illuminaCSPro 認証プログラムとは、illumina 株式会社から教育を受け 認定された、受託サービス企業に与えられる資格です。厳しい審査と トレーニングを経て認証された高品質なサービスを提供していきます。 Illumina HiSeq 2500 / MiSeq ■ Illumina HiSeq 2500 1 ランあたり最大 1Tb (125bp × 80 億リード ) の データを産出します。2 つのモード（ High Output / Rapid Run）があり、必要なデータ量に応じてご依頼 いただけます。 使用例：高等生物の全ゲノムドラフト解析 ターゲット領域シーケンス解析 トランスクリプトーム解析 等 Illumina HiSeq 2500 ■ Illumina MiSeq 1 ランあたり最大 15Gb (300bp ×5000 万リード ) のデータを取得することができます。 使用例：微生物の全ゲノム配列決定 アンプリコンシーケンス解析 等 Illumina MiSeq High Output Mode Rapid Run Mode 8 レーン 2 レーン 2 レーン 8 レーン 1 レーン フローセル １ランあたりの解析総塩基数（最大のレーン数・フローセル数で稼働した場合） High Output Mode Illumina HiSeq2500 リード長 V3 試薬 100bp 50bp 100bp 125bp 40 億 30 億 シングルリード リード数 80 億 60 億 ペアエンド 270-300Gb シングルリード 135-150Gb 270-300Gb 450-500Gb データ量 900-1Tb 270-300Gb 540-600Gb 540-600Gb ペアエンド Illumina MiSeq リード長 50bp 50bp 150bp 100bp 25-30Gb 50-60Gb V2 試薬 1500 万 シングルリード ペアエンド ー シングルリード 750-850Mb データ量 ペアエンド ー リード数 Rapid Run Mode V4 試薬 150bp 6億 12 億 50-60Gb 75-90Gb 100-120Gb 150-180Gb V3 試薬 250bp ー 3000 万 ー 4.5-5.1Gb 7.5-8.5Gb 75bp 300bp ー 5000 万 ー 3.3-3.8Gb 13.2-15Gb ※取得データ量はカタログスペック最大値で保証値ではございません。 サンプル・配列などにより変動しますので、詳細はお問い合わせください。 【シーケンス解析原理】 ゲノム DNA / mRNA ご 提 供 頂 い た ゲ ノ ム DNA / Total RNA サ ン プ ル よ り、ゲ ノ ム DNA / mRNA の ラ ン ダ ム な 断 片 を 調 製 し（※）、両 端 に 断片化 / ランダムプライマーでの逆転写 2 種類のアダプターを付加します。DNA 断片 はアダプター配列を利用してフローセル上に Sequence By Synthesys ・シーケンス試薬の添加 ・1 塩基伸長反応 1cycle ・未反応塩基の除去 ・蛍光シグナルの取り込み ・保護基と蛍光の除去 両端にアダプター付加 結合・増幅され、クラスター（同一 DNA 断片 の集合）を形成します。 Bridge PCR による クラスター形成 シーケンスプライマーを添加後、1 塩基伸長と 蛍光の読み取りのサイクルを繰り返し行う事 クラスター で、フローセル上で並列的な大量シーケンス を行います。 ※ゲノム：物理的断片化 , 350 / 550bp mRNA：化学的断片化ののち , ランダムプライマーによる逆転写 ,100bp- フローセル -1- ■ シングルリード法 【ペアエンド】 ゲノム DNA / mRNA 【メイトペア】 ゲノム DNA / mRNA ゲノム DNA （50 300bp）を読み取る方法です。small RNA 解析や ChIP 解析に有用です。 ■ ペアエンド法 ペアエンド法は、DNA 断片の両末端の各一定長 DNA/cDNA（100-550bp） DNA/cDNA（100-550bp） 断片化（2-10kb） 環状化用アダプター付加 （ビオチン標識） アダプター付加 アダプター付加 クラスター形成 クラスター形成 （50 300bp）を読み取る方法です。シングル リード法と比較して 2 倍の配列データが得られ、 環状化 de novo アセンブルでのコンセンサス配列決定・ 片側をシーケンス リード 1 をシーケンス 断片化 ■ メイトペア法 メイトペア法は、ゲノム上で数 kb 離れた領域を 含む DNA 断片を調製し、その両端を読み取る 方法です。まず Transposomes により DNA を クラスター再形成 ゲノム DNA ビオチン標識断片を濃縮、 アダプター付加 数 kb の長さに断片化します。その際同時に 断片化 DNA 末端へのビオチン標識アダプター ペアエンド法により 両端をシーケンス リード 2 をシーケンス 付加が 起 こ り ま す。環 状 化 し さ ら に 細 か く メイトペ ア末端領域を含む DNA 断片を濃縮 ゲノム DNA 用いてシーケンスを行います。 ゲノム DNA De novo アセンブルでの scaffold 構築や、kb 単位 の大きな構造変異解析が可能となります。 ■ マルチプレックス法 DNA 断片にインデックス（バーコード）配列 （デュアルインデックスでは 96 サンプル）を シーケンスできます。コスト・時間を削減し、 A1：アダプター 1 配列 A2：アダプター 2 配列 SP1：シーケンスプライマー 1 配列 SP2：シーケンスプライマー 2 配列 リード１ A1 SP1 SP2 Index A2 シーケンスプライマー 1 を用いてリード１をシーケンスします。 且つ実験スループットを拡大することが可能で す。Exome 解析や疾患関連領域の Deep シーケ ンスなどターゲット領域に特化した研究や、ゲノ ムサイズが小さい生物種における株間の変異検出 などの解析に有用です。 