Segmentation d’images microscopiques basée sur les attributs textures Benomar Mohammed Lamine Mourtada Benazzouz, Med Amine Chikh Laboratoire Génie Biomédical Dépt. Informatique Université de Tlemcen, Algérie [email protected] Laboratoire Génie Biomédical Dépt. Informatique Université de Tlemcen, Algérie {m_benazzouz,mea_chikh}@mail.univ-tlemcen.dz Abstract— La segmentation des cellules sanguines est un enjeu de recherche important en hématologie et dans d’autres domaines connexe. Dans cet article, une technique de segmentation des images microscopiques est proposée dans le but d’extraire les composantes des cellules sanguines (noyau, cytoplasme, globule rouge et plasma). L’image est représentée en niveaux de gris, les attributs d’Haralick extraits des matrices de cooccurrences sont utilisées pour caractériser les textures présentent dans ces images. Un prétraitement est réalisé pour extraire le fond (plasma) afin de réduire le temps d’exécution et le bruit. Les machines à vecteurs de support (SVM) ont été appliquées pour une segmentation par classification pixellaire supervisée. La méthode proposée a été testée sur vingt sept images microscopiques réelles avec des résultats prometteurs et des taux de reconnaissances du noyau atteignant les 98%. pathologique dépend principalement de la segmentation correcte de l’image. Mots clés: Segmentation d’image microscopique, image niveaux de gris, attributs textures, Support Vector Machine (SVM). Figure 1. Image microscopique de cytologie I. INTRODUCTION En hématologie l’analyse des cellules sanguines, particulièrement les globules blancs, dans les images microscopiques peut fournir des informations utiles concernant la santé des patients, cette étape de lecture, le screening, est une activité manuelle qui consiste en une inspection et analyse visuelle par le cytotechnicien de toutes les cellules présentes sur une lame dans le but de détecter des cellules anormales ou suspectes afin d’établir un diagnostic. Cette analyse est d’un intérêt capital car le diagnostic dépend de la bonne reconnaissance des cellules anormales ou suspectes. Or cela est difficile et reste toujours un processus très long demandant concentration, expérience et compétence de l’expert, ce dernier risque souvent de se tromper dans le diagnostic. Pour pallier à ceci, une approche est indispensable pour aider le cytotechnicien en utilisant un système informatique s’appuyant sur l’analyse d’images afin de réduire le temps et augmenter la précision du diagnostic. L’article présente la première étape de la construction d’un système automatique de reconnaissance des cellules. Cette démarche consiste à segmenter des images microscopiques de cytologie, qui est une étape cruciale pour l’analyse automatique des cellules; étant donné que le succès de la classification Différents algorithmes et techniques ont été développés pour résoudre le problème de la segmentation d’image. Cependant, il n’y a pas de solution générique pour résoudre ce problème. Ces techniques doivent être combinées avec les connaissances du domaine afin de trouver une solution de segmentation efficace. Haralick introduit en 1973 [1,2] un outil statistique, les matrices de cooccurrences, pour mesurer la distribution des niveaux de gris dans l’image tout en prenant en compte les interactions spatiales entre les pixels. Sharma a montré que les résultats obtenus par l’analyse des matrices de cooccurrences sont bons en termes de discrimination de textures en niveaux de gris [3]. Une approche basée sur la texture a été présentée par Daniela et al [4]. Pandit [5] et Keller [6] ont réalisé des travaux remarquables sur la segmentation, l’extraction des caractéristiques et la classification des leukocytes sur les images en niveaux de gris de la moelle osseuse. Dans notre approche, l’image complète est segmentée en quatre régions : noyau, cytoplasme, globule rouge et fond (Fig.1). Nous avons opté pour l’utilisation des 13 premiers attributs