BMC Boot Camp Vol.1 Journals

BMC Boot Camp Vol.1
Journals
（論文・雑誌の基礎知識のまとめ）
Journals: Menu
第１日
論文の要素と本文の構造
第２日
雑誌の種類と代表例
第３日
雑誌の影響力
おまけ
BMC各分野の専門誌例
第１日
論文の要素と本文の構造
論文とは？
学問の研究成果などを論理的に記した文章
実験論文（原著論文），レビュー（総説）が存在
• 実験論文（原著論文）
新しい知見を含む論文（狭義での「論文」）
基本的に、実験によって何かの疑問を検証
• レビュー（総説）
ある話題について現状の知見をまとめた論文
論文に含まれるもの
•
•
•
•
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•
タイトル（Title）、著者（Author）
抄録（Abstract）
本文
図表（Figure, Table, Box, …）
参照文献（Reference）
謝辞（Acknowledgement）
これらのレビューを例に説明
タイトル、著者、Abstract
タイトル
著者
抄録（Abstract）＝論文の概容
論文のテーマと内容を大まかに推測
本文
Introduction
…between CycT1 and Tat3.
脚注（Referenceに対応）
大見出し
小見出し
図表（１）：Figure
流れ図のようなものから
画像・グラフまで様々
Panel：Figure内の個々の図
Legend：図の説明文
内容の理解に活用！
図表（２）：Table, Box
Table＝表、 Box＝囲み記事
Reference、謝辞
Reference
（参照文献）
タイトル
著者
Zhang. J. et al. HIV-1 TAR RNA enhances
the interaction between Tat and cyclin T1.
J. Biol. Chem. 275, 34314-34319 (2000).
雑誌
号
ページ
年
協力者への謝辞
実験論文の構造
IMRADと呼ばれ、以下の4項目を含む
Introduction
Method
実験の目的や背景
実験方法
Result
Discussion
実験結果（主にデータ）
考察（結果の解釈、論文の結論）
実験目的
実験方法
実験結果
結論
レビューの構造
論文によって異なる（以下の流れは一例）
研究領域の現状
• 研究領域の紹介
研究の将来性
• 既存の知見の意義
＋意義、歴史的背景
• 既存の研究成果
– 結論を出せること
– まだ未解明なこと
– 諸研究間の相互比較
• 他分野との関連
• 今後の応用性
• 今後の研究課題
第２日
雑誌の種類と代表例
雑誌の大まかな分類
分野による分類
• 総合誌
• 専門誌（多数）
• 一般誌（多数）
論文の種類による分類 • 総説誌
• 速報誌
出版形式による分類
• 商業誌（多数）
• Open Access雑誌
総合誌と専門誌
• 総合誌
あらゆる分野の論文を収録した雑誌
– Nature, Science：代表的な総合科学誌
– 他の総合科学誌の例：Proc Nat Acad Sci U S A（PNAS）
– 総合医学誌の例：N Engl J Med（NEJM）, Lancet
• 専門誌
特定分野の論文を集めた雑誌
– Cell：代表的な科学専門誌（細胞生物学）
– 他の例：J Neurosci（神経科学）、J Biol Chem（生化学）
Nature, Cellの姉妹誌
Nature, Cellには、細分化された姉妹誌が多く存在
（いずれも本家同様に権威が高い）
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Nature Immunology
Nature Chemical Biology
Nature Genetics
Nature Cell Biology
Nature Neuroscience
Nature Biotechnology
Nature Materials
Nature Medicine
etc.
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•
•
•
Neuron
Immunity
Molecular Cell
Developmental Cell
Cancer Cell
Cell Metabolism
Cell Host & Microbe
Cell Stem Cell
etc.
