PSP タンパク質構造予測に関する Protein structure prediction 指導先生：高尚策発表者：宋双宝「タンパク質構造予測」の定義 Wikipediaに書いてある定義タンパク質についてそのアミノ酸配列をもとに3次元構造（立体配座）を予測することをいい、バイオインフォマティクスおよび計算化学における研究分野の一つである。 • タンパク質 • アミノ酸配列 • 3次元構造 • 予測 PSP [1] PSP アミノ酸はなんですか。 What is amino acid ? アミノ酸の構造定義：アミノ基とカルボキシル基の両方の官能基を持つ有機化合物の総称である。カルボキシル基アミノ基 H | O || 生体のタンパク質、Rで表した側鎖の違いによる20種類のアミノ酸からなる。 | R 側鎖 PSP タンパク質を構成するアミノ酸一部の特殊なものを除き、20種類のアミノ酸は、タンパク質合成時に遺伝情報に基づいて連結される。 • 1文字、3文字 • タンパク質の一次構造の記述 PSP [2] PSP タンパク質はなんですか。 What is protein ? 構造タンパク質の定義 20種類存在するアミノ酸が鎖状に多数連結（重合）してできた高分子化合物であり、生物の重要な構成成分のひとつである。 1 一次構造 - アミノ酸配列 2 二次構造 - αヘリックス、βシート 3 三次構造 - タンパク質全体の構造 4 四次構造 - 複合体ミオグロビンの3D構造 PSP 一次構造タンパク質の • カルボキシル基 (−COOH) アミノ基（−NH2） • 脱水縮合（水素原子を1つ放出する） • ペプチド結合（−CO−NH−） • 長い鎖状 • アミノ酸の配列 DNAの塩基配列により決定される PSP 二次構造タンパク質の • 鎖状のポリペプチドは、タンパク質の機能を持たない。 • 水素結合 • αヘリックス • βシート • ロジカル PSP 三次構造タンパク質の • タンパク質全体として • 側鎖間の相互作用 • 立体的 • 変性が起こりやすいリゾチームのリボンモデル PSP 四次構造タンパク質の • 複合体 • ポリペプチド鎖 • 特別な機能を持つヘモグロビンのリボンモデ PSP [3] タンパク質構造予測 PSP Protein structure prediction タンパク質構造予測に関する重要な問題 1 2 3 タンパク質構造予測というのはなんですか。 • アミノ酸配列 • 3次元構造（立体配座）を予測するどうしてタンパク質の三次元構造を研究するか。 • 一次元構造タンパク質の機能を持たない • 3次元構造を知ることは、タンパク質の機能を理解できる • 創薬などおいて応用できるどうして実験による方法を使わないか。 • 多くのタンパク質のアミノ酸配列 • 追いついていけない • 時間、費用がかかる。 PSP タンパク質構造予測に関する重要な問題 4 アミノ酸配列に基づいて、この構造はただ一つですか。 • アミノ酸配列にただ一つ決定される • Anfinsen 1975 PSP Thanks! どうもありがとうございました理工学教育部宋双宝 leadingsong＠outlook.com 2015-06-08 PSP