次世代シーケンサ用ソリューション Agilent NGS Solution SureSelect HaloPlex ClearSeq Bravo NGS 自動化システム サンプル QC からデータ解析まで 次世代シーケンサは、ライフサイエンスの研究に革新をもたらし、生物学のあらゆる分野で日々画期的な知見が報告さ れています。また疾患研究の分野でも幅広く活用され、アメリカでは、デスクトップ型の次世代シーケンサが、臨床検 査機器として FDA に承認されました。次世代シーケンサはいまや、我々の生活にも大きな影響を与えようとしています。 アジレント・テクノロジーは、2009 年に世界で初めてのターゲットエンリッチメントシステム SureSelect を発売し、次世 代シーケンシングを画期的に効率化することで、世界の次世代シーケンサユーザーから絶大な支持を集めました。さら に 2012 年、ヒトゲノムを対象として、小さなターゲット領域に対して高い効率と信頼性でキャプチャシーケンスを行う HaloPlex ターゲットエンリッチメントシステムを発売し、デスクトップ型シーケンサで迅速に結果を得ることを可能としま した。 アジレントの次世代シーケンサ関連ソリューションはさらに進化し続けます。コンテンツの決定、ライブラリ調製、エンリッ チメント、ライブラリの QC からデータ解析、自動化システムまで、最新のテクノロジーをベースとした一歩先のソリュー ションをご提供します。特に疾患リサーチシーケンス向けの製品開発に力を入れ、今後 ClearSeq という新しい名称のも とに製品を展開していきます。 SureSelect SureSelect, HaloPlex の HaloPlex テクノロジーをベースとした 疾患リサーチシーケンス向け製品群 マニュアル実験 または A Complete NGS Solution 2 コンテンツ の決定 カタログデザイン - エクソーム - パネル SureDesign による 自在なカスタム デザイン ライブラリ 調製 SureSelect - XT（ポストプール） - QXT（トランスポゼース） - Strand Specific RNA - Methyl-Seq HaloPlex HaloPlex HS Next Generation Sequencing 一歩先のソリューションを提供 2 つのテクノロジーによる無限の可能性 SureSelect ターゲットエンリッチメントのゴールデンスタンダード ● 1 回のキャプチャで、SNV、LOH とコピー数変化を同時検出する OneSeq シリーズ登場 ● より大きなサイズのターゲットキャプチャ（500 kb-100 Mb 超）に強みを発揮 ● ビオチン化 RNA をプローブとして用い、SNV, InDel, CNV, Fusion などの様々な変異を高効率にキャプチャ ● DNA, RNA のライブラリ調製およびターゲットエンリッチメントに対応、各種モデル生物対応 HaloPlex 分子バーコード付きアンプリコンシーケンス ● ● ● アンプリコンシーケンスの新次元、分子バーコードの導入により、PCR の Duplication と異なる DNA 由来の Reads を区別して、かつ Random エラーを排除し、変異検出の信頼性を飛躍的に向上。ヒトゲノムが対象。 より小さなサイズのターゲットキャプチャ（500 kb 以下）に強みを発揮 高い感度と、簡単で迅速なプロトコル アジレントが長年培ってきた DNA マイクロアレイを用いた高品 質オリゴライブラリ合成（OLS）技術が SureSelect と HaloPlex に も利用されています。 ビオチン化 RNA に転写 （プローブの作製） SureSelect 120 mer の DNA オリゴを DNA オリゴを切り離す アレイ上に製造 ビオチン化 DNA プローブを作製 HaloPlex Bravo NGS 自動化システム エンリッチ メント OneSeq ClearSeq 疾患にフォーカスした リサーチパネル 各種エクソーム エクソームプラス カスタムデザイン （DNA/RNA） ライブラリ QC 2100 バイオアナライザ 2200 TapeStation データ 解析 SureSelect（ヒト）, OneSeq, HaloPlex, HaloPlex HS の データ解析には 無償のツール SureCall RNA-Seq や Methyl-Seq の解析には Strand-NGS 3 SureSelect：キャプチャシーケンスのゴールデンスタンダード SureSelect のキャプチャプローブは、120 mer の長さの高品質ビオチン 化 RNA を使用しています。DNA ではなく長い RNA オリゴを使用して いるため、ターゲットの gDNA に 20 bp 近くの Deletion が存在しても、 良好なアリルバランスでキャプチャすることができます。RNA でキャ gDNA もしくは mRNA を目的 サイズに断片化 ライブラリ調製 + プチャを行う最大の利点です。 + ビオチン化 RNA プローブライブラリ アダプタ付き DNA 断片 溶液中で 16 時間（ XT ） もしくは 1.5 時間（QXT ） ハイブリダイゼーション + ストレプトアビジン 磁性ビーズ Human All Exon V5 SureSelect Human All Exon V5 と XT Reagents を組み合わせ てイルミナの HiSeq 100 bp ペ アエンドで 1 サンプルあたり 4 Gb のシー ケンスを行った 結果です。 SureSelect の高いキャプチャ キャプチャされた DNA を オンビーズ PCR 増幅 サイズ確認と定量後 シーケンシングへ 能力のため、より少ないシー ケンス 量で、他 社 同 等 品と 比 較して、顕 著 に 高 いカバ レ ッ ジ を 実 現 して い ま す。 キャプチャシーケンスのゴー ルデンスタンダードとして広 く支持されている理由です。 キャプチャシーケンスは新次元へ： OneSeq（一度のシーケンス）で、 SNV と CNV と LOH を検出 ターゲットエンリッチメントのパイオニアであるアジレントから、新しいテクノロジーが登場しました。OneSeq は、 対象サン プルとリファレンス DNA※ のシーケンスデータを比較することにより、ゲノムワイドなコピー数変化、LOH と SNV、InDel を一度のシー ケンスで検 出します。SureSelect XT 試 薬 キットと組み合わせて使 用します。実 験プロトコルは 従 来 の SureSelect と 同じです。 アジレントの SureCall をデータ解析に用いることで、SNV、InDel に加えて、CNV と LOH を検出、出力します。 ※ OneSeq 用の Reference DNA（Caucasian：Male, Femal）は、アジレントから販売されています。 Genome backbone ClinGen disease– associated region Exon Exon ゲノムワイド CNV 検出用プローブ （約 300 kb の CNV 分解能） + ゲノムワイド疾疾患関連ClinGen領域をカバーするプローブ バックボーンプローブ CNV と LOH をゲノムワイドに検出するた めのプローブがデザインされています。 （約 25 - 50 kb の CNV 分解能） + ターゲットエクソンをカバーするプローブ 4 ター ゲットをカバーするプ ローブデ ザ インは Focused Exome のコンテンツか、 または自由にカスタマイズできます。 Next Generation Sequencing SureSelect 製品選択ガイド SureSelect には、大きく分けて、DNA/RNA のターゲットキャプチャシーケンスを行うための試薬キット（Reagents）と、 全ゲノムシーケンス、または RNA シーケンス用のライブラリ調製キットの 2 種類があります。 ターゲットキャプチャシーケンスについては、シーケンスしたいターゲット領域にあわせて選ぶキャプチャライブラリと、 シーケンスの目的やお手持ちのシーケンサの機種に対応した各種試薬キットを別途ご購入いただく製品構成です。それ ぞれに、Bravo NGS 自動化システム用の試薬があります。ヒトおよび各種モデル生物に幅広く対応しています。 