< HEDJ?;HH8>:C8:H 情報生命科学専攻 9ZeVgibZcid[8dbejiVi^dcVa7^dad\n LEB$(( , 浅井潔教授情報科学的な視点で生命現象をとらえる研究を通して、次世代の生命科学の基盤となる情報技術、計測技術を開発します。またそうした融合研究を担える人材を育成します。情報生命科学専攻 ]iie/$$lll#XW#`#j"id`nd#VX#_e$VhV^aVW$bZbWZgh$VhV^ RNA 配列情報解析 ∼分子間相互作用の予測に向けて∼ 細胞内には、様々な生体高分子があり RNA分子（ヒトのますが、その多くは他の分子と相互作場合、少なくとも10 用することによって機能を発揮しています。万種類）のすべて生体高分子の機能を予測するには、そのの組み合わせ（50 生体高分子が他の分子とどのような相互億通り）に対して相作用をするかを予測することが重要になり互作用の有無を予ます。測することは、計算我々は、RNA分子の相互作用を予測し量の面でも困難なようと試みています。RNA分子としては、ゲ課題です。我々は、ノムDNAにコードされている遺伝子からタ機能性RNAプロンパク質へと翻訳される鋳型であるmRNA ジェクト（NEDO）が古くから知られていましたが、今まで意味などで培ってきたがないと思われていたタンパク質をコードし RNA2次構造予測ていないDNAが実際には機能性RNAとし技術やRNA相互て多数転写され、重要な役割を果たしてい作用予測技術と、産総研で開発された超ることが明らかになってきました。機能性高速な配列情報解析技術を組み合わせ、密な計算（RactIP：http://rna.naist.jp/ RNAの多くは機能が未知なので、その機能超高速計算機も活用してRNA分子の網 ractip）を行い、さらに候補を絞り込みます。を予測したいのです。我々は、機能性RNA 羅的な相互作用予測に取り組んでいます。これらの処理には膨大な計算量が必要との機能をバイオインフォマティクスの立場か相互作用する可能性のあるRNA分子されるため、京コンピュータ（http://www. ら明らかにするための基盤として、高精度の組を、膨大な組み合わせの中から見つけ aics.riken.jp）を使っています。絞り込んだ RNA2次構造予測（CentroidFold）をはじるために、まず、一定以上の長さの相補塩候補に対しては、立体構造を考慮した分子めとする数多くのソフトウェアと機能性RNA 基列を持つRNA分子の組を網羅的に探シミュレーションを試みています。データベース（f RNAdb）を開発しましたします。相互作用するRNA分子同士は連機能性RNAの多くは、タンパク質分子と続した相補塩基対を形成する場合が多も相互作用し、その複合体が機能を発揮機能性のRNAの多くが共通に持っていいからです。この作業には、塩基長の合計します。snoRNA、miRNAでは、RNA る特色は、塩基配列の相補性を利用してに対してほぼ線形な計算時間で済む、超が標的RNAの認識を担当し、標的RNAの他のRNA分子を特異性高く認識すること高速な配列情報解析技術が活躍します修飾・切断などの機能はタンパク質が担っです。RNA分子内で相補塩基対（水素結（LAST：http://last.cbrc.jpというソフトています。したがって、機能未知のRNAが合によるA-U、G-Cなどのペア）を構成するウェアを使っています）。分子内の2次構造形成する複合体の機能を知るには、相互 2次構造と言われる構造と同様に、機能性で強い塩基対を形成すると予測される（エ作用するタンパク質が何であるかを知るこ RNAは他のRNAと連続した相補塩基対ネルギーモデルに基づいた塩基対確率がとが重要であり、RNA同士の相互作用はを作り、結合することによって相手を識別す高い）部分は、他のRNA分子と相互作用し標的RNA予測に役立つわけです。そのよるのです。にくいと考えられるので、そのような部分はうなわけで、我々はRNA分子間の相互作特定の2個のRNA分子の相互作用を予あらかじめ検索範囲から除いておきます用だけでなく、タンパク質立体構造の専門。得測すること自体も容易ではありませんが、潜（Raccess：http://www.ncrna.org）家と共同で、RNA−タンパク質の相互作（http://www.ncrna.org）。在的に転写される可能性のある多数の図：RNA 間相互作用予測パイプラインの概念図られたRNA分子の組に対して、分子内の塩基対と分子間の塩基対に関するより精用予測にも取り組んでいます。 ;gd ci^Z g HX^ Zc XZh ''