3 文献検索 - 関西学院大学

生体情報学I ー医学・生物学のための
文献検索、キーワード検索ー無料動画EGOIST
関西学院大学理工学部生命医化学科
藤　博幸本日の講義内容と目標
•  文献検索について
•  文献情報を取り扱うデータベースとサーチエンジン
–  文献情報を取り扱っているデータベース
•  PubMed（パブメド）・無料
•  Scopus(スコーパス) ・一部無料
•  CiNii(サイニィ）・一部無料
–  学術文献専用のサーチエンジン
•  Google Scholar（グーグルスカラー）・無料
•  Scirus(サイラス)
•  PubMedを使ってみる（実習）
•  目標
–  PubMedの特徴を理解する
–  研究に必要な文献情報の検索・収集技術を習得する
本日の講義内容と目標
•  文献検索について
•  文献情報を取り扱うデータベースとサーチエンジン
–  文献情報を取り扱っているデータベース
•  PubMed（パブメド）・無料
•  Scopus(スコーパス) ・一部無料
•  CiNii(サイニィ）・一部無料
–  学術文献専用のサーチエンジン
•  Google Scholar（グーグルスカラー）・無料
•  Scirus(サイラス)
•  PubMedを使ってみる（実習）
•  目標
–  PubMedの特徴を理解する
–  研究に必要な文献情報の検索・収集技術を習得する
文献検索について 文献検索について
●レポートの作成や研究を進める上で重要な作業
自分の考えや主張をまとめるには
先行研究（注目するテーマに関する過去の研究）や
その他の情報を調べて評価・検討する事が必要
文献検索について
文献検索の使用例
腫瘍へのサリドマイドの適用
「神と悪魔の薬　サリドマイド」　トレント・ステフェン, ロック・ブリンナー著
日経BP社
ジューダ・フォークマン　（ハーバード大学子供病院）
腫瘍成長には血管新生が必要であることを発見
抗血管新生薬による腫瘍の治療
ロバート・ダマト
フォークマンの研究室で経口できる抗血管新生薬
の開発に取り組む
文献検索について
ダマトの思考実験
成人の身体の中で新たな血管が作られる場所
= 抗血管新生薬により副作用の出てくる可能性
皮膚、毛髪、爪…
女性生殖器
28日ごとにおびただしい血管がつくられている！！
抗血管新生活性を持つ薬は月経周期に影響を及ぼし
月経の減少や消失をもたらすのではないか？
Medlineで副作用として無月経が指摘されている薬を検索
膨大な数の薬が検出され、絞り込めない
文献検索について
妊娠している女性の場合
胎盤の形成や胎児の成長には血管形成が必要
抗血管新生薬は、胎児の奇形を生じさせるのでは？
副作用として胎児奇形の可能性のある薬を検索
やはり膨大な数の薬が検出された
二つの検索結果を組み合わせると６つの薬が残り
そのトップがサリドマイドだった
実験による確認
サリドマイドそのものでは血管新生は抑制されなかったが
その代謝産物により血管新生が抑制された
文献検索のための基礎知識
A AND B
●検索語入力の注意点
色々な可能性を考慮した検索語を考えないと
検索漏れにつながる
1.  異なる表記
例）　癌, ガン
2.  同義語＝言い換えできる語
例）　病気, 疾病, 疾患
例） disorder, disease, malady
3.  語尾変化
例） homology, homologous
→一方で、ユーザーが意識しなくてもDBの保有する同義語集(シソー
ラス, Thesaurus)により、検索漏れを防ぐ用意もされている
文献検索のための基礎知識
●熟語検索
２語以上で構成されるキーワードの場合、
ワード間に半角スペースを挟み、熟語の前後
を「””」（半角ダブルクォーテーション, PubMedの場合）で
囲んだ状態で入力する。
例：
“tumor suppressor gene”
スペース
文献検索のための基礎知識
●検索演算子
①AND(論理積)
A AND B
A
B
A OR B
A
B
A NOT B
A
B
②OR(論理和)
③NOT(理論差)
文献検索のための基礎知識
●検索演算子
①AND(論理積, かつ)
A AND B
キーワードAとキーワードBの両方を含む文献
例：
大腸菌 AND 病原性
A
キーワード
「大腸菌」
を含む文献
B
キーワード
「病原性」
を含む文献
文献検索のための基礎知識
●検索演算子
②AND(論理和, または)
A OR B
キーワードAとキーワードBのどちらかを含む文献
例：
大腸菌 OR 病原性
A
キーワード
「大腸菌」
を含む文献
B
キーワード
「病原性」
を含む文献
文献検索のための基礎知識
●検索演算子
③NOT(論理差, を除く)
A NOT B
キーワードAを含む文献からキーワードBを含む文
献を除いたもの
例：
大腸菌 NOT 病原性
A
B
キーワードキーワード
「病原性」
「大腸菌」
を含む文献を含む文献
文献検索のための基礎知識
●前方一致検索
キーワードの後方に「*」（半角アスタリスク, PubMedの場
合）をつける事で、「*」以降にどんな文字が続いてい
るものも全て検出する。
例：
phylog* →　phylogeny, phylogenetic など
splic* →　splice, spliced, splicing など
６００以上の語尾変化パターンがある場合は
警告が表示される。
文献情報データベース キーワード： PubMed
PubMedとは
