PowerPoint プレゼンテーション - CAMM

コンピュータと化学
関西分子設計研究会
Computer-Aided Molecular Modeling (CAMM)
Research Center Kansai
合田 圭吾
July 2002
Keigo Gohda / CAMM Kansai
1
コンピュータと化学
 コンピュータと化学の結びつき
 情報化学
 理論化学
 生物計算化学
 栄養学とコンピュータ化学
July 2002
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2
コンピュータとは?
July 2002
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3
コンピュータの歴史
ENIAC (1946)ペンシルバニア大学
・ 真空管18,800本
・ 床面積 100m2、重量 30トン、消費電力 150KW
・ 床面積60畳、車約 20台分の重さの、1KW の
ストーブ150台に相当する熱を出すコンピュータ
・ 弾道計算や暗号解読
x = v0 •cos • t
y = v0 •sin • t - 1/2 •gt2
x = v02/g •sin2
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コンピュータの特性
 正確さ
 高速に計算
 繰り返し作業
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コンピュータと化学の結びつき
物理法則
物理
気候、風、気温、気圧、空気抵抗、
大砲の設置場所
化学反応
反応物質、分量、温度、触媒、容量
コンピュータ
化学
化学物質の性質を実験せずに予測・解析
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コンピュータ化学
情報化学
生物計算化学
理論化学
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情報化学
化学における情報とは?
• 化学物質
名称、化学構造式、分子量
• 化学物質の性質
沸点、融点、密度、安定性
• 製造方法(合成方法)
化学反応式、温度、気圧、pH
• 利用法
素材(コスト、特性、環境安全性)
医薬(薬効、毒性、安全性)
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情報化学
例:
H3C
OH
H3C
CH3
OH
HO
HO
???
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???
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情報化学
例:
H3C
OH
H3C
CH3
HO
OH
HO
エストロゲン(女性ホルモン)
ビスフェノールA
生殖機能に作用
脳や中枢神経機能
蛋白・糖・電解質・水分の
バランスの維持
脂質や皮膚、骨の代謝
環境ホルモン(内分泌撹乱物質)
女性ホルモン様作用
ポリカーボネート樹脂
自動車部品、CD等のディスク、
シートや窓ガラス等
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情報化学
化学物質データベース
CAS(Chemical Abstract Service 1900万件)
メルクインデックス(医薬関連1万件)
化学物質データベース検索システム
厚生労働省
国際化学物質安全性カード
環境省
WebKis-Plus(化学物質データベース)
国立健康・栄養研究所
健康栄養情報基盤データベースシステム
米国環境保護局(EPA)
内分泌撹乱化学物質関連データベース
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情報化学
国際化学物質安全性カード
ビスフェノールA
ICSC番号 0634
ビスフェノールA
BISPHENOL A
4,4'-(1-Methylethylidene)bisphenol
4,4'-Isopropylidenediphenol
C15H16O2/(CH3)2C(C6H4OH)2
分子量 228.3
CAS番号 80-05-7
RTECS番号 SL6300000
ICSC番号 0634
検索例:
災害/
暴露のタイプ
一次災害/
急性症状
応急処置/
消火薬剤
予防
火災
可燃性である。
裸火禁止。
爆発
空気中で粒子が細かく拡
散し、爆発性の混合気体
を形成する。
粉末消火薬剤、水噴霧、泡
消火薬剤、二酸化炭素。
吸入
咳、咽頭痛。
粉塵の堆積を防ぐ;密閉系、
粉塵防爆型の電気ならびに
照明設備。
粉塵の拡散を防ぐ! 作業環
境管理を厳密に!
局所排気。
皮膚
発赤。
保護手袋、保護衣。
眼
発赤、痛み。
安全ゴーグルまたは顔面
シールド。
経口摂取
吐き気。
作業中は飲食、喫煙をしな
い。 食事前に手を洗う。
身体への暴
露
漏洩物処理
貯蔵
新鮮な空気、安静。 医療機
関に連絡する。
汚染された衣服を脱がせる。
多量の水かシャワーで皮膚
を洗い流す。
数分間多量の水で洗い流し
(できればコンタクトレンズを
はずして)、医師に連れて行く。
口をすすぐ。 多量の水を飲
ませる。 医療機関に連絡す
る。
包装・表示
・こぼれた物質を密閉式容器内に掃き入れる;湿らせても
・酸無水物、酸塩化物、酸化剤、食品
よい場合は、粉塵を防ぐために湿らせてから掃き入れる。
や飼料から離しておく。
・残留分を注意深く集め、安全な場所に移す。
・(特別個人用保護具:P2有害粒子用フィルター付マスク)。
Prepared in the context of cooperation
between the International
重要データは次ページ参照
ICSC番号 0634
