Origine des Virus de l’Immunodéficence Humaine SIVcpz/SIVgor infectant les chimpanzés et les gorilles en Afrique centrale de l’ouest (Keele et al 2006, Van Heuverswyn et al 2006) SIVcpz MB/LB X P. t. verus P. t. vellerosus VIH-1 Groupe M P. t. troglodytes P. t. schweinfurthii pandémie SIVcpz, MT G. g. gorilla SIVcpzGAB2 X VIH-1 Groupe N < 20 cas SIVcpz EK SIVcpzUS SIVcpzCAM3 SIVcpzCAM5 SIVcpzGAB1 SIVcpzCAM13 SIVcpz, DP SIVgor X 2 cas VIH-1 Groupe P VIH-1 > 1% VIH-1 Groupe O Cameroun X SIVcpzPts Tan, Ant 4 transmissions inter-espèces 2 Origine du Virus de l’Immunodéficence Humaine (2) SIVsm infectant les mangabés en Afrique de l’Ouest (Santiago et al, 2005) SIVsmmTaï32 SIVsmmTaï1 SIVsmmTaï23 VIH-2 A VIH-2 B SIVsmmTaï31 SIVsmmTaï29 SIVsmmTaï37 SIVsmmTaï13 SIVsmmCI12 SIVsmmCI18 SIVsmmTaï33 SIVsmmTaï22 VIH-2 G SIVsmmSL92a SIVsmmSL92f SIVsmmSL93-134 SIVsmmSL92e SIVsmmSL93-135 SIVsmmTaï35 SIVsmmTaï17 ô VIH-2 D SIVsmmLIB1 SIVsmmBRO85 SIVsmmSL93-080 SIVsmmM951 SIVsmmSL93-057 SIVsmmSL92d SIVstm SIVsmmD177 SIVsmmM935 SIVsmmPBj SIVsmmG932 SIVmne SIVsmmF098 VIH-2 C VIH-2 H VIH-2 F SIVsmmSL93-063 VIH-2 E SIVsmmSL93-119 SIVsmmSL92c SIVsmmSL92b 8 transmissions du VIH-2 Seulement 2 épidemies locales 3 Diversité génétique des lentivirus de primates non humains Seulement chez les primates africains Hôtes naturels des lentivirus de primates SIVcol SIVden SIVbkm SIVsyk SIVdeb SIV sont spécifiques de l’espèce simienne infectée SIVtal SIVmus SIVasc SIVgsn SIVagm Vervet Tantalus Grivet SIVery SIVmon >45 espèces infectées 30 espèces non explorées SIVmnd-2/drl SIVrcm VIH-1/ O SIV lho/sun/mnd-1 VIH-1/ P SIVcpz/SIVgor/VIH-1 HVIH‐1/ M VIH-1/ N SIVagmSAB NON PATHOGENE? SIVwrc SIVolc SIVsmm/VIH-2 4 Questions de Recherche Les ancêtres des VIH-1 groupes M et N seulement au Cameroun ? Réservoir VIH-1 groupes O et P ? chimpanzés et/ou gorilles ? Faible prévalence SIVgor en général ? Origine de SIVgor chez les gorilles ? Pathogénicité du SIV chez les chimpanzés et gorilles? Autres Transmissions de SIV a l’homme? SIVcpz ou SIVgor de chimpanzés et/ou gorilles: HIV-1 groupe X? SIVsmm de mangabés: HIV-2 groupe X? SIV d’autres espèces chassées et consommées: HIV-3? Non-invasive follow-up of SIVcpzPtt infection in wild-living chimpanzees in Northeast Gabon (Vanina Boué. et al, CROI 2013) V. Boué Rappel: SIVcpzGab-1 and Gab-2 chez des chimpanzés sauvages captifs au Gabon en 1989 1989 : SIVcpzGAB-1 et GAB-2. - À partir de 2009 : > 40 nouvelles souches SIVcpzPtt. SIVcpz MB/LB VIH-1 M GAB-1 SIVcpz, MT SIVcpzGAB2 VIH-1 N GAB-2 Ogooué SIVcpz EK SIVcpzUS SIVcpzCAM3 SIVcpzCAM5 SIVcpzGAB1 SIVcpzCAM13 Sites SIV-positifs : Fragments ARN 2 / 18 (20 – 45 %) Sites SIV-positifs : Sérologie 3 / 18 (20 – 45 %) SIVcpz, DP SIVgor Sites SIV-négatifs : 13 / 18 VIH-1 P VIH-1 O SIVcpzPts Tan, Ant 18 sites de collectes (2009-2013) >1400 fèces de chimpanzés Prévalence élevée des infections à SIVcpz et identification de nombreuses souches SIVcpz infectant les chimpanzés au nord-est Gabon Pol 150 bp Gab921‐F Gab1001‐ID10‐F Echantillons fécaux collectés de 2011 à 2012: Gab1023‐ID12‐F Gab1230‐ID36‐F * Gab1211‐ID47‐M Gab1220‐ID35‐M Gab908‐ID2‐M * Gab1290‐ID70‐M Gab1295‐ID54‐M * Gab937‐ID5‐F Gab1352‐ID67‐M * Gab940‐ID6‐M Gab928‐ID4‐F Gab1296‐ID75‐M Gab1472‐ID69‐F Gab946‐M Gab945‐ID8‐M Gab947‐ID9‐M Gab1235 Gab1275‐ID44‐M Gab1369‐ID68‐F Gab1286‐F Gab1320‐ID64‐M Gab1319‐ID76‐M Gab944‐ID7‐M Gab1287‐ID52‐M Gab920‐F Gab904‐ID1‐F Gab1427‐ID83‐F Gab1432‐ID84‐F * Gab1406‐ID81‐F Gab1426‐M Gab1253‐ID38‐M Gab985‐M Gab1033‐ID34‐M * Gab1120‐ID82‐M * Gab1858 * Gab1913 Gab1921 Gab1914 Gab1919 TAN1 * HIV‐1 N * EK505 MB897 LB7 HIV‐1 M US MB66 Cam5 Cam3 DP943 HIV‐1 P * DJ4099pol CP2133 SIVcpzGAB1 Gab1339‐M SIVcpz GAB2 Cam13 * HIV‐1 O 0.02 419 sur le site MA (45% SIVcpz +) 222 sur le site ML (20% SIVcpz +) 60 km Prévalence des infections SIVcpz élevée (20 à 45 %) Importante diversité génétique Clade phylogéographique des SIVcpzPtt au nord-est Gabon Chevauchement des habitats simiens et humains Contacts fréquents (chasse) Transmission SIV chimpanzés Homme? Gorillas in Southwest Cameroon Are the Reservoir of HIV-1 Group P Ancestors (D’arc, M. et al., CROI 2013) Néel C Identification d’une nouvelle souche de SIVgor chez les gorilles du sud-ouest Cameroun Sites collecte gorilles SIVgor+ Nouveaux sites collecte gorilles • Méthodes and Résultats 1,217 échantillons fécaux de gorilles sur 15 sites 43 SIV+ en sérologie, 4/15 sites. 10 gorilles. 2 nouvelles séquences SIVgor dans 1 nouveau site (BP). Sites collecte chimpanzés Les nouvelles souches de SIVgor sont proches du VIH-1 P Poster Board #: 484 Abstract #: I-107 Session: 94 Caractérisation des génomes complets de 2 nouvelles souches SIVgor en cours SIVgor-BP7993 = 5637 bp SIVgor-BP8257 = 5176 bp SIVgor‐BP7993 100 90 HIV‐1 P Similarity Score (%) 80 70 60 50 40 30 20 env pol gag 10 0 0 400 800 1 200 1 600 2 000 2 400 2 800 3 200 3 600 4 000 4 400 4 800 Position SIVgor‐BP8257 SIVgor‐CP684 SIVgor‐CP2135 SIVgor‐CP2139 HIV‐1P‐RBF168 HIV‐1P‐U14788 HIV‐1O MVP5180 SIVcpzPtt MB66 HIV‐1M HXB2 SIVcpzPtt‐EK505 HIV‐1N YBF30 SIVcpzPts‐TAN2 Conclusion et Discussion Les gorilles ont transmis le SIVgor à l’Homme Les populations de gorilles du sud-ouest Cameroun sont le réservoir du VIH-1 P. SIVcpz+ * * * * * HIV-1 N * * * * HIV-1 M SIVcpzPtt * P. t. verus P. t. ellioti P. t. troglodytes P. t. schweinfurtii