Risultati della Ricerca Caratterizzazione molecolare e

Risultati della Ricerca
Titolo
Caratterizzazione molecolare e biologica di isolati di CTV in Calabria
Descrizione estesa del risultato
La tristeza degli agrumi, causata da Citrus tristeza virus (CTV) è fra le patologie economicamente
più importanti che colpiscono gli agrumi ed è diffusa in tutte le aree agrumicole del mondo. In Italia
il CTV rappresenta la principale avversità di natura virale a carico degli agrumi ed è attualmente
presente in tutte le maggiori aree agrumicole del Paese. L’elevata variabilità genomica di questo
virus ha portato all’identificazione di diversi isolati di CTV che differiscono per il tipo e l’intensità
dei sintomi indotti portando alla individuazione di isolati blandi e severi.
L’introduzione e/o la dispersione in campo, in particolare, di isolati severi rappresenta una grave
minaccia per l’agrumicoltura italiana in relazione alla rapidità di diffusione in campo dovuta alla
trasmissione del virus attraverso diverse specie di afidi. La caratterizzazione degli isolati di CTV
volta a stabilirne l’appartenenza a ceppi blandi o severi rappresenta, quindi, un presupposto
indispensabile per prevenire o contenere i danni economici indotti dalla malattia.
Le attività di ricerca, svolte in collaborazione con il GESAF - Università degli Studi Mediterranea
di Reggio Calabria e il CNR - Istituto di Virologia Vegetale (IVV) di Bari, sono state incentrate
sulla caratterizzazione molecolare di isolati di CTV in agrumeti commerciali della Calabria. Ciò al
fine di: i) colmare la mancanza o la limitata disponibilità di informazioni sul tipo e sulla
distribuzione di isolati di CTV presenti sul territorio regionale; ii) fornire una mappa aggiornata
degli
isolati
di
CTV
presenti
sul
territorio
nazionale.
Nel dettaglio, sono stati caratterizzati 49 isolati di CTV provenienti da piante infette individuate in
12 agrumeti commerciali situati in zone focolaio localizzate nei Comuni di San Ferdinando e
Candidoni (Reggio Calabria). In ciascun agrumeto sono stati raccolti campioni da 3 - 5 piante
infette
successivamente
sottoposti
a
caratterizzazione
mediante:
- amplificazione genica (RT-PCR) di un frammento del gene p20 seguita da analisi SSCP dei
prodotti
amplificati;
- clonaggio, sequenziamento e confronto delle sequenze con quelle disponibili in banca dati;
saggio
biologico
su
piante
indicatrici
di
Citrus
spp.
Le analisi molecolari hanno evidenziato la presenza di 5 differenti tipi di profili SSCP (riferiti come
tipo I, II, III, IV, V), indicando la presenza di un’ampia variabilità molecolare tra gli isolati
analizzati.
Le sequenze ottenute dagli isolati con profilo tipo I hanno mostrato un’elevata omologia con isolati
virulenti appartenenti al biotipo SY (‘seedling yellows’,) in grado cioè di indurre giallume dei
semenzali. Per tutti gli altri profili, invece, è stata accertata la corrispondenza con isolati blandi.
La caratterizzazione biologica degli isolati sequenziati ha confermato l’appartenenza di tutti gli
isolati di CTV con profilo SSCP tipo I a ceppi severi di tipo SY.
L’attività di caratterizzazione svolta ha consentito di accertare, per la prima volta, la presenza di
ceppi virulenti in areali agrumicoli della Calabria e, più in generale, di definire una prima mappa di
distribuzione degli isolati di CTV sul territorio regionale. In tal senso, il risultato ottenuto fornisce
un utile contributo per una corretta valutazione del rischio connesso alla presenza di CTV sul
territorio regionale e, quindi, per un efficace applicazione degli interventi di lotta previsti, anche alla
luce
della
recente
revisione
del
decreto
di
lotta
obbligatoria.
Il risultato ottenuto vede come potenziali utilizzatori, oltre al comparto degli Enti di ricerca
coinvolti nello studio dei patogeni vegetali e i produttori agricoli, i Servizi fitosanitari regionali
soprattutto in sede di definizione dei piani annuali di monitoraggio della malattia.
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Alla luce del risultato ottenuto nelle due aree monitorate, una corretta campagna di
sensibilizzazione dei produttori agricoli unitamente alla estensione delle indagini molecolari ad altre
aree di produzione del territorio regionale appare necessaria per un completo trasferimento del
risultato.
Per ulteriori chiarimenti o approfondimenti è possibile contattare il referente della scheda o la
struttura di appartenenza (CRA-PAV).
Responsabile del risultato
Luca Ferretti
Via C. G. Bertero, 22, 00156 – ROMA ()
Tel.: +39-06-820701
E-mail: [email protected]
Anno
2014
Classificazione del risultato
Comparto produttivo: Produzioni vegetali fresche e trasformate
COMPARTO FRUTTICOLO
Agrumi e prodotti derivati
Particolari categorie PARTICOLARI CATEGORIE DI PRODOTTI IN GENERALE
di prodotti/comparti Particolari categorie di prodotti/comparti produttivi in generale
produttivi:
Categorie di ambiti di TEMATICHE TECNICHE SU SPECIFICHE FASI DELLE FILIERE
ricerca:
PRODUTTIVE
Piante, coltivazione e produzione primaria (varietà, genetica, coltivazione
biologica, agrotecniche, difesa, ecc.)