DNA/RNA ターゲットキャプチャシーケンス キャプチャ 全ゲノム/RNA シーケンス XT Reagents TE Reagents XT RNA Reagents QXT Reagents Methyl Reagents QXT ライブラリ 調製キット ライブラリ Strand Specific RNA ライブラリ調製キット イルミナシーケンサ：HiSeq, MiSeq 対応 （NextSeq, HiSeq 3000/4000 はお問い合わせください） SureSelect 製品選択ガイド 製品 ライフテクノロジーズシーケンサ：●対応（詳細はお問い合わせください） キャプチャライブラリ マニュアル用 OneSeq SS Constitutional Research OneSeq SS Hi Res Backbone + カスタム SureSelect XT Reagents 自動化用 上記キャプチャライブラリ SureSelect XT Reagents, AUTO OneSeq キャプチャ ● Human All Exon V5 および各種プラス製品 ● Clinical Research Exome ● Focused Exome ● 各種モデル生物のエクソーム マニュアル用 エクソーム / DNA キャプチャ ClearSeq SS Comprehensive Cancer ● ClearSeq SS 遺伝性疾患リサーチ ● ClearSeq SS DNA Kinome ● カスタム（500 kb - 24 Mb） Methyl-Seq 自動化用 RNA キャプチャ 全ゲノム / 全トランスクリプトーム解析 試薬キット 上記キャプチャライブラリ （Methyl-Seq を除く） SureSelect QXT Reagents ※ SureSelect XT Reagents （● AB SOLiD 対応） SureSelect TE Reagents （● IonProton 対応） 他社ライブラリ調製試薬との組合わせ SureSelect TE plus adapter SureSelect XT Methyl Reagents SureSelect QXT Reagents ※ SureSelect XT Reagents, AUTO ClearSeq SS RNA Kinome, カスタム SureSelect XT RNA Reagents 16 反応は 全ゲノム用 SureSelect QXT ライブラリ調製キット※ 全トランスクリプトーム用 SureSelect QXT ライブラリ調製キット※ マニュアル用 96 反応は マニュアル / 自動化両用 ※ QXT 試薬の自動化用プロトコルは準備中です。 5 ヒトのエクソーム、疾患リサーチから各種モデル生物まで多彩な製品群 SureSelect XT DNA キャプチャライブラリ （ポストプール式）※：製品一覧 製品 特徴 型番 型番 型番 サイズ （Mb） 16 反応 96 反応 28 5190-8702 5190-8703 5190-8704 96 反応 自動化 OneSeq OneSeq SS Constitutional Research コピー 数 変 化をゲノムワイドに検 出するため のバックボーンプ ローブに、 Focused Exome のターゲット領域を足したデザインです。SNV に加え CNV と LOH も同時に検出できる画期的な製品です。 各種エクソーム / エクソームプラス Human All Exon V5 改善を重ねた 5 代目のデザインにより、キャプチャの均一性をより向上させ、 より少ないシーケンス量で高いカバレッジを得ることができます。合計 50 Mb の Coding 領域をキャプチャ対象としています。エクソーム解析のゴール デンスタンダードです。 50 5190-6208 5190-6209 5190-6210 Human All Exon V5 + UTRs 上記 V5 ライブラリのターゲット領域に、UTR を追加したデザインです。 75 5190-6213 5190-6214 5190-6215 Human All Exon V5 + lncRNA 上 記 V5 ライブラリの ター ゲット 領 域に、8,263 lincRNA と HGNC 979 noncoding RNA エクソン合計 9.3 Mb を追加したデザインです。 59.3 5190-6446 5190-6447 5190-6448 Human All Exon V5 + Regulatory 上記 V5 ライブラリのターゲット領域にプロモータや一部のエンハンサなど の制御領域を追加したデザインです。 113.7 931071 931072 931073 Human All Exon V5 + mtDNA（EA） 上記 V5 ライブラリのターゲット領域に、16 のミトコンドリア関連の核遺伝 子のエクソンおよび、16 kb のミトコンドリアゲノム DNA をキャプチャするプ ローブを追加したデザインです。ミトコンドリア DNA の過剰なキャプチャを 避けるため、核遺伝子をキャプチャするプローブとミトコンドリアゲノムを キャプチャするプローブの比が 100：1 に調整されています。 50 EA EA EA Clinical Research Exome 定評ある Human All Exon V5 のコンテンツの中で、疾患に関連した 4,704 遺 伝子の 7.5 Mb の領域のカバレッジを強化したデザインです。V5 のコンテン ツ に 新 規 の 疾 患 関 連 領 域 と SNPs の 4 Mb を 追 加 して い ま す。Emory University と The Children's Hospital of Philadelphia との共同開発製品です。 54 5190-7338 5190-7339 5190-7344 Clinical Research Exome + UTR 上 記 の Clinical Research Exome のコンテンツに、UTR を 追 加したデザイン です。 79 Focused Exome HGMD, OMIM, ClinVar のターゲットにフォーカスし、約 5,700 の体質性疾患 関連遺伝子を均一性の高いカバレッジで解析します。 16 お問い合わせください 5190-7787 5190-7788 5190-7789 ターゲットキャプチャライブラリ NCC oncopanel 国立がん研究センター早期・探索臨床研究センター TOPICS-1 試験で使用さ れている NCC oncopanel を広くご利用いただけるようにカタログ化しまし た。成人固形腫瘍にゲノム異常が検出され、現在 Actionable または将来の 分子標的治療において Actionable 候補となる遺伝子を対象としています。 0.93 ClearSeq SS Comprehensive Cancer ワシントン大学セントルイス校との共同開発製品です。幅広いがん種（乳 がん、肺がん、大腸がん、AML 等）に関連する 151 の重要ながん関連遺伝 子を網羅しています。高いキャプチャの均質性により、深いカバレッジの シーケンスで信頼性の高い変異検出を実現しています。 0.79 5190-8011 5190-8012 5190-8013 既知の約 4,000 の遺伝性疾患に関連する遺伝子 2,742 のエクソン領域をター ゲットとした デ ザイン で す。Medical Genetics, Charite Berlin との 共 同 開 発 です。 10.5 5190-7518 5190-7519 5190-7520 3.2 5190-4646 5190-4647 5190-4648 5190-4643 ClearSeq SS 遺伝性疾患リサーチ ClearSeq SS DNA Kinome 612 のキナーゼ遺伝子とがん関連遺伝子のエクソンと UTR 領域にプローブ がデザインされています。キナーゼ変異と疾患との関連の探索に威力を発 揮します。 お問い合わせください モデル生物エクソーム 6 Mouse All Exon UCSCS の mm9 の Reference 配列をもとに Ensemble と RefSeq で定義された エクソンにプローブがデザインされています。 49.6 5190-4641 5190-4642 Bovine All Exon University of Maryland build 3.1 のデータベースをもとに USDA と設計したデザ インです。Coding Exon, Predicted Exon および miRNA を含みます。 54 5190-5448 5190-5449 Zebrafish All Exon Ensemble の Zv9 library をもとに、Sanger 研究所と設計したデザインです。 75 5190-5450 5190-5451 Canine All Exon（EA） CanFam2 の UCSC Tracks をもととしてデザインされ、RefSeq, Human Protein Alignment および Spliced ESTs を含みます。 54 EA EA ※ EA：Early Access 品 ※プレプール式 XT2 のキャプチャライブラリについてはお問い合わせください。 