DDBJ Pipeline講習: NGS公共データベースを利用したDNA多型解析ワークフローの実習 DDBJ Sequence Read Archive (DRA) DDBJ Pipeline: DDBJ Read Annotation Pipeline DNA多型 DNA多型 注釈 ユーザデータ 国立遺伝学研究所 大量遺伝情報研究室 望月孝子 DDBJ Read Annotation Pipeline 全体像 DDBJ Sequence Read Archive (DRA) ユーザデータ DDBJ Pipeline: DDBJ Read Annotation Pipeline 基礎処理部 マッピング de novo アセンブリ 高次処理部 解析目的別ワークフロー DNA多型 注釈 (DNApod) 発現量解 析 転写因子結 合部位解析 Contig, Scaffold注釈 HLA 解析ツール ! (金沢大 細道先生) DNApod : DNA Polymorphism annOtation Database ワークフローとデータベースを公開 DDBJ Sequence Read Archive WGS:! whole-genome sequencing (DRA) ユーザデータ Reference GACCGAGCTACGCCTCCTGTGGA! ! Reads GAGCTACGCCACCTG (BWA) GAGCTACGCCACCTG GAGCTACGCCACCTG AGCTACGCCACCTGT GCTACGCCACCTGTG GCTACGCCACCTGTG SNP (samtools mpileup) Reference gene DDBJ Read Annotation Pipeline 基礎処理部 ! ! ! ! ! ! 高次処理部 ! DNApod workflow intron exon バクテリア∼動 ! 物、植物を網羅して 現在、イネ679系統、 行く予定 DNApod トウモロコシ404系統、 ソルガム66系統 DRA データ登録状況 ↓WGS 27,928 DBCLS SRA http://sra.dbcls.jp/trends.html DRAデータサーチ DBCLS SRA Metadata Search マニュアル : https://github.com/inutano/soylatte/blob/master/README.md 【実習】DNA多型注釈 DNApod ワークフロー DRA 基礎処理部 ERA013525 - ERR018562 マッピング コンセンサス配列の決定 E.coli O157:H7 ! strain ZAP430 インポート 高次処理部 (p-galaxy) DNA多型検出＆注釈 ホモSNPs検出 既知遺伝子による注釈付け DDBJ Pipeline 基礎処理部 アクセス キーワード検索 DDBJのHPからのリンク DDBJ Pipeline 基礎処理部 ログイン アカウントの取得 ユーザIDとパ スを設定 講習用ID : koshu01 パス : nigkoshu01 DDBJ Pipeline 基礎処理部 クエリの選択 E.coli O157:H7 strain ZAP430 ERA013525 ユ 1. Private DRA ーザオリジナルデータ entryを選択 を使用する場合は、FTP 2.DRAアクセッションを選択 upload DRAデータを用いて解析するには、まず、 「import public DRA」でデータをインポート しなければならない。 （今回の講習データはインポート済み） 3.解析に使用するデータを選択 4.次へ DDBJ Pipeline 基礎処理部 マッピングツールの選択 1. Reference Genome Mappingを選択 Mapping / de novo Assembly ツール、各種選択できます。 2.ツールを選択 3.次へ DDBJ Pipeline 基礎処理部 クエリセットの作成 2.クリック 1. クエリセット単位 でデータを選択 3.次へ DDBJ Pipeline 基礎処理部 リファレンスの指定 マウスなどのモデル生物は、Major genome 1.Downlaod or setsで以前にリファレンスを用意しています。 upload referenceを選択 また、INSD, Refseqデータのインポートもで きます。 講習用のリファレンスファイルはこちらからダウン ロードしてください。 Escherichia coli_ O157:H7 str. Sakai 3.UPLOADをクリック (ftp://tga.nig.ac.jp/dnapod/sequence1.fasta) 2.ローカルPCのファイ ルを選択 4.次へ DDBJ Pipeline 基礎処理部 実行パラメータの設定 必要に応じて実行パラメータを変更してく ださい。パラメータの詳細は、各ツールの HELPをご確認下さい。 1.適宜パラメータを指定する 2.次へ DDBJ Pipeline 基礎処理部 実行条件の確認 1.不備があれば、戻る ジョブが終わるとメールが送 信されます。 2.問題なければ、実行 講習ではRUNボタンを押さない で下さい。 DDBJ Pipeline 基礎処理部 実行結果の確認 2. 自分のジョブの みを表示 1. ジョブ終了 メールが来たら、ク リック 3. クリックし詳 細を表示 DDBJ Pipeline 基礎処理部 実行結果の確認 - 詳細 - bwaにてマッピング 統 ユニー 計量 ク化 ! Errors by Read Position (%) 40 35 30 25 20 samtoolsで 15 10 DNA多型を検出した 5 0 結果 0 10 20 30 40 50 Read Position (bp) 60 70 DDBJ Pipeline 基礎処理部 ログアウト 本実習では、ここで一度ログアウトしてく ださい。 (ご自分のデータで解析を行う場合はログアウト する必要はありません。) DDBJ Pipeline 高次処理部 アクセス キーワード検索 DDBJ pipeplineの メニューをクリック DDBJ Pipeline 高次処理部 ログイン 1.クリック 講習用IDとパスは配布資料をご参照く ださい。 2. DDBJ pipeline基礎処理部の アカウント作成に使用したEmailとパス ワードを入力 3.クリック DDBJ Pipeline 高次処理部 ヒストリーの作成 1.クリック 2.クリック 講習会のidを使い回してい るため、前の実行結果が表示 されている場合は、ヒストリー の作成をして下さい。 DDBJ Pipeline 高次処理部 1. クリック 2. クリック 基礎処理部にログインした ままの場合は、この画面は出てきませ ん。 本講習会では、koshu01で実行した結果を使 用します。基礎部を一度ログアウトして、 ID: koshu01 Password: nigkoshu01 でログインしてください。 基礎処理部のsamtools mpileupのデータインポート 3.基礎処理部をログアウト した場合のみ基礎処理部のIDとパス ワードを入力してログイン 4. インポートしたいデータの Importボタンをクリック 5. データがイン ポートされた 目玉マークをクリック するとファイルの中身を確認 できます。 DDBJ Pipeline 高次処理部 ホモSNPsの検出 2.ファイルフォーマッ トを指定 3.ヒストリーから解析 ファイルを指定 1.クリック 4.検出条件の指定 6.データの 中身を確認 5.実行 指定した閾値以上かつ、GT 1/1 でホモ SNPのデータのみが出力されている。 DDBJ Pipeline 高次処理部 SNPsアノテーション SnpEff 2.ヒストリーから解析ファイルを指定 3.入力、出力ファイ ルの形式を選択 3. アノテーションを指定 1.クリック 今回は このオプショ ンで実行 4.実行 ファイルが2つ 作成されます。 DDBJ Pipeline 高次処理部 SNPsアノテーション SnpEff 出力ファイル (1) アノテーション情報 vcfファイルのINFOフィールド内にEFF=でアノテーションが付与される。 … … 詳細はSnpEffのサイトを参照 http://snpeff.sourceforge.net/ SnpEff_manual.html#input DDBJ Pipeline 高次処理部 解析統計情報を表示 SNPsアノテーション SnpEff 出力ファイル (2) 統計情報 ご清聴ありがとうございました DNApod データベース http://tga.nig.ac.jp/dnapod/ DDBJ Read Annotation Pipeline 基礎処理部 http://p.ddbj.nig.ac.jp/ 高次処理部 DNApod ワークフロー https://p-galaxy.ddbj.nig.ac.jp/
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