9 / 6, 7 (4, 5日目) 生物情報科学実験２プロテインチップ森下研究室佐々木伸 ([email protected]) レポート提出先・データおよび配付資料  この実験のレポート提出先は、 http://mlab.cb.k.u-tokyo.ac.jp/~sesejun/upbsb/jikken/2005/report/protein/ となります。提出方法はこれまでの実験と同様です。   「レポート１」から提出してください。実験１でとった質量波形データおよび、この実験の資料やソフトウェアなどは、 http://mlab.cb.k.u-tokyo.ac.jp/~ssksn/upbsb/  にありますので、適宜ダウンロードしてください。ソースコードは、印刷物では配布しません。上記のホームページ上にあるものをダウンロードしてください。  キーボードをタイプして入力するにはコード量が多いので、ダウンロードしたファイルからコピーするなどしてください実装・仕様上の注意点  PeptideComparator クラス  Calibrator で書いた PointComparator と同じように、 Peptide オブジェクトと Double オブジェクトの比較を出来るようにする  Double はその値、Peptide は分子量で比較する実装・仕様上の注意点  searchPeaksメソッド  与えられた(sort済み)Peptide の配列中から、入力質量と許容誤差内があるか探し出す。  また、１つ以上存在する場合にも、全てのペプチドを探し出せるようにする。  出来れば、Arrays.binarySearch メソッドを使用する  入力質量より小さい方、大きい方の両方を許容誤差まで検索する必要がある実装・仕様上の注意点  メソッドの実装順  どのように実装を進めても自由だが、依存関係 (あるメソッドが別のメソッドを呼び出す)がある場合は、依存されている方から実装していくとやりやすい場合が多い  computeMass(String) → Peptide クラス → …  getSegmentedPeptideByTrypsin → getSegmentedPeptideWithMissCut → getSegmentedPeptideWithMaxMissCut → … など ProteinChipGUI  ProteinChipGUI.java  ProFound の簡易版のようなＧＵＩインターフェースプログラム  策定した仕様に沿って、ProteinChip プロジェクトのメソッドを呼び出して使用している  自分の書いたプログラムで正しく動作するか？レポート４ 1. プログラムを完成させ、どのような結果が出力されるかレポートせよ。データベースをsmall, middle, largeと変えた場合、出力結果がどうなり、かかる実行時間はどうなるか？ 2. 以下のメソッドをホームページ上に掲示する実装と差し替えて、出力結果、実行時間が変化するか調べなさい。    computeMass(String) getSegmentedPeptideWithMissCut(Peptide[], int) searchPeaks  レポート提出期限 9月9日24時(10日0時) レポート５  この「レポート５」は全てオプション課題である 1. 検索結果の順位付けを行うResultComparator において、実験で使った実装の他に、どのような要素・方法により順位付けを行うべきか考察せよ。また可能ならばそれを実装し、実際にどのように出力結果が変化するかレポートせよ。 2. 今回の実装方法では、データベースに登録されたタンパクの数が増えると実行時間が非常にかかってしまう。これに対応するには、どのような方法が考えられるか述べよ。  レポート提出期限  9月9日24時(10日0時) 注「レポート４」は、必須課題