Large scale SNP-based hapltype analysis of the

SNPによる大規模LDマッピング
川口喬久川上弘人山田亮関根章博
中村祐輔山本一彦角田達彦
理化学研究所遺伝子多型研究センター
ミレニアムプロジェクト

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



2000年春から開始
遺伝子領域を中心に100,926SNPを配置
ケースコントロール解析でスクリーニング
連鎖不平衡解析によるLDマッピング
PADI4 (1p r.r=2.00), SLC22A4 (5q r.r=1.98),
FCRL3 (1p r.r=2.15)を同定（*FCRL3 は19日SS(16:30～)）
SNPおよびLDブロックによる、全遺伝子のカバー
の度合いを報告
LDマッピングの原理
組み換えが多く発
生した箇所
snp
snp
snp snp
snp
snp
SNPがマーカーとして
機能しうる範囲
すべての隣接する塩基間で連鎖が平衡に達していれば、SNP
はマーカーにはなりえない
snp
snp
snp snp
snp
snp
組み換えが一様であれば、マーカーが検出できる範囲もまた一様
snp
snp
snp snp
snp
snp
実際には、組み換えが多かった部位は局在している
真の疾患ローカス
LDマッピングの手順
SNP
遺伝子
ブロック
ハプロタイプ
&htSNP
A C G T A
G G G T G
A
A
C
G
G
C
C
G
C
G
G
T
T
G
T
C
C
C
T
G
G
G
C
C
C
G
C
G
G
G
T
A
A
T
G
C
C
G
G
T
G
T
C
A
C
A
C
G
G
C
A C G T T C C A A C A
G G T C G C G T C G A
A C T C G C G T A C C
遺伝子中心配置
SNP
遺伝子
ブロック
ハプロタイプ
A C G T
G G T C
A C T C
A
G
A
A
C
G
C
G
G
T
T
G
T
C
C
C
A C
G G
G C T
G C A
A C G C
G G T G
A C T C
遺伝子、SNPの推移
プロジェクトスタート
2000
Gene
50k
40k
30k
20k
2001
2002
2003
2004
2005
27,283Genes
10k
dbSNP
10m
7.5m
5.0m
2.5m
>1000万SNPs
遺伝子のカバー率
SNPもしくはblockによって、一部で
常染色体総遺伝子数：21,153
も検証された遺伝子の数
12,890 （60.9%）
カバーされず
 遺伝子あたりのSNP数および密度
8,263
8,381
5.0±6.4 個/遺伝子
12,890
0.2±0.3
個/kb
Blockでカバー

4,509
SNPでカバー
LDマッピングの結果




ブロックを構成するSNP数
5.6±6.5個
ブロック数およびブロック平均長
7,875個、28.1±69.6ｋｂ
ブロックあたりのハプロタイプ（>5%) 数
2.6±1.0個
ブロックあたりのhtSNP数
1.6±0.9個
A C G T
G G T C
A C T C
A
G
A
A
C
G
C
G
G
T
T
G
T
C
C
C
A C
G G
G C T
G C A
A C G C
G G T G
A C T C
全染色体への分布
まとめ



100,926個のSNPを使って常染色体のスクリーニ
ングおよびLDマッピングをおこなった
約60％の遺伝子はSNPもしくはブロックによって
解析された
これまでの解析でPADI4, SLC22A4, FCRL3を報
告した
謝辞

臨床施設
東京大学病院アレルギー･リウマチ内科
 日本医科大学附属病院リウマチ科
 行岡病院･(独)相模原病院･松原メイフラワー病院･
(独)大阪南病院･鳥取大学整形外科･県立山梨中央
病院


遺伝子多型研究センター

関節リウマチ研究チーム



鈴木亜香里（PADI4）
徳廣臣哉 (SLC22A4)
高地雄太 (FCRL3)

情報解析研究チーム

高橋篤

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