Nieuwe diagnostische mogelijkheden binnen de klinische genetica

Nieuwe diagnostische
mogelijkheden binnen de
klinische genetica
The closer you look,
the smaller you find
chromosomenonderzoek
Karyotypering
• resolutie 4-8 Mb
• alle chromosomen
• ook gebalanceerde
translocaties
FISH
• resolutie 40-100 kb
• specifiek aanvragen
• één locus
• positie informatie
op naar genoombrede diagnostiek
Chromosoomonderzoek
FISH
arrays
high-resolution arrays
single gene deletions/duplications
whole exome sequencing
whole genome sequencing
Gene chip mapping assay - Affymetrix
Wat is een SNP?
Variatie in het DNA
van 1 nucleotide
Onschuldig
Ongeveer 90% van
alle genetische
variaties in het
menselijke genoom
zijn SNP's.
DNA-molecuul 1 verschilt
van DNA-molecuul 2 op
één basepaar plaats (een
C/T polymorfisme).
Voorbeeld: 250K SNP array
~250.000 verschillende SNPs verspreid over het gehele genome (-Y)
worden geanalyseerd
Voor microdeletie en duplicatie screening, het SNP genotype niet
noodzakelijk
Gemiddelde probe intensiteit wordt vergeleken met controles: een
maat voor de hoeveelheid DNA op die plek van het genoom voor die
persoon
LU
MC
CGH
3500
SNP
500.000
Resolutie
Gene chip mapping assay - Affymetrix
analyse 40 x 250,000 spots
Resultaat (1)
chromosoom 3p: 8.6 Mb deletie
Resultaat (2)
chromosoom 6p: 7.7 Mb duplicatie
het belang van kopie-aantallen
•
•
•
•
•
trisomie
microdeletie-syndromen
- 22q11-deletie, Williams syndroom
microduplicatie-syndromen
deleties van (deel van) 1 gen
- nieuwe genen/syndromen
mozaieken
Voorbeeld: verrassende diagnose met SNP
6 maanden
•
•
•
•
•
unilaterale choane
stenose
milde stenosis a.
pulmonalis
anus anterior
iriscoloboom L
retinacoloboom L + R
•
•
•
•
•
gehoorverlies
(80/50 dB, gemengd)
CT-scan:
afwijkingen van semicirculaire kanalen/
vestibulum/cochlea
voedingsproblemen
recidiverende bovenste
luchtweginfecties
GE-reflux
 CHARGE syndrome
CHARGE association
C - coloboma of iris or retina
H - heart defects (any)
A - atresia of the choanae
R - retardation of growth and development
G - genital anomalies
E - ear abnormalities (form/function)
CHD7-gen (8q12)
CHARGE association
3 major criteria:
• choanal atresia
• coloboma
• hypoplastic semicircular canals
2 minor criteria:
• brainstem dysfunction
• malformation of mediastinal organs (heart
or oesophagus)
• hypothalamic-hypophyseal dysfunction
• abnormal middle or external ear
• mental retardation
CHARGE association
3 major criteria:
• choanal atresia
• coloboma
• hypoplastic semicircular canals
2 minor criteria:
• brainstem dysfunction
• malformation of mediastinal organs (heart
or oesophagus)
• hypothalamic-hypophyseal dysfunction
• abnormal middle or external ear
• mental retardation
No mutation in CHD7
SNP array 
22q11.2 deletion
Voorbeeld: verrassende diagnose met SNP
mozaiek Down syndroom?