Next Generation Sequencing SureSelect 試薬キット：DNA 用 XT 試薬キット（ポストプール式） ※プレプール式 XT2 の試薬についてはお問い合わせください。 最も高いキャプチャ性能をもつ SureSelect XT の試薬 キットです。がんに代表される、DNA の高い複雑性 試薬キット を維持したライブラリの調製が必要な用途に適して います。Nature, Science をはじめとする主要雑誌に 多くの応用例が報告されており、豊富な実績と信頼 性が高く評価されています。ライブラリ調製試薬、 SureSelect XT Reagents （ライブラリ調製と ハイブリ用試薬含む） ハイブリダイゼーション 試 薬、反 応 数にあわせた 8 bp のシングルインデックスプライマを含みます。 DNA スタート量は、3 µg と 200 ng の 2 種類のプロト コルに対応しています。 SureSelect Target Enrichment Reagents IonPTN （ライブラリ調製試薬を 含まない） SureSelect TE plus Adapter TPFD_KB（KAPA 等）, イルミナ （他社ライブラリ調製試薬との 組合せ用） 対応 シーケンサ 型番 型番 型番 96 反応 16 反応 96 反応 イルミナ G9611A G9611B G9641B イルミナ G9612A G9612B G9642B G9615A G9615B ̶ G9605A G9605B ̶ HiSeq, NextSeq MiSeq ABI 5500 SOLiD LT Ion Proton 自動化 931171 931182 型番 96 反応 イルミナ ̶ 対応 シーケンサ 16 反応 96 反応 イルミナ G9681A G9681B お問い 合わせ ください イルミナ G9683A G9683B お問い 合わせ ください QXT 試薬キット（ポストプール式） 50 ng の微量 DNA からスタートして、トータル 7 時間、 ハンズオン 3.5 時間のハイスピードで、ターゲット キャプチャ済みでシーケンスにかけられるライブラ リが完成します。速さと簡便さが求められる NGS の Enrichment QXT Reagents, イルミナ （NSQ 除く） （ , ライブラリ調製と ハイブリ用試薬含む） アプリケーションに最適なソリューションです。 Library Prep 試薬キット Sequence QXT Reagents, イルミナ NSQ （ライブラリ調製と ハイブリ用試薬含む） HiSeq, MiSeq NextSeq 型番 型番 自動化 ※キャプチャライブラリは定評ある SureSelect XT シリーズと共通です。 ※高いライブラリ複雑性の保持が求められる癌や DNA の断片化が進んだサンプルの解 析に は、XT キットのご利用をお勧めします。 ※イルミナ NSQ 対応製品は NextSeq v1 キットに対応しています。NextSeq v2 キットには対応し ていません。 Competitor A Competitor B 圧倒的な時間短縮！ QXT 1 2 3 4 5 Work Days QXT ライブラリ調製キット（ポストプール式） 独自のトランスポゼースにより高い効率でアダプタ タグメンテーションを行 い、約 90 分 の 短 時 間で、 50 ng の DNA から、DNA シーケンス用ライブラリの 調製が可能です。ヒトや各種モデル生物、植物、昆 虫など幅広いアプリケーションに対応します。 ライブラリ 反応 準備 ~ 10 min 断片化と アダプタ付加 11 min 精製 ~ 25 min AMPureXP PCR PCR 準備 増幅 ~ 10 min 16 min ~ 90 minutes 精製 QXT ライブラリ調製キット , イルミナ（NSQ 除く） QXT ライブラリ調製キット , イルミナ NSQ Agilent SureSelect QXT のワークフロー AMPureXP 試薬キット QC 型番 型番 96 反応 96 反応 イルミナ G9682A G9682B お問い 合わせ ください イルミナ G9684A G9684B お問い 合わせ ください 対応 シーケンサ HiSeq, MiSeq NextSeq 型番 16 反応 自動化 ※イルミナ NSQ 対応製品は NextSeq v1 キットに対応しています。NextSeq v2 キットには対応し ていません。 TapeStation バイオアナライザ ~ 20 min 7 SureSelect Gene Regulation ストランド特異的 RNA ライブラリ調製キット ● ● ● 50 ng の Total RNA からスタート可能（RIN 9 以上の Reference RNA 使用時） 99% 以上の高いストランド特異性 5'/3' バイアスを抑え、遺伝子全長にわたってより均一なカバレッジ ● ● ● アジレント遺伝子発現マイクロアレイの 発現差解析との高い相関 16 反応から利用可能 96 反応は Bravo NGS 自動化システムにも対応 型番 型番 製品名 16 反応 96 反応 SureSelect Strand Specific RNA ライブラリ調製キット、イルミナ G9691A G9691B RNA キャプチャライブラリと RNA キャプチャ試薬キット 目的の RNA を選択的にキャプチャシーケンスするためのライブラリと試薬キットです。ライブラリは Kinome のカタログ 製品の他に、カスタムでターゲットを自由にデザインいただくことができます→ P9 参照 ● ● RNA キャプチャにより、Read Depth が 10-100 倍向上 gDNA の SNP や InDel が遺伝子発現に与える影響を精度よく解析 ● 低発現遺伝子のカバレッジが向上 型番 製品名 特徴 ClearSeq SS RNA Kinome キャプチャライブラリ 612 の Kinase 遺伝子とがん関連遺伝子がターゲット ターゲットサイズ：3.2 Mb SureSelect XT RNA Reagents ライブラリ調製試薬とハイブリダイゼーション試薬：イルミナ対応 型番 16 反応 96 反応 5190-4801 5190-4802 G9692A G9692B ：メチル化部位の網羅的な解析に威力を発揮 Methyl-Seq（Human/Mouse/Rat） SureSelect XT Methyl-Seq は、ヒト、マウス、ラットのメチル化に関連するターゲットを、PCR 増幅なしにキャプチャし、バ イサルファイト変換を行った後、増幅してシーケンスを行います。CpG アイランドや CpG アイランドの Shore および Shelves と定義される領域、がん、組織特異的な DMRs（Differential Methylation Regions）などのメチル化状態を 1 bp の解像度で 一気に解析できます。NGS を活用し、メチル化研究を加速する画期的ツールです。 ※微量 DNA からのターゲットメチルシーケンスを可能とする PBAT（Post Bisulfite Adapter Tagging ）法との組み合わせについてはお問い合わせください。 ※ EA：Early Access 品です。 Human Methyl-Seq ターゲットサイズ：84 Mb Mouse Methyl-Seq（EA） ターゲットサイズ：109 Mb Rat Methyl-Seq（EA） ターゲットサイズ：97 Mb ● ● ● CpG アイランドおよび Shores and Shelves ± 4 kb ● 癌、組織特異的 DMR ● GENCODE プロモーター ● DNase I 高感受性領域 他 試薬名 キャプチャライブラリ CpG アイランドおよび Shores and Shelves ± 4 kb ● 組織特異的 DMR ● Ensembl Regulatory Features ● Open Regulatory Annotation 製品名 8 型番 型番 16 反応 96 反応 SureSelect XT Human Methyl-Seq 84 Mb 5190-4661 5190-4662 SureSelect XT Mouse Methyl-Seq 109 Mb EA ̶ SureSelect XT Rat Methyl-Seq 97 Mb 試薬キット CpG アイランドおよび shore ± 1kb ● Gene promoters ● 組織特異的 DMR EA EA SureSelect XT Methyl Reagents, イルミナ HSQ G9651A G9651B SureSelect Target Enrichment Reagents（PBAT 用）イルミナ HSQ 930671 930672 Next Generation Sequencing SureDesign/eArray 独自のカスタムキットのデザイン自由自在 ターゲットにしたい遺伝子名のリストを準備するだけで、独自の SureSelect/HaloPlex のカスタムキットを簡単にデザイン できるツール、それが SureDesign です。