® MLPA Designer Designes Highly Specific MLPA Assays ® MLPA Designer は、MLPA (Multiplex Ligation dependent Probe Amplification) アッセイ専用のプローブ設計ツールです。ホモロジー領 域を自動的に避けてオリゴを設計することにより、クロスバイブリダイ ゼーションを低減させます。コピー数異常の検出や既知の変異・SNP 検 出のためのオリゴ設計に最適です。 ® MLPA (Multiplex Ligation dependent Probe Amplification) は、 MRC-Holland 社によって開発された優れた遺伝子解析手法の一つです。 その操作はシンプルでありながら、1 チューブ内で約 50 種類もの特異プ ローブ（遺伝子領域）を一度に反応させることができるため、コピー数 変化のハイスループット分析が可能です。 ® MLPA® Designer のアルゴリズムは、 MRC-Holland 社の協力によって開発され ました。 データマネージメントを行いやすくする ため、新規オリゴの設計毎に新規プロジ ェクトを作成できます。 コピー数変化や SNP の検出に特化したア ッセイ用 MLPA®プローブの設計をサポー トします。 GenBank のアノテーション情報から、 exon や SNP の情報をインポートできま す。 NCBI BLAST 内の全てのゲノムデータベ ースに対して、BLAST 検索を行い、特異 性の高いオリゴを設計します。 Tm 値は、Nearest-neighbor (NN)モデルを 使用し、Santa Lucia の高精度な熱力学パ ラメータを用いて計算されています。 設計した MLPA®オリゴの結果を、.xls フ ォーマットや他のスプレッドシートフォ ーマットで出力できます。 オリゴで見られる Hairpin、Repeat、Run など、可能性のある全ての 2 次構造をグ ラフィカルビューで表示します。 ハイブリダイズされる位置、長さ、Tm 値、 GC%、Run の長さ、Repeat など、設計 した MLPA®オリゴに関する詳細な特性を 表示します。 MLPA Designer は、Entrez, dbSNP, ローカルファイル (GenBank/FASTA 形式) や UCSC ファイルなどから直接配列情報を取り 込むことができます。また、BLAST 検索した配列情報から、特異性の高 ® いオリゴを自動設計することや、逆に、設計した MLPA オリゴを BLAST 検索にかけて、その特異性をチェックすることもできます。クロスホモ ロジー領域を自動検出することによって、それらの領域でオリゴが設計 されることを避けることもできます。 ® ® MLPA Designer は、MLPA を利用したマルチプレックス解析にも最適 です。複数の配列に対して、複数のオリゴを設計した後、同一オリゴ間、 または異なるオリゴ間でクロスダイマーが形成されないようにチェック を行い、マルチプレックス反応における不必要な競合を防ぎます。また、 2+ + プローブは、核酸濃度、1 価イオン濃度、Mg イオン濃度、総 Na イオ ン濃度など、自由エネルギー計算に必要な標準的な反応条件に基づいて 設計されます。
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