D21S1252
57.1 index: duplicatie
57.2 vader
57.3 moeder
follow up
SNP-array
deletion 17p11.2  Smith-Magenis syndroom
Smith-Magenis syndroom
Fenotype
• brachycefalie, breed gelaat, prominent voorhoofd
• korte neus, hypoplasie middengelaat
• cupid-bow lip
• hese stem
Smith-Magenis syndroom
Gedrag
• “perfecte baby”  ernstige slaapproblemen
• automutilatie (nagels uittrekken)
• ‘self-hug’
• ‘lick and flip’
Differentiaal diagnose
•
•
•
•
•
9q34-deletion syndroom/
Kleefstra syndroom (EHMT1-gen)
Down syndroom
Williams syndroom
Prader-Willi syndroom
22q11.2 deletie
SNP-array
 Smith-Magenis syndroom
Voorbeeld: vermeende XL overerving
man 42 jaar
- ID
- coarctatie aorta,
aortaklepstenosis
- anusstenose
- gehoorsverlies
(85 dB bilateraal)
- scoliose (OK)
- voetafwijking
(symphalangism)
X-linked overerving
3
3x PND
dup 10q (10 Mb)
del 11q (7.5 Mb)
10
11
normaal
ongebalanceerd
dup10q (groen)
del11q (rood)
N
3
SNP-array en FISH:
t(10;11)(q26.13;q24.2)
Voorbeeld: ontdekken van nieuwe genen
Treacher Collins syndroom
•
•
•
•
•
•
Altug-Teber et al; Eur J Hum Genet 2004
hypoplasia of facial
bones
downslant
ear deformities
hearing loss
AD inheritance
mutations in TCOF1
(60-93%)
Geen mutatie
in TCOF1
CR678
SNP-array
 156 kb deletie in 13q12.2, de novo
disrupts 2 genes …
 LNX2 and POLR1D
POLR1D
1/12  stop mutation
232 patienten  20 mutations
wat is POLR1D?
subunit van RNA polymerase I and III
RNA polymerase III
•
berokken bij transcriptie van rRNA
•
2 - en 2 -subunits
gist:
•
-subunit = AC19 en AC40
AC19 = POLR1D
AC40 = POLR1C
POLR1C
22
23
24
Patient
Mutations within POLR1C
Familial
EsM17985
c.979A>T, p.Lys327X;
c.836A>G, p.Arg279Gln
-
Man42
c.87delT, p.Gly31ValfsX23;
c.835C>T, p.Arg279Trp
-
EsM5815
c.922+3_c.922+6del;
c.836A>G, p.Arg279Gln
+
 AR overerving van TCS (Lowry et al. 1985)
Treacher Collins syndroom
1 patient  2 nieuwe TCS genen
(Dauwerse et al. Nature Genetics, 2011)
Voorbeeld mosaicisme
BW 2475 gram (37 wk AD)
respiratore insufficientie
postaxiale polydactylie L
hand
2 kleine VSD’s
microcefalie
MRI cerebrum: normaal
bronchomalacie
hernia diafragmatica
SNP-array
Mozaiek trisomie 13
FISH:
72/400 kernen (18%) trisomie 13
Aanvullend onderzoek:
7/50 (14%) trisomie 13
trisomy 13
growth retardation
60-70% have:
holoprosencephaly
an/microphthalmia
CLP
postaxial polydactyly
aplasia cutis (scalp)
80% heart defect
(ASD/VSD)
omphalocele
kidney malformation
Patient 7
BW 2475 gram (37 wk AD)
respiratore insufficientie
postaxiale polydactylie L
hand
2 kleine VSD’s
microcefalie
MRI cerebrum: normaal
bronchomalacie
hernia diafragmatica
op naar genoombrede diagnostiek
Chromosoomonderzoek
FISH
arrays
high-resolution arrays
single gene deletions/duplications
whole exome sequencing
whole genome sequencing
Voorbeeld deletie in een gen
•
60-jarige man
•
milde ID
•
epilepsie
•
normale lengte
•
OFC +2.9 SDS
baby
5 & 6 jaar
11 jaar
12 jaar
deletie Xq21.1
63 kb interstitiële deletie
• partiële deletie of BRWD3
Am J Hum Genet 2007
BRWD3 loss of function
•
•
•
•
macrocefalie
milde ID
frontal bossing
prominente oren
BRWD3 loss of function
•
•
•
•
macrocefalie
milde ID
frontal bossing
prominente oren
 suggestie bij
NSD1-negatieve
‘Sotos’ patients?
Voorbeeld: syndroomherkenning
• 20 wk AD:
ernstige micro/
retrognathie
• SNP-array: g.a.
