DataSheet GeneChip WT Pico Kit (WT Pico Kit) ® わずか10細胞から得られたRNAの遺伝子発現解析を全トランスクリプトームアレイで行う際のサンプル調製キット GeneChip® WT Pico Kit（WT Pico Kit）は、柔軟性、感度に優れるター ゲット調製法で、 アフィメトリクスの全トランスクリプトーム（WT） アレイ 上で、わずか10細胞から正確で再現性のあるトランスクリプトーム解析 を可能にします。 やRNA-Seqアッセイで強力な発現データを得るのに十分な量のRNA を調製できません。特に少量のRNA処理用に開発されたWT Pico Kit は、異なるサンプルタイプに由来するわずか数個の細胞からの全トラ ンスクリプトーム解析の実施を可能にします。 少量のRNAにも対応する高い柔軟性 様々なサンプルに単一キットで対応 わずか100 pgのtotal RNA（約10細胞に相当）を用いて細胞内の小 さなサブポピュレーションの生命現象を明らかにします。 単一キットで、培養細胞、新鮮組織／新鮮凍結組織またはホルマリ ン固定パラフィン包埋（FFPE）組織、全血を含むさまざまな主要サン プルタイプに対応し、 グロビンまたはリボソームRNAの除去も不要 という総合的な柔軟性から得られる利点。 ストランド特異性が保たれていることを確認するアッセイで最も高 い正確性が得られます。 トランスクリプトームアレイと組み合わせた多層解析により、コード RNAおよび長鎮非コードRNAの遺伝子または転写産物レベルの発 現を精密に測定できます。 異種サンプルに隠された生命現象を明らかにする 従来の全トランスクリプトーム発現解析は、比較的大量の細胞から 得られるサンプルを拠りどころとしています。 しかし、 こうした多数の細 胞集団から遺伝子発現を測定すると平均値が得られることになるた め、サブポピュレーションの重要な違いが隠されてしまう場合がありま す。遺伝子発現の生物学的重要性をさらに理解するため、 より少量の 特徴的な細胞のサブセットに研究者の注目が集まっています。 研究においては、複数のタイプのサンプル解析が必要なことは多々 あります。たとえばがん研究の場合、通常は新鮮凍結組織およびFFPE 組織由来のサンプル間の比較を含みます。ほとんどの場合、異なるサ ンプルタイプを処理するために複数キットの使用が必要となり、実験 のワークフローをより複雑化させるうえ、データに望まないばらつき が生じることになります。基礎研究やトランスレーショナル・リサーチ で使用されるほとんどのサンプルタイプの処理が可能なWT Pico Kit は、実験のワークフローを効率化し、ターゲット調製法に起因するばら つきを排除します。 貴重なサンプルの保存 患者の生検由来のサンプルなどの多くのサンプルは、他には存在し ないか代替がきかないため、非常に貴重です。 こうした貴重なサンプ ルを使用して作業する場合、研究者は各サンプルの最大量を保存する ことに注力し、将来的な実験に備える必要があります。WT Pico Kitを 使用して作業すると、研究者はわずか10細胞を使用し、マイクロアレ イ解析からロバストかつ再現性のある全トランスクリプトームデータ を得ることができ、サンプルの大部分を将来的な使用に備えて確実に 保存できます。 蛍光活性化細胞選別装置（FACS）やレーザー・キャプチャー・マイク ロダイセクション（LCM）などの最新のテクノロジーによって、小さな細 胞集団の特性評価とその後の単離が可能になりました。 しかし、細胞 数が少ないため、 これらのサンプルからは通常、現在のマイクロアレイ DS1501 01-01 1 製品仕様 Performance specifications cRNA yield ≥25 μg cDNA yield ≥6 μg Technical replicate signal correlation Pearson r ≥0.90 % median CV ≤20% Sample type Total RNA from tissue, cell line, whole blood, and FFPE samples Recommended sample input 500 pg (2 ng for FFPE) Minimum sample input 100 pg (500 pg for FFPE) Sample input range 100 pg–10 ng (500 pg–50 ng for FFPE) 表 1 : 以下の変動係数表に、WT Pico Kitを外部研究施設で操作した場合の一貫性のある解析性能を示します。 4つの施設（Affymetrix、Site1、Site2 および Site3）で、500 pgのMAQCAおよびMAQCB全RNAからハイブリダイゼーションターゲットを トリプリケートで調製しました。テクニカルレプリケートをGeneChip® Human Transcriptome Array 2.0にハイブリダイズさせました。 すべてのプローブセットを用いて変動係数の中央値を算出しました。 