SureDesign では、ヒトだけではなくマウス、ラット、ショウジョウバエ、アカゲザ ル、イネ、マーモセット、メダカなど様々な生物種に対して、キャプチャしたい領域や遺伝子名を入力して、SureSelect のカスタムライブラリを簡単にデザインすることができます。RNA をキャプチャするためのデザインツールとしては eArray を用います。 SureSelect DNA キャプチャのカスタム作成：SureDesign SureDesign には 16 種類の生物種のゲノム DNA の配列情報が登録されており、 ゲノム上の位置情報や遺伝子名、データベースのアクセッション ID や SNP ID を入力することで任意の領域をキャプチャするためのプローブを設計を行い Enrich したい領域 ゲノムDNA Target interval ます。指定領域のコーディングエクソンのみ・UTR を加えたエクソンのみ・領 域全体などの指定も可能で、合計キャプチャサイズ 24 Mb までのデザインが 作成可能です。SureDesign にゲノム DNA の情報が登録されていない生物種に プローブ プローブグループ 1 プローブグループ 2 ついては、独自に設計したプローブの塩基配列情報をアップロードして頂くこ とで、カスタムデザインの作成が可能です。 ライブラリ 最高の使いやすさを追及したユーザーインターフェース – 多言語に対応したユーザーインターフェース、日本語・英語などの言語で操作可能 – 目的に応じて標準操作とアドバンスオプションが選択可能、シンプルな操作と高度 な設定を共存 – SureDesign ユーザーインターフェースから UCSC ゲノムブラウザにダイレクトリンク、 検索されたターゲット領域や設計されたプローブをすぐに視覚的に確認可能 – スピーディーなプローブ設計により、最短の待ち時間でカスタム設計が可能 最高のパフォーマンスを実現するプローブ設計アルゴリズム – Masking オプションにより、ゲノム上のリピート領域など「避けたい領域」を設定 – ブースティングオプションにより、キャプチャが難しい領域のカバレッジを改善 – 目的に応じて最適なプローブ密度を x2 から x5 まで自由に設定可能 製品名 SureSelect カスタム キット SureSelect XT カスタム , 1 - 499 kb SureSelect XT カスタム , 0.5 - 2.9 Mb SureSelect XT カスタム , 3.0 - 5.9 Mb SureSelect XT カスタム , 6.0 - 11.9 Mb SureSelect XT カスタム , 12.0 - 24.0 Mb 種類 OneSeq カスタム キット 型番 プローブ数 上限 ターゲット サイズ 型番 16 反応 型番 96 反応 96 反応 57,680 57,680 57,680 115,360 173,040 1 - 499 kb 0.5 - 2.9 Mb 3.0 - 5.9 Mb 6.0 - 11.9 Mb 12.0 - 24.0 Mb 5190-4806 5190-4816 5190-4826 5190-4836 5190-4896 5190-4807 5190-4817 5190-4827 5190-4837 5190-4897 5190-4808 5190-4818 5190-4828 5190-4838 5190-4898 共通 CNV Backbone サイズ 追加 ターゲット サイズ 16 反応 12 Mb 12 Mb 12 Mb 12 Mb 1 - 499 kb 0.5 - 2.9 Mb 3.0 - 5.9 Mb 6.0 - 11.9 Mb 製品名 OneSeq SS Hi Res Backbone + カスタム 1 - 499 kb キャプチャ OneSeq SS Hi Res Backbone + カスタム 0.5 - 2.9 Mb ライブラリ OneSeq SS Hi Res Backbone + カスタム 3 - 5.9 Mb OneSeq SS Hi Res Backbone + カスタム 6 - 11.9 Mb Reference OneSeq Human Reference DNA, Male, Caucasian DNA OneSeq Human Reference DNA, Female, Caucasian 型番 自動化 型番 96 反応 遺伝子数 目安 約 150 約 900 約 1,300 約 2,500 約 5,000 型番 96 反応 自動化 5190-8705 5190-8887 5190-8888 5190-8889 5190-8890 5190-8891 5190-8892 5190-8893 5190-8894 5190-8895 5190-8896 5190-8897 5190-8848（50 反応） 5190-8850（50 反応） SureSelect RNA キャプチャのカスタム作成：eArray eArray eArray には 79 種類の生物種の Transcriptome 配列情報が登録されており、GenBank のアクセッ ション ID や転写物の配列情報を指定することで任意の Transcript をキャプチャするためのプ ローブ設計を行います。UniGene に登録されていない転写物をキャプチャしたい場合、ゲノム 上の任意の領域を指定することでプローブ設計をすることも可能です。 9 HaloPlex/HaloPlex HS ターゲットエンリッチメントシステム アンプリコンシーケンスは分子バーコードで新次元へ HaloPlex ターゲットエンリッチメントシステムは PCR のスピードとハイブリダイゼーションによる選択的濃縮の利点を組み 合わせることにより、1 チューブで 200,000 ものアンプリコンを増幅可能な技術です。さらに分子バーコードをこの技術 に組み込んだ HaloPlex HS によりアンプリコンシーケンスの変異コールの信頼性を、飛躍的に向上させることが可能と なりました。FFPE サンプルにも適用可能です。ヒトゲノムのみに対応しています。 ● 疾患関連遺伝子 2000 個の coding exon を濃縮するパネル ● 癌関連遺伝子の分子バーコード付き Deep Sequencing で、より正確な体細胞変異頻度を検出 ● 染色体の特定領域だけに注目した解析 など、ヒトゲノムの最大 5 Mb の領域を 58 ng のゲノム DNA サンプルから簡単に濃縮し、変異解析を短時間に、これまで にない高い精度で実施することができます。デスクトップシーケンサと組み合わせて使用することで、威力を発揮します。 HaloPlex HaloPlex HS （分子バーコード対応） 225 ng Step 1 DNA 必要量： 全てのプローブに共通、シーケンシングに 必要な配列部分 ビオチン 20 数 bp 20 数 bp 相補的 gDNA を 8 組の制限酵素で消化 ヒトゲノムの制限酵素切断パターンはデータ ベースから予 測 可能 なので、ライブラリを デザインする時に、ターゲット領域を含ん でいて長さが 100-400 bp 程度になるフラグ メントが in silico で選択され、 HaloPlex プロー ブがデザインされます（右図）。 相補的 ターゲット領域 全てのプローブに共通、シーケンシングに 必要な配列部分 20 数 bp 20 数 bp 相補的 制限酵素で消化した フラグメント 相補的 制限酵素で消化した フラグメント Step 2 ビオチン シーケンス プライマーモチーフ サンプルインデックス ブリッジ or エマルジョン PCR プライマー ターゲットと相補的な プローブシーケンス HaloPlex プローブとの ビオチン ハイブリダイゼーション シーケンス プライマーモチーフ 制限酵素処理した gDNA フラグメントの両端と HaloPlex プローブがハイブリダイズし、環状構造を形成します。 HaloPlex プローブは、濃縮されるフラグメントに対応し た数がキットに含まれ、最大で 200,000 種類になります。 濃 縮 するフ ラ グメント の 数 の 分、HaloPlex プ ロ ーブと gDNA フラグメントの環状構造が形成されます。 インデックスプライマーカセット： シーケンシングに必要な配列を含む共通部分 マグネットビーズに結合させたままの状態で、ライ ゲーション反応により、ターゲット DNA と Indexing Primer Cassette は 1 本鎖 DNA になります。 