インデックスリード A1 SP1 SP2 Index A2 読み取ったリード 1 を取り除き、同じ鎖にインデックスシーケンスプライマーを アニールさせます。6 塩基で構成されたインデックスリードをシーケンスします。 A2 Index SP2 SP1 A1 ペアエンド法を併用する場合には、再度相補鎖を作成し、もとの鎖を取り除きます。 相補鎖にシーケンスプライマー 2 をアニールし、リード 2 をシーケンスします。 Pipeline ソフトウェアでは各クラスターからのインデックスシーケンスを同定し、 読み取ったリードとサンプルが関連付けされます。 -2- ご依頼方法 リード２ オプションサービス を付加することで、1 レーン最大 24 サンプル 【マルチプレックスシーケンス】 ※シングルインデックス例 RNA シーケンス 各種アプリケーション 断片化を行います。ビ オ チ ン タ グ を 用 い て し、ペアエンド法と同様に 2 つのアダプターを DNA シーケンス 各種アプリケーション 且つ DNA 断片の両末端のデータが得られる為、 マッピングでの構造変異解析などに有効です。 Illumina HiSeq2500/MiSeq シングルリード法は、DNA 断片の片側一定長 【シングルリード】 ■ ロングリード法 ロ ン グ リ ー ド 法 で は、マ ル チ ウ ェ ル プ レ ー ト へ の テンプレート分割と各ウェルごとの Index 付加により、 100bp のショートリードから 10Kb までの合成ロング リードを構築します。 選択する解析オプションに応じて２通りの使用が可能 です。 【ロングリード法ワークフロー】 ・de novo ア セ ン ブ ル や ゲ ノ ム フ ィ ニ ッ シ ン グ ゲノム DNA を、10Kb の長さに断片化し、各フラグメ アプリケーションのために合成的にロングリードを ントの末端にアダプターを付加します。 アセンブルします。ロングリードを使用することで 定量ののち、384well プレートに分注し、断片を増幅 アライメントを容易に実施することができ、繰り返し します。 配列などのこれまで解析が困難な領域の詳細情報を得る 各 Well 内で断片化し固有の Index 配列を付加します。 ことにより、ゲノムアセンブルの精度を向上します。 サンプルをプールし、HiSeq ペアエンドにてシーケン ・de novo 変異をフェーズするとともに、共遺伝アリルや スを行います。 ハプロタイプ情報を同定するためにゲノムフェージング 読み取ったリードは Index（各 Well）ごとに分け解 を実施します。従来のトリオ解析や統計的推定に比べ 析に使用します。 包括的で精度の高いフェージングが可能です。 【ロングリード】 ゲノム DNA 断片化・Index 付加 TruSeq Long-Read Assembly 1well 断片化（-10kb） Contig ( 10Kb) アダプター付加 Contig ( 10Kb) 384 プレートにて増幅 サンプルをプール OR TruSeq Phasing Analysis ATGCAATCATCGATCGATTAGCAT ATGCAGTCATCGTTCGATTAGCAT ペアエンド法により 両端をシーケンス -3- DNA 解析 Illumina HiSeq2500/MiSeq ゲノム解析 アプリケーション ■ De novo シーケンス（ HiSeq / MiSeq ） 配列未知の生物種を対象とした配列決定を行います。 取得したリード配列をアセンブルし、コンティグ配列 を取得します。さらにペアエンド / メイトペア解析 DNA シーケンス 各種アプリケーション によりスキャフォールド配列を得ることが可能です。 【 De novo アセンブル イメージ 】 ■ リシーケンス（ HiSeq / MiSeq ） 配列既知の生物種を対象とした配列決定を行います。 取得したリード配列をリファレンス配列に対して マッピングすることで、SNP 等の変異箇所をゲノム ワイドに探索可能です。 【 リシーケンス マッピング イメージ 】 ■ Amplicon シーケンス（ MiSeq / HiSeq ） しない変異も検出可能な感度があり、低頻度 SNP の検出、同定が可能です。 ■ メタゲノム解析（ HiSeq / MiSeq ） 微生物叢のゲノム DNA 配列を一度に取得します。データ解析と併せて、微生物間の相互作用の網羅的解析 を可能にします。 RNA シーケンス 各種アプリケーション PCR 産物のプールシーケンスにより、高効率に特定領域のディープシーケンスを行います。1% しか存在 ■ 群集解析（ MiSeq ） 16S rDNA Amplicon のディープシーケンスおよび取得データの BLAST 検索により、群集解析を行います。 サンプルごとにインデックス配列を付加し、複数サンプルを一度にシーケンスすることも可能です。 【 群集解析：16S rDNA シーケンス 】 サンプル：腸内細菌・土壌細菌 等 （解析例）腸内細菌叢の群集解析 OTU_ID サンプル 1 bacteria 16S rDNA PCR denovo0 denovo1 denovo2 denovo3 denovo4 denovo5 denovo6 denovo7 denovo8 denovo9 denovo10 denovo11 denovo12 denovo13 denovo14 denovo15 PC.354 PC.355 0 0 0 0 0 0 1 0 1 0 0 0 0 2 0 0 PC.356 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 0 0 count PC.593 PC.481 0 0 0 1 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1 0 0 0 0 PC.607 