High Recovery of Nucleic Acid for Superior Yield and Purity Agencourt ® FormaPure™ System Total Nucleic Acid Extraction from FFPE Tissue Samples Agencourt FormaPure は、FFPE（Formalin-Fixed, ParaffinEmbedded：ホルマリン固定パラフィン包埋）切片からゲノム DNA お よび RNA を抽出・精製する試薬キットです。独自の SPRI®（Solid Agencourt FormaPure Phase Reversible Immobilization）テクノロジーにもとづく磁性 ビーズの採用により、Forma Pure は遠心や真空ろ過を必要とせず、 A 社および B 社キット フェノールやキシレンなどの有機溶媒も用いません。FormaPure は 簡便な操作で、パラフィン消化処理を含めて最短約 4～5 時間で 核酸の抽出・精製が可能で、安定的に高純度・高収量のゲノム DNA および RNA を得ることができます。 Key Features: 高純度・高収量のゲノム DNA および RNA を安定的に精製 ゲノム DNA および RNA を同時に回収 キシレンやフェノールなどの有機溶媒は不使用 Figure1A 定量 PCR のリードアウト。10 ミクロン厚のラット肝臓組織由来 の FFPE サンプルから FormaPure により精製した DNA と、他社試薬キッ トにより抽出した DNA を比較した。 真空ろ過や遠心も不要 マニュアル法、ラボラトリーオートメーションシステム Biomek® による自動化にともに対応 パラフィン消化処理を含め、最短約 4～5 時間の操作 Superior Recovery Forma Pure は既存法に比べ、より多くの核酸を抽出・精製します。 当社にて、同一のラット肝臓組織由来の FFPE 切片から核酸を 抽出・精製した場合、FormaPure は、既存の試薬キットに比べ、 Table 1. 濃度（ng/µL） Agencourt FormaPure 14.83 A社 試薬キット 2.92 B社 試薬キット 2.52 お よ そ 5 倍 の 回 収 量 で し た (Table 1) 。 定 量 PCR に よ る ThresholdCycle（Ct）を比較した結果、FormaPure により抽出・ 精製した DNA は、他社試薬キットに比べて「より amplifiable （増幅可能）」であることが示されました(Figure1A および 1B)。 Figure1B. ormaPure により精製した DNA と、他社試薬キットにより 抽出した DNA の、Threshold Cycle（Ct）の比較。 ecovery of Fragmented Nucleic Acid FormaPure により一切片（10 ミクロン厚）のラット肝臓組織由来の FFPE サンプルから抽出・精製した DNA の平均濃度。他社試薬キットともに 25µL の溶出液のうちの 2µL について、定量 PCR によりβ-アクチン遺伝子を指標 に濃度を算定した。 ホルムアルデヒドによる組織固定は、核酸および蛋白質などの組織 成分間のランダムなクロスリンクを引き起こし、結果として DNA ポリメ ラーゼなどの酵素反応を阻害します。また、ゲノム DNA や RNA の 品質は、ホルマリン固定処理のプロセスやサンプルの保存状態や保 存年数など、様々な要因の影響を受けます。Figure2 に見られるよ うに、FormaPure は異なる組織由来および保存年数の試料から、 PCR 品質の核酸を抽出します。 Figure 2. 6 カ月間保存のヒト肝臓腫瘍組織、1 年間保存のヒト結腸腫瘍組織、および 2 年間保存のヒト肺組織（各々5 ミクロンの切片）から抽出した核酸 をテンプレートとして、GAPDH の 300bp のアンプリコンを PCR 反応で増幅し、2％のアガロースゲル電気泳動で確認した。各々Lane9 はネガティブコントロール、 Lane 10 は 1kb ラダーマーカー。 Consistent RNA Purity ケート間での再現性の高さを確認しました。また、得られた RNA の FormaPure は、FFPE サンプルから安定的に高純度・ 高収量の 評価結果では、18S および 28S リボゾーマル RNA の明瞭なバンド RNA を抽出・精製します。Table2 にラット肺組織由来の５つのレプ が見られ、どのレプリケートからも高純度な RNA が精製されたことを リケートからの RNA 精製の結果を示しました。吸光度の比 確認しました。さらに、異なる長さの RNA フラグメントが同程度に抽 260/280 は 1.79～1.83、260/230 の比は 1.06～1.21 とレプリ 出されることが分かりました（Figure 3）。 Table 2. Summary 1 2 3 4 5 OD 260/280 1.79 1.83 1.79 1.80 1.80 RNA 濃度 (ng/µL) 288.99 439.80 538.57 629.80 513.13 OD 260/230 1.21 1.14 1.07 1.10 1.06 容量 (µL) 35.00 35.00 35.00 35.00 35.00 回収量 (µg) 10.11 15.39 18.85 22.04 17.96 Agencourt FormaPure は、FFPE サンプルから DNA と RNA を 同時に、しかも安定的に抽出します。 また、既存法に比較して 回収量も多く、得られた核酸は高純度で、SNP ジェノタイピングや ｍRNA 発現解析など、幅広い下流の解析に対応します。また、 FormaPure は遠心や真空ろ過を必要とせず、ラボラトリーオート メーションシステム Biomek への搭載による自動化にも対応します。 Figure 3. 上表（Table2）で得られた 5 つの RNA を、アジレント社バイオアナライザで解析したトレースデータ。18S および 28S リボゾーマル RNA に対応する明 瞭なピークを確認したとともに、全体のトレースパターンが類似していることから、異なる長さの RNA フラグメントが同程度に抽出されたことが示唆された。サンプル はすべて DNaseI 処理したもの。 製品名 サンプル対応数 製品番号 50 サンプル分 Kit Components FormaPure Kit-Small A33341 96 サンプル分 z Bind 1 Buffer FormaPure Kit-Medium A33342 FormaPure Kit-Large 384 サンプル分 A33343 z Bind 2 Buffer z Wash Buffer 関連する製品名（キット初回使用時に購入が必要） 製品番号 z Proteinase K 96R-Ring Super Magnet Plate A32782 z Proteinase K Buffer Beckman Coulter、Beckman Coulter ロゴ、Agencourt、Biomek、FormaPure および SPRI は、Beckman Coulter, Inc.の商標です。
© Copyright 2024 ExpyDoc