P. paniscus * * * HIV-1 O * * * * SIVgor * * * * 0.05 * HIV-1 P SIVcpzPts SIVgor+ SIVgor - SIVcpz - Distribution géographique et prévalence des infections à SIVcpzPtt, Pts et SIVgor (Keele et al, 2006, Van Heuverswyn et al, 2006 et 2007, Neel et al, 2009, Li et al, 2012) SIVcpz+ SIVcpz ‐ SIVgor+ SIVgor ‐ Site collecte Bonobos SIVcpzPtt : 0 – 45 %. SIVcpzPts : 0 – 50 %. SIVgor : 0 – 16 %. P. t. verus P. t. ellioti P. t. troglodytes P. t. schweinfurtii P. panicus G o G r o ri il ll la a >1200 pvts fécaux de bonobos sauvages, pas d’infection SIV ? g b eo rr i i n l g el ia >800 pvts fécaux chez les gorilles sauvages au Gabon, pas d’infection SIV ? Outils de détection ? Prévalence très faible, présence de « hot spot »? Absence d’infection? Evidence for continuing cross-species transmission of SIVsmm to humans: characterization of a new HIV-2 lineage in rural Côte d’Ivoire (Ayouba A. et al, 2013) Nouveau variant HIV-2 avec une structure génétique complexe Gag Gp41 pol‐integrase SIVsmmCI 07IC‐ SIVsmmTAI TNP03 HIV‐2 I HIV‐2 G SIVsmmTAI HIV‐2 C SIVsmm SIVsmm TAI3 SIVsmm SIVsmm SIVsmmTAI HIV‐2 H SIVsmm CI2 SIVsmm CI8 SIVmne 07IC‐TNP01 SIVsmmTAI23 06IC‐TNP02 HIV‐2 F SIVsmmCI2 HIV‐2 D SIVsmm SIVsmm sm753 SIVsmm TAI35 SIVsmm TAI23 07IC‐TNP03 SIVsmm TAI33 SIVstm SIVsmmTAI31 HIV‐2 I 06IC‐TNP02 HIV‐2 A SIVsmm HIV‐2 G HIV‐2 B SIVsmm SIVsmm 06IC‐TNP02 SIVmne HIV‐2 H HIV‐2 C 07IC‐TNP03 HIV‐2 B Au moins 9 07IC‐TNP01 HIV‐2 C HIV‐2 A 07IC‐TNP01 0.05 HIV‐2 E HIV‐2 F SIVsmmTAI32 SIVsmm sm753 HIV‐2 A HIV‐2 G HIV‐2 D HIV‐2 H SIVsmm sm487 SIVsmmTAI13 HIV‐2 B HIV‐2 D HIV‐2 I SIVsmm 0.05 0.1 SIVsmm transmissions du SIVsmm à l’Homme Processus dynamique, toujours en cours Diffusion ou non de ce virus dans la population humaine? Nécessité de connaître les structures génétiques complètes des SIVsmm et HIV-2 circulants pour des analyses consistantes . Characterization of new SIV strains infecting monkeys from DRC and Gabon (Peeters et al, Courgnaud et al, Aghokeng et al, Locatelli et al, Ahuka S. et al, Liégeois F. et al,) Sites de collecte d’échantillons de PNH en Afrique centrale 3 pays: Cameroun, RDC, Gabon Cameroun: RDC: 11 espèces simiennes N= >1200 10 espèces simiennes N=494 Gabon: 8 espèces simiennes N=106 Cameroun RDC Gabon Prélèvements de PNH chassés Marchés, Villages, concessions forestières Produits sanguins (tubes EDTA, PF), organes Prévalence et nouvelles lignées SIV chez les PNH CI, Gambie * SIVreg SIVmon Cameroun RDC SIVmus-3 * * * Gabon SIVmus-1 * * SIVgsn * SIVasc SIVasc SIVmus-2 * * SIVbcm * SIVcol Gab * * SIVcol SIVwol SIVden SIVdeb * * 50% 40% 30% 20% 10% 0% Cameroun RDC SIVsyk * SIVtal * SIVagm SIVani SIVsmm/ HIV-2 * * * Prevalence