RNA-seq解析 価格： ライブラリー作製からデータ解析まで 150,000円 /1サンプル 900,000円 /8サンプル（真核生物） 500,000円 /8サンプル（原核生物） 納期： 6週間 ●解析の流れ （お客様） ご提供サンプル・情報 ライブラリー作製 シーケンス解析 （注4） データ解析 （オプション解析） データ解析 〒243-0022 神奈川県厚木市酒井 3068 天幸第 7 ビル５階 TEL 046-280-4118 FAX 046-280-4148 URL http://www.gikenbio.com/ Contact [email protected] Total RNA (50ng/ul、20ul 程度 )(注1)とレファレンスになる配列 (fasta形式)と遺伝子アノテーション情報 (gff形式かgtf形式) (注２)を お送り下さい。 ライブラリーを作製致します。 rRNAの品質確認(注3)後、 その後、 ライブラリーの濃度と品質を確認致します。 Illumina NextSeq 500を使用してシーケンシング解析を行います。 試薬はNextSeq Reagent Kit V2 (75cycles)を使用して、1x75bpの シングルリードを取得します。 Tophatソフトウェアを用いてレファレンス配列にマッピング致します。 その後、cufflinksパイプラインを用いてカウントと正規化を行ったデ ータを提供致します。 cufflinksパイプラインを用いて、発現変動している遺伝子のリストを 提供致します。 ご提供サンプル ご提供情報 トータルRNA1μg以上 (50ng/ul、20ul 程度 ) レファレンス配列(fasta形式)/遺伝子アノテーション情報（gff形式, gtf形式） ・オリゴdTでmRNAを精製、 ランダムプライマーでcDNA合成 ・シーケンスライブラリー作製 真核生物 ・NexSeq500で75bp シングルリードでのrun ・データ解析(tophat, cufflinks pileline) サービス内容 ・データ量 3,000万リード ・イルミナ社Ribo-Zeroを利用したリボソーマルRNAの除去 ・cDNA合成 原核生物 （バクテリアおよびアーキア） ・シーケンスライブラリー作製 ・NexSeq500で75bp シングルリードでのrun ・データ解析(Bowtie, cufflinks pileline) ・データ量 500万リード オプション 項目 備考 価格（税別） RNAサンプルのライブラリー作製 （リボソーマルRNA除去無し） - 50,000円 RNAサンプルのライブラリー作製 （リボソーマルRNA除去有） イルミナ社のRibo-Zero Bacteria Kitを使用して、 rRNAを除きます。 90,000円 高出力タイプ 1x75bp 占有 4.0億リード/30Gb（メーカースペック） 500,000円 高出力タイプ 2x75bp 占有 4.0億リード/60Gb（メーカースペック） 1,000,000円 中出力タイプ 2x75bp 占有 1.3億リード/19Gb（メーカースペック） 400,000円 中出力タイプ 2x150bp 占有 1.3億リード/39Gb（メーカースペック） 600,000円 高出力タイプ 1x75bp 共有 1ラン全体の10%量をアプライ 140,000円 de novo transcriptome assembly TrinityとRSEMを用いてデータ解析を行います。 100,000円 （注1）99％エタノールに懸濁した状態で冷凍便で送付して下さい。 （注2） データはCD-RやUSBに入れて送付頂くか、 ダウンロードできるURLをご連絡下さい。de novo transcriptome assembly の解析をご希望のお客様は、お送り頂かなくても結構です。 （注3）rRNAの分解が進んでおり、 シーケンシング解析を行って もデータが得られないと判断した場合は、中止させて いただきます（この場合のご請求は行 いません） 。 （注4）de novo transcriptome assembly解析の場合、解析方法が通常の解析とは異なります。
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