Streptavidin PCR 増幅 ターゲットと相補的な プローブシーケンス 分子バーコード（10 bp） ハイブリダイゼーションによりキャプ チャされた配列を、ビオチン付きイン デックスプ ライマーカセットとライ ゲーションした後、1 本鎖 DNA をスト レプトアビジン・マグネットビーズ で 捕集して濃縮します。それぞれのイン デックスプ ライマーカセットには 約 100 万種類の分子バーコードが導入さ れており、各フラグメントはユニーク な分子バーコードを持ちます。 Step 4 ターゲット断片のオンビーズ ア ル カ リ 性 の 溶 出 バ ッフ ァで HaloPlex プローブと、1 本鎖 DNA を解離させ、回収します。 共 通 配 列 部分に対 するプライマーで PCR 増 幅 を 行 い ま す。 最 大 200,000 アンプリコンを 1 組のプライマーで増 幅します。PCR 産物を AMPure ビーズ 精製し、最終産物はそのままシーケン シングに進めることができます。 ブリッジ or エマルジョン PCR プライマー Step 3 ライゲーション後ビーズ精製 ストレプトアビジン・マグネットビーズで、ターゲッ ト DNA/HaloPlex Probe のハイブリッドを捕集し、ハ イブリダイズしなかった DNA を洗いで除去します。 Step 4 ターゲット断片の サンプルインデックス インデックスプライマーカセットに、 約 100 万種類の分子バーコードとビオチンを導入 Step 3 ビーズ精製とライゲーション 10 58 ng DNA 必要量： PCR primers PCR primers PCR 増幅 共通配列部分に対するプライマーで PCR 増幅を 行います。PCR で増幅されたフラグメントは共通 した分子バーコードを持つので、分子バーコード を解析することにより、シーケンスされた Reads が同一フラグメントの PCR 増幅産物であるか、異 なる由来の DNA 断片であるかを明確に区別でき ます。同一の分子バーコードをもつ Reads は PCR Duplication として認識され、コンセンサス配列が 作製されるため、ランダムエラーを効果的に除去 し、信頼性の高い変異コールを得ることができ ます。詳細は次ページを参照ください。 Next Generation Sequencing HaloPlex HS 分子バーコードが アンプリコンシーケンスを変える 複雑な変異頻度をもち深い読み取り深度（Deep Sequencing）が 必要とされるサンプルに最適です。 T T T T T T T T エラー ? 低頻度変異 ? G G G G G G G G G G G G G G G G C 見かけの変異頻度 T T T T T T T T HaloPlex HS で 分子バーコード 付加して シーケンス G G G G G G G G G G G G G G G G G G C エラー ? 低頻度変異 ? エラー！ 50% 従来のアンプリコンシーケンスの問題点 ① PCR duplication と、異なる DNA 由来のフラグ メントの区別ができない ② エラーと頻度の低い変異の区別が難しい SureCall で T T 解析 G G G G G G G G 真の変異頻度 エラー！ 28.6% 約 100 万種類の 分子バーコード HaloPlex HS 分子バーコードが解決 ① PCR duplication と、異なる DNA 由来のフラグ メントの区別を行う ② 同じ 分 子バーコ ード が つ い た Read のコン センサス配 列を作ることで、エラーと頻 度 の低い変異の区別がより容易になる HaloPlex HS で、個々の DNA フラグメントの PCR 前に 10 bp の分子バーコードを付加 同一 DNA 由来のフラグメントの Duplication か、 異なる DNA 由来のフラグメントかが、区別でき るようになります。 さらに HaloPlex/HaloPlex HS では、ターゲット領域を極力複数 Deep Sequencing での分子バーコードの効果 のアンプリコンでカバーするようにデザインされるので、極め 8 実測された変異頻度 その他の特徴 ● ● ● ● ● ● n = 14 7 て高いターゲットカバレッジと感度で変異を検出できます。 HaloPlex HS では 58 ng, HaloPlex では 225 ng の gDNA からスタート可 FFPE サンプルに対応したデザイン可能。両鎖をキャプチャすることに より、FFPE 処理由来の片側 Strand の Artifact を除去 6 5 4 3 2 1 0 5% 物理的断片化を行わないので、特別な機器は不要 1 チューブでなんと 200,000 アンプリコンを増幅 アジレント Bravo NGS 自動化システムに対応（48, 96 反応） 度と、分子バーコードの効果を示しています。 HaloPlex 変異 変異 TARGET HaloPlex HS 変異 変異 TARGET ● PCR で入るエラーと変異の区別が困難 ● ! これは マイナーな 変異 ? エラー ? ターゲット領域を複数のアンプリコンでカバー ● 変異 TARGET ? ターゲット領域を 1 つのアンプリコンでカバー 0.5% HapMap のセルライン NA18507 と NA10831 をアリル頻度が 0.5-5% の範囲になるように混合したサンプルを作製し、HaloPlex HS で解 析を行いました。2000-4000 x の読み取り深度でシーケンスした結 果、期待されるアリル頻度が 0.5% と非常に低い変異も、期待値に 近い頻度で検出できることがわかりました。HaloPlex HS の高い感 イルミナシーケンサとライフテクノロジーズ Ion PGM に対応 ターゲットサイズは 5 Mb（イルミナ）、2.5 Mb（Ion PGM） 従来のアンプリコンシーケンス 1% 2.5% 期待される変異頻度 変異検出の信頼性が向上 ただし、ひとつのアンプリコンのみで検出された 変異については、PCR Duplication か頻度の低い変 異か区別できない エラーなので 除去された ターゲット領域を複数のアンプリコンでカバー 各アン プリコン は分 子バーコ ード を 利 用した コンセンサス配列を使用して PCR Duplication と ランダムエラーを除去 ● 変異検出の信頼性が飛躍的に向上 11 ClearSeq シリーズ 設計済みの疾患リサーチパネルで手軽に変異解析 ClearSeq Halo HS Cancer リサーチパネル ClearSeq Halo Cancer リサーチパネル がん関連 47 遺伝子の合計 526 ホットスポットを 網羅的に解析 ● FFPE サンプルに対応したデザイン ● ● Research Use Only ClearSeq Halo AML リサーチパネル※ 急性骨髄性白血病に関連する 20 遺伝子の 変異箇所を網羅的に解析 ● Stanford 大学 Dr. Robert Ohgami, Dr. Daniel Arber との共同開発 ● ● Research Use Only ※ Halo HS 対応版についてはお問い合わせください。 ClearSeq Halo HS 心筋症リサーチパネル ClearSeq Halo 心筋症リサーチパネル 肥大型心筋症、拡張型心筋症、不整脈原性 右室心筋症関連の 34 遺伝子を含むデザイン ● Uppsala 大学 Dr. Berivan Baskin との共同開発 ● ● Research Use Only ClearSeq Halo HS / Halo Cancer リサーチパネル遺伝子リスト ABL1 AKT1 ALK AR ATM BRAF CDKN2A CSF1R CTNNB1 EGFR ERBB2 ERBB4 FANCA FANCC FANCF FANCG FGFR1 FGFR2 FGFR3 FLT3 HRAS IDH1 IDH2 JAK2 JAK3 KIT KRAS MAP2K1 MAP2K2 MAP2K4 ASXL1 CSF3R CBL CEBPA 12 14, 17 8, 9 1 4, 8, 13, 15, 16, 18, 19, 20, 22, 23 8, 17, 18 DNMT3A EZH2 FLT3 IDH1 IDH2 JAK2 MPL NPM1 NRAS TTR MYL2 MYL3 MYOZ2 NEXN MYH6 MYH7 MYBPC3 TNNT2 ACTC1 ターゲットサイズ 10 kb ClearSeq Halo HS 心筋症リサーチパネル 208.4 kb TNNI3 TPM1 TTN ACTN2 CSRP3 PLN TNNC1 TCAP 対応シーケンサ イルミナ（NSQ 除く） Ion PGM イルミナ（NSQ 除く） Ion PGM ターゲットサイズ ClearSeq