MD ソフトのインストール(for Windows)および使用法説明

MD ソフトのインストール(for Windows)および使用法説明
2014 年 6 月
生産技術研究所梅野
１．Windows マシンへのインストールと実行テスト

Windows7、Windows XP でテスト済みです。

http://www.cmsm.iis.u-tokyo.ac.jp/code/mdspass2/forWin/ にある zip ファイルを
ダウンロードします。

zip ファイルを展開し、そのフォルダに移動します。

フォルダ内にある mdspass2.exe をダブルクリックすれば実行されます。
２．ソフトの基本使用法

mdspass2.exe の実行には，同じディレクトリに
①CONFIG ファイル（原子配置とポテンシャル関数の情報が記述されている）
②SETDAT ファイル（計算条件などを記述したファイル）
③pot ディレクトリ（ポテンシャル関数のデータが格納されている）
が存在していなければいけません．

①，②についてはサンプルファイルをいくつか用意しています．それらを CONFIG
および SETDAT という名前にコピーしてから実行してください．

Control パネル中央部の，Rotation, Objects XY, Objects Z をドラッグするとモデ
ルを回転・移動・拡大縮小できます．

Control パネル上部の MD on/off で MD 計算を開始・停止します．
３．サンプル１：ナノワイヤの結晶すべり

CONFIG.WIRE と SETDAT.WIRE を使用してください．これは，Cu 原子でナノ
ワイヤを作り，軸方向に引張りひずみをかけた状態のものです．

Set param からポップアップウインドウを開き，Atom color の max 欄に 0.03 を
入力してください．
※各原子に対して Central Symmetric Parameter と呼ばれるパラメータ（周囲の
原子配置が点対称からどれだけずれているかを現す指標）を計算し，それに応じ
て色分けしています．

Control パネルの MD on/off を押してください．MD が始まります．

Ensemble Type を NVT に切替え，少ししたら Relaxation に戻す，という作業を
繰り返してください．うまくいけば結晶のすべりが見えるはずです．
※NVT に切り替えるのは，設定温度(100K)の温度揺らぎを与えるためです．温度
揺らぎがない完全結晶状態だと，結晶構造は不安定ですが各原子はつり合い状態
にあるので，何も起こりません

うまくいかなかったら，Control パネル下の Reset ボタンを押すと原子配置が初期
状態に戻りますのでやり直してください．
４．サンプル２：CNT の圧縮

CONFIT.CNT.6.0.x15 と SETDAT.CNT を使用してください．アームチェア型カ
ーボンナノチューブのモデルです．圧縮と引張りを繰り返しなさいという条件が
SETDAT.CNT に与えられています．（Set paramDeformation settings で確認
できます）

起動したら，Ensemble Type を NVT にセットしてください．
※100K に相当する運動エネルギーが各原子に乱数を用いて与えられ，その後の
MD 計算は温度一定条件で行われます．

MD on/off を押してください．CNT が S 字形に変形していくはずです．
※S 字形に変形するのは，言ってみれば「たまたま」です．他にも座屈モードがあ
り，条件によっては（たとえば 0K）現れるモードが変わることがあります．
５．その他
不具合が生じた場合や使用法がわからないときには [email protected] に連絡
ください．

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