Einleitung Biologische Datenbanken Was kann ich in der PubMed

Was Sie aus der Vorlesung mitnehmen sollten …
08.06.2011
Einleitung
Was ist Bioinformatik und wie ist der Bezug zu anderen Wissenschaftsdisziplinen ?
Weshalb hat die Bedeutung der Bioinformatik zugenommen ?
Wie hat (wird) sich das Datenaufkommen entwickelt (entwickeln) ?
Welche Meilensteine in der Bioinformatik hat es gegeben ?
Was ist die PPP Medizin ?
Was sind die Vorraussetzungen für personalisierte Diagnostik und Therapie ?
Biologische Datenbanken
Welche großen Bioinformatikzentren gibt es ?
Was kann ich dort finden ?
Wie sind die (Sub-) Datenbanken verknüpft ?
Wie kann ich im meine Suchen detaillieren und treffsicherer machen ?
Was ist MyNCBI ?
Welche Datenbanken umfasst NCBI Entrez ?
Was enthalten die Ensembl Datenbanken, wo liegt der Schwerpunkt ?
Welche großen Nucleotid-Datenbanken gibt es ?
Wie oft werden sie synchronisiert ?
Was kann ich in der PubMed finden ?
Wie schränke ich meine Suchergebnisse ein ?
Was ist eine Datenbank ?
Wie ist eine biologische Datenbank strukturiert ?
Wie kann die Struktur einer Datenbank festgelegt werden ?
Was kann ich in der PubMed finden, was nicht ?
Was ist die GenBank ?
Wie erfolgt die Versionierung von Einträgen ?
Wie ist ein GBFF (GenBank Flat File) strukturiert. Welche Sequenz-ID soll verwendet werden ?
Welche „Divisions“ gibt es in der GenBank ?
Welche Downloadformate werden unterstützt ?
Prädiktive Methoden basierend auf DNA und Protein Sequenzen
Was ist die Motivation von BLAST ?
Wie läuft BLAST ab ?
Was ist das Resultat einer BLAST Suche ?
Was ist der Unterschied zwischen lokalem und globalem Alignment ?
Welche Internet Resourcen für BLAST gibt es ?
Welche unterschiedlichen BLAST Versionen gibt es ?
Wann wird welche Version eingesetzt ?
Wie ist eine Substitutionsmatrix aufgebaut ?
Wie ist eine Scoring Matrix aufgebaut ?
Was ist der Inhalt der PAM und BLOSUM Matrizen ?
Was sind die Unterschiede in den Matrizen ?
Wann sollte welche Matrix angewendet werden ?
Was ist die Bedeutung und der Zusammenhang von Bit-score und E-value ?
Was ist ein Protein Profil ?
Welche profilbasierenden Methoden zur Homologiesuche gibt es ?
Was ist eine PSSM und wie wird sie gebildet ?
Wie läuft eine PSI-BLAST Suche ab ?
Wie läuft eine BLOCKS Suche ab ?
Wie können Aminosäuren eingeteilt werden ?
Welche Vorhersagemethoden für physikalische/chemische Proteineigenschaften gibt es ?
Welche Eigenschaften können vorhergesagt werden ?
Wozu wird die Vorhersage der Sekundärstruktur eingesetzt ?
Welche grundlegenden Strukturelemente gibt es und wie sind diese aufgebaut ?
Welche Faltungsklassen gibt es ? Typische Vertreter ?
… ohne Anspruch auf Vollständigkeit.
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Was Sie aus der Vorlesung mitnehmen sollten …
08.06.2011
Was ist ein neuronales Netzwerk ? Aufbau ? Zuweisung von Verbindungen und Gewichten ?
Welche Algorithmen zur Strukturvorhersage gibt es ?
Wie ist der Ablauf bei PredictProtein ?
Wozu dient SignalP ? Was kann es nicht leisten ?
Welche Algorithmen zur Vorhersage der Tertiärstruktur gibt es ?
Wie ist der Ablauf bei VAST bzw. SWISS-Modell ?
Mehrfaches globales Sequenz-Alignment
Was ist der Unterschied zwischen lokalem und globalem Alignment ?
Was ist der Unterschied zwischen paarweisem und mehrfachem Alignment ?
Was ist der Zusammenhang zwischen paarweisem und mehrfachem Alignment ?
Was ist ein Profil ? Wie wird es gebildet ?
Was ist ein Sequenz-Logo ? Wie wird es gebildet ? Wie kann es normiert werden ?
Was kann man aus einem Sequenz-Logo herauslesen ?