d’Haralick extraits à partir des matrices de cooccurrences [1,2] pour la caractérisation de la texture des images en niveaux de gris, suivi de la construction d’une classification pixellaire supervisée par SVM. Cet article est organisé comme suit : une introduction et un aperçu sur le domaine de segmentation d’image cytologique dans la section 1, suivi d’une présentation de la notion de texture et les indices d’Haralick utilisés dans la section 2. Dans la section 3 les concepts de base du classifieur SVM sont exposés. Les principales étapes de la segmentation et des résultats sont présentés dans la section 4. Les conclusions sont données dans la section 5. II. EXTRACTION DES CARACTÉRISTIQUES A. Notion de Texture Il n’existe pas de définition précise de la texture, et, malgré son omniprésence dans les images (importante dans les images médicales, aériennes, de textiles,...), « Il n’existe pas d’approche formelle ni de définition précise de la texture » [1,2]. En termes de définition de la notion de texture, on trouve d’abord celle donnée par le dictionnaire, qui précise simplement qu’une texture est la reproduction spatiale d’un motif de base dans plusieurs directions. Puis, d’autres plus précises, telle que : une texture est une structure spatiale constituée par l’organisation de primitives (ou motifs de base) ayant chacune un aspect aléatoire. Une texture est alors une structure hiérarchique à 2 niveaux. Ou bien encore, cette définition qui considère une texture comme un phénomène à 2 dimensions : La première concerne la description d’éléments de base ou primitives, à partir desquels est formée la texture. La deuxième est relative à la description des relations spatiales entre ces primitives. On distingue en fait, selon l’élément de base et les règles de placement, 2 types de textures : les macro-textures (ou textures structurées), les micro-textures (ou textures aléatoires). B. Les matrices de cooccurrences et les indices d’Haralick Dans la littérature, de nombreuses méthodes permettent d'extraire des paramètres caractérisant la texture. Elles se décomposent en deux grandes classes : l'approche structurale et l'approche statistique [1,2]. L'approche structurale consiste à repérer les éléments de base de la texture, ainsi que leurs arrangements. L'approche statistique s'applique en particulier aux textures ne possédant pas de primitives élémentaires autres que le pixel comme le cas de nos images microscopiques. Nous détaillerons dans la suite les attributs qui nous ont tout particulièrement intéressés, à savoir les matrices de cooccurrences et les indices d’Haralick extraits de ces matrices. Nous avons voulu privilégier les matrices de cooccurrences et les attributs textures, par opposition à nos précédents travaux où nous avons utilisé seulement les caractéristiques colorimétriques [16,17], dans le but de poursuivre nos futurs travaux avec la même idée en combinant la texture et les couleurs au niveau de chaque pixel. Cet outil statistique, qui est les matrices de cooccurrences à niveaux de gris (GLCM), introduit par Haralick en 1973 [1,2], est intéressant car il mesure la distribution des niveaux de gris dans l’image tout en prenant en compte les interactions spatiales entre les pixels. Cette matrice est une matrice carrée de taille n2 où n correspond au nombre des niveaux de gris de l’image. La plupart des images sont codées sur 256 niveaux de gris par conséquent, la taille des GLCM est considérable. Généralement les niveaux de gris de l’image sont requantifiés (16, 32 ou 64 niveaux de gris) ce qui permet d’avoir un temps de traitement plus restreint [8,9], dans notre cas les images sont codées sur 256 niveaux de gris et nous avons utilisés 64 niveaux de gris pour les GLCM. Une matrice de cooccurrence mesure la probabilité d’apparition des paires de valeurs de pixels situés à une certaine distance dans l’image. Elle est basée sur le calcul de la probabilité P (i, j, δ, θ) qui représente le