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 PC.634 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 PC.635 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 PC.636 0 1 0 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0 1 0 1 0 0 1 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 Kingdom Bacteria Bacteria Unassigned Bacteria Bacteria Bacteria Bacteria Bacteria Bacteria Bacteria Bacteria Bacteria Bacteria Bacteria Bacteria Bacteria Phylum Firmicutes Firmicutes Class Bacilli Clostridia taxonomy Order Bacillales Clostridiales Bacteroidetes Firmicutes Bacteroidetes Firmicutes Firmicutes Firmicutes Firmicutes Firmicutes Firmicutes Firmicutes Firmicutes Firmicutes Firmicutes Bacteroidia Clostridia Bacteroidia Clostridia Clostridia Clostridia Clostridia Clostridia Clostridia Clostridia Clostridia Clostridia Bacilli Bacteroidales Clostridiales Bacteroidales Clostridiales Clostridiales Clostridiales Clostridiales Clostridiales Clostridiales Clostridiales Clostridiales Clostridiales Lactobacillales Family Genus Staphylococcaceae Staphylococcus S24-7 S24-7 Lachnospiraceae Species Lachnospiraceae Ruminococcaceae StreptococcaceaeStreptococcus ご依頼方法 index１ サンプル 2 オプションサービス 環境・糞便などのサンプル中に存在する細菌の 16S rDNA 領域をユニバーサルプライマーで増幅、得られた index２ 複数サンプルをまとめてシーケンス・ 解析時にバーコード配列による振り分け -4- 量的形質遺伝子座（QTL）は量的形質を支配する遺伝子の 場所であり、DNA マーカー育種ではこの QTL の位置を確か 【 QTL シーケンス 】 親株 A x 親株 B 表現型 めることが重要となります。 Bulk-A QTL シーケンス（QTL-seq）法は、次世代シーケンサーを用 DNA マーカーの連鎖解析を用いる従来の QTL 解析法と比較 して、QTL-seq 法は迅速かつ低コストに QTL を同定できま Bulk-B シーケンス・マッピング いることで DNA マーカーを作成することなく迅速に QTL 同定を可能にする技術です（Takagi ら ,2013）。 個体数 ■ QTL シーケンス（HiSeq / MiSeq） 親株 A ゲノム配列（リファレンス） C G G Bulk-A リード配列 G G G ■ RAD シーケンス（HiSeq /MiSeq） RAD シーケンス（Restriction Site Associated DNA Sequence: SNP-index：ある領域にかかる リード数のうち、リファレンス と異なる（変異）塩基を有する リード数の割合。 SNP - index す。 1 0.5 0 RAD-seq）は、次世代シーケンシング技術を用いた制限酵素 認識サイト近隣領域を解析する手法です。 この方法ではゲノムを制限酵素で切断し、切断した部位か ら 50-100bp 程度のシーケンスを読み、SNPs を探索します。 ゲノム上の位置 【 通常のゲノムシーケンス 】 ゲノム リード RAD-seq により得られた SNP マーカーは、遺伝子座間の 距離の測定、高密度遺伝子連鎖地図の探索、QTL マッピン グに用いることができます。 【 RAD シーケンス 】 制限酵素サイト 領域を限定してシーケンスするため、低コストで効率良く 解析を行うことができます。 エピゲノム解析 アプリケーション ■ ChIP シーケンス（HiSeq / MiSeq ） クロマチン免疫沈降法により得た DNA 断片をお預かりし、シーケンシングを行います。クロマチン免疫沈降 法とシーケンシングを組み合わせることで、転写調節因子である DNA 結合タンパクのゲノム上の結合部位 の同定や、ヒストンメチル化などのクロマチン構造変化に代表されるエピジェネティックな修飾のゲノム ワイドな網羅的解析が可能です。 ■ メチル化解析（HiSeq / MiSeq ） DNA のメチル化はエピジェネティクスやクロマチンリモデリングを 始め様々な生命現象に関わる重要な遺伝子発現の制御機構です。 遺伝子のプロモーター付近には CpG アイランドと呼ばれる CpG 配列 が高頻度に存在しており、シトシン（C）のメチル化の有無による転写 制御が行われています。 主にどのような CpG アイランドがメチル化されているのかを解析 するのが DNA メチル化解析であり、近年、バイサルファイト法や メチル化 DNA 免疫沈降法と次世代シーケンサーを組み合わせた Met-seq 解析が注目されています。 