アジレント SureSelect ターゲットエンリッチメントシステム AB SOLiD RNA Capture Enrichment Non-Multiplex Sequencingに必要なもの プロトコル Version 1.0.1対応 2011年4月14日 AB SOLiD RNA Captureのバーコード対応プロトコルは必要なものが異なります。 別途専用の必要なものリストを参照ください。 この必要なものリストは、RNAを断片化してアダプタを付けてから、SureSelect試薬を用いて、ターゲット配列をキャプチャ、濃縮する までの過程で必要な試薬と器具類をまとめたものです。シーケンシングに必要な物は、ライフテクノロジーズ社にお問い合わせください。 ※指定：必ず指定されたものをご使用ください。指定品以外を使用された場合は保証の対象外になります。 ※推奨：安定した結果を得るために、推奨品の使用をお奨めします。推奨品以外の製品を使用された場合、アプリケーションサポートの対象外になります。 ※相当：コメント欄に記載された条件を満たすものなら、何を使用されてもかまいません。 ＜必要な試薬類＞ 品名 製造メーカー 品番 指定/ 推奨/ 相当 品 必要量/１ 反応あた り 内容量 備考 5反応分 eArrayでオーダーし たELIDと納品された ライブラリのELIDが 同じであることを確認 してください。 1 SureSelect RNA Capture Human Kinome, 5反応, AB SOLiD 対応 Agilent G7580A#002 - 1 5反応分 SureSelect RNA Capture Human Kinome, 10反応, AB SOLiD 対 応 Agilent G7580B#002 - 1 10反応分 10反応分 SureSelect RNA Capture Human Kinome, 25反応, AB SOLiD 対 応 Agilent G7580C#002 - 1 25反応分 25反応分 SureSelect RNA Capture Human Kinome, 50反応, AB SOLiD 対 応 Agilent G7580D#002 - 1 50反応分 50反応分 SureSelect RNA Capture Human Kinome, 100反応, AB SOLiD 対 Agilent 応 G7580E#002 - 1 100反応分 100反応分 Agilent DNA 1000 kit Agilent 5067-1504 指定 Agilent RNA 6000 pico kit Agilent 5067-1513 指定 Platinum PCR SuperMix High Fidelity Invitrogen 12532-016 指定 4445374 指定 1 K1550-05 指定 1 6回分 断片化RNAの精製に使用します AB SOLiD SureSelect RNA Capture カスタムキット Agilent 2 ラン 1ラン 1ランで最大12サンプルまで流すことができ ます。 １ランで最大11サンプルまで流すことができ 25ラン分 ます。 25ラン分 100 uL/反 100反応分 キャプチャライブラリの増幅に使用 応 Ribominus Concentration Module Applied Biosystems Invitrogen MinElute PCR purification Kit Qiagen 28004 指定 1 50回分 cDNAの精製 E-Gel SizeSelect 2% Agarose Invitrogen G6610-02 指定 1 10 gels cDNAのサイズ選択に使用します 50-bp ladder Invitrogen 10416-014 指定 50ug cDNAのサイズ選択に使用します PureLink PCR Micro Kit Invitrogen K3100-50 指定 2 50回分 Dynabeads MyOne Streptavidin T1 Invitrogen (ベリタス） 65601 指定 50 uL 2 mL AMPure XP Kit (SPRI beads) Beckman Coulter A63880 または A63881 または A63882 指定 AM9930 E7023 相当 相当 SOLiD™ Total RNA-Seq Kit Nuclease-free water (not DEPC-treated) 100% Ethanol, molecular biology grade Ambion SigmaAldrich 70% Ethanol (for SPRI clean-up)、molecular biology grade 12反応分 ライブラリ調製に使用します サイズ選択後と増幅後のDNAの精製に使 用します 大容量タイプ(65602 10mL, 65603 100mL)もあります。 A63880 5 mL x1, 180 uL/反 A63881 SureSelect 1反応 合計360uL 使用 60 mL x1 応 A63882 450 mLx1 キットサイ ズによる 500 mL 500 mL DEPC処理ではないこと カラム精製ステップで使用 日本では本製品 が発売されていないので、98%以上の相当 品を入手 1 mL オプション品となります。