Scalable, automation friendly and Efficient Dye Terminator purification. Agencourt ® CleanSEQ ® System Dye Terminator Removal CleanSEQ ゲルろ過 Phred20 での 平均シーケンスリード長 651 bp 586 bp 成功率 97 % 87 % ® Agencourt CleanSEQ は独自の SPRI （Solid Phase Reversible Immobilization）技術に基づく磁性ビーズを使用した、ダイターミ ネータ除去試薬キットです。シンプルな３ステップにより迅速に、かつ 効果的に過剰な未反応ダイターミネータを除去することができるため、 発売以来、多くのゲノムセンターや DNA シーケンスラボで採用されて Table 1. ダイターミネータ 1/16 倍希釈時の、CleanSEQ とゲルろ過法に よる精製後の DNA シーケンス結果の比較。 います。CleanSEQ はマニュアル法に加えて、Biomek® による自動 化にも最適です。 Superior Sequencing Data High Quality Sequencing Results CleanSEQ とシリカビーズ法、ゲルろ過法、セファデックス法および CleanSEQ による効率的な精製により、下記の結果が安定して エタノール沈殿により、シーケンス反応後の精製を行い、同一条件 得られます。 下で行ったシーケンスの結果を比較しました（Figure 2.）。その結果、 Phred20 でのシーケンスリード長が平均 700bp 以上 CleanSEQ において、より長いシーケンスリードと、より高い再現性が パスレートは 85%以上 確認されました（Phred は DNA シーケンスのベースコールソフトウエア 平均シグナル強度の向上 で、シーケンス結果の精度を評価します。P20 もしくは Phred20 は、 ベースコールの精度が 99％であることを示します）。 Flexible Purification 96 および 384 ウェルプレートでの精製が可能です。 P20 Readlength（bp） Reduced BigDye Concentrations CleanSEQ はシーケンス反応産物の回収率が高いため、高いシグ ナル強度が得られますく（Figure 1.）。また精製度が高いために S/N 比が大きく、低濃度のダイターミネータ下でも長いシーケンスリード長 と、高い成功率が得られます。このため、ダイターミネータの希釈が 可能（Table 1.）となり、シーケンシングのトータルコストを削減する ことができます。 ABI 3730xI RFU Figure 2. 各種方法で精製後の DNA シーケンスの結果を比較した。 Supported Platforms and Chemistries BigDye® Terminator および DTCS クイックスタートキットを用いた シークエンス反応後の精製に使用でき、ABI PRISM® 3730、 3700、3130、3100 シリーズおよび GenomeLab GeXP に対応し ます。 BigDye の希釈率 ＜対応プラットフォーム＞ Figure 1. TP53 の第 3 エクソン領域の PCR 産物 3 µl を、それぞれの BigDye 希釈率にて 20 µl の反応系でシーケンス反応を行い、CleanSEQ による精製後に、ABI 3730xl でのシグナル強度を確認した。 ・GenomeLab GeXP ・ABI PRISM 3730、3700、3130、3100 シリーズ ＜対応ケミストリ＞ ・GenomeLab DTCS クイックスタートキット ・BigDye Terminator v1.0, 1.1, 2.0, 3.0 および 3.1 4 Eliminate Dye Blobs Kit Components DNA シーケン スプロファ イルの読み始 めに見 られるダイブロッ ブ z Agencourt CleanSEQ （Figure 3A. の 30 ベース以前に見られる複数の大きな ピーク）は、 Reagent シーケンスのベースコールに悪影響を与えます。CleanSEQ は高い 精製度によってダイブロッブの出現を抑えるため、プライマー直後から 配列の読み取りを可能にします（Figure 3B.）。 Figure 3A. ゲルろ過プレートによる精製。ダイブロッブがベースコールに悪影響を与える。 Figure 3B. CleanSEQ による精製。プライマー直後から配列が読みやすい。 製品名 精製回数 製品番号 Agencourt CleanSEQ Kit （8 mL） 96 ウエル用-800 回分、384 ウエル用-1,600 回分 A29151 Agencourt CleanSEQ Kit （50 mL） 96 ウエル用-5,000 回分、384 ウエル用-10,000 回分 A29154 専用マグネットアクセサリ（初回購入時に必要） 製品番号 SPRI Plate 96R Ring Super Magnet Plate （96 ウエルプレート用） A32782 SPRI Plate 384 Magnet Plate （384 ウエルプレート用） A29165 Beckman Coulter、Beckman Coulter ロゴ、Agencourt、BigDye、CleanCEQ および SPRI は、Beckman Coulter, Inc の商標です。 他の会社名、製品名およびサービス名は、それぞれの所有する商標です。
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