Halo HS 遺伝性結合組織病リサーチパネル 143 kb ClearSeq Halo HS 遺伝性不整脈関連疾患リサーチパネル 83 kb ClearSeq Halo HS ヌーナン症候群リサーチパネル 41 kb ClearSeq Halo HS ICCG パネル 463 kb ClearSeq Halo HS X 染色体パネル 3.2 Mb 対応シーケンサ イルミナ（NSQ 除く） DES LMNA SGCD VCL LDB3 ABCC9 SCN5A TAZ 16 反応 G9933A G9934A G9943A G9944A RBM20 TGFB3 DSP PKP2 DSG2 DSC2 TMEM43 JUP 96 反応 G9933B G9934B G9943B G9944B 48 反応 96 反応 Ion PGM Ion PGM イルミナ（NSQ 除く） Ion PGM イルミナ（NSQ 除く） Ion PGM イルミナ（NSQ 除く） ターゲットサイズ 10 kb 対応シーケンサ イルミナ Ion PGM ClearSeq Halo AML リサーチパネル 23.7 kb イルミナ ClearSeq Halo 心筋症リサーチパネル 208.4 kb イルミナ Ion PGM Ion PGM お問い合わせください 16 反応 G9903A G9904A G9913A G9914A G9908A G9909A 96 反応 G9903B G9904B G9913B G9914B G9908B G9909B ※ 96 反応はマニュアル / 自動化用共通です。 製品一覧：ClearSeq Halo シリーズ（受注製造パネル） 12 3, 4, 8 3 13-15, 17 1 3, 9, 10, 11 5-8 2, 6 ※ 48 反応、96 反応はマニュアル / 自動化用共通です。 ClearSeq Halo Cancer リサーチパネル ClearSeq Halo 遺伝性結合組織病リサーチパネル RUNX1 SETBP1 SF3B1 SRSF2 TET2 TP53 U2AF1 イルミナ（NSQ 除く） 製品一覧：ClearSeq Halo シリーズ 製品名 SRC STK11 TP53 VHL WT1 ※ 96 反応はマニュアル / 自動化用共通です。 製品一覧：ClearSeq Halo HS シリーズ（受注製造パネル） 製品名 14, 20 4 4 12, 14 10 11 2, 3 ClearSeq Halo HS / Halo 心筋症リサーチパネル遺伝子リスト ClearSeq Halo HS Cancer リサーチパネル 製品名 PIK3R1 PTEN RET RUNX1 SMAD4 SMO ClearSeq Halo AML リサーチパネル遺伝子（対象エクソン）リスト 製品一覧：ClearSeq Halo HS シリーズ 製品名 MET NOTCH1 NPM1 NRAS PDGFRA PIK3CA ターゲットサイズ 143 kb 対応シーケンサ イルミナ 48 反応 96 反応 Ion PGM ClearSeq Halo 遺伝性不整脈関連疾患リサーチパネル 83 kb イルミナ ClearSeq Halo ヌーナン症候群リサーチパネル 41 kb イルミナ ClearSeq Halo ICCG パネル 463 kb イルミナ ClearSeq Halo X 染色体パネル 3.2 Mb イルミナ Ion PGM Ion PGM お問い合わせください Ion PGM ※ 48 反応、96 反応はマニュアル / 自動化用共通です。 Next Generation Sequencing HaloPlex HS/HaloPlex カスタムパネル シンプルで直観的に操作できる SureDesign により、簡単にカスタムパネルのデザインが可能です。選択されたアンプリ コンの位置からターゲット配列のカバー率が自動的に計算されます。 キャプチャしたい遺伝子名か位置情報のリストを準備す るだけで、簡単にカスタムパネルが作製できます。 1. HaloPlex HS または HaloPlex のデザインワークフローを選択 * 2. 遺伝子名、ID、ゲノムの位置情報などを入力 3. Coding Exon のみ、UTR 込みなどデザイン条件を入力 4.“Start Design”をクリック 5. 10 分程度でデザインが完了、メールでレポートが到着 * SureDesign でのデザイン開始時に、通常の HaloPlex か、分子バーコード付き HaloPlex HS にするかを選択します。デザインに互換性はありません。最初にいずれかの 選択が必要となります。 ● ● イルミナシーケンサでは 1 kb-5 Mb、Ion PGM では 1 kb-2.5 Mb の範囲で自由な設計が可能です。 HaloPlex HS でデザインを行う時には、FFPE オプション（両鎖キャプチャ）の選択を推奨します。ただしプローブ数が増えて上限を超 過する場合がありますので、ご注意ください。 FFPE オプション DNA TARGET FRAGMENT Standard design FFPE design Target Region Target Region Exon AntiSense Strand Exon Sense Strand 通常は 100-400 bp の範囲の 制限酵素断片を Enrich する 両鎖のキャプチャにより 片側 Strand の Artifact を除去 FFPE サンプル用ではより短い （50-400 bp）断片も含む より短いアンプリコンを含むようにデザインし、 断片化された DNA に対応 製品一覧：HaloPlex HS カスタムパネル 対応シーケンサ ターゲットサイズ プローブ数 48 反応 96 反応 HaloPlex HS カスタム , 1 - 500 kb, プローブ数 <20 K イルミナ（NSQ 除く） 1 - 500 kb <20 K G9931C G9931B HaloPlex HS カスタム , 0.501 - 2.5 Mb イルミナ（NSQ 除く） 0.501 - 2.5 Mb <200 K G9941C G9941B HaloPlex HS カスタム , 2.6 - 5.0 Mb イルミナ（NSQ 除く） 2.6 - 5.0 Mb <200 K G9951C G9951B HaloPlex HS カスタム , 1 - 250 kb, プローブ数 <20 K Ion PGM 1 - 250 kb <20 K G9932C G9932B HaloPlex HS カスタム , 0.251 - 2.5 Mb Ion PGM 0.251 - 2.5 Mb <200 K G9942C G9942B 製品名 製品一覧：HaloPlex カスタムパネル 対応シーケンサ ターゲットサイズ プローブ数 48 反応 96 反応 HaloPlex カスタム , 1 - 500 kb, プローブ数 <20 K イルミナ 1 - 500 kb <20 K G9901C G9901B HaloPlex カスタム , 0.501 - 2.5 Mb イルミナ 0.501 - 2.5 Mb <200 K G9911C G9911B HaloPlex カスタム , 2.6 - 5.0 Mb イルミナ 2.6 - 5.0 Mb <200 K G9921C G9921B 製品名 HaloPlex カスタム , 1 - 250 kb, プローブ数 <20 K Ion PGM 1 - 250 kb <20 K G9902C G9902B HaloPlex カスタム , 0.251 - 2.5 Mb Ion PGM 0.251 - 2.5 Mb <200 K G9912C G9912B 13 手軽に使える無償の NGS データ解析ツール SureCall は、SureSelect（ヒトのみ）および HaloPlex のデータ解析を、ウインドウズ PC 上で手軽に行うことができる無償 の NGS データ解析ツールです。シーケンシング結果の FASTQ ファイルもしくは BAM ファイルと、SureSelect/HaloPlex の デザインファイルを入力するだけで、アダプター配列除去、アライメント、変異検出、変異のカテゴリー分類、シーケンシン グ結果の QC レポートまで、SureCall が全自動で実施し、Mutation Table と Genome Viewer を表示します。各種レポートの 出力も容易です。 バイオインフォマティクスの専門知識がなくても、簡単に使えて結果を確認できる、NGS 研究者のためのツールです。 イルミナプラットフォームおよび、IonPGM ともに対応しています。 