弊社では、次世代シーケンサーを用いたゲノムワイドな網羅的 DNA メチル化解析や特定ゲノム領域の DNA メチル化解析など、目的に 応じた解析方法をご提案します。 【 ChIP-seq データイメージ 】 -5- ターゲットシーケンス アプリケーション SureSelect は、ゲノム配列の中で個々の研究者が着目している特定領域のリシーケンシングを 効率的に行うことができる独自の研究者用ツールです。1 本のチューブで、最大 55,000 種類 のビオチン化 RNA プローブを研究者ごとのニーズに合わせてご提供いたします。読みたい配列 だけを選んでシーケンスすることで、シーケンス時間、コストを劇的に削減し、データ解析を 格段に効率化できます。 ターゲットライブラリ作成 ターゲット濃縮・シーケンス ゲノム DNA 約 55,000 種類の 120mer DNA オリゴを 1 枚のアレイ上に製造 下記の表をご参照ください。 断片化・アダプター付加 ＋ 【カスタム】 ウェブツール SureDesign または eArray により、任意のターゲット 領域に対するプローブをデザイン ベイトライブラリ結合 DNA オリゴを切り離し、 ビオチン化 cRNA に転写後、 キットとして出荷されます。 します。DNA は 24Mb、RNA は DNA シーケンス 各種アプリケーション 【カタログ】 キットの製造 Illumina HiSeq2500/MiSeq ■ Agilent SureSelect Target Enrichment System アビジンビーズで濃縮 5.9Mb までターゲット領域を自由 シーケンシング 【SureSelect DNA/RNA キャプチャキット】 キャプチャターゲットに対してプローブが既にデザインされたキットです。カタログから選ぶだけで簡単に ご利用いただくことができます。既に多くの研究者の方々に利用され、その安定したキャプチャ性能が高い 評価を得ています。 カタログ製品 特 徴 Human All Exon V5+UTRs 上記 V5 ライブラリーのターゲット領域（ヒト・コーディングエクソン）に、UTR を 追加した 75Mb のデザインです。 Human All Exon V4 わずか 4Gb のシーケンシングで高いカバレッジが得られます。ヒト・コーディング エクソンをターゲットとする包括的な 51Mb のデザインです。 Human All Exon V4+UTRs わずか 6Gb のシーケンシングで高いカバレッジが得られます。ヒト・コーディング エクソンと UTR をターゲットとする包括的な 71Mb のデザインです。 Mouse All Exon UCSCS の mm9 Reference 配列をもとに Ensemble と RefSeq で定義されたマウス エクソンをターゲットとする 50Mb のデザインです。 Animal All Exon Kits Bovine, Canine, Zebrafish のエクソンを対象とした製品がございます。 Human Methyl-Seq メチル化に関連する 84Mb のターゲット領域をキャプチャし、Bisulfite 変換後、増幅 してシーケンスを行います。個々の CpG メチル化状態を高い解像度で検出します。 Human Kinome DNA kit 500 を超えるキナーゼ遺伝子とがん遺伝子を合わせた 612 遺伝子のエクソン・UTR 領域をターゲットとしたデザインで、キナーゼ変異と疾患の関連の探索に有用です。 Human X Chromosome Exome Kit ヒト X 染色体のエクソンの 85% をキャプチャするデザインです（偽常染色体領域は 含みません）。X 連鎖型疾患の原因遺伝子探索に有用です。 ※DNA/RNA キャプチャカスタムキットの詳細につきましてはお問い合わせください。 -6- ご依頼方法 V4 からデザインを改善し、ターゲットキャプチャの網羅性・均一性が向上しました。 ヒト・コーディングエクソンをターゲットとする包括的な 50Mb のデザインです。 オプションサービス Human All Exon V5 RNA シーケンス 各種アプリケーション に選択することができます。 ■ Agilent HaloPlex Target Enrichment System HaloPlexTM ターゲットエンリッチメントシステムは、ヒトゲノムの 任意領域をターゲットとしたエンリッチメントを、シンプルなプロ トコルで行う画期的な技術です。ターゲット領域は最大 5Mb まで 【従来のアンプリコンシーケンス】 Target 拡張可能で、次世代シーケンサーの能力を最大限に活かし、多数の サンプルを迅速に効率よく解析することができます。 HaloPlex カスタムデザインは Web ベースのデザインウィザード ターゲット領域あたり 1 つのアンプリコン のみでは、変異と PCR エラーの判断が困難 SureDesign（無料）を使って、数千以上のエクソンを含むパネルの カスタムデザインを簡単に作成することができます。 【HaloPlex】 Target HaloPlex ではゲノム DNA を 8 組の制限酵素で別々に断片化し、 最終的にターゲット領域に対して複数のアンプリコンが生成され るため、特異性・均一性の高いターゲットエンリッチメント が可能で、高い精度でバリアント検出を行うことができます。 ターゲット領域を複数のアンプリコンで カバーし、変異検出の信頼性が向上 【HaloPlex Target Enrichment System の原理】 1. サンプル DNA の切断 2. プローブのハイブリダイゼーション 8 組の制限酵素によりサンプル DNA を消化して断片化し、 変性させます。最終的にターゲット領域に対して複数 のアンプリコンが生成されることになります。 HaloPlex プローブライブラリを加え、プローブをターゲッ ト DNA 断片にハイブリダイズさせます。