nombre de fois où un pixel de niveau de gris i apparaît à une distance relative δ d’un pixel de niveau de gris j et selon une orientation θ donnée. La distance δ n’excède pas, en général, quelques pixels, afin de ne prendre en compte qu’une information très locale de voisinage. Les directions angulaires θ classiquement utilisées sont 0, 45, 90 et 135 degrés. La figure (Fig.2) illustre ce propos. Figure 2. Plus proches voisins du pixel ‘X’ selon les 4 directions Comme les matrices de cooccurrences contiennent beaucoup d’informations et sont donc consommatrices en espace mémoire, elles ne sont pas directement exploitées pour caractériser les textures. Les utilisateurs préfèrent donc extraire de ces matrices des attributs afin de réduire la quantité d’informations à manipuler, tout en conservant la pertinence de ces descripteurs. C’est pour cette raison que nous avons choisi d’utiliser les 13 premiers attributs d’Haralick extraits à partir de ces matrices [1,2]. Dans son article "Textural features for image classification", Haralick introduit quatorze attributs de texture extraits des matrices de cooccurrences. Ces attributs sont les suivants [7]: 1. L’énergie : 1= ij (Pij(,)2) (1) Ce paramètre mesure l’uniformité de la texture. Il atteint de fortes valeurs lorsque la distribution des niveaux de gris est constante ou de forme périodique. Dans ce dernier cas, les valeurs élevées d’énergie sont obtenues pour les matrices P(δ,θ) lorsque (δ, θ) correspond à la période. 2. Contraste 11. Entropie des différences 2= ij ((i-j)2 Pij(,)) (2) Le contraste mesure les variations locales, si ces variations sont importantes, alors le contraste sera élevé. La valeur en est d’autant plus élevée que la texture présente un fort contraste. Ce paramètre est fortement non corrélé à l’énergie. 3. Corrélation Ng (3) Où μx, μy, x et y sont respectivement les moyennes et les écarts type de px et py. Ce paramètre permet de déterminer si certaines colonnes de la matrice sont égales, c’est-à-dire s’il existe des dépendances linéaires dans l’image. En effet, plus les valeurs sont uniformément distribuées dans la matrice de cooccurrences et plus la corrélation est importante. La corrélation n’est corrélée ni à l’énergie, ni à l’entropie. 4. Variance 4= ( i j (i-µ) Pij(,) ) Ng Ng 2 (4) Moment différenciel inverse (Homogénéité) 5= iNg jNg Pij(,) / 1+(i-j)2 (5) Ce paramètre a un comportement inverse de celui du contraste. En effet, plus la texture possède de régions homogènes et plus le moment différentiel inverse est élevé. 6. Moyenne des sommes 6= i2Ng iPx+y(i) 7. (7) Entropie des sommes 8= - i2Ng Px+y(i) log (Px+y(i)) 9. (6) Variance des sommes 7= i2Ng (i-8)2 Px+y(i) 8. 12. Information sur la corrélation 12= (HXY – HXY1) / max (HX,HY) (12) Où HX et HY sont respectivement les entropies de Px (8) Entropie 9= - iNg jNg Pij(,) log(Pij(,)) (9) L’entropie mesure la complexité de l’image. Lorsque les valeurs de la matrice de cooccurrences sont presque toutes égales, l’entropie est élevée. Elle permet ainsi de caractériser le degré de granulation de l’image. En effet, plus la valeur de l’entropie est grande et plus la granulation est grossière. L’entropie est faible si on a souvent les mêmes couples de pixels. C'est un indicateur de désordre. L’entropie atteint de fortes valeurs lorsque la texture est complètement aléatoire (sans structure apparente). Elle est fortement corrélée (par l’inverse) à l’énergie. 10. Variance des différences 10= variance (Px-y) HXY = - ∑i∑j p(i,j)log(p(i,j)) HXY1= - ∑i∑j p(i,j)log(px(i) py(j)) 13. Information sur la corrélation 13= (1-exp[-2.0(HXY2-HXY)])1/2 (13) Où: HXY2= - ∑i∑j px(i) py(j)log(px(i) py(j)) 14. Coefficient de corrélation maximal 14= (1ière plus grande valeur propre de Q)1/2 (14) La variance mesure l’hétérogénéité de la texture. Elle augmente lorsque les niveaux de gris différent de leur moyenne. La variance est indépendante du contraste. 