IntelliGeneTM E. coli CHIP Version 2.0

IntelliGeneTM
E. coli CHIP Version 2.0
Code No.X003
Size: 1 Slide
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I. Contents
IntelliGeneTM E.coli CHIP Ver.2.0 is arrayed and immobilized with 4,155 kinds of DNA fragments, prepared from Archive plasmid in
which Escherichia coli K12 W3110 ORFs have been cloned. This product covers approximately 97% of ORFs of E. coli K12 W3110.
About 300 bp ORF region of each gene, which have minimal homology against other genes of E. coli , were spotted on this DNA
chip. This microarray is suitable for research of E coli . The figure below shows a map of DNA fragments spotted on a slide glass (1 x
3 inch). The expression of each gene can be simultaneously analyzed through hybridization of the probes which were prepared by
using total RNA obtained from E.coli as template. This chip is also spotted with following DNA fragments as negative control and
these control spots can be used to determine the background level.
Control spots (as negative control)
Cnt. 1 : GFP (Green Fluorescence Protein)
Cnt. 2 : Human TFR (transferrin receptor)
Cnt. 3 : Human actin, beta *
Cnt. 4 : Calf thymus DNA
CHIP
E.coli
Version 2.0
12 spots
12 spots
12 spots
12 spots
6C-C 4C
For Research Use Only
Meta Columns
1
*In the spike experiment with Human TFR RNA(1 kb)
(TaKaRa Cat. #TX805), this control spot shows cross hybridization.
In that case, this control spot can not be used for negative control.
2
4
5
6
7
8
8 Rows
DNA fragments (DNA fragments of E. coli K12 W3110 ORFs
and controls)are arrayed at the colored area on the slide glass figure.
Spot area consists of 12 Meta-Grid, each of which is composed of
8 Sub-Grid Rows x 50 Sub-Grid Columns.
The position of each Meta-Grid can be categorized with the number
of Meta-Row and Meta-Column.
Meta Rows
3
1 1
↓
8
The spotted DNA information can be downloaded through
our Internet site. URL: http://www.takara-bio.co.jp/
For the detailed information on the gene on this chip,
please refer to the data base : E. coli WWW HOME PAGE (URL: http://ecoli.aist-nara.ac.jp/)
50 Columns
9
50
10
11
12
II. Storage
Store in a desiccator, packed in vessel at room temperature in the dark. Keep cool, dry and protected from Light.
III. Usage
Please refer to the attached IntelliGeneTM DNA CHIP protocol. In the case of detection by Affymetrix Array Scanner , set the parameters for reading position as follows ;
Scan Offset Y (mm)
Scan Size Y (mm)
E. coli CHIP Version 2.0
16
59
IV. Note
It is recommended to use Takara Spaced Cover Glass XL (Takara Code.TX705).
V. Reference
1) Richmond C.S. et al. 1999. "Genome-wide expression profiling in
Escherichia coli K-12" Nucleic Acids Res ., 27, 3821-35.
2) Tao H.et al. 1999. "Functional genomics: expression analysis of Escherichia
coli growing on minimal and rich media" J Bacteriol .,181,6425-40.
3) Phimister, B. ed. : Nature Genet. Suppl ., 21, 1-60 (1999)
Notice
This product is intended to be used for research purpose only. They
are not to be used for drug or diagnostic purposes, nor are they intended for human use. They shall not to be used products as food,
cosmetics, or utensils, etc.
Takara products may not be resold or transfered, modified for resale or
transfer, or used to manufacture commercial products without written
approval from TAKARA BIO INC.
If you require licenses for other use, please call at +81 77 543 7247 or
contact from our website at www.takara-bio.com .
This product is covered by the claims of Japanese Patent
No.3727882 and its foreign counterpart patent claims.