各プロー ブは、ターゲット断片の両端、制限酵素切断サイトか らの 20 数ベースにハイブリダイズするように設計され ています。HaloPlex プローブとターゲット断片がハイブ リダイズすることで、ターゲット断片と HaloPlex はニッ クのある環状構造を形成します。HaloPlex プローブに はシーケンスメソッドに固有のモチーフやバーコード 配列も含まれます。 プローブ ターゲット領域 ターゲット DNA 断片 3. ターゲットの精製とライゲーション 4. PCR によるターゲット断片の増幅 HaloPlex プローブはビオチン化されており、ストレプト アビジン磁気ビーズによりハイブリダイズしたターゲット 断片を精製することができます。 環状 DNA のニックをライゲーション反応によって閉じ ます。この際、両側のプローブが正しくハイブリダイズ した断片だけが、1 本鎖環状 DNA となります。また、シー ケンスメソッドに固有のモチーフやバーコード配列を 含む配列も、環状化する際に取り込まれます。 最後に PCR を行います。HaloPlex プローブから組み込 まれた共通配列対するプライマーペアを用いて増幅を 行います。増幅は共通配列から外側に向かって行われる ため、ライゲーションでニックが閉じられた環状 DNA ターゲットだけが増幅されます。増幅産物にはシーケン シングに必要な配列が全て含まれ、すぐにシーケンサー にかけることができます。 -7- ■ Roche SeqCap EZ Library ように設計されたビオチン化 DNA プローブにより、ターゲット領域を選択的に抽出し、濃縮する ためのツールです。1 本のチューブ内で必要な反応工程が完結するので、多数のサンプル処理にも 適しています。ヒトエクソームキャプチャー用の他に、研究対象のゲノム領域のみを指定してキャ プチャーするためのカスタム製品もございます。 ヒトゲノムの 44Mb のエクソン領域を濃縮する試薬です。 SeqCap EZ Human Exome Library v3.0 Ｖ2.0 よりさらに均一的なシーケンスが得られるよう改良され、 ヒトエクソン領域 64Mb がカバーされるよう設計されています。 SeqCap EZ Choice Library 7Mb までのヒトゲノムの任意ターゲット領域を濃縮します。 SeqCap EZ Choice XL Library 7 200Mb までのヒトゲノムの任意ターゲット領域を濃縮します。 SeqCap EZ Developer Library 7 200Mb までのヒト以外の生物種の任意ターゲット領域を濃縮します。 DNA シーケンス 各種アプリケーション SeqCap EZ Human Exome Library v2.0 Illumina HiSeq2500/MiSeq SeqCap EZ Library（シークキャップ イージー ライブラリ）は、特異的にターゲット領域と結合する ■ Illumina Nextera Rapid Capture Exome Nextera Rapid Cpture Exome では、対象を絞り込んだ設計と、均一かつ特異的な濃縮により 1 サ なサンプル調製からはじまり、HiSeq2500/MiSeq の高速な次世代シーケンサーと組み合わせるこ とにより、最小限の作業時間で終了できます。 Nextera Rapid Capture Exome Kit ヒトゲノム中の 37Mb のエクソン領域を濃縮するキットで、 サンプルあたりに必要なシーケンス量は 4Gb です。 Nextera Rapid Capture Expanded Exome KIt エクソンに加えて UTR・miRNA 領域を含む、62Mb を対象としています。 RNA シーケンス 各種アプリケーション ンプルあたり必要なシーケンス量がわずか 4Gb となっております。また、Nextera ベースの迅速 Nextera Rapid Capture Custom Enrichment Kit 0.5 15 Mb のヒトゲノムの任意ターゲット領域を濃縮することができます。 TruSeq Amplicon - Cancer Panel（TSACP）は、重要ながん 関連領域を網羅したアンプリコンシーケンスで、BRAF、 KRAS および EGFR などの遺伝子をはじめ数百のがん関連 ホットスポット領域をシーケンスします。短時間でゲノム ABL1 EGFR GNAS DNA から変異解析結果を取得し、プロジェクトを完了させ AKT1 ERBB2 HNF1A ます。高品質データにより低頻度の変異も精度高く検出でき ALK ERBB4 HRAS MLH1 RET MPL SMAD4 NOTCH1 SMARCB1 FBXW7 IDH1 NPM1 SMO ジーです。 FGFR1 JAK2 NRAS SRC BRAF FGFR2 JAK3 PDGFRA STK11 TSACP には、35kb を超えるターゲットゲノム配列中の CDH1 FGFR3 KDR PIK3CA TP53 ホットスポットをシーケンスするためにデザインされた CDKN2A FLT3 KIT PTEN VHL CSF1R GNA11 KRAS PTPN11 CTNNB1 GNAQ MET RB1 オリゴヌクレオチドプローブが含まれます。1 本のチューブ 内で行われる高マルチプレックスな反応により、48 遺伝子中 の 212 アンプリコンがターゲットとなります（表 1）。 -8- 【表 1：TSACP のターゲットの癌関連遺伝子】 ご依頼方法 APC ATM る、独自のアンプリコン増幅とマルチプレックステクノロ オプションサービス ■ Illumina TruSeq Amplicon - Cancer Panel RNA 解析 トランスクリプトーム解析 アプリケーション ■ mRNA シーケンス（ HiSeq / MiSeq ） 精製した mRNA（poly(A)-RNA）の断片化、 cDNA 合成により poly(A)-RNA の配列を 網羅的に取得します。 