5. (11) et Py. 3= ( i j (ij) Pij(,)-µxµy ) / xy Ng 11= - iNg-1 Px-y(i) log(Px-y(i)) (10) Où : Q= ∑k (p(i,k)p(j,k)) / (px(i)py(k)) Les attributs f6, f7, f8, f10, f11, f12, f13 et f14 apportent des informations supplémentaires sur les degrés d’homogénéité et de complexité de l’image, ainsi que sur la corrélation. La méthode d’extraction de ces paramètres basée sur le calcul des matrices de cooccurrence est une des méthodes les plus proches de la notion de texture. Elles mettent effectivement en avant les relations qui existent entre les pixels de l’image en faisant intervenir l’aspect local (les niveaux de gris) et l’aspect spatial (δ, θ). Cependant, ces matrices sont calculées de façon globale pour toute l'image, ce qui n'est pas sans poser de problème quand nous savons qu'il est possible d'avoir plusieurs textures différentes dans une même image. Haralick [2] suggère de calculer des matrices de cooccurrence avec différentes directions et d’en faire la moyenne. Pour remédier à ce problème, nous calculons la matrice C sur une fenêtre glissante de taille W centrée sur chaque pixel xi de l'image (la taille de la fenêtre adéquate est donnée dans la partie résultats expérimentaux). Ainsi, les mesures mentionnées ci-dessus (indices d’Haralick) peuvent être calculées pour chaque pixel de l'image. Malheureusement, les temps de calcul sont alors considérables, mais la résolution de la segmentation est de un pixel [10, 11, 12]. III. SVM La théorie de l’Apprentissage Statistique de Vapnik et de Chervonenkis [13] a conduit au développement d’une classe d’algorithme connu sous le nom de SVM. Ils permettent de réaliser des estimations en classification. Une des originalités de la méthode est de produire une fonction de décision qui n’utilise qu’un sous-ensemble de la base d’apprentissage. Les éléments de ce sous-ensemble sont nommés Vecteurs de Support(VS). Soit un ensemble d’apprentissage E = {(x1,y1),…, (xk,yk)} composé de k couples avec xi ∈ Rn et yi ∈ {-1,+1}. L’algorithme des SVMs projette les vecteurs xi dans un espace de caractéristiques H à partir d’une fonction non linéaire ∅: Rn →H. L’hyperplan optimal de séparation des deux classes dans l’espace H est ensuite recherché. Cet hyperplan (ω,b) matérialise la frontière de séparation entre les deux classes. La classe y d’un nouvel exemple x est définie par : y = sign (.(x) + b) (15) L’hyperplan est optimal s’il maximise la distance qui le sépare des exemples dont il est le plus proche. Cette distance est usuellement appelée marge du classifieur. Il a été démontré [13] que maximiser cette marge correspond à maximiser le pouvoir généralisateur du classifieur. En choisissant une fonction noyau. K (xi,xj)= (xi), (xj) B. Méthode d’étiquetage Afin d’évaluer les résultats de segmentation nous devons disposer d’une base étiquetée (image vérité terrain). Ce qui nous intéresse ici est de détecter les globules blancs (noyau et cytoplasme) et les globules rouges. A l’aide d’un programme développé sous Matlab et d’un logiciel de traitement et de retouche d’image nous avons effectué l’étiquetage des 27 images de notre base (Fig. 4), sachant que le vert représente le noyau, le jaune pour le cytoplasme, le rouge pour les globules rouges et le fond (plasma) en noir. (16) Il a également été montré que la résolution du problème dual correspondant produit une fonction de décision de la forme : (x) = xiSV (iyi K (xi, x) +b) (17) Où {αi} et b correspondent à la solution optimale du problème dual. Dans cet article, la fonction noyau RBF (Radial Basis Function) a été choisie comme noyau, qui est: K(xi , xj) = exp(-g‖xi - xj‖2) Figure 3. Image microscopique prétraitée (18) Le code du programme et une discussion plus détaillée sur les C-SVM peuvent être trouvés dans [14]. Les SVM sont des classifieurs binaires, m (m-1)/2 classifieurs SVM sont utilisés pour un problème multi-classes. IV. EXPÉRIMENTATION A. Base d’images Notre base a été construite à partir d’images réelles acquises au sein du service d’hémobiologie (CHU Tlemcen), sur des lames