• TOP 22 wk
known
NIPBL-gen
c.3439 CT (p.Arg1147*)
 Cornelia de Lange syndroom
genetische oorzaken
•
•
chromosomaal
- steeds kleinere afwijkingen
syndromaal
- herkenbaar
 gericht DNA-onderzoek
- (nog) niet herkend
op naar genoombrede diagnostiek
Chromosoomonderzoek
FISH
arrays
high-resolution arrays
single gene deletions/duplications
whole exome sequencing
whole genome sequencing
GATCACAGGTCTATCACCCTATTAACCACTCACGGGAGCTCTCCATGCATTTGGTATTTTCGTCTGGGGGGTATGCACGCGATAGCATTGCGAGACGCTGGAG
CCGGAGCACCCTATGTCGCAGTATCTGTCTTTGATTCCTGCCTCATCCTATTATTTATCGCACCTACGTTCAATATTACAGGCGAACATACCTACTAAAGTGTGT
TAATTAATTAATGCTTGTAGGACATAATAATAACAATTGAATGTCTGCACAGCCACTTTCCACACAGACATCATAACAAAAAATTTCCACCAAACCCCCCCNCCCC
CGCTTCTGGCCACAGCACTTAAACACATCTCTGCCAAACCCCAAAAACAAAGAACCCTAACACCAGCCTAACCAGATTTCAAATTTTATCTTTTGGCGGTATGCA
CTTTTAACAGTCACCCCCCAACTAACACATTATTTTCCCCTCCCACTCCCATACTACTAATCTCATCAATACAACCCCCGCCCATCCTACCCAGCACACACACAC
CGCTGCTAACCCCATACCCCGAACCAACCAAACCCCAAAGACACCCCCCACAGTTTATGTAGCTTACCTCCTCAAAGCAATACACTGAAAATGTTTAGACGGGC
TCACATCACCCCATAAACAAATAGGTTTGGTCCTAGCCTTTCTATTAGCTCTTAGTAAGATTACACATGCAAGCATCCCCGTTCCAGTGAGTTCACCCTCTAAAT
CACCACGATCAAAAGGGACAAGCATCAAGCACGCAGCAATGCAGCTCAAAACGCTTAGCCTAGCCACACCCCCACGGGAAACAGCAGTGATTAACCTTTAGCA
ATAAACGAAAGTTTAACTAAGCTATACTAACCCCAGGGTTGGTCAATTTCGTGCCAGCCACCGCGGTCACACGATTAACCCAAGTCAATAGAAGCCGGCGTAAA
GAGTGTTTTAGATCACCCCCTCCCCAATAAAGCTAAAACTCACCTGAGTTGTAAAAAACTCCAGTTGACACAAAATAGACTACGAAAGTGGCTTTAACATATCTG
AACACACAATAGCTAAGACCCAAACTGGGATTAGATACCCCACTATGCTTAGCCCTAAACCTCAACAGTTAAATCAACAAAACTGCTCGCCAGAACACTACGAG
CCACAGCTTAAAACTCAAAGGACCTGGCGGTGCTTCATATCCCTCTAGAGGAGCCTGTTCTGTAATCGATAAACCCCGATCAACCTCACCACCTCTTGCTCAGC
CTATATACCGCCATCTTCAGCAAACCCTGATGAAGGCTACAAAGTAAGCGCAAGTACCCACGTAAAGACGTTAGGTCAAGGTGTAGCCCATGAGGTGGCAAGA
AATGGGCTACATTTTCTACCCCAGAAAACTACGATAGCCCTTATGAAACTTAAGGGTCGAAGGTGGATTTAGCAGTAAACTGAGAGTAGAGTGCTTAGTTGAAC
AGGGCCCTGAAGCGCGTACACACCGCCCGTCACCCTCCTCAAGTATACTTCAAAGGACATTTAACTAAAACCCCTACGCATTTATATAGAGGAGACAAGTCGTA
ACATGGTAAGTGTACTGGAAAGTGCACTTGGACGAACCAGAGTGTAGCTTAACACAAAGCACCCAACTTACACTTAGGAGATTTCAACTTAACTTGACCGCTCT
GAGCTAAACCTAGCCCCAAACCCACTCCACCTTACTACCAGACAACCTTAGCCAAACCATTTACCCAAATAAAGTATAGGCGATAGAAATTGAAACCTGGCGCA
ATAGATATAGTACCGCAAGGGAAAGATGAAAAATTATAACCAAGCATAATATAGCAAGGACTAACCCCTATACCTTCTGCATAATGAATTAACTAGAAATAACTTT
