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大学院基盤医科学実習
NCBI遺伝子データベース検索
Introduction to the NCBI gene database
神経遺伝情報学大野欽司
June 29 and 30, 2011
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1. 初めてサテライトラボのコンピュータを使う人はID: “password”,
PW:(なし)で入り、全学IDと初期PWを入力し、新規PWを設定する。
一旦ログアウトをして、Alt-Ctrl-Delにより再度ログインをしてIDと
新規PWでログインする。
2. 教職員はhttps://app.icts.nagoya-u.ac.jp/MediaID/にアクセスをし
て情報メディア教育センターにアカウントのactivationを行う。
3. NCBI Handoutを以下のAlbatross File Uploaderからダウンロード
する。OKボタンが出ない時には「このアプリケーションで開く」のプ
ルダウンで「その他のアプリケーション」を一旦選択をして、ダウン
ロードを再度選択する。
http://albatross.med.nagoya-u.ac.jp/
ID: ohnok
PW: abbDM
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National Center for Biotechnology Information (NCBI),
National Library of Medicine (NLM),
National Institute of Health (NIH)
European Molecular Biology Laboratory (EMBL)
- European Bioinformaics Institute (EBI)
DNA Database of Japan (DDBJ)
Annotation databases: Ensembl, UCSC, H-InvDB
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NCBI Gene Database
Genomic Sequences
Gene
Genome
cDNA Sequences
UniGene
CCDS
Entrez: Literature, DNA, cDNA, protein databases
RefSeq: Reference Sequence Project
OMIM: Online Mendelian Inheritance in Men
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Neuromuscular
Junction
(CHRNE)
(RAPSN)
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James D. Watson 1928-
Complete genomic sequencing of James Watson (Oct 25, 2007)
• 1.8 x 106 variants from the reference sequence.
• 2.3 x 105 are unique to Watson.
• 6500 variants are amino-acid substituting.
• 23 mutations are registered at the Human Gene Mutation Database.
• Watson carries mutations in BRCA1 and Fanconi anemia 1.
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HapMap
7
Haplotype block (HapMap)
YRI: Yoruba in Ibadan, Nigeria
CEU: Utah residents
JPT: Japanese in Tokyo, Japan
Han Chinese in Beijing, China
Publications
The International HapMap Consortium. A
second generation human haplotype map of
over 3.1 million SNPs.
Nature 449, 851-861. 2007.
The International HapMap Consortium. A
Haplotype Map of the Human Genome.
Nature 437, 1299-1320. 2005.
The International HapMap Consortium. The
International HapMap Project.
Nature 426, 789-796. 2003.
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Base Pairings
Non-Watson-Crick base pair
or
Wobble base pair
4
23
6
1
2
4
3
2
6
1
2
4
23
6
1
2
Nucleotide Abbreviations
_____________________________________
A T G C N aNy
A T
- W Weak (2H bonds)
- G C S Strong (3H bonds)
A - G - R puRine
- T
C Y pYrimidine
A C M aMino (in large groove)
- T G - K Keto (in large groove)
- T G C B not A
A - G C V not T
A T
C H not G
A T G - D not C
_____________________________________
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Site License Software at Nagoya University
http://www.icts.nagoya-u.ac.jp/site/site-licence-nu.html
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http://www.nul.nagoya-u.ac.jp/db/vpn_gate.html
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Albatross File Uploader
http://albatross.med.nagoya-u.ac.jp
ohnok or
[email protected]
The same password
as the mail server
[email protected]
を使うとAlbatrossに対する
操作がすべてメールに配
信される。
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学内無線LANサービス
nuwnetとnuwnet-med
アクセスポイント設置場所
1.すべての会議室
2.一号館各階４か所
3.二号館各階６か所
4.図書館
5.講義室
6.サテライトラボ
7.病棟各階食堂
8.外来棟
nuwnetとnuwnet-med
1.Nuwnetは東山キャンパスに接続され
ます。鶴舞キャンパス内ネットワークを
見ることができない。自室のネットワー
クプリンターも使えない。
2.Nuwnet-medは鶴舞キャンパス内に
接続される。上記の問題はない。
nuwnetはguest accountの発行が可能
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大学が所有するネットワーク機器の障害はIT HelpDeskへ
http://www.icts.nagoya-u.ac.jp/it/helpdesk.html
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IT HelpDeskによくある問い合わせ
1. 無線LANルータの逆接続。無線LANルータにはLAN
側とWAN側がある。
2. ネットワークケーブルのタコ足配線によるループ形成
3. 鶴舞地区のすべてのネットワーク機器はDHCPサー
バ登録をすること。自分でIPを打ち込まない。
メールサーバ設定
1. 自宅や出張先からはサブミッションポート(Port 587)を使
うpeacockメール送信サーバを使う。
2. スパムと認定されたメールには[N-spam]がsubjectに負
荷される。間違って[N-spam]が付加された場合には
[email protected]に情報を下さい。
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情報セキュリティー研修
1. 名古屋大学IDとパスワードをご用意ください。
2. 名古屋大学ポータル（https://portal.nagoya-u.ac.jp/）から
ログインします。
3. 「キャンパス」→「情報セキュリティ自己点検」にお進み
ください。終了する前に必ず、「点検確認のために提出」
を必ずクリックして終了してください。
4. 「情報セキュリティ自己点検」には，日本語版と英語版（
Information Security Self-Inspection）をご用意しておりま
す。
5. 学外からも情報セキュリティ自己点検は，実施可能です。
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