avec la coloration MGG (May Grunwald Giemsa). L’environnement LEICA (caméra et microscope) permet d’obtenir des images couleur RGB de 24-bit sous format Bitmap. Par la suite nous avons converti ces images couleur en images niveaux de gris afin d’extraire les indices d’Haralick [1,2]. Vingt sept images microscopiques ont été utilisées pour l’évaluation de l’algorithme de segmentation proposé. Nos images ont été divisées en 2 groupes disjoints: le premier pour l’apprentissage (18images), le choix de ces images est basé sur un critère de représentativité de toutes les classes, le deuxième pour le test (9images). Dans nos précédents travaux [16,17], nous avons enregistré des taux de reconnaissances du plasma (fond) atteignant les 99%. Aussi, le fond de l’image prend généralement une grande partie de l’image ce qui augmente le temps de traitement et contient même du bruit, pour cela nous avons effectué un prétraitement sur la base d’images pour extraire la partie fond (Fig. 3). Figure 4. Image étiquetée (vérité terrain) C. Étape de segmentation Notre segmentation est basée sur une classification pixellaire, et nous avons choisi SVM comme classifieur. En premier lieu, nous construisons un SVM appliqué sur toutes les caractéristiques (14 caractéristiques= niveaux de gris + 13 indices d’Haralick), obtenues des images du premier ensemble d’apprentissage en prenant en considération que les pixels des noyaux, cytoplasme et globules rouges. Chaque pixel est représenté par 14 caractéristiques. Nous avons testé trois fenêtres (3x3, 5x5 et 7x7) notre choix s’est porté sur la fenêtre 5x5 centré sur le pixel considéré, d’où δ, θ ∈ {0,1,2,-1,-2} en utilisant toutes les directions possibles (0°,45°,90°,135°,180°,-45°,-135°,-90°). D. Résultats et discusions Nous avons mesuré et quantifié les performances de segmentation de l’ensemble des images de test par rapport aux images vérité terrain, pour cela nous avons utilisé deux critères: le taux de reconnaissance (rappel) et la précision. Ensuite une comparaison de ces résultats avec ceux obtenus dans un autre travail [16], sur la même base d’images microscopiques, en utilisant une technique de fusion de segmentation par SVM dans différents espaces couleur à savoir RGB, HSL, HSV, LUV et YUV. Quelques résultats visuels de notre segmentation sont présentés sur les figures 5 et 6 (Fig.5 Fig.6). La table (I) montre les taux de reconnaissances et de précisions obtenues. Le temps moyen de classification des images (512x384 pixels) par SVM appliqué sur les 14 caractéristiques est de 305 secondes. TABLE I. RESULTATS OBTENUS POUR LE CLASSIFIEUR SVM Noyau Cytoplasme G. rouge Taux de reconnaissance 94.11% 44.09% 89.49% Précision 84.44% 54.13% 70.32% A la lumière des résultats présentés et des résultats visuels, nous constatons que la segmentation de la région noyau est hautement satisfaisante cela est dû à la ressemblance de la configuration des attributs texture, en niveaux de gris, des noyaux dans les différentes images et la différence de cette configuration par rapport aux autres classes (cytoplasme et globule rouge). Ces attributs qui tiennent uniquement compte de l’information de Luminance (la luminance est ici définie comme étant l’attribut d’une sensation visuelle selon laquelle une surface paraît émettre plus ou moins de luminosité [7]). Cette différence est visible dans la figure 6.a et 5.a (Fig.5 Fig.6). Figure 5. Résultat visuel: (a)Image originale, (b)Image niveaux de gris, (c)Image segmentée, (d)Image étiquetée(vérité terrain) Cependant il demeure toujours une confusion entre le cytoplasme et les globules rouges, vu la ressemblance considérable de leurs caractéristiques; cela est dû aussi à une mauvaise classification des pixels appartenant à d’autres régions classés cytoplasme (faux positifs). Cette confusion a été constatée même dans des travaux utilisant d’autres techniques et méthodes de segmentation [16,17]. Aussi, les images originales contiennent des régions