総説誌と速報誌
• 総説誌
総説（レビュー）を集めた雑誌
– 代表例：Nature Reviews（Nat Rev ～）、
– 図書の形のものも（例：Annual Reviews(Ann Rev ～)）
• 速報誌
短報（レター）を集めた雑誌
– 速報性重視のため、論文の完成度はそう高くない
– 例：FEBS Lett、Biochem Biophys Res Commun（BBRC）
商業誌とOpen Access雑誌
• 商業誌
出版社が刊行・販売している雑誌（多くの雑誌）
– 読者の購読料でコストを賄う
– 値上げによる販売数の減少が問題になっている
• Open Access雑誌
無料で無制約に利用できるオンライン雑誌
– 著者の投稿料や外部資金でコストを賄う
– 例：PLoS（PLoS ～）、BioMed Central（BMC ～）
第３日
雑誌の影響力
雑誌の影響力を表す指標
収録する文献が「他の論文に引用される」ことが
１つの大きな目安になる
•
•
•
•
•
インパクトファクター（Impact Factor, IF）
5年インパクトファクター（5-year IF）
最新文献指数（Immediately Index）
アイゲンファクター（Eigen Factor, EF）
被引用半減期（Cited Half-time）
インパクトファクター（IF）
• 直前2年分に収録された文献全体について、
（総被引用回数）÷（掲載文献の総数）
– 2008年の掲載文献240 被引用回数600
2009年の掲載文献260 被引用回数400 なら…
2010年のIF＝（600+400）÷（240+260）＝2.0
• 同様の計算による他の指標
– 直前5年分で同じことをやる→5年IF
– 直前1年分で同じことをやる→Immediately Index
インパクトファクターの特徴
• 「その雑誌の平均的なレベルの文献の影響力」を
「最近の論文に引用されている頻度」で評価
– 5年IF（5年分）は‘より長期的な視点’
– Immediately Index（1年分）は‘より短期的な視点’
• 問題点
–
–
–
–
誤用が多い（異なる分野の雑誌のIFを比較する etc）
自誌引用を繰り返すとIFが上昇する
掲載論文数の少ない雑誌はIFが高く出やすい
総説（レビュー）を多く載せる雑誌はIFが高く出やすい
アイゲンファクター（EF）
• 「その雑誌の平均的なレベルの文献の影響力」を
「任意の雑誌に引用される確率」で評価
– 計算式は行列を含む複雑なものなので省略
– IFと比べて１回の被引用に重み付けを行った指標
• 特徴
– 直前5年分のデータから算出
– 総被引用数が多いとEFも高くなりやすい
（※掲載論文数が多いとEFが高く出るという指摘が存在）
cf. Article Influence Score：※の指摘を考慮した指標
＝EF÷（掲載論文数／当該分野の全論文数）
被引用半減期（Cited Half-life）
• 累積被引用回数÷通算被引用回数＞0.5となるまで
何年分遡って累積する必要があるかを表す指標
– 2006年時点の通算被引用回数 10000
2006年の被引用回数：1600 （累積1年、比0.16）
2005年の被引用回数：1900 （累積2年、比0.35）
2004年の被引用回数：2000 （累積3年、比0.55）
⇒被引用半減期は2+{(0.5-0.35)/(0.55-0.35)}=2.75年
• 「その雑誌の平均的なレベルの文献の影響力」を
「他の雑誌に頻繁に引用され続ける期間」で評価
– 被引用半減期が長い＝「論文が長持ちする」雑誌
IFなどを調べるには…
• Journal Citation Reports（JCR）
http://isiknowledge.com/jcr/ （図書館契約）
ここをクリック
JCRの使用例（１）
遺伝学分野でIFの高い雑誌を知りたい場合
分野を選択
ここをクリック
並び替えの基準を選択
JCRの使用例（２）
雑誌名をクリックすると詳細な情報が得られる
論文単位で調べるには…
• Web of Science
http://isiknowledge.com/wos/ （図書館契約）
検索語を入力
Web of Scienceの使用例（１）
ここをクリック
主要な引用元は？
⇒数字をクリック
Web of Scienceの使用例（２）
「被引用数」を選択
おまけ
BMC各分野のEF上位20誌
（次のスライド以降の見方）
雑誌名はPubMedと同じ省略形を使用。
雑誌はIF>10、雑誌はIF 5～10、雑誌はIF<3
雑誌は掲載文献数10位以内
※ EFの値は結局は「雑誌の有名度」みたいなもので、
個々の論文の評価を決めるものではないので注意
（⇒結局は自分で読んでみて評価することが必要）
細胞生物学
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Title (Abbreviated）
1 Cell
Title (Abbreviated）
11 J Cell Sci
2 Mol Cell
12 Mol Biol Cell
3 Mol Cell Biol
13 Dev Cell
4 Genes Dev
14 Nat Struct Mol Biol
5 EMBO J
15 FEBS Lett
6 Oncogene
16 Plant Cell
7 J Cell Biol
17 FASEB J
8 Nat Med
18 Curr Opin Cell Biol
9 Nat Rev Mol Cell Biol
19 Cell Cycle
10 Nat Cell Biol
20 Stem Cells
生化学、分子生物学
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Title (Abbreviated）
1 J Biol Chem
#
Title (Abbreviated）
11
Biochem Biophys Res Commun
2 Cell
12 Nat Med
3 Nucleic Acids Res
13 PLoS Biol
4 Mol Cell
14 Nat Struct Mol Biol
5 Mol Cell Biol
15 FEBS Lett
6 EMBO J
16 Mol Microbiol
7 Oncogene
17 Hum Mol Genet
8 Curr Biol
18 Genome Res
9 Biochemistry
19 Plant Cell
10 J Mol Biol
20 FASEB J
遺伝学分野
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Title (Abbreviated）
1 Nat Genet
Title (Abbreviated）
11 Genome Biol
2 Genes Dev
12 Evolution
3 Oncogene
13 Trends Ecol Evol
4 Am J Hum Genet
14 BMC Genomics
5 Hum Mol Genet
15 Trends Genet
6 Genom Res
16 Mol Ther
7 Genetics
17 Mol Phylogenet Evol
8 Nat Rev Genet
18 Curr Opin Genet Dev
9 PLoS Genet
19 Gene
10 Mol Biol Evol
20 J Med Genet
微生物学・感染症分野
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Title (Abbreviated）
1 J Virol
Title (Abbreviated）