配列決定だけでなく、HiSeq では個々の Transcript を読んだ「リード数」による定 test_id AT1G01010.1-TAIR AT1G01020.1-TAIR AT1G01020.2-TAIR AT1G01030.1-TAIR AT1G01040.1-TAIR AT1G01046.1-TAIR AT1G01050.1-TAIR AT1G01060.1-TAIR AT1G01060.2-TAIR AT1G01060.3-TAIR AT1G01060.4-TAIR AT1G01070.1-TAIR AT1G01070.2-TAIR AT1G01073.1-TAIR AT1G01080.1-TAIR gene_id AT1G01010-TAIR-G AT1G01020-TAIR-G AT1G01020-TAIR-G AT1G01030-TAIR-G AT1G01040-TAIR-G AT1G01046-TAIR-G AT1G01050-TAIR-G AT1G01060-TAIR-G AT1G01060-TAIR-G AT1G01060-TAIR-G AT1G01060-TAIR-G AT1G01070-TAIR-G AT1G01070-TAIR-G AT1G01073-TAIR-G AT1G01080-TAIR-G gene ANAC001 ARV1 ARV1 NGA3 DCL1 MIR838A AtPPa1 LHY LHY LHY LHY AT1G01070 AT1G01070 AT1G01073 AT1G01080 locus 1:3630-5899 1:5927-8737 1:5927-8737 1:11648-13714 1:23145-33153 1:23145-33153 1:23145-33153 1:33378-37840 1:33378-37840 1:33378-37840 1:33378-37840 1:38751-40944 1:38751-40944 1:44676-44787 1:45295-47019 sample_1 q1 q1 q1 q1 q1 q1 q1 q1 q1 q1 q1 q1 q1 q1 q1 sample_2 q2 q2 q2 q2 q2 q2 q2 q2 q2 q2 q2 q2 q2 q2 q2 status value_1 value_2 log2(fold_change) OK 86.1071 72.9055 -0.240104 NOTEST 9.25963 5.50521 -0.750156 OK 34.6294 45.6773 0.399483 NOTEST 1.74638 2.99911 0.780168 OK 41.0258 39.7467 -0.045698 OK 35.1308 0 -1.79769e+308 OK 473.467 442.786 -0.0966552 OK 46.9055 49.1473 0.0673568 OK 0 25.2682 1.79769e+308 OK 0.0222294 14.8883 9.38749 OK 40.3675 0.00298346 -13.7239 OK 74.3443 107.984 0.538528 NOTEST 0 0 0 NOTEST 0 0 0 OK 25.7886 17.4093 -0.566874 各検体の補正値 量的発現解析、融合遺伝子解析も可能です。 発現比 【 mRNA-Seq 遺伝子発現量比較例 】 ■ DSN ノーマライゼーション（ HiSeq / MiSeq ） 次世代シーケンスの特性を活かしたトランスクリプトーム 解析は EST データベースの構築に有用なツールですが、 ハウスキーピング遺伝子など存在量の多い転写産物は 【DSN ノーマライゼーション】 mRNA abundant transcript intermediate transcript rare transcript すでに配列が決定されていることも多く、取得したデータ の一部が無駄になってしまうこともあります。 cDNA 合成・ アダプター付加 次世代シーケンスのスペックをより有効にご利用頂く ため、DSN ノーマライゼーション mRNA-Seq サービスを ご用意いたしました。 denaturation 【DSN ノーマライゼーション】 DSN ノーマライゼーションは、cDNA ライブラリで存在量の多いクローン hybridization を分解することで、 各遺伝子由来 cDNA の存在比を均一化する方法です。 ライブラリ中の cDNA を一本鎖に変性し、再度ハイブリダイゼーション させた時、発現量の高い遺伝子由来の cDNA は二本鎖を形成しやすく、 続く DSN（※）処理により分解されます。その結果、各転写産物由来 dsDNA の cDNA の存在比が均一化します。 ssDNA DSN treatment ※DSN（duplex-speciic nuclease）：二本鎖 DNA 特異的ヌクレアーゼ degradation PCR ■ small RNA シーケンス（ HiSeq / MiSeq ） equalized cDNA library miRNA を含む低分子 RNA を網羅的にシーケンスします。 既知 small RNA の発現解析と併せ、ゲノムデータベース の利用により新規 miRNA 検索なども可能です。 【 二次構造予測例 】 【 マッピング結果のグラフ例 】 -9- オプションサービス ■ ライブラリ調製サービス ゲノム DNA、Total RNA 等をお預かりし、シーケンス用ライブラリを調製しお渡しします。 Illumina HiSeq2500/MiSeq サンプル調製サービス 調製済みライブラリですので、そのまま次世代シーケンサーでの解析にご利用頂けます。 