DIFESA E RELATIVI INPUT
Difesa e relativi input in generale
Parole chiave
virus/malattie virali, caratterizzazione molecolare, citrus
Trasferibilità del risultato
Si, trasferibilità immediata
Natura del risultato
di prodotto
Aree interessate
Aree a clima mediterraneo
Calabria
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Impatto dal punto di vista tecnico
gestione delle informazioni su scala territoriale e per diversi scenari
razionalizzazione delle tecniche di difesa
Impatto dal punto di vista socioeconomico
pianificazione degli interventi all’interno del comparto
Impatto dal punto di vista ambientale
tutela biodiversità
valorizzazioni paesaggi e territori
Presupposti di contesto
altro
Soggetti istituzionali da coinvolgere
Assessorati agricoltura, ambiente, ricerca
Organizzazioni di produttori
ARSSA Calabria
Università
Laboratori di analisi
Enti di ricerca
Potenziali utilizzatori
Imprenditori agricoli singoli e associati
Ditte vivaistiche
Enti di ricerca
Università
Modalità di diffusione
Da individuare di concerto con i referenti istituzionali e non che occorre coinvolgere
Progetti comuni con i vari soggetti, istituzionali e non, interessati
Pubblicazioni
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Albanese, G.; Schimio, R.; Fontana, A.; Ferretti, L.; Palmeri, V.; Campolo, O.; Barba, M. (2010):
Assessment of Citrus tristeza virus (CTV) incidence in Calabria, southern Italy: results of a
three-year survey, Vol. 49 p. 27-34
Ferretti, L.; Saponari, M.; Sciarroni, R.; Fontana, A.; Schimio, R.; Albanese, G. (2010): Molecular
investigation on genetic variability of Citrus tristeza virus isolates recovered in Calabria (Southern
Italy), Vol. 20 p. 303-304
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Progetto / Ricerca di riferimento
Titolo del progetto
Armonizzazione della diagnosi e valutazione del rischio di patogeni da quarantena e nocivi ai
vegetali e ai prodotti vegetali - ARNADIA-ARON
Coordinatore del progetto
Marina Barba
Via C. G. Bertero, 22, 00156 – ROMA ()
Tel.: +39-06-820701
E-mail: [email protected]
Ente finanziatore
Ministero delle Politiche Agricole Alimentari e Forestali, MiPAAF
Breve descrizione del progetto e dei suoi obiettivi
Il Progetto si articola in due sottoprogetti come di seguito indicato:
1. Sottoprogetto ARNADIA
Questo sottoprogetto si propone di definire ed armonizzare protocolli di diagnosi per la
identificazione dei principali patogeni vegetali agenti di malattie economicamente rilevanti e/o
coperti da norme fitosanitarie attraverso la cooperazione tra diverse Istituzioni scientifiche
nazionali.
Per ogni patogeno preso in considerazione tre Istituzioni scientifiche nazionali notoriamente
competenti sull’argomento verranno coinvolte nelle attività. Una struttura scientifica coordinerà la
messa a punto del protocollo diagnostico, che verrà verificato attraverso l’effettuazione di un
ringtest finale nei laboratori delle tre istituzioni scientifiche e, quando possibile, verrà validato su
un numero molto elevato di isolati da parte di uno dei laboratori coinvolti o da parte di un
laboratorio accreditato per la diagnosi fitosanitaria.
Per alcuni dei patogeni presi in considerazione verranno provati e validati protocolli già disponibili
a livello europeo sugli isolati rinvenuti nel territorio nazionale ed eventuali punti critici verranno
implementati e ottimizzati. Ciò consentirà di ottenere proposte di aggiornamento per
l’adeguamento dei protocolli alla luce delle nuove conoscenze scientifiche acquisite.
Per altri patogeni sarà invece necessaria la messa a punto di nuovi protocolli che tengano conto
della variabilità molecolare del patogeno stesso e delle più recenti tecnologie riportate nella
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diagnostica. Il protocollo scelto dovrà infatti rispondere ai requisiti di: sensibilità, riproducibilità,
facilità e brevità di esecuzione ma, soprattutto, alla specificità nell’individuare tutte le varianti. Ciò
allo scopo di evitare la diffusione di ceppi particolarmente virulenti o di introdurre nuove varianti,
che possono avere un impatto negativo nel nuovo ambiente di introduzione.
2. Sottoprogetto ARON
Il Sottoprogetto ARON si occuperà degli aspetti epidemiologici e di impatto economico di:
- organismi nocivi di recente segnalazione ed introduzione nel territorio nazionale, e per questo
denominati emergenti;
- ceppi particolarmente aggressivi di patogeni già presenti sul nostro territorio, selezionatisi
nell’arco degli anni e che stanno, attualmente, compromettendo alcune colture importanti e per
questo denominati riemergenti;
- ceppi ricombinanti di alcuni patogeni le cui proprietà biologiche hanno subito modifiche per
interazioni genetiche naturali (ricombinazione genetica) a seguito della coesistenza di specie o
ceppi diversi sullo stesso ospite, definiti varianti emergenti
- organismi già noti dei quali è sempre più evidente e consistente l’attività nociva, a causa di nuove
condizioni che scaturiscono da alterati andamenti climatici o dalla presenza di ospiti o di tecniche
colturali di recente introduzione.
U.O. / Partner coinvolti nella realizzazione del risultato
Non sono presenti Unità operative collegate al risultato
Referenti istituzionali già coinvolti nella ricerca
Non sono presenti Referenti già coinvolti per il risultato
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