HaloPlex HS 分子バーコードがアンプリコンシーケンスを変える HaloPlex ターゲットエンリッチメントシステムは、PCR のス ピードとハイブリダイゼーションによる選択的濃縮の利点を 組み合わせることにより、1 チューブで 200,000 ものアンプ 分子バーコード対応 HaloPlex HS のハイブリダイゼーション リコンを増幅可能な技術です。さらに分子バーコードをこの ビオチン 技術に組み込んだ HaloPlex HS により、アンプリコンシーケ シーケンス プライマーモチーフ ンスの変異コールの信頼性を、飛躍的に向上させることが サンプルインデックス 可能となりました。FFPE サンプルにも適用可能です。 ブリッジ or エマルジョン PCR プライマー 正確な変異頻度の検出が求められる検体の Deep Sequencing に最適なソリューションです。 ● ● ● ● ターゲットと相補的な プローブシーケンス キャプチャされる 58 ng の gDNA からスタート可能 分子バーコード（10 bp） DNA フラグメント キャプチャされた DNA フラグメントに、10 bp の分子バー コードを付加。バーコードの種類は 100 万以上 変異 分子バーコード情報を使って、同じ DNA 分子に由来する PCR Duplication か、異なる DNA 分子に由来するのかを 区別。 さらに同じ分 子バーコード をもつ 配 列 のコン セン サス シーケンスを作製し、エラーを効果的に除去 変異 TARGET 分 子バーコードのデータ解 析は 無 償データ解 析ツール SureCall で手間いらず ● FFPE サンプルに対応したデザインの選択可能 ● 物理的断片化不要 複数アンプリコンでターゲットをカバーする HaloPlex の利点に加え て、さらに個々のアンプリコンの Reads から分子バーコードを使って コンセンサス配列を作ってエラーを除去。限られた量のサンプルか ら行う Deep Sequencing での変異頻度の解析の信頼性を飛躍的に向 上させます。 分子バーコード付き DNA のシーケンスと SureCall によるデータ解析の流れ ゲノム DNA T G HaloPlex HS G 分子バーコード付き ライブラリ A PCR & NGS G G G G G G T G A T C シーケンスの結果得られた 分子バーコード付き Reads G T G C 同一分子バーコードのコンセンサス 配列を作り、エラーを除去（SureCall） 手軽に使える無償の NGS データ解析ツール 33% VAF 変異コール （SureCall） 0.5% の HapMap の セ ル ラ イ ン NA18507 と NA10831 を、 特 定 の SNP のアリル 頻 度が 0.5-5% の範囲になるように Detection down to 0.5% allele frequency 7.0% Expected allele frequency アリル頻度を 検出 8.0% 混 合 し た サ ン プ ル を 作 製 し、 6.0% HaloPlex HS で 解 析 を 行 い まし た。 2000-4000 x の読み取り深度でシー 5.0% 4.0% 3.0% 2.0% 1.0% chr7 2.5% 36165041 68863314 chr7 69233716 55240461 chr7 69233215 55238268 chr7 56494991 55229255 chr6 534242 152129077 chr4 92244422 55152040 chr3 5% 55242609 178917005 0.0% ケンスした結果、期待されるアリル 頻 度 が 0.5% と非 常に低い 変 異も、 期 待 値に近い 頻 度 で検 出できるこ とがわかりました。 HaloPlex HS の高い感度と、分子バー コードの効果を示しています。 chr7 chr11 chr12 chr12 chr12 chr16 chr21 1% 0.5% ClearSeq Halo HS シリーズ 製品名 対応シーケンサ 16 反応 96 反応 イルミナ HiSeq, MiSeq G9933A G9933B Ion PGM G9934A G9934B ターゲットサイズ ClearSeq Halo HS Cancer リサーチパネル 10 kb ClearSeq Halo HS 心筋症リサーチパネル 208.4 kb イルミナ HiSeq, MiSeq G9943A G9943B Ion PGM G9944A G9944B ClearSeq Halo HS シリーズ（受注製造パネル） 製品名 ClearSeq Halo HS 遺伝性結合組織病リサーチパネル ClearSeq Halo HS 遺伝性不整脈関連疾患リサーチパネル ClearSeq Halo HS ヌーナン症候群リサーチパネル 対応シーケンサ 48 反応 96 反応 イルミナ HiSeq, MiSeq G9954C#008 G9954B#008 Ion PGM G9954C#001 G9954B#001 イルミナ HiSeq, MiSeq G9954C#005 G9954B#005 Ion PGM G9954C#003 G9954B#003 イルミナ HiSeq, MiSeq G9954C#009 G9954B#009 Ion PGM G9954C#002 G9954B#002 ターゲットサイズ 143 kb 83 kb 41 kb ClearSeq Halo HS ICCG パネル 463 kb ClearSeq Halo HS X 染色体パネル 3.2 Mb イルミナ HiSeq, MiSeq G9954C#006 G9954B#006 Ion PGM G9954C#004 G9954B#004 イルミナ HiSeq, MiSeq G9954C#007 G9954B#007 Halo HS カスタムパネル 製品名 HaloPlex HS カスタム , 1-500 kb, プローブ数<20 K HaloPlex HS カスタム , 0.5-2.5 Mb HaloPlex HS カスタム , 2.6 Mb-5 Mb HaloPlex HS カスタム , 1-250 kb, プローブ数<20 K HaloPlex HS カスタム , 0.25-2.5 Mb 販売店 ターゲットサイズ プローブ数 対応シーケンサ 48 反応 96 反応 1 - 500 kb < 20 K イルミナ HiSeq, MiSeq G9931C G9931B 0.5 - 2.5 Mb < 200 K イルミナ HiSeq, MiSeq G9941C G9941B 2.6 Mb - 5 Mb < 200 K イルミナ HiSeq, MiSeq G9951C G9951B 1 - 250 kb < 20 K Ion PGM G9932C G9932B 0.25 - 2.5 Mb < 200 K Ion PGM G9942C G9942B ［ お問い合わせ窓口 ］ アジレント・テクノロジー株式会社 本社 / 〒 192-8510 東京都八王子市高倉町 9-1 ●カストマコンタクトセンタ 0120-477-111 mail：[email protected] ※仕様は予告なく変更する場合があります。 ※本資料掲載の製品は全て研究用です。 その他の用途にご利用いただくことはできません。 www.agilent.com/chem/jp © Agilent Technologies, Inc. 2015 本書の一部または全部を書面による事前の許可なしに複製、 改変、翻訳することは、著作権法で認められている場合を除き、 法律で禁止されています。 Printed in Japan, Apr. 8, 2015 5991-5708JAJP
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