SOLiDシステムによる微生物ゲノムリシーケンス

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SOLiD システムによる微生物ゲノムリシーケンス
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照屋 盛実(1)、喜久里 育也(2)、藤森 一浩(3)、塚原 正俊(4)、今田 有美(4)、鼠尾 まい子(4)
矢野 修一(4)、三輪 友希乃(4)、佐藤 友紀(2)、河原林 裕(3)、町田 雅之(3)、平野 隆(2、5)
(1)沖縄県工業技術センター、
(2)
(財)沖縄科学技術振興センター、
(3)産総研 セルエンジニアリング研究部門、
(4)
(株)
トロピカルテクノセンター、
(5)産総研 産学官連携推進部門
【研究内容】
SOLiD システムは「短いリードを大量に産出する」というサンガー法とは異なる設計に基づく次世代 DNA シー
ケンサーであり、数十 Gbp 相当の膨大なデータを1回のランで取得できる。また、SOLiD システムでは 2-base…
encoding というユニークなデータ出力形式を採用しており、リードマッピング解析において単塩基置換を精度
良く検出できるという特徴を持っている。
沖縄先端ゲノムプロジェクトでは微生物から植物、
人に至るまで幅広い生物種を対象にゲノム解析を行っ
ているが、SOLiD システムの特徴を踏まえつつ、サン
ガー法と直接比較可能なサンプルを用いた検証を行い
ながら解析技術の向上及び確立を進めているところで
ある。今回は、ゲノム塩基配列が公開されている好気
性超好熱アーキア Aeropyrum…pernix…K1(1.67…M)及
び Sulfolobus…tokodaii…strain7(2.69M)をモデルに、
リードマッピング解析による単塩基置換検出の精度に
シーケンスへの有用性を確認することができたので紹
介したい。
ゲノム
ついて検討を行い、SOLiD システムの微生物ゲノムリ