Programme on Chemical Safety & the Commission of the European
Communities © IPCS CEC 1993
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理論化学
化学物質を形作っている原子(電子)の状態を解き明かすことに
よって、化学物質の性質(物性)を解明する。 量子化学とも言う。
NH3
H2O
水素原子
H
CH4
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水分子(H2O)の電子状態
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理論化学
• 物性の予測
新素材の特性(耐性、環境の中での安定性)
新色素の色(吸収波長)
生物活性(薬効、発ガン性)
• 化学反応を予測
環境に最も“やさしい”化学研究
• ノーベル化学賞受賞
1981年 福井謙一 & Roald Hoffmann
「化学反応過程の理論的研究」
1998年 John A. Pople & Walter Kohn
「分子の構造や性質,化学反応の量子化学的な
計算手法研究」
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理論化学
物性の予測: 農薬の生物活性
A
B
C
D
予測
活性あり
N
CH3
N NH
活性なし
N
静電ポテンシャル分布
CH3
N S
活性あり
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理論化学
化学反応の予測
2 H2 + O2
化学物質A
2 H2O
+ 化学物質B
??
HOMO/LUMO軌道
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生物計算化学
化学物質が生物にどのような影響を及ぼすか、または
望ましい影響を与えるのは、どのような化学物質か?
6500 個
4個
5-8年
2個
3-7年
1個
2-3年
新
医
薬
品
の
研
究
開
発
プ
ロ
セ
ス
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生物計算化学
『鍵と鍵穴』
James W. Black, Gertrude B. Elion & George H. Hitchings
1988年ノーベル生理学・医学賞受賞 「薬物療法における重要な原理の発見」
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生物計算化学
抗インフルエンザウイルス薬:
ウイルスの増殖に必須の酵素であるノイラミニ
ダーゼ(NA)の阻害剤が理論的にデザインされ、
1993年、世界最初のNA阻害剤ザナミビルが合
成・開発された。
O
H2N
O
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N
H
O
O
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生物計算化学
慢性白血病(CML)薬:
ガン化した白血球の異常増殖に必須の酵素で
あるチロシンキナーゼの阻害剤が合成・開発さ
れ、2001年、日本・米国・EUで承認・販売された。
N
H
N
N
N
N
HN
N
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O
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生物計算化学
スクリーニング
ハイ・スループット スクリーニング:
ロボットを使って、数百万の化合物
を短期間に試験(スクリーニング)する
バーチャル スクリーニング:
コンピュータ上で、数百万の化合物
を短時間にドッキングする
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生物計算化学
ネットワーク分散型計算
 コンピューターが使用されている間は
背後で待っていて、使用されなくなるとス
クリーンセーバーのように作動し、分子
のスクリーニング作業を開始する。
 小分子が、抗ガン剤のターゲットとな
る可能性のあるタンパク質とどのくらい
結合しやすいかを評価する。ソフトウェア
はその結果をセンターに送り返し、分析
すべき新しいデータを受け取る。
 2億5000万種類の分子がスクリーニ
ング用に準備されている。
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栄養学とコンピュータ化学
日本農芸化学会 2002年3月
・ 「プロピオン酸菌による乳清発酵物」に含まれる新規ビフィズス菌増殖促進物質の
単離と構造解析 (明治乳業食品)
日本ビタミン学会 2002年4月
・
・
・
・
ビタミンB12酵素の立体構造と精密触媒機構 (岡山大学工学部)
フラビン酵素における反応制御の構造的基盤 (熊本大学医学部)
ビタミンD-1α-水酸化酵素の三次元構造と機能発現 (東京医歯大生材研)
B 群ビタミンにおける各国の食品成分値の比較検討 (女子栄養大医化学)
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コンピュータと化学
 コンピュータと化学の結びつき
 情報化学
 理論化学
 生物計算化学
 栄養学とコンピュータ化学
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質問?
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
コンピュータ化学

医薬品の研究開発

薬

製薬会社

就職

その他
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