Illumina HiSeq / MiSeq アプリケーション ゲノム DNA・mRNA・small RNA・ChIP-Seq ペアエンド ゲノム DNA・mRNA メイトペア ゲノム DNA DNA シーケンス 各種アプリケーション シングルリード ※マルチプレックス対応（ChIP-Seq は要相談） ※上記以外のライブラリ調製については別途お問い合わせください。 ■ DNA 断片化サービス コバリス社「Focused-Ultrasonicator」を用いた、DNA 断片化サービスです。 お客様のゲノム DNA サンプルをご希望のサイズに断片化し、ご返却いたします。 【納品】断片化処理（DNA Shearing）後のサンプル、作業報告書 【納期】サンプル到着日の翌日から 5 営業日 サービス サンプル ターゲットサイズ サンプル溶液 サンプル濃度 サンプル容量 DNA 断片化サービス DNA 100bp / 200bp / 300bp から選択※ TE バッファー または滅菌水 100ng 3μg / 120μl 120μl ※上記以外のターゲットサイズについては別途ご相談ください。 出張データ解析サービス データ解析を行うサービスです。また、Web 機能を用い、インターネット上でディスカッション しながらデータ解析を行う「オンライン SeqNovaTM」も可能です。 次世代シーケンサーをお持ちの施設では、お客様の所へ弊社技術者を派遣し次世代シーケンサー の稼働およびデータ解析を行うサービスもございます。実際にお持ちの機器を用いて解析を 行いますので、解析作業もご覧いただけます。お気軽にご相談ください。 オプションサービス 次世代シーケンスデータをお持ちのお客様の所へ出張し、その場でディスカッションしながら RNA シーケンス 各種アプリケーション ※サンプル数によりまして、納期を多くいただく場合がございます。 解析データ バックアップサービス アップサービスを行っております。初期費用、 保管料金（期間・データサイズにより異なります） 、 データコピー納品料金がかかります。サービス詳細はお問い合わせください。 - 10 - ご依頼方法 弊社では、お客様の次世代シーケンスデータを安全に保管していただくために、データバック オプションデータ解析サービス ゲノムサイズの大きな生物種のゲノム解析、自然環境のメタゲノム解析やメタトランスクリプ トーム解析などでお困りではないですか？ HSS では次世代シーケンス解析のために大容量メモ リを搭載した高性能サーバーを使用した SeqNovaTM データ解析サービスで、皆様の解析をお手 伝いいたします。 次世代シーケンサーは、遺伝子発現解析や SNP などの変異解析を行う上で非常に有効な解析 ツールです。しかし、ゲノム情報のない生物種のゲノム解析を行う場合、次世代シーケンサー から出力された短いリード配列を用いてゲノム配列を再構築する必要があります（de novo アセンブル）。de novo アセンブルはマッピングに比べて計算量が大きく、計算時間が長い上に 大量のメモリを必要とします。それは、de novo アセンブルを行うには全てのリード同士の組み 合わせを網羅的に比較する必要があるためです。そのため、アセンブルの計算量は断片数と断 片長に依存して増大していくため、ゲノムサイズの大きな生物種や多生物種ゲノムが混在する 環境サンプルなどでは莫大なメモリと計算量を要することになります。 弊社ではヒトゲノムサイズの de novo アセンブルを行うことが可能な国内最大級の解析サーバー をご用意して皆様のご利用をお待ちしております。実験系のご提案からその後の詳細なデータ 解析処理までトータルサポートいたします。新規性の高い技術となりますので、ご希望の解析 内容、実験目的などから最適な解析内容をご提案いたします。ご遠慮なくご相談ください。 ゲノムシーケンス ChIP シーケンス mRNA シーケンス small RNA シーケンス マッピング ○ ○ ○ ○ SNP 候補検索 ○ 変異解析 ○ ○ ○ ○ アプリケーション 頻度解析 ○ de novo アセンブル ○ アノテーション付加 遺伝子予測・ BLAST 検索など 周辺遺伝子情報 の取得など BLAST 検索など BLAST 検索など ○ ○ ○ ○ ○ ○ ○ 検体間比較 ○ 二次構造予測 専用ビューアー向けデータ加工 ○ 【SeqNovaTM データ解析システム】 ヒト サケ マウス エゾシカ 腸内細菌 クマ ゲノムサイズの大きい生物種の 全ゲノムリシーケンス リファレンスの無い生物種の de novo シーケンス 大量のシーケンスデータ バイオインフォマティクス技術者 - 11 - 高性能サーバー 環境微生物 メタゲノム解析 ご依頼方法 事前打ち合わせ サンプル・依頼書お預かり 作業内容確認書の発行 サンプル調製 解析目的・作業内容・必要データ量について打ち合わせ、お見積り 【依頼書】弊社 HP よりダウンロードもしくは弊社担当者よりメールにてご案内 【サンプルお預かり】宅配便での送付、または弊社営業担当が引き取り 【作業内容確認書】作業内容詳細を弊社担当者よりご案内 受入サンプルの品質検査 ライブラリ作製（断片化・アダプタ付加等） 次世代シーケンスによる画像イメージ取得 基本データ解析 ベースコール（配列取得） インデックスタグによるデータ振り分け 各種アプリケーションに対応する追加データ解析も別途承ります ■ 必要サンプル量 Illumina HiSeq2500 / MiSeq アプリケーション 必要量 シングル・ペアエンド 精製済ゲノム DNA 1μg 40ng/μl 以上（＊1） メイトペア（3-5kb） 精製済ゲノム DNA 10μg 200ng/μl 以上（＊1） メイトペア（5-7kb） 精製済ゲノム DNA 10μg 200ng/μl 以上（＊1） メイトペア（8-10kb） 精製済ゲノム DNA 10μg 200ng/μl 以上（＊1） mRNA-Seq small RNA-Seq 精製済 total RNA 5μg 40ng/μl 以上（＊2） 精製済 total RNA 5μg 200ng/μl 以上（＊2） 精製済 small RNA 200ng 