GCAAGGAGAGCCAAAGCTAAGACCCCCGAAACCAGACGAGCTACCTAAGAACAGCTAAAAGAGCACACCCGTCTATGTAGCAAAATAGTGGGAAGATTTATAG
GTAGAGGCGACAAACCTACCGAGCCTGGTGATAGCTGGTTGTCCAAGATAGAATCTTAGTTCAACTTTAAATTTGCCCACAGAACCCTCTAAATCCCCTTGTAA
ATTTAACTGTTAGTCCAAANAGGAACAGCTCTTTGGACACTAGGAAAAAACCTTGTAGAGAGAGTAAAAAATTTAACACCCANAGTAGGCCTCAAAGCAGCCAC
CAATTAAGAAAGCGTTCAAGCTCAACACCCACTACCTAAAAAATCCCAAACATATAACTGAACTCCTCACACCCAATTGGACCAATCTATCACCCTATAGAAGAA
CTAATGTTAGTATAAGTAACATGAAAACATTCTCCTCCGCATAAGCCTGCGTCAGATTAAAACACTGAACTGACAATTAACAGCCCAATATCTACAATCAACCAA
CAAGTCATTATTACCCTCACTGTCAACCCAACACAGGCATGCTCATAAGGAAAGGTTAAAAAAAGTAAAAGGAACTCGGCAAATCTTACCCCGCCTGTTTACCA
AAAACATCACCTCTAGCATCACCAGTATTAGAGGCACCGCCTGCCCAGTGACACATGTTTAACGGCCGCGGTACCCTAACCGTGCAAAGGTAGCATAATCACT
TGTTCCTTAAATAGGGACCTGTATGAATGGCTCCACGAGGGTTCAGCTGTCTCTTACTTTTAACCAGTGAAATTGACCTGCCCGTGAAGAGGCGGGCATAACAC
AGCAAGACGAGAAGACCCTATGGAGCTTTAATTTATTAATGCAAACAGTACCTAACAAACCCACAGGTCCTAAACTACCAAACCTGCATTAAAAATTTCGGTTGG
GGCGACCTCGGAGCAGAACCCAACCTCCGAGCAGTACATGCTAAGACTTCACCAGTCAAAGCGAACTACTATACTCAATTGATCCAATAACTTGACCAACGGA
ACAAGTTACCCTAGGGATAACAGCGCAATCCTATTCTAGAGTCCATATCAACAATAGGGTTTACGACCTCGATGTTGGATCAGGACATCCCGATGGTGCAGCC
GCTATTAAAGGTTCGTTTGTTCAACGATTAAAGTCCTACGTGATCTGAGTTCAGACCGGAGTAATCCAGGTCGGTTTCTATCTACNTTCAAATTCCTCCCTGTAC
GAAAGGACAAGAGAAATAAGGCCTACTTCACAAAGCGCCTTCCCCCGTAAATGATATCATCTCAACTTAGTATTATACCCACACCCACCCAAGAACAGGGTTTG
TTAAGATGGCAGAGCCCGGTAATCGCATAAAACTTAAAACTTTACAGTCAGAGGTTCAATTCCTCTTCTTAACAACATACCCATGGCCAACCTCCTACTCCTCAT
TGTACCCATTCTAATCGCAATGGCATTCCTAATGCTTACCGAACGAAAAATTCTAGGCTATATACAACTACGCAAAGGCCCCAACGTTGTAGGCCCCTACGGGC
TACTACAACCCTTCGCTGACGCCATAAAACTCTTCACCAAAGAGCCCCTAAAACCCGCCACATCTACCATCACCCTCTACATCACCGCCCCGACCTTAGCTCTC
ACCATCGCTCTTCTACTATGAACCCCCCTCCCCATACCCAACCCCCTGGTCAACCTCAACCTAGGCCTCCTATTTATTCTAGCCACCTCTAGCCTAGCCGTTTA
CTCAATCCTCTGATCAGGGTGAGCATCAAACTCAAACTACGCCCTGATCGGCGCACTGCGAGCAGTAGCCCAAACAATCTCATATGAAGTCACCCTAGCCATC
ATTCTACTATCAACATTACTAATAAGTGGCTCCTTTAACCTCTCCACCCTTATCACAACACAAGAACACCTCTGATTACTCCTGCCATCATGACCCTTGGCCATAA
TATGATTTATCTCCACACTAGCAGAGACCAACCGAACCCCCTTCGACCTTGCCGAAGGGGAGTCCGAACTAGTCTCAGGCTTCAACATCGAATACGCCGCAGG
CCCCTTCGCCCTATTCTTCATAGCCGAATACANAAACATTATTATAATAAACACCCTCACCACTNCAATCTTCCTAGGAACAACATATGACGCACTCTCCCCTGA