●医学・生物関係の文献データベースの定番
o  対象として生物医学ー医学・看護学・歯学・獣医学・
薬学・健康科学ーを含む
o  収録数が膨大（収録範囲：1949年〜現在）
o  1997年から無料に公開
o  インターネットを介して世界中から利用可能
o  1997年から無料に公開
o  米国立医学図書館（NLM: National Library of
Medicine)が編纂する医学文献データベース
（MEDLINE）にその他の生命科学分野の文献を
追加した文献データベース
PubMedへのアクセス
●Firefox等のブラウザで下記のURLにアクセス
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/
PubMedのトップページ
詳細検索機能
キーワードの入力ボックス
PubMedの使い方
・クイックマニュアル
・フリーアクセスできる
論文の取得について
・FAQ
・チュートリアル
・最新情報
PubMedのツール
・モバイル端末向けサービス（β版)
・特定論文の簡易検索
・複数論文の一括検索
・臨床医学領域でのEBM文献検索
・特定のトピックに絞った検索
追加情報資源
・MeSHデータベース
・ジャーナルデータベース
・臨床試験情報
・インターフェースを利用せずにデータを
取り込むE-ツール
基本検索 キーワードの入力
入力するキーワードについて
・医学／生物用語→現象名や分子名など興味のある言葉
（例）apoptosis, genome
・著者名→family name（フル）・first name（イニシャル）・middle name（イニシャル）の順番
（例） miyata t, van der Vaart JM
・雑誌名→フルタイトル、略誌名、ISSN(国際標準逐次刊行物番号, この時ハイフンも必要)
(例) Journal of Bacteriology(フル)、J Bacteriol(省略形でもピリオド無),
1098-5530(ISSN)
＊英語
＊大文字／小文字どちらでも良い(論理演算子は大文字表記)
＊ギリシャ文字はアルファベットで綴る　（例）α→alpha, β→beta, γ→gamma
＊特殊記号の扱い　（例）「’」「!」「?」「%」「$」などの記号は省略。「-」→スペース
＊ローマ数字の扱い（例）I->i, II→ii, IX→ix
基本検索
（例題）Escherichia coli, O111
キーワードの入力と 検索の実行
①入力ボックスにキーワードを入れる。
複数のキーワードはスペースで区切る。
（スペース区切りは論理積検索に相当）
②ボックスに入力されたキーワードに基づき
候補のワードが表示される。
③目的の用語があったらそれをクリックすると
検索が開始される。
④候補の中に目的の
用語が無かったら、最
後まで入力し、このボ
タンを押す、または
「Enterキー」を押して検
索を開始する。
基本検索 検索結果① Summary形式
検出総数：
921件
論文タイトル
著者名
収録誌（略）名
略誌名の上にマウス
↓
正式名称が表示
出版年;巻（号）;ページ
・921件の論文情報　がSummary形式
の一覧として出力
・点線枠内が
各論文タイトル
の内容
関連文献リスト
無料で全文を
閲覧できるリンク
チェックするには
多すぎる
↓
キーワードを
追加して絞り込む
基本検索 検索結果② ①キーワードとして「pathogen」を追加
検出総数：
53件
・53件の論文情報　がSummary形式
の一覧として出力
タイトルと要旨を
一通りチェックしてみる
↓
１ページ当たりの
表示件数が２０件
に設定されており
確認しにくい
↓
表示件数を
変更する
基本検索 出力表示 設定変更 ①Display Settings
のリンクをクリックする
②出力形式の設定をしてApplyボタンをクリック
・ファイル形式：summary→abstruct
・１ページ当たりの出力件数:20→100
・並び替えの基準(出版年、著者順など）：Recently Added→Pub Date
検出総数：
53件
・53件の論文情報　がSummary形式
の一覧として出力
タイトルと要旨を
一通りチェックしてみる
↓
１ページ当たりの
表示件数が２０件
に設定されており
確認しにくい
↓
表示件数を
変更する
基本検索 検索結果③ 各論文のabstractと 電子ジャーナルのリンク の表示 電子化されている文献
である事を表すリンク。
但し、所属機関が購読
契約を結んでいる場合
に全文の閲覧が可能。
全文無料文献である事
を表すリンク
基本検索 検索結果④ 電子ジャーナルのリンク先へ行き 論文の全文を見てみる 該当文献のサイト
ここで全文が読める
全文無料文献のリンク
をクリック
基本検索 検索結果⑤ 電子ジャーナルのダウンロード PDFファイルの
リンクをクリック
更にPDFファイルとして
文献のダウンロード
も出来る
目的文献の取得
基本検索（例題：Escherichia coli
O111) 文献リストの作成 「検索結果③」の一覧から重要と 思われる文献リストを作成する ①
②
①各論文のabstractを確認し、
重要だと思われる文献の
チェックボックスにマークする
②再びDisplay Settingsを選択し、Abstract → Summaryに変更して”Apply”ボタンをクリック
マークした文献だけの情報を持つオリジナル文献リスト
基本検索（例題：Escherichia coli
