Data Sheet: DNA Sequencing TruSeq-DNA Methylation キット わずか 50ng の DNA から全ゲノムバイサルファイトシーケンス用のライブラリーを調製 特長 • 量に限りのあるサンプルもシーケンス ゲノム DNA わずか 50ng の DNA で、TruSeq DNA Methylation キッ トライブラリーを調製 バイサルファイト変換 • サンプルを最大限に有効利用 バイサルファイト変換済みの方法により、ssDNA 断片を 確実にキャプチャー • 包括的な全ゲノムデータを取得 CpG、CHH、および CHG 領域すべてのメチル化パターン を発見 ssDNA 断片 サンプル全体をシーケンス バ イ サ ル ファイト 処 理 に より、 ゲノム DNA を 一 本 鎖 DNA （ssDNA）に変性します。 TruSeq DNA Methylation キットは、 バイサルファイト処理された ssDNA をイルミナのシーケンスラ イブラリーに変換します。すべての ssDNA 断片をすべてキャプ チャーするため、他の方法で起こるようなサンプルロスがありま せん。 ランダムプライマーによる DNA 合成 3′タギング ワークフロー TruSeq DNA Methylation キットにより、バイサルファイト処理 された ssDNA は、ウラシルヌクレオチドの解読が可能なポリメ ラーゼを使ってランダムにプライムされ、特異的な配列標識を持 つ DNA 鎖が合成されます（図 1）。その後、新たに合成される 末端には、特許取得済みの方法により、二つめの特 DNA 鎖の 3′ 異的な配列標識が選択的に付加されます。 この過程で、5′ および 3′ 末端には既知の配列で標識された DNA 分子がつくられます。この標識 DNA は PCR で濃縮され、最終 的にイルミナのすべてのプラットフォームで使用できるイルミナ 配列を持つ二本鎖 DNA（dsDNA）になります。 PCR シーケンス用ライブラリー 図 1：TruSeq DNA Methylation キットのワークフロー。このキットにより、バ イサルファイト変換済みの方法を用いて DNA 断片のロスを大幅に減らし、わず か 50ng の DNA インプットで、WGBS ライブラリーを作製することができます。 Data Sheet: DNA Sequencing 標準的な DNA シーケンス バイサルファイト変換後 図 2：CpG のメチル化パターン。第 1 染色体のある領域全体のメチル化の例では、バイサルファイト処理をしていない DNA（緑）から得られるカバレッジパターンに 比べ、CpG の高メチル化（赤）が示唆されています。バイサルファイト処理した 50ng の GM12878 リンパ芽球様ゲノム DNA から、TruSeq DNA Methylation キッ トによりライブラリーを調製しました。 Bismark ソフトウェア（v0.7.2）およびカスタムの解析パイプラインによりデータ解析を行いました。 重要な領域のディープカバレッジ 生物学的有用性により、ゲノム領域でのカバレッジ深度が重要になってきています（図 2）。 TruSeq DNA Methylation キットは、下記 を含む重要領域におけるサンプル多様性の全体像を捉えます： • SOMA および CRUK パネルから引用された、癌との関連性が知られている遺伝子、ならびに文献から得られた腫瘍遺伝子のコー ディング領域開始部位および終了部位 • American College of Medical Genetics により医学的な関連があると定義された遺伝子（ACMG_genes） • Ensemble70 のエクソンコーディング領域（exons_ensemble 70） • Broad Institute が、シーケンスへの高い関心とその難しさを明示した 100 のプロモーターリスト（fosmid_promoters） HiSeq システムのスループットの向上により、多くのサンプルからメチル化に関する完全な情報が得られます。 製品情報 製品 TruSeq DNA Methylation Kit Index PCR Primers FailSafe™ PCR Enzyme Mix The FailSafe™ PCR Enzyme Mix is required for the TruSeq DNA Methylation Kit イルミナ株式会社 サイズ カタログ番号 12rxn EGMK81312 24rxn EGMK91324 96rxn EGMK91396 × 12 インデックス 10rxn EGIDX81312 100units FSE51100 代理店 〒108-0014 東京都港区芝 5-36-7 三田ベルジュビル 22 階 Tel (03) 4578-2800 Fax (03) 4578-2810 www.illuminakk.co.jp www.facebook.com/illuminakk 本製品の使用目的は研究に限定されます。 販売条件：www.illuminakk.co.jp/tc © 2015 Illumina, Inc. All rights reserved. Illumina, IlluminaDx, BaseSpace, BeadArray, BeadXpress, cBot, CSPro, DASL, Design Studio, GAIIx, Genetic Energy, Genome Analyzer, GenomeStudio, GoldenGate, HiScan, HiSeq, Infinium, iSelect, MiSeq, Nextera, NextSeq, NuPCR, SeqMonitor, Solexa, TruSeq, TruSight, VeraCode, the pumpkin orange color, the Genetic Energy streaming bases design は、Illumina, Inc. の商標または登録商標です。 その他の会社名や商品名は、各社の商標または登録商標です。予告なしに仕様および価格を変更する場合があります。 Pub. No. 077-2014-J051 28MAY2015
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