of SIV infection SIVmnd-2 SIVdrl * Species most frequently found at bushmeat markets SIVcpz * SIVrcm / agi * * Prévalence élevée des infection SIV chez les PNH chassés comme viande de brousse en RDC et au Gabon * SIVwrc SIVolc * * * * 0.05 SIVtrc SIVmnd-1 SIVsun SIVlho Risque de transmission inter-espèces chez les humains exposés SIVprg Emergence d’un nouveau VIH-(3) ? Etudes annexes Recherches d’autres infections rétrovirales: STLV, SFV Courgnaud et al, 2004, Liégeois et al, 2008, Ahuka et al, 2011, Switzer et al, 2012, Liegeois et al, 2012, Ayouba et al, 2013. Recherches d’autres microorganismes: autres virus, plasmodiums, bactéries Liu et al, 2010, Blinkova O et al, 2010, Sharp et al, 2011, Rayner JC et al, 2011 Harvala H et al, 2011, Keita AK et al, 2013, Sundararaman et al, 2013. Recherches fondamentales: adaptation virale Schmökel et al, 2011, Sauter et al, 2012. Développement outils diagnostics: Sérologie et PCR temps réel Etienne et al, 2013, Ahuka-Mundeke et al 2012 Perspectives Recherche du réservoir des VIH-1 groupe 0 Origine du SIVgor Pathogénicité chez les PNH Caractérisation de nouvelles souches SIV chez les petits singes Transmission inter-espèces Singes/singe Singes/ Homme Remerciements UMI233 HIV/AIDS and Associated diseases, IRD/UM1, Montpellier Martine Peeters, Eric Delaporte Ahidjo Ayouba, Steve Ahuka, Sabrina Locatelli, Florian Liégeois, Vanina Boué, Mirela D’arc Ferreira Da Costa, Amandine Esteban, Christelle Butel PRESICA project, Yaoundé, Cameroun Eitel Mpoudi-Ngole, Avelin F. Aghokeng Innocent NDONG BASS, Joseph MOUDINDO, and Aimé MEBENGA for sample collection Centre International de Recherches Médicales de Franceville, Gabon François Rouet, Florian Liégeois Augustin Mouinga-Ondeme, Paul Ngari, Martine Koné, Alain-Prince Okounga, Alphonse Ndongouet INSTITUT NATIONAL DE RECHERCHE BIOMEDICALE (INRB) Jean-Jacques Muyembe , Steve Ahuka, Inogwabini Bila-Isia, Valentin Mbenzo, Placide Mbala, Octavie Lunguya, Matériels, Méthodes et Résultats 18 villages bordant la limite ouest du PN de Taï (CI) 764 plasmas Impossible d’afficher l’image. 18 villages xMAP multiplex Luminex® assay 15 gp41 and 4 V3‐ loop SIV/HIV peptides • 764 volontaires (consentement éclairé) • Questionnaires déterminant le degré d’exposition à la viande de brousse de PNH Molecular screening and characterization Antibody detection INNOLIA HIV Confirmation PCR (pol, env, gag) Sequencing Phylogenetic analyses Samples tested N=764 HIV‐1 N=55 HIV INNO LIA Confirmation HIV/SIV + LUMINEX assay N=64 HIV‐2 N= 6 N= 50 N= 6 HIV + = 7.3% SIV N=3 N= 0 PCR with SIV universal primers: NEGATIVE
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