O111) マークした文献だけの情報を持つオリジナル文献リスト　→　文献リストを保存する。　Send to をクリック
基本検索（例題：Escherichia coli
O111) 文献リストの保存 作成した文献リストを保存する ①
②
③
①「send to」をクリック
②「file」をクリック
③保存形式を指定し、
「Create File」ボタンをクリック
④ファイルのダウンロード画面が現れ、作成した
リストがファイルとしてダウンロードできる
④
基本検索（例題：Escherichia coli
保存した文献リスト pubmed_result.txt というファイルに 保存される (MacOSXの場合、 この名前のファイルが ダウンロードフォルダ に作成される） O111) 詳細検索(Advanced search)
（例題）Escherichia coli, O111 トップページのAdvanced searchを選択
検索結果の履歴と
論理演算子（AND, OR, NOT）
を用いた検索
Historyに過去の検索履歴が
入っている。
詳細検索(Advanced search)
Search Builderのプルダウンメニューから[Text Word]を選択し、「genome」を入
力
詳細検索(Advanced search)
genomeを入力
詳細検索(Advanced search)
① Add to Historyをクリックする
②　genomeがHistory
に Historyリストに登録
される
詳細検索(Advanced search)
② 2000年から2001年を
ボックスに入力
③ “Add to history”をクリック
①Builderのプルダウンメニュー
から “Date - Publication”を選択
詳細検索(Advanced search)
① HistoryリストにPublication
Dateとして2000年から2001年
がエントリされる。
② History中の
#1 Escherichia coli O111
#4 genome
#5 2000 – 20001
のAddをクリック
③ Builderに選択した項目が入力されていることを確認して
Searchボタンをクリック
詳細検索(Advanced search)
今回はANDのままで検索するが、検索目的に応じて
プルダウンメニューから条件を選択する
詳細検索(Advanced search)
一件だけ条件に該当する論文が検出
注意点
•  PubMedは医学生物系の文献検索には強力なツールであるが、
その他の分野の検索に使えない事もある
•  一般検索サービス (yahoo, google)の活用により、上記のポイント
を補うだけでなく、論文以外の講演／学会発表要旨等の情報も得
る事が期待される。
•  一方で、ネット上の情報の中には学術情報としての信頼性が確認
できず、参考情報として引用できないものもあるので注意が必要
である。
•  今回のAdvanced Searchは、利用の一例であり、異なるやり方
で同様のことを実行できる。
演習
• “breast cancer”で検索
何件検索できたか確認
• “allelic variant”で検索
何件検索できたか確認
•　Advanced Searchに移動してHistoryから上記検索を
AddでBuilderに入力し、ANDの条件で検索し、
何件になるかを確認
• “driver mutations”で検索
何件検索できたか確認
• Advanced SearchでHistoryを利用して”breast cancer”と”driver
mutations”のANDでの検索
何件検索できたか確認
マニュアル・参考書
•  PubMed Quick Start Guide / PubMed Tutorials (http://
www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed)
•  PubMedの使い方（２０１０）New version ダイジェスト第２版』
(東邦大学医学メディアセンター）
（http://www.mnc.toho-u.ac.jp/mmc/pubmed/）
•  改訂第２版『バイオデータベースとウェブツールの手とり足とり活用
法』 (中村保一、石川淳、磯合敦、平川美夏、坊農秀雄編集)　洋土社
文献検索をこえて
Bibliome:The bibliome is the totality of biological text corpus.
This term was coined around 2000 in EBI (European
Bioinformatics Institute) to denote the importance of biological
text information.
手法：テキストマイニング (text mining)
文字列を対象としたデータマイニングのことである。通常の文章
からなるデータを単語や文節で区切り、それらの出現の頻度や
共出現の相関、出現傾向、時系列などを解析することで有用な
情報を取り出す、テキストデータの分析方法
文献検索をこえて
文献検索をこえて
•  PubMedで”text mining”で検索 1036件検出
文献検索をこえて

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