20ng/μl 以上（＊2） ChIP-Seq 精製済 ChIP DNA Amplicon-Seq 精製済 PCR 産物（アダプタ付き） 50ng 10ng/μl 以上（＊3） 150ng 5ng/μl 以上（＊1） 10μg 100ng/μl 以上（＊1） RNA シーケンス 各種アプリケーション DNA-Seq サンプル種別 DNA シーケンス 各種アプリケーション シーケンシング オプションデータ解析 Illumina HiSeq2500/MiSeq ■ ご依頼∼解析の流れ ライブラリ調製サービス サンプル種別 精製済ゲノム DNA ( ヒト・マウス） 必要量 Agilent HaloPlex 精製済ゲノム DNA 1μg 20ng/μl 以上（＊1） Roche SeqCap EZ 精製済ゲノム DNA 3μg 100ng/μl 以上（＊1） Nextera Rapid Capture Exome 精製済ゲノム DNA 1μg 50ng/μl 以上（＊1） TruSeq Amplicon - Cancer Panel 精製済ゲノム DNA 2μg 100ng/μl 以上（＊1） ＜濃度測定につきまして＞ ※サンプルは Nuclease Free Water に溶解してください。 ※ホルマリン固定パラフィン包埋 (FFPE) サンプルの場合は、事前にご相談ください。 ※サンプルお預かり後、弊社においてサンプル受け入れ検査を行います。サンプルの濃度が希薄である場合や分解 が見られる場合等、作業中止もしくはサンプルの再提出をお願いすることがございます。予めご了承ください。 ※サンプル量が上記に満たない場合でも解析可能な場合がございます。ご相談ください。 - 12 - ご依頼方法 ＊1：分光光度計での測定は、遊離ヌクレオチド等の夾雑物を検出し正確な値が出ない可能性がありますので、 アガロース電気泳動での既知濃度の DNA バンドとの蛍光強度比較による測定を推奨しています。詳細は 弊社 HP をご確認ください。 ＊2：基本的に分光光度計で問題ございませんが、可能であれば Agilent 2100BioAnalyzer 等での事前チェックを 推奨しております。 ＊3：分光光度計では正確な測定が出来ない可能性がございますため、市販の 2 本鎖 DNA 定量キット（Qubit fluorometer, Quant-iT dsDNA kit (Invitrogen 社 ) など）での測定を推奨しております。 オプションサービス アプリケーション Agilent SureSelect XT ■ サンプル送付方法 注文書受理後、弊社よりサンプル送付セット（梱包用の箱等）をお送りいたします。 サンプルの凍結融解は避け、ドライアイス（5kg 程度）を同梱の上、下記までお送りください。 〒001-0932 札幌市北区新川西 2 条 1 丁目 2-1 北海道システム・サイエンス株式会社 解析部 次世代シーケンス解析サービス担当 TEL: 011-768-5903 ※誠に勝手ながら、土日祝日のお受け取りは行っておりません。ご注意ください。 ※輸送時のトラブルに関し、弊社はその責任を負いかねます。 ※サンプルの返送はいたしません。予めご了承ください。 次世代シーケンス会員募集中 弊社では、次世代シーケンス会員様を募集しております。 会員の皆様には、次世代シーケンス解析に関する様々な情報をお届けいたします。 会員登録には年会費、登録費用は一切かかりませんので、是非ご登録ください。 ＜ご登録方法＞ 弊社 HP のトップページよりご登録いただけます。 http://www.hssnet.co.jp HSS また、同サイトの「次世代シーケンス解析」内にもご登録フォームがございます。 こちらから 【次世代シーケンス会員特典】 ○ 会員様特別価格の適用 限定価格の解析プランや、セミナー特別価格をご用意しております。 ○「HSS 次世代シーケンス会員 NEWS」配信 各種キャンペーン、セミナーのご案内など、関連サービスの情報をメールでお届けします。 注意事項 ※製品の規格仕様・サービス内容などにつきまして、予告なしに変更することがあります。 ※受注後、実作業に入ってからのキャンセルはサービスの仕様上お受けいたしかねます。 やむを得ない場合は実作業分の料金をご請求させていただきます。 ※ご依頼いただくサンプルは、文部科学省の「遺伝子組換え生物等の使用等の規制による生物の多様性の確保に関する法律」 （カルタヘナ法）における P1 レベルのサンプルに限らせていただきます。 ※感染性のあるサンプル（HCV・HIV など）の受け入れは弊社では行っておりません。また、ヒト臨床サンプルの場合は インフォームドコンセントを得ていることをご確認ください。 ※本解析サービスは、試験研究を目的にご利用ください。その他の目的（医療品・食品の製造・品質管理や医療診断など） には使用しないでください。 ※本解析サービスにより得られた結果が原因となり生じた損失・損害等について、サービスの仕様上、責任を負いかねます。 ※ご提供・ご指示いただくサンプルや手法から生じる工業所有権・安全性などの問題については、一切責任を負いかねます。 ※ご提供いただくサンプルの保管および返却は行っておりません。予めご了承ください。 - 13 - MEMO Illumina HiSeq2500/MiSeq DNA シーケンス 各種アプリケーション RNA シーケンス 各種アプリケーション オプションサービス ご依頼方法 - 14 - 代理店 北海道システム・サイエンス株式会社 〒001-0932 札幌市北区新川西2条1丁目2−1 フリーダイヤル：0120-613-190 TEL : 011-768-5903 FAX : 011-768-5951 E-mail : [email protected] URL : http://www.hssnet.co.jp ※ 本サービスの仕様は、予告なく変更する場合がございます。 S-140513-02
© Copyright 2024 ExpyDoc