Welche Algorithmen zum multiplen Alignment gibt es ?
Wie läuft multiples Alignment mit Dynamischer Programmierung / Greedy Algorithmus / Progressive
Alignment ab ?
Wie werden Sequenzen mit ClustalW alignet ?
Welche Scoring-Methoden gibt es für ein multiples Alignment ?
Welche Programme für das multiple Alignment gibt es ?
Welche Programme für die Visualisierung und das Editieren eines multiple Alignment gibt es ?
Microarrays: Technologien, Anwendungen und Analyse
Was sind Microarrays ? Welche Technologien sind verfügbar ?
Wofür können Microarrays angewendet werden ?
Wie ist der experimentelle Ablauf bei der Messung der Genexpressions ?
Welche Schritte sind zur Auswertung von Microarraydaten notwendig ?
Wie können differentiell expremierte Gene ermittelt werden ?
Was ist die Motivation für Clustering ?
Wie können Cluster-Methoden unterteilt werden ?
Was benötigt man unbedingt zum Clustern ?
Wie läuft hierarchisches Clustern ab ?
Vor- und Nachteile beim hierarchischen Clustern ?
Was ist ein Dendrogramm ?
Was sind die Unterschiede bei den Methoden zur Vereinigung von Clustern ?
Wie ist der Ablauf bei k-means Clustering?
Vor- und Nachteile bei k-means Clustering ?
Wie ist der Ablauf bei SOM ?
Vor- und Nachteile bei SOM ?
Wozu macht man eine PCA / CA ?
Unterschiede PCA und CA?
Was ist eine SVM ?
Einschränkungen einer SVM ?
Was versteht man unter Gene Set Enrichment Analyse (GSEA)? Was wird verglichen ?
Welche Gen Attribute können in der GSEA verwendet werden ?
Wie kann ein Enrichment statistisch belegt werden ?
Next Generation Sequencing
Welche „Next Generation“ Technologien zur Sequenzierung gibt es ?
Wodurch unterscheiden sich die Technologien aus Sicht des Bioinformatikers ?
Vor- und Nachteile der einzelnen Technologien ?
Wie läuft die Sequenzierung eines Genoms ab ?
Was ist ein Contig, Scaffold, Repeat ?
Welche Algorithmen zur Genomsequenzierung gibt es und wie ist dabei der Ablauf ?
Welche Programme zur Assemblierung gibt es ?
Wie erfolgt das Scaffolding ?
… ohne Anspruch auf Vollständigkeit.
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Was Sie aus der Vorlesung mitnehmen sollten …
08.06.2011
Welche Programme für das Scaffolding gibt es ?
Wie kann die Qualität eines Assemblies charakterisiert werden ?
Was sind die Unterschiede zwischen de novo Assembly und Re-Sequenzierung ?
Wie erfolgt die Annotation einer Genomsequenz ?
Wie ist der Ablauf bei einer Re-Sequenzierung ?
Welche Algorithmen für das Read-Mapping gibt es ? Vor- und Nachteile ?
Wie ist der Ablauf bei Transkriptom Sequenzierung ?
Wozu wird Transkriptom Sequenzierung angewendet ?
Was ist der Unterschied zwischen Genom- und Transkriptom Sequenzierung ? Was ist zu beachten ?
Welche Programme zur Transkriptom Sequenzierung gibt es ?
Was ist die Anwendung von RNA-seq ?
Wie läuft die Analyse von RNA-seq Daten ab ?
Wie werden RNA-seq Daten normalisiert ?
Welche Pakete für die Analyse von RNA-seq Daten gibt es ?
Was sind die Unterschiede zwischen RNA-seq und Expressionsanalyse mit DNA-Microarrays ?
Was sind die Unterschiede zwischen RNA-seq und Transkriptomsequenzierung ?
Wie läuft die Probenaufbereitung bei ChIP-seq Daten ab ?
Wie läuft die Analyse von ChIP-seq Daten ab ? Welche Programme zur Peak Erkennung gibt es ?
Was ist ein Mikrobiom ? Wo kann man Proben ziehen ?
Wie läuft die Probenaufbereitung bei Mikrobiom Daten ab ?
Welche Ansätze zur Mikrobiomanalyse gibt es ?
Wie läuft die Analyse von Mikrobiom Daten ab ?
Welche Programme zur Mikrobiom (Amplicon) Analyse gibt es ? Wodurch unterscheiden sie sich ?
Wie erfolgt die Analyse von Metagenome Daten ? Was wird dabei charakterisiert ?
… ohne Anspruch auf Vollständigkeit.
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