ACTCTACACAACATATTTTGTCACCAAGACCCTACTTCTAACCTCCCTGTTCTTATGAATTCGAACAGCATACCCCCGATTCCGCTACGACCAACTCATACACCT
CCTATGAAAAAACTTCCTACCACTCACCCTAGCATTACTTATATGATATGTCTCCATACCCATTACAATCTCCAGCATTCCCCCTCAAACCTAAGAAATATGTCTG
ATAAAAGAGTTACTTTGATAGAGTAAATAATAGGAGCTTAAACCCCCTTATTTCTAGGACTATGAGAATCGAACCCATCCCTGAGAATCCAAAATTCTCCGTGCC
ACCTATCACACCCCATCCTAAAGTAAGGTCAGCTAAATAAGCTATCGGGCCCATACCCCGAAAATGTTGGTTATACCCTTCCCGTACTAATTAATCCCCTGGCC
CAACCCGTCATCTACTCTACCATCTTTGCAGGCACACTCATCACAGCGCTAAGCTCGCACTGATTTTTTACCTGAGTAGGCCTAGAAATAAACATGCTAGCTTTT
ATTCCAGTTCTAACCAAAAAAATAAACCCTCGTTCCACAGAAGCTGCCATCAAGTATTTCCTCACGCAAGCAACCGCATCCATAATCCTTCTAATAGCTATCCTC
TTCAACAATATACTCTCCGGACAATGAACCATAACCAATACTACCAATCAATACTCATCATTAATAATCATAATAGCTATAGCAATAAAACTAGGAATAGCCCCCT
TTCACTTCTGAGTCCCAGAGGTTACCCAAGGCACCCCTCTGACATCCGGCCTGCTTCTTCTCACATGACAAAAACTAGCCCCCATCTCAATCATATACCAAATC
de uitkomst
Voorbeeld: whole exome sequening
•
•
•
•
•
•
AD 39 wk, 2470 gram
microcefalie
proptose
hypotonie
arthrogrypose
ulnaire deviatie handen
patient 1
•
•
•
•
•
•
AD 39 wk, 2470 gram
microcefalie
proptose
hypotonie
arthrogrypose
ulnaire deviatie handen
 suggesties?
whole exome sequencing:
‘we zien een insertie van 4 bp in
ASXL1, kan dit passen?’
 JA!
Oberklaid-Danks/Bohring-Opitz S.
Voorbeeld: phenotype past niet bij gen
•
ernstige ID
•
epilepsie
•
stereotypieën
•
slaapproblemen
•
recidiverende
luchtweginfecties
•
pubertas praecox
•
brede neusbrug
•
lange, tapering vingers
•
rompataxia
•
hypermobiliteit
•
bilaterale
heupdysplasie
Whole exome sequencing
•
missense mutation exon 48 in MLL2
•
de novo
•
in silica: pathogeen
Kabuki syndroom fenotype
•
•
•
•
•
•
•
characteristic facial
appearance
skeletal anomalies
persistence of foetal
fingertip pads
developmental delay
postnatal growth
deficiency
congenital heart defects
genitourinary
abnormalities
Kabuki syndroom
56-76% heeft mutatie in MLL2 gen
• 2e gen: KDM6A
•
•
van MLL2 is geen ander fenotype
bekend dan Kabuki syndroom
•
nieuw fenotype?
Samenvatting
Nieuwe genetische technieken:
•
helpen syndromen te herkennen
(oud en nieuw)
•
uitbreiding phenotype per gen
interpretatie wordt uitdaging!
•
•
- we zullen mutaties/genen missen
- verkeerd labelen van mutaties
aantal genen ...
Aardappel ~25.000
Mens (2011) ~20.000