解析前の準備 FASTQ か BAM デザインファイルを ダウンロード ファイルを準備 あとは メソッドを選んで スタートボタン押すだけ♪ SureCall におまかせ Read のアライメント BAM ファイル作製 アダプタ除去 アライメント後のデータ処理 公 的 な 解 析 ツ ー ル BWA-MEM, BWA, SamTools, SIFT, Polyphen 等 と独自の 変 異コールツール SNPPET を使用した全自動変異解 析です。 変異の同定 14 各変異について、Read のデータを 見やすくビジュアル表示 QC レポート レポート作製 カテゴリ分類 Mutation Table により、検出された変異の詳細と カテゴリ分類を容易に確認 変異のインパクト解析 Table 出力 Viewer 出力 外部データベースへのリンク わかりやすい変異レポートも、QC レポートも データの外部出力も簡単に作製 Next Generation Sequencing SureCall のインストールに必要な PC の要件 SureCall はご自分の PC にインストールしてご使用いただくツールです。 動作にはインターネット接続が必要です。 ● 64-bit Windows 7 Enterprise or Windows 7 Professional（Mac 対応版はサポート外） ● 3 GHz, 8-core 推奨（Min. > 2 GHz processor） ● 8 GB RAM（without aligners installed）, 16 GB RAM（with aligners installed Min. > 12 GB RAM） ● 500 GB（50 GB for genome reference data and annotation data and 450 GB for your sequencing data） ● 1280 × 768 screen resolution ● PDF ファイルを閲覧可能なソフトがインストールされていること SureCall で解析できるデータ SureSelect（ヒトのみ）と HaloPlex のデータ HaloPlex HS SureSelect OneSeq データの CNV 解析機能 （Ver.3 以降） 分子バーコード解析機能 （Ver.3 以降） イルミナシーケンサ もしくは Ion PGM/Ion Proton 最先端の NGS データ解析を SureCall で！ HaloPlexHS 分子バーコード解析 OneSeq 解析 SureCall SureCall Random True error variant G T Barcode family A C Consensus read InDel 解析 Mutation 解析 T T T SureCall それぞれの断片に分子バーコードを導入すること で同じ分子バーコードをもつ断片から SureCall が コンセンサス配列を作製し、変異コールの正確 性を飛躍的に向上させます。 SureCall SureCall は、Reference とサンプルの CNV バッ クボーンの Read を比較してコピー数変化を、 Allele 間の SNP を用いて LOH を検 出します。 SureCall が最先端の NGS 解析を実現します。 LOH 解析 CNV 解析 SureCall 基本解析機能 内容 Single Sample Analysis Pair Analysis Trio Analysis ● ● ● ● 1 サンプルごとの解析 得られる結果 ● Reference との比較によるコピー数変化の検出 Tumor/Normal 比較による Somatic Mutation の検出 ● トリオ解析による De novo mutation の検出 ● ● ● ● SNPs と indels SNPs と indels CNVs Somatic mutations SNPs と indels De novo mutations 15 Bravo NGS 自動化システム 圧倒的な実績、豊富なアプリケーションプログラムで、各種 NGS ライブラリ調製から Agilent Bravo NGS オプション A Agilent Bravo NGS Workstation オプション B （ AMPure ビーズ精製の自動化のカスタマイズ、 SureSelect のプロトコルのステップ別自動化、 HaloPlex の自動化アプリケーションに対応） （SureSelect/HaloPlex および その他の NGS ライブラリ調製） 目的によって選べる 2 つのシステム オプション A とオプション B Bravo NGS オプション A は、より安価で場所をとらないシステムで、HaloPlex の自動化の他に、カスタム AMPure 精製−可 変ボリューム、カスタム AMPure サイズセレクション、ランダムピッキング、SureSelect のステップ毎の自動化が可能です。 特に AMPureXP 精製については、DNA 量、ビーズ量、溶出量、インキュベーション時間を可変で設定できるため、各種の NGS ライブラリ調製プロトコルにおいて、ビーズ精製ステップを 8-96 検体の単位で効率よく自動化できます。 Bravo NGS Workstation オプション B では、上記 Bravo NGS オプション A に、スタッカーとプレート運搬ロボットを備えた BenchCel と、各種プレートを 20 までセット可能な Labware MiniHub を追加したシステムを用い、断片化された DNA の精 製からライブラリ調製、SureSelect のハイブリダイゼーション、精製の個々のステップを最大 96 検体まで自動で行います。 8 検体単位で自動化処理を行うことができますが、SureSelect 自動化用の試薬は、24、48、96 検体単位で使用したときに、 過不足なく使用できるように量が調整されています。アジレント Strand Specific RNA ライブラリ調製試薬にも対応します。 3 日間で最大 96 検体まで処理できるので、真のハイスループット NGS 解析を実現することができます。世界および日本 で数多くの導入、稼働実績があり、安心してお使いいただけます。またオプションとして、イルミナ社 TruSeq の PCR-Free DNA-Seq、RNA-Seq ライブラリ調製や種々の条件の AMPureXP ビーズ精製、各社 NGS プロトコルにも対応しています。 アジレント NGS 自動化システムの特徴 ● ● 16 手間と時間のかかる NGS ライブラリ調製を自動化。 自動化システムのハードウェアと NGS ライブラリ調製用の試薬を 1 社から提供。便利で安心な一本化されたサポート窓口。 Bravo NGS 自動化システム オプション B 標準装備プログラム ● SureSelect XT ● HaloPlex ● バリデーション済みの自動化プロトコルを提供。 ● SureSelect Strand Specific RNA ● わかりやすい和文マニュアル。 ● ClearSeq ● 自動化システムの使用量に合わせた専用の試薬を発売。 ● 世界および日本での豊富な稼働実績に基づく高い信頼性。 ● SureSelect XT, HaloPlex, Strand Specific RNA, ClearSeq に対応。 HaloPlex HS および SureSelect QXT の自動化については お問い合わせください。 Next Generation Sequencing ターゲットシーケンスまで信頼性の高い自動化を実現し、高い評価を得ています。 SureSelect XT ライブラリ調製の自動化例 SureSelect XT ライブラリ調製 SureSelect ゲノム断片化 AMPureXP ビーズ精製 末端修復 SureSelect ターゲットエンリッチメント ハイブリダイゼーション 準備 オリゴキャプチャ ライブラリ 16h アダプタ付き DNA ライブラリ ハイブリダイゼーション AMPureXP ビーズ精製 3'-dA 付加 アダプター ライゲーション ビーズによる キャプチャ DNA 回収 自動化部分 コバリス、PCR、サンプル QC 以 外 の ほ と ん ど の ス テップ を自動 化で きます。 研究者の方々を、膨大なピ ペッティング作業から一気 に解放するシステムです。 