用のため、以下の技術支援を行うこと。 a)障 害 調 査 及 び 対 処 2 b)シ ス テ ム を 改 善 す る た め の 提 案 及 び 新 技 術 、 製 品 等 の 情 報 提 供 c)運 用 及 び セ キ ュ リ テ ィ に 関 す る 調 査 等 d)そ の 他 、 運 用 上 で の 問 い 合 わ せ に 対 応 す る こ と 。 ・ 検収より３年間、構成機器の故障の際には、センドバック等による無償修理、ある いは交換部品の無償提供を行うこと。 3. 納 入 期 限 平成２８年９月３０日 4. 納 入 場 所 及 び 納 入 条 件 (1)納 入 場 所 京都府木津川市梅美台八丁目 1 番地７ 国立研究開発法人 量子科学技術研究開発機構 計算・先端情報センター棟 関西光科学研究所 Ｇ１０１室 (2)納 入 条 件 据付調整後渡し 5.検 収 条 件 第 4 項 に 示 す 納 入 場 所 に 据 付 調 整 が 完 了 し 、正 常 動 作 確 認 後 、当 機 構 立 会 い の も と 、「 検 査要領書」に基づき納入時検査を実施し、検査合格および第 7 項に示す提出図書の提出を もって検収とする。 「 検 査 要 領 書 」に は 、第 6 項 に 示 す 検 査 項 目 に つ い て 、検 査 の 方 法 、判 断基準、それらの根拠、妥当性等を記載すること。 6.検 査 項 目 ① 員数検査、外観検査、据付配線検査 納入物品が本仕様書の通り納入及び設置されていることを検査する。 ② 機能検査 ソフトウェア等の機能が満たされていることを検査する。 ③ 性能検査 ハードウェア等の機能が満たされていることを検査する。 7.提 出 図 書 ・ 作 業 計 画 書 (納 入 作 業 開 始 日 の １ 週 間 前 ま で に ) １部 ・ 検 査 要 領 書 (納 入 作 業 開 始 日 の １ 週 間 前 ま で に ) １部 ・ 検 査 成 績 書 (納 入 時 検 査 後 速 や か に ) １部 ・ 機 器 構 成 表 (納 入 時 ) １部 ・ 性 能 証 明 書 (納 入 時 ) １部 ・ シ ス テ ム 操 作 手 引 書 （ 電 子 媒 体 及 び 印 刷 物 ）（ 納 入 時 ） 3 １部 ・ シ ス テ ム 環 境 設 定 書 （ 電 子 媒 体 及 び 印 刷 物 ）（ 納 入 時 ） ・ その他必要な書類 １部 １部 8.グ リ ー ン 購 入 法 の 推 進 (1)本 契 約 に お い て 、 グ リ ー ン 購 入 法 （ 国 等 に よ る 環 境 物 品 等 の 調 達 の 推 進 等 に 関 す る 法律）に適用する環境物品（事務用品、ＯＡ機器等）の採用が可能な場合は、これ を採用するものとする。 (2)本 仕 様 に 定 め る 提 出 図 書（ 納 入 印 刷 物 ）に つ い て は 、グ リ ー ン 購 入 法 の 基 本 方 針 に 定める「紙類」の基準を満たしたものであること。 9.留 意 事 項 （ 1） 供 給 者 は 、 計 算 用 サ ー バ ー の 納 入 に よ り 知 り 得 た 当 機 構 の プ ロ グ ラ ム 及 び デ ー タ 等に関する情報を当機構の許諾なくして第三者に漏洩してはならない。 (2) 納 入 作 業 に つ い て は 、短 期 間 で か つ 円 滑 に 進 め る こ と 。納 入 時 の 作 業 工 程 表 、据 付 調 整 等 の 施 工 方 法 、計 算 機 の レ イ ア ウ ト 、体 制 及 び 作 業 等 に つ い て 当 機 構 と 事 前 に 協 議 を 行 う こ と 。協 議 結 果 は「 作 業 計 画 書 」に ま と め て 、納 入 作 業 開 始 日 の 1 週 間 前までに当機構に提出すること。 (3)本 仕 様 書 に 定 め の な い 事 項 又 は 疑 義 が 生 じ た 事 項 に つ い て は 、 当 機 構 と 協 議 し て 定めるものとする。 （要求者） 部課（室）名：量子ビーム科学研究部門関西光科学研究所 量子生命科学研究部生体分子シミュレーショングループ 氏 名：松本 淳 以上 4
© Copyright 2024 ExpyDoc
