スライド 1

小林克己
前川先生勉強会からの続き
/2010-4-6
1
頻度データ
FOB, 尿検査および病理所見
1. 所見アリ・ナシの匹数の計算
カイ二乗検定: 2×2, 4舛中,ゼロ~5程度の小さい
数値は適用できない/昔使用/パソコンが無い
フィッシャーの検定: 2×2のみ,計算によって直接
確率が計算される/現在使用/パソコンが必要
2. 所見のグレート分け
累積カイ二乗検定: グレード別匹数
Mann-WhitneyのU検定: グレードの検定
2
頻度データ(1)
1.
カイ二乗検定
群
1
2
アリ ナシ
8
42
15
35
計
50
50
2
100
(
8

35

42

15
)
X2 
(8  15) (42  35) (8  42) (15  35)
3
頻度データ(2)
4舛どこかがゼロになるまで表を作成しP値を加算
1. フィッシャーの直接確率検定(2×2のみ)
10!10!10!10!
P1 
 0.1849
20! 3! 7! 6! 4!
+
3
6
7 +
4
P1(生データ)
+
2
7
8
3
+
+
1
8
9
2
+
P2(加工データ) P3(加工データ)
+ 0 10
9 1
P4(加工データ)
0.1849(P1)+0.0349(P2)+0.0027(P3)+0.00006(P4)=0.2226(直接確率
= NS)
4
頻度データ(3)
1.
累積カイ二乗検定(日本のみ/東大・島津先生の開
発)
群
-
+
++
+++
++++
計
対 照
45
4
1
0
0
50
低用量
44
10
6
0
0
50
中用量
39
5
4
1
1
50
高用量
25
11
6
4
4
50
2. Mann-WhitneyのU検定
高用量の例:0+0+0+0+0+0+0+0+0+0+0+0+0+0+0+0+0+0+0+0+0+0+0+0+0+
1+1+1+1+1+1+1+1+1+1+1+2+2+2+2+2+2+3+3+3+3+4+4+4+4=51, Mean=1.02
5
少数例(N = 5)の尿検査・病理所見値の
生物学的判断はどの程度?
例
1
2
3
群
発生パターン
対照
投薬
対照
投薬
対照
投薬
○○○○○
○○●●●
○○○○●
○○●●●
○○○●●
○●●●●
判断
統計学的 生物学的
ナシ
アリ
ナシ
アリ
ナシ
アリ
6
対照群と用量群の発生数の組み合わせによる
統計学的有意差の検出 (*P<0.05)
発生率の組み合わせ
カイ二乗検定
Fisherの直接確率検定
0/5対1/5
P値 = 1.00000
P値 = 0.50000
0/5対2/5
P値 = 0.42920
P値 = 0.22222
0/5対3/5
P値 = 0.16755
P値 = 0.08333
0/5対4/5
P値 = 0.05281
P値 = 0.02381*
0/5対5/5
P値 = 0.01141*
P値 = 0.00397*
1/5対2/5
P値 = 1.00000
P値 = 0.50000
1/5対3/5
P値 = 0.51861
P値 = 0.26190
1/5対4/5
P値 = 0.20590
P値 = 0.10317
1/5対5/5
P値 = 0.05281
P値 = 0.02381*
2/5対3/5
P値 = 1.00000
P値 = 0.50000
2/5対4/5
P値 = 0.51861
P値 = 0.26190
2/5対5/5
P値 = 0.16755
P値 = 0.08333
7
試験責任者(SD)の判断
生物学的
有意差
意味がある
統計学的
解釈
有意差*
有意である 得られた知見・意味があるを採用
意味がある
有意でない 得られた知見・意味があるを採用#
意味がない
意味がない
有意である 得られた知見は捨てる
有意でない 得られた知見は捨てる
*P = 0.05. #標本数を増やして再度検定を実施するという見解も
あるが,著者は生物学的有意を優先したい.
8
統計解析を実施しない例
統計学的有意差が認められない例/フィッシャーの検定
試験群
死亡数・ポジ 生存数・ネガ 動物数
対照・非投薬
0
10
10
被験物質投与
3
7
10
合計
3
17
20
統計学的有意差が認められる発生率は,
0/10 vs. 4/10 および発がん性試験の 0/50 vs. 5/50
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28日間反復投与毒性試験の頻度データの
有意差検出パターン *有意差アリ(P<0.05)
群間発生率 (対照vs.用量) カイ2乗検定 フィッシャーの直接確率検定
0/5 vs. 1/5
P=1.00
P=0.50
↓
0/5 vs. 4/5
P=0.053
P=0.024*
0/5 vs. 5/5
1/5 vs. 1/5
P=0.011*
P=1.00
P=0.004*
P=1.00
↓
1/5 vs. 5/5
2/5 vs. 5/5
P=0.053
P=0.168
P=0.024*
P=0.083
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粉餌による混餌投与用給餌器/市販品
 1000mg/kg/day投与の場合
 各試験機関は,ラットの摂餌量を背景値として把握し
ている.1週間で自分の体重と同程度の量を摂取する.
 試験開始後1週間目(Wk7-8)は,体重150gで1日20gの飼
料を摂取する.化審法ガイドラインは2%を目安とする.
150mg/150g/day = 150mg/20g = 0.0075 = 0.75% = 7500ppm,
従って,♂♀摂餌量が異なることから種々の濃度の飼料
を調製する.混餌法には各ラボのノウハウがある.
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ラットの給餌システム
飼料摂取量が多い/固形飼料を遊んでかじり網目から落とす
粉末飼料用,下の円形丸穴ス
テンレス板(重たい)を入れ
て蓋を閉める
固形飼料用ケージ,上部に
ポリカーバネィト製ラット
固形飼料+飲水瓶をセット, 用飲水瓶
通常2匹飼い
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カイ二乗のXとは?
Fisher検定の記載法
 Chi は,キー、Χ,χ{かい}◆ギリシャ語のアル
ファベットの第22字,クリスマス
(Christmas)◆X‘masは,間違い.
 Xは,キリストを表すギリシャ語の頭文字{かし
らもじ}の名残{なごり}= X’mas
 Chri = Chiと勘違いした人あり.
 ◎Fisher’s exact test, Fisher’s exact probability
test, フィッシャーの直接確率検定,フィッシャーの正確確
率検定, ◎Fisherの検定
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