Site RNA sample Gene-level median coefficient of variation Affymetrix MAQCA 6.28% Affymetrix MAQCB 6.89% Site 1 MAQCA 7.18% Site 1 MAQCB 12.46% Site 2 MAQCA 6.71% Site 2 MAQCB 7.85% Site 3 MAQCA 7.53% Site 3 MAQCB 7.37% Specification 2 15% 図1：以下の優れたピアソンr値をもつシグナル相関プロットおよびfold-changeの相関プロットから、アフィメトリクスのラボおよび外部3 ヵ所の研究センター間で比較した場合のパフォーマンスの一貫性がわかります。各施設においてWT Pico Kitを使用し、投入量500 pgの MAQCAおよびMAQCB全RNAから、すぐにハイブリダイゼーションに使用可能なターゲットを複数調製し、GeneChip® Human Transcriptome Array 2.0にハイブリダイズさせました。 500 pg MAQCB 500 pg MAQCA/B Site 1 500 pg MAQCA Pearson r=0.980 Pearson r=0.889 Pearson r=0.986 Pearson r=0.983 Pearson r=0.934 Pearson r=0.961 Pearson r=0.955 Pearson r=0.896 Site 3 Site 2 Pearson r=0.987 3 ご注文情報 製品番号 製品名 包装 902622 GeneChip WT Pico Kit 12 reactions 902623 GeneChip WT Pico Kit 30 reactions 製品番号 製品名 包装 902661 GeneChip Human Transcriptome Pico Assay 2.0 Sufficient for 12 reactions 902662 GeneChip Human Transcriptome Pico Assay 2.0 Sufficient for 30 reactions 902663 GeneChip® Mouse Transcriptome Pico Assay 1.0 Sufficient for 12 reactions 902664 GeneChip Mouse Transcriptome Pico Assay 1.0 Sufficient for 30 reactions 902665 GeneChip Rat Transcriptome Pico Assay 1.0 Sufficient for 12 reactions 902666 GeneChip® Rat Transcriptome Pico Assay 1.0 Sufficient for 30 reactions 製品番号 製品名 包装 ® ® 推奨する製品 ® ® ® ® 関連製品 900720 GeneChip Hybridization, Wash, and Stain Kit Sufficient for 30 reactions 901622 GeneTitan® Hybridization, Wash, and Stain Kit for WT Array Plates Sufficient for 96 reactions 901667 GeneAtlas® Hybridization, Wash, and Stain Kit for WT Array Strips Sufficient for 60 reactions ® 本製品は試験研究用ですので、診断の目的には使用できません 製品の仕様は予告なく変更される場合がありますので、予めご了承ください。 製品の開発は随時進んでおりますので、最新の情報については、お問合せください。 P/N EMI05095 Rev. 1 ©Affymetrix, Inc. All rights reserved. Affymetrix®, Axiom®, Command Console®, CytoScan®, DMET™, GeneAtlas®, GeneChip®, GeneChip-compatible™, GeneTitan®, Genotyping Console™, myDesign™, NetAffx®, OncoScan®, Powered by Affymetrix™, PrimeView™, Procarta®, and QuantiGene® are trademarks or registered trademarks of Affymetrix, Inc. All other trademarks are the property of their respective owners. Products may be covered by one or more of the following patents: U.S. Patent Nos. 5,445,934; 5,744,305; 5,945,334; 6,140,044; 6,399,365; 6,420,169; 6,551,817; 6,733,977; 7,629,164; 7,790,389 and D430,024 and other U.S. or foreign patents. Products are manufactured and sold under license from OGT under 5,700,637 and 6,054,270. 取扱店 4
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