SPECIFICATION SHEET maze inc. 次世代シーケンサ 受託解析サービス mRNA-seq by transcriptome 非モデル生物用の転写物配列の取得と発現量値算出及び比較 リード配列や公開 cdNA 配列から、２段階のアセンブルによりトランスクリプトのコンティグ配列を作成し、それ をリファレンス配列として、リード配列をアライメントし、コンティグ配列単位の発現量値を求めます。 mRNA-seq by transcript サービスの特長 ・２段階のアセンブルで、ロングリードの配列も含めてコンティグ配列を作成します。 リード配列を次世代用プログラムでアセンブルし、コンティグを得ます。次に、最初のステップで得られた コンティグ配列に加えて、公開 cDNA 配列やロングリードの配列などを含めて、“サンガー法のリード配列用” のソフトウエアでアセンブルし、より長いリファレンス配列を手にいれることができます。（図１参照） ・Alternative Splicing Variant 配列を考慮した発現解析量の算出を行います。 得られた Contig 配列は、Alternative Splicing Varinat を考慮してアセンブルされています。その情報を 利用して、転写物単位の発現量と遺伝子単位の発現量の両方を算出することができます。 Sample1 reads Sample2 reads Sample3 reads Trinity Trinity Trinity sample1 Contigs sample2 Contigs sample3 Contigs 以前に読んだ配列 組織6 組織4組織5 Contigs Contigs Contigs ①Trinityによる Assemble1 公共DBの cDNA ②TGICLによる Assemble2 TGICL Roche リード 発現解析用リファレンス Contigs RSEM Sample1 発現量 RSEM Sample2 発現量 RSEM ③RSEMによる 発現量算出 Sample3 発現量 図１：mRNA-seq by genome の処理構成 （１） シーケンシング：マクロジェン・ジャパン（※その他、ご要望に応じてシーケンシング方法をご提案できます。） Illumina HiSeq 2000 100bp pair-end 6G library construction 込 価格はご相談ください Illumina HiSeq 2000 100bp pair-end 1Lane 37G 4sample library 価格はご相談ください construction 込 （２） アセンブル＋発現量値算出：メイズ 基本料金：固定基本料金（納品メディア BD の場合）: 価格はご相談ください STEP1:Trinity によるアセンブル 価格はご相談ください STEP2:TGICL によるアセンブル 価格はご相談ください STEP3:RSEM による発現量算出 価格はご相談ください （３） 発現比較：Subio SubioPlatform による発現比較 ※ディスカッションによって１解析の内容を調整します 価格はご相談ください （４） その他：メイズ 簡易 BLAST プログラム※Contig 配列を ID 検索、または、BLAST 検索できるプログラム 価格はご相談ください 株式会社メイズ 〒193-0835 東京都八王子市千人町 1-2-17 604 Tel.042-673-3020 Fax.042-673-3022 http://www.maze.co.jp
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