AMPureXP ビーズ精製 インデックス PCR 溶液調製 AMPureXP ビーズ精製 PCR 溶液 インデックス PCR AMPureXP 調製 ビーズ精製 QA PCR 増幅 AMPureXP ビーズ精製 アダプタ付き キャプチャ ライブラリの完成 DNA ライブラリの完成 多彩なオプションプログラム（有償） シーケンス たとえば、カスタム AMPureXP ビーズ精製を追加す ると、以下のパラメータを自由に設定して 8-96 検体 ● イルミナ TruSeq PCR-Free DNA-Seq ● イルミナ TruSeq Nano DNA-Seq ● イルミナ TruSeq RNA-Seq ● サンプル DNA 量：2 - 100 µL、微量対応は 2 - 90 µL ● イルミナ TruSeq ChIP ● ビーズ量：20 - 240 µL、微量対応は 2 - 90 µL ● NEBNext ChIP-Seq ● 溶出液回収量：10 - 70 µL、微量対応は 5 - 30 µL ● Epicentre Ribo-Zero ● 各ステップのミキシング回数 ● KAPA HTP Library Prep ● インキュベーション時間 ● KAPA Hyper Library Prep ● マグネット分離時間 ● KAPA HyperPlus Library Prep ● エタノール Dry Up 時の加熱の有無 ● PacBio 10 kb Template Prep ● カスタム AMPureXP ビーズ精製 ● 微量カスタム AMPureXP ビーズ精製 ● AMPureXP ビーズによるサイズ選択 ● 2 プレートでの HitPick の AMPureXP 精製ステップを自動化可能です。 多検体のピペッティングは Bravo にお任せください その他の試薬のプロトコルについては個別にご相談ください。 17 TapeStation より簡便で高速な多検体のライブラリ QC を実現 TapeStation はゲル充填済みの ScreenTape を使用し、DNA や RNA サンプル 16 検体をわずか 20 分（genomic DNA キットは 25 分）で高速分析することが可能です。サンプルは 96Well Plate にセットして、ScreenTape とチップを入れ替えるだけの 操作で、96 検体でも 2 時間以内で分析が終了します。多検 体ライブラリのサイズ確認と定量に威力を発揮します。 ▶ ゲル充填作業不要 ▶ DNA サンプルを loading buffer と混ぜるだけ ▶ 各サンプル独立レーンなのでレーン間の クロスコンタミネーションはありません。 ▶ DNA サンプル 16 検体をわずか 20 分で高速分析 （96 検体でも 2 時間以内） DNA 用 D1000 キット（dsDNA 35 - 1000 bp, 0.1 - 50 ng/µL） ● DNA 用 High Sensitivity D1000 キット （dsDNA 35 - 1000 bp, 75 - 1000 pg/µL） ● Genomic DNA キット （200 - 60,000 bp, 0.5-100 ng/µL） ● RNA 用 RNA キット （2 - 500 ng/µL） ● RNA 用 High Sensitivity RNA キット （100 - 10,000 pg/µL） ● ▶ 未使用レーンを後から* 利用可能 *2 週間以内 ▶ バイオアナライザと同等の感度、分離能 感度はいずれもラダー測定時のものです。 DIN：DNA 分解度の客観的指標 Degraded Intact ゲノム DNA の品質確認をより簡便に Degraded Intact 確実に行うため、Genomic DNA キット を 用 い た 泳 動 結 果 から DNA 分 解 度 （DIN：DNA Integrity Number）を確認で きる機 能 が登 場しました。必 要サン プル量はわずか 1 µ L、バッファと混ぜ るだけの簡単なサンプル調製で、ゲノ ム DNA の分解度を 1-10 の DIN スコア DIN 1.3 1.6 2.5 3.2 3.8 4.2 5.0 5.8 6.5 7.1 7.4 8.1 8.9 9.8 9.8 で表示し、DNA 品質の客観的な指標 として活用できます。 バイオアナライザ 次世代シーケンサ ライブラリ QC の世界標準 DNA や RNA を高い感度で検出、定量できるマイクロチッ プ型電気泳動バイオアナライザは、次世代シーケンサ の DNA-Seq、RNA-Seq、ChIP-Seq など各種アプリケー ションのライブラリ QC に広く採用されています。 SureSelect では、コバリス社製 DNA 断片化装置による 断片化のサイズ確認、アダプタ付き DNA ライブラリの サイズ確認と定量、最終的にキャプチャされたライブ ● ラリのサイズ確認と定量にバイオアナライザを使用し ● ます。 18 DNA1000 キット（dsDNA 25 - 1000 bp, 0.1 - 50 ng/µL） High Sensitivity DNA キット（dsDNA 50 - 7000 bp, 5 - 500 pg/µL） ● RNA6000 ナノキット （5 - 500 ng/µL） ● RNA6000 ピコキット （50 - 5000 pg/µL） 感度はいずれもラダー測定時のものです。 Next Generation Sequencing QPCR NGS ライブラリ定量キット 高 速 サイクル 条 件 下 で も、 高 い 感 度と再 現 性 を 示 す 新 規 Mutant Taq の Brilliant III Ultra-Fast を用い、NGS ライブラリの定 量に必要な DNA の Standard や Primer などの試薬を 1 つにまと めた便利なキットです。 特にマルチプレックスシーケンスを行う際には、各サンプルの ライブラリを正確に定量し、等量に混ぜることが重要なポイン トとなります。 SureSelect でキャプチャしたライブラリのみならず、全ゲノム シーケンス用のライブラリの定 量にも使うことができます。 キットには、 84 サンプル分の定量 PCR に必要な試薬がまとまっ ています。 ● G4880A QPCR NGS ライブラリ定量キット イルミナ用 Strand-NGS 次世代シーケンサの膨大なデータを 解析するためのソフトウェアパッケージ 優れた GUI と直感的でわかりやすい操作で、世界で最も多く使われている遺伝子発現解析用ソフトウェア GeneSpring。 Strand-NGS は、この GeneSpring をベースに開発され、初心者でも使いやすいインターフェースと解析ツール群を備えてい ます。次世代シーケンサで行うリシーケンスアプリケーションについて研究者を強力にサポートします。 取り扱えるデータ SAM/BAM 形式のデータ ELAND の Export 形式のデータ ● FASTA/FASTQ 形式のデータ ● Bismark （バージョン：0.7.0 から 0.8.2）での Alignment 後の SAM/ BAM 形式のデータ ● ● 基本機能 ● ● 独自の Aligner によりリファレンスゲノムへのアライメントが可能 ゲノムマネージャによりゲノム配列や遺伝子のアノテーション管理 が可能 ● ゲノムブラウザによる結果の閲覧が可能 ● リードクオリティの評価とフィルタリング機能が可能 対応アプリケーション ● Strand-NGS はデータを生物学的に解 釈するための DNA Variation ツールが搭載されています。 ゲノム DNA の SNPs・INDEL 検出や、染色体のリアレンジメント等 の検出。SNP Effect の評価、複数サンプルの比較が可能。 ● RNA-Seq cDNA からの発現差解析、融合遺伝子、Splice Variant 等の解析、 SNPs 検出 ● ChIP-Seq ● GO 解析 Gene Ontology を使った遺伝子リストの意味づけ ● GSEA/GSA BROAD Institute が定義した GeneSet を使った遺伝子リ ストの意味づけ 転写因子等の結合領域の予測や近傍遺伝子のリストアップ Small RNA-Seq miRNA・snRNA・snoRNA 等の Non-codingRNA の解析 ● Methyl-seq バイサルファイト処理による DNA メチル化解析、メチル化の定量、 DMR の探索、近傍遺伝子の抽出など ● 19 販売店 ［ お問い合わせ窓口 ］ アジレント・テクノロジー株式会社 本社 / 〒 192-8510 東京都八王子市高倉町 9-1 ●カストマコンタクトセンタ 0120-477-111 mail：email_ [email protected] ※仕様は予告なく変更する場合があります。 ※本資料掲載の製品は全て研究用です。 その他の用途にご利用いただくことはできません。 AgilentGenomics.jp © Agilent Technologies, Inc. 2015 本書の一部または全部を書面による事前の許可なしに複製、 改変、翻訳することは、著作権法で認められている場合を除き、 法律で禁止されています。 Printed in Japan, Apr. 17, 2015 5991-5751JAJP
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