必要に応じてご利用ください。 Agilent High Sensitivity DNA kit Agilent E-Gel® SizeSelect™ 2% Starter Kit Invitrogen Quant-iT™ RNA Assay Kit Invitrogen 5067-4626 指定 1ラン 指定 1回分 指定 キャプチャ後のDNA定量の際DNA1000 キットで検出できない場合に使用します。１ 10ラン分 ランで最大11サンプルまで流すことができ ます。エキスパートソフトウェアVer B02.07 以降が必要です 10回分 10個のE-Gel® SizeSelect™ 2% agarose gel、E-Gel® iBase™、E-Gel® Safe Imager と50 bp ladderを含みます 1000 断片化RNAをできるだけ正確に定量するた assay めに用います。 ※ 各キットについて、それぞれの大容量タイプはご利用いただけます。 Q-33140 1回分 1 / 2 ページ ＜必要な機器、消耗品類＞ 品名 製造メーカー 品番 指定/ 推奨/ 相当 品 Agilent 2100 Bioanalyzer Agilent G2938C 指定 RNA・DNAの定量とサイズ確認に必要で す。Expert Control Software B.02.07以降 のversionであること Qubit fluorometer Invitrogen Q32857 推奨 スタート時のgDNAをできるだけ正確に定量 するために用います。 サーマルサイクラー Applied Biosystems Verity Thermal Cycler 相当 65℃24hのハイブリで、27uLの液が24uL 以下まで蒸発しないこと （HotTop使用） 遠心分離機 Eppendorf 5417C 相当 遠心分離機ローター Eppendorf 022636006 相当 E-Gel iBase and E-Gel Safe Imager Combo Kit Invitrogen G6465 推奨 旋回振盪機 アズワン ミニウエーブ WEV相当 03 磁気ビーズ溶液がチューブを上下してよく 混ざるように、旋回運動をするタイプのもの 別売りの専用チューブラック（WEB-03-12) と組み合わせると便利 濃縮遠心機 トミー精工 CC-105 相当 45℃以下の低温で、10uLのDNA溶液 （elutionバッファ溶液）が１～２時間程度で 濃縮できること。 専用ロータ、冷却トラッ プTU-500と油回転真空ポンプGLD-051が 必要です。 Dynal DynaMag-2 Invitrogen 123-21D 相当 1.5 - 2mL 遠心チューブ 16本立ての磁気 ビーズ用磁石スタンド MicroAmp Clear Adhesive Film Applied Biosystems 4306311 相当 Tube-strip capping tool Agilent 410099 相当 DNA LoBind チューブ, 1.5ml PCR clean, 250 pieces Eppendorf Nuclease Free 0.2mL PCRチューブ（thin-walled） Eppendorf Qubit assay tubes Invitrogen Q32856 ピペット Pipetman P10,P20,P200,P100 相当 0 マルチチャンネルピペット Rainin L12-20 相当 ピペットチップ 滅菌、Nuclease-Free、エアロゾルブロックフィルター 付き 滅菌済み コニカルチューブ、ポリプロピレン製、 15 mL アズワン 352097 相当 Kimberly・ Clark 220, 330, 440 (S, M, Lサイズ) 相当 パウダーフリー手袋 SAFE SKIN グローブ PRE (S, M, L サイズ) 95295-0030 108.051 95262-0030 124.332 必要量 4枚 備考 PCRの機種によっては、Ｓｔｒｉｐキャップのか わりにシールを用いることもできますが、よ り液が蒸発しやすくなる場合があるので、使 100 films 用には十分な注意とテストが必要です。 65℃24hのハイブリで、27uLの液が24uL 以下まで蒸発しないこと-HotTop対応のこと PCRチューブのキャップを確実に密閉する ために便利なツールです。 相当 250本 相当 1000本 核酸の吸着が少ないLoBindタイプを使用く ださい。 Qubitで断片化RNAを正確に定量するため に用います。 SureSelectのハイブリダイゼーションを多 検体に対して同時に行うときに便利です。 アイスバケツ タイマー ボルテックスミキサー 卓上遠心器 日本ミリポア チビタンII 相当 AM Pure XPビーズによる精製ステップで使 用します。 ヒートブロック（37℃）、1.5mLのチューブが入るタイプ ウォータバス（WashBuffer2のPreWarm 65℃） 相当 ＜問い合わせ先＞アジレント・テクノロジー株式会社 2 / 2 ページ
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