Produced by TAKARA BIOTECHNOLOGY (DALIAN) CO., LTD.
v2007.03Da
IntelliGene Ⓡ
E. coli CHIP Version 2.0
Code No.X003
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●製品説明
本 DNA チップは、大腸菌 K12 W3110 株の ORF がクローニングされた Archive plasmid から DNA 断片を調製し、整列・固定化した
DNA チップです。Version 2.0 では全推測 ORF の約 97％に相当する 4,155 種類の DNA 断片をチップ上に固定化しています。本 DNA チッ
プ上の各遺伝子は ORF 配列の中でデータベースに登録されている他遺伝子に対してもっともホモロジーの低い領域約 300 bp を選
びスポットしています。大腸菌の全 RNA を鋳型に調製したプローブを本チップに対してハイブリダイズさせることにより、各遺伝
子の発現を同時に解析することができます。また、以下の DNA 断片がネガティブコントロールとしてスポットされており、バック
グラウンドレベルの決定に利用できます。
コントロールスポット（ネガティブコントロールとして）
Cnt. 1 : GFP (Green Fluorescence Protein)
12 spots
Cnt. 2 : Human TFR (transferrin receptor)
12 spots
Cnt. 3 : Human actin, beta *
12 spots
Cnt. 4 : Calf thymus DNA
12 spots
CHIP
E.coli
Version 2.0
6C-C 4C
Meta Columns
1
2
*Human TFR RNA (1kb) ( 製品コード TX805) を用いてスパイク実験を
行う場合、若干クロスハイブリしますのでその場合はネガティブ
コントロールとしては使用できません。
Meta Rows
3
図の着色領域に大腸菌 ORF の DNA 断片、コントロール DNA 断片などが
整列固定化してあります。各 DNA スポットは、8 Sub-Grid Rows × 50
Sub-Grid Columns からなる島 (Meta-Grid) 12 個に分かれており、各島の
位置は、Meta-Row、Meta-Column の番号で分類されています。
4
5
6
7
8
8 Rows
DNA チップ上にスポットされた DNA に関する詳細な情報は、
弊社ホームページからダウンロードできます **。
URL: http://www.takara-bio.co.jp/
For Research Use Only
1 1
↓
8
50 Columns
9
50
10
11
12
** DNA チップ上にアレイされた遺伝子のリストである Array List (Text ファイル ) と、発現データ解析ソフト ImaGene ( 製品コード
BD001) を用いてデータ解析する際に使用する Gene ID file (Text ファイル ) をダウンロードすることができます。Array List に対応す
る ORF ID、gene name、description 等については、E.coli WWW HOME PAGE (URL: http://ecoli.aist-nara.ac.jp/) をご参照ください。
●注意
ハイブリダイゼーションには TaKaRa Spaced Cover Glass XL ( 製品コード TX705) の使用をお勧めします。
●保存
容器ごとデシケーター中で冷暗所保存して下さい。
●使用法
添付の TaKaRa DNA チッププロトコールをご参照下さい。なお、Affymetrix Array Scanner にて検出される場合、読み取り位置のパ
ラメーターは以下のように設定して下さい。
Scan Offset Y (mm)
Scan Size Y (mm)
E. coli CHIP Version 2.0
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●参考文献
1) 森浩禎・堀内嵩 . 1997.「大腸菌ゲノムプロジェクト」蛋白質
核酸酵素 , 42, 2938-45.
2) Richmond C.S. et al. 1999. "Genome-wide expression profiling in
Escherichia coli K-12"Nucleic Acids Res ., 27, 3821-35.
3) Tao H. et al . 1999. "Functional genomics: expression analysis of
Escherichia coli growing on minimal and rich media" J Bacteriol.,
181, 6425-40.
4) Phimister, B. ed. : Nature Genet. Suppl ., 21, 1-60 (1999)
●注意
・本製品は研究用として販売しております。ヒト、動物への医療、臨床
診断用には使用しないようご注意ください。また、食品、化粧品、家
庭用品等として使用しないでください。
・タカラバイオの承認を得ずに製品の再販・譲渡、再販・譲渡のための
改変、商用製品の製造に使用することは禁止されています。
This product is covered by the claims of Japanese Patent
No.3727882 and its foreign counterpart patent claims.
v2007.03Da
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技術的なお問い合わせ先
TaKaRa テクニカルサポートライン
Tel 077-543-6116
Fax 077-543-1977

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