claires aux centres des globules rouges (Erythroblasts : globule rouge avec noyau), ce qui mène à leurs classification généralement comme cytoplasme ceci peut être corrigé par un simple remplissage dans l’étape de post traitement. Puisque le diagnostic de l’expert médical est basé essentiellement sur les leucocytes (noyau + cytoplasme) nous avons trouvé utile d’ajouter quelques résultats de précision concernant le noyau et cytoplasme (Table II) ainsi que les résultats visuels pour ce type de cellules (Fig. 7). TABLE II. RESULTATS SVM APRES POST TRAITEMENT Noyau Cytoplasme Taux de reconnaissance 97.76% 65.08% Précision 85.21% 53.23% Figure 6. Résultat visuel: (a)Image originale, (b)Image segmentée, (c)Image étiquetée(vérité terrain) Afin de pouvoir comparer les résultats de notre approche avec une autre méthode de classification [16], la table (III) recense les résultats de classification obtenus sur la même base d’images microscopiques. De meilleurs résultats de classification sont obtenus dans [16] en utilisant différents espaces couleurs afin de profiter de la complémentarité de ces espaces. Cette comparaison permettra de mettre en évidence l’insuffisance de la seule information de luminance (niveaux de gris) pour discriminer la texture. Figure 7. (a) résultat SVM, (b) résultat post traitement, (c) vérité terrain [1] TABLE III. COMPARAISON DES RESULTATS AVEC UNE AUTRE METHODE Noyau Cytoplasme Précision (Nos résultats) 85.21% 53.23% Précision (Travail [16]) 92.91% 88.36% [2] [3] [4] V. CONCLUSION Dans cet article, nous présentons une méthode de segmentation d’images microscopiques texturées. L’objectif est de caractériser les textures présentes dans ces images en utilisant les attributs d’Haralick (14 indices) extraits des matrices de cooccurrences (GLCM). Cependant, ces matrices sont calculées de façon globale pour toute l'image, ce qui n'est pas sans poser de problème quand nous savons qu'il est possible d'avoir plusieurs textures différentes dans une même image. Pour remédier à ce problème, nous calculons la matrice GLCM sur une fenêtre de taille w centrée sur chaque pixel x de l'image. Ainsi, les attributs de texture peuvent être calculés pour chaque pixel de l'image. La segmentation est basée sur une technique de classification pixellaire développée par VAPNIK connu sous SVM. Ce choix est justifié par: 1) un taux de classification élevé et 2) un processus de classification rapide. Les résultats obtenus ont été très convaincants et encourageants, ce qui nous permettra de poursuivre l’´etude et essayer d’améliorer la méthode préconisée, en sélectionnant les attributs textures les plus pertinents, utiliser une approche hybride qui tient compte de la texture et de l’information couleur. [5] [6] [7] [8] [9] [10] [11] [12] [13] VI. REMERCIEMENTS [14] Notre équipe a réalisé l’acquisition des images microscopiques de cytologie ainsi que l’annotation (étiquetage) des différentes régions (classes). Cette base n’aura pas vu le jour sans la contribution de Mme N.Benmansour (Médecin Hématologiste - C.H.U Tlemcen) qui nous a ouvert son service et nous a permis l’accès au microscope LEICA et les lames des patients. Nous tenons à la remercier vivement et témoignons notre gratitude. [15] [16] [17] REFERENCES R. Haralick, K. Shanmugan, et I. Dinstein. Textural features for image classification. IEEE Transactions on SMC, 3(6) :610–621, 1973. R. Haralick. Statistical and structural approaches to texture. IEEE Transactions on SMC, 67(5) :786–804, 1979. M. Sharma et S. Singh. Evaluation of texture methods for image analysis. In R. Linggard, editor,Proceedings of the 7th Australian and New Zealand Intelligent Information Systems Conference, pages 117– 121, 2001. Daniela Mayumi Ushizima Sabino, Luciano da Fontoura Costa, Edgar Gil Rizzatti , Marco Antonio Zago: A texture approach to leukocyte recognition. Elsevier, Real-Time imaging 10, 205–216, 2004. M. Pandit, H. 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