11 Nat Rev Microbiol
2 J Bacteriol
12 AIDS
3 Appl Environ Microbiol
13 Virology
4 Clin Infect Dis
14 J Antimicrob Chemother
5 Mol Microbiol
15 PLoS Pathog
6 J Infect Dis
16 Microbiology
7 Infect Immun
17 J Acquir Immune Defic Syndr
8 J Clin Microbiol
18 J Gen Virol
9
19 Environ Microbiol
Antimicrob Agents Chemother
10 Emerg Infect Dis
20 Cell Microbiol
神経学分野
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Title (Abbreviated）
1 J Neurosci
Title (Abbreviated）
11 Neuroscience
2 Neuron
12 J Neurochem
3 Nat Neurosci
13 Brain Res
4 Neuroimage
14 Ann Neurol
5 Nat Rev Neurosci
15 Cereb Cortex
6 J Neurophysiol
16 Neurosci Lett
7 J Physiol
17 J Comp Neurol
8 Biol Psychiatry
18 Neuropsychopharmacology
9 Brain
19 Trends Cogn Sci
10 Eur J Neurosci
20 Trends Neurosci
腫瘍学分野
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Title (Abbreviated）
1 Cancer Res
Title (Abbreviated）
11 Stem Cells
2 J Clin Oncol
12 Int J Radiat Oncol Biol Phys
3 Oncogene
13
4 Clin Cancer Res
14 Ann Oncol
5 Nat Rev Cancer
15 Leukemia
6 Int J Cancer
16 Exp Cell Res
7 Cancer Cell
17 Cancer Cytopathol
8 J Natl Cancer Inst
18 Mol Cancer Ther
9 Br J Cancer
19 Carcinogenesis
10 Cancer
Cancer Epidemiol Biomarkers Prev
20 Eur J Cancer
免疫学・膠原病分野
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Title (Abbreviated）
1 J Immunol
Title (Abbreviated）
11 Emerg Infect Dis
2 J Exp Med
12 Vaccine
3 Nat Immunol
13 AIDS
4 Immunity
14 Ann Rheum Dis
5 Clin Infect Dis
15 Eur J Immunol
6 Arthritis Rheum
16 Transplantation
7 Nat Rev Immunol
17 Annu Rev Immunol
8 J Infect Dis
18 Immunol Rev
9 Infect Immun
19 J Leukoc Biol
10 J Allergy Clin Immunol
20 J Rheumatol
発生学分野
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Title (Abbreviated）
1 Genes Dev
Title (Abbreviated）
11 Genesis
2 Development
12 Curr Top Dev Biol
3 Dev Cell
13 BMC Dev Biol
4 Dev Biol
14 Placenta
5 Dev Dyn
15 Mol Reprod Dev
6 Annu Rev Cell Dev Biol
16 Gene Expr Patterns
7 Semin Cell Dev Biol
17 Mol Hum Reprod
8 Reproduction
18 Differentiation
9 Mech Dev
19 Evol Dev
10 Int J Dev Biol
20 Dev Genes Evol
血液学分野
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Title (Abbreviated）
1 Blood
Title (Abbreviated）
11 Thromb Haemost
2 Circulation
12 J Cereb Blood Flow Metab
3 Circ Res
13 Bone Marrow Transplant
4 Arterioscler Thromb Vasc Biol
14 Exp Hematol
5 Stem Cells
15 Transfusion
6 Leukemia
16 Shock
7 J Thromb Haemost
17 Pediatr Blood Cancer
8 Br J Haematol
18 Leuk Lymphoma
9 J Leukoc Biol
19
10 Hematol J
Biol Blood Marrow Transplant
20 Thromb Res
内分泌・代謝学分野
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Title (Abbreviated）
1 J Clin Endocrinol Metab
Title (Abbreviated）
11 Int J Obes
2 Diabetes
12 Bone
3 Diabetes Care
13 Antioxid Redox Signal
4 Endocrinology
14 Osteoporos Int
5 Cell Metab
15 Endocr Rev
6 Diabetologia
16 J Cereb Blood Flow Metab
7 Free Radic Biol Med
17 Obesity
8
18 Eur J Endocrinol
Am J Physiol Endocrinol Metab
9 J Bone Miner Res
10 Mol Endocrinol
19 Mol Cell Endocrinol
20 Clin Endocrinol
臨床医学分野
#
1
Title (Abbreviated）
N Engl J Med
Title (Abbreviated）
J Clin Invest
2
Lancet
J Exp Med
3
JAMA
Nat Med
4 総 Br Med J
5 合 Ann Intern Med
内
6 科 Arch Intern Med
7 系 Cochrane Database Syst Rev
臨
床
研
究
系
Vaccine
Mol Ther
Stat Med
Life Sci
8
PLoS Med
Gene Ther
9
Am J Med
Trends